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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9317_low_7 (Length: 360)

Name: NF9317_low_7
Description: NF9317
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9317_low_7
NF9317_low_7
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (19-346)||(26032882-26033212)
chr5 (23-342)||(38456388-38456717)
chr5 (23-342)||(38181028-38181356)
chr5 (23-342)||(38189775-38190103)
chr5 (23-342)||(38208252-38208580)
chr5 (23-342)||(38217000-38217328)
chr5 (140-173)||(38447655-38447688)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (55-173)||(6067743-6067860)
chr3 (288-342)||(6067645-6067699)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (168-223)||(38343008-38343063)
chr1 (168-223)||(38447201-38447256)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (30-88)||(53351249-53351307)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 19 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 26033212 - 26032882
Alignment:
Q  19 gagctgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatattccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataa 118  Q
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T  26033212 gagctgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataa 26033113  T
Q  119 atgaaaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataat---gtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccatttta 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26033112 atgaaaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataatattgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttc 26033013  T
Q  216 ttttatatgttaaaattgttgatatgaggtgttaaatttacagttactttcattaatttcaggggtagcattattggaacttctcatataccaatggctc 315  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  26033012 ttttatatgttaaaattgtttatacgaggtgttaaatttactgttactttcattaatttcaggggaagcattattggaacttcttatatacctatggctc 26032913  T
Q  316 cacccgcaacatgttcataccttccaccacc 346  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  26032912 cacccccaccatgttcataccttccaccacc 26032882  T

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Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 23 - 342
Target Start/End: Original strand, 38456388 - 38456717
Alignment:
Q  23 tgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatattccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatga 122  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38456388 tgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatga 38456487  T
Q  123 aaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttattttata 222  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38456488 aaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttata 38456587  T
Q  223 tgttaaaattgttgatatgag-gtgttaaatttacagttactttcattaatttcaggggt---agcattattggaacttc------tcatataccaatgg 312  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||      ||||||||| || |    
T  38456588 tgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatag 38456687  T
Q  313 ctccacccgcaacatgttcataccttccac 342  Q
    ||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  38456688 ctctaccctcaccatgttcataccttccac 38456717  T

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Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 23 - 342
Target Start/End: Original strand, 38181028 - 38181356
Alignment:
Q  23 tgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatattccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatga 122  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38181028 tgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatga 38181127  T
Q  123 aaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttattttata 222  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38181128 aaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttata 38181227  T
Q  223 tgttaaaattgttgatatgaggtgttaaatttacagttactttcattaatttcaggg---gtagcattattggaacttc------tcatataccaatggc 313  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||   | |||||||||||||||||      ||||||||| || ||    
T  38181228 tgttaaaattgtttatatgaggtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagc 38181327  T
Q  314 tccacccgcaacatgttcataccttccac 342  Q
    || |||| || ||||||||||||||||||    
T  38181328 tctaccctcaccatgttcataccttccac 38181356  T

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Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 23 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 38190103 - 38189775
Alignment:
Q  23 tgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatattccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatga 122  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38190103 tgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatga 38190004  T
Q  123 aaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttattttata 222  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38190003 aaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttata 38189904  T
Q  223 tgttaaaattgttgatatgaggtgttaaatttacagttactttcattaatttcaggg---gtagcattattggaacttc------tcatataccaatggc 313  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||   | |||||||||||||||||      ||||||||| || ||    
T  38189903 tgttaaaattgtttatatgaggtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagc 38189804  T
Q  314 tccacccgcaacatgttcataccttccac 342  Q
    || |||| || ||||||||||||||||||    
T  38189803 tctaccctcaccatgttcataccttccac 38189775  T

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Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 23 - 342
Target Start/End: Original strand, 38208252 - 38208580
Alignment:
Q  23 tgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatattccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatga 122  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38208252 tgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatga 38208351  T
Q  123 aaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttattttata 222  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38208352 aaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttata 38208451  T
Q  223 tgttaaaattgttgatatgaggtgttaaatttacagttactttcattaatttcaggg---gtagcattattggaacttc------tcatataccaatggc 313  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||   | |||||||||||||||||      ||||||||| || ||    
T  38208452 tgttaaaattgtttatatgaggtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagc 38208551  T
Q  314 tccacccgcaacatgttcataccttccac 342  Q
    || |||| || ||||||||||||||||||    
T  38208552 tctaccctcaccatgttcataccttccac 38208580  T

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Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 23 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 38217328 - 38217000
Alignment:
Q  23 tgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatattccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatga 122  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38217328 tgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatga 38217229  T
Q  123 aaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttattttata 222  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38217228 aaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttata 38217129  T
Q  223 tgttaaaattgttgatatgaggtgttaaatttacagttactttcattaatttcaggg---gtagcattattggaacttc------tcatataccaatggc 313  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||   | |||||||||||||||||      ||||||||| || ||    
T  38217128 tgttaaaattgtttatatgaggtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagc 38217029  T
Q  314 tccacccgcaacatgttcataccttccac 342  Q
    || |||| || ||||||||||||||||||    
T  38217028 tctaccctcaccatgttcataccttccac 38217000  T

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Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 140 - 173
Target Start/End: Original strand, 38447655 - 38447688
Alignment:
Q  140 caaacatgttctacaataatgtgggaagtacttc 173  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38447655 caaatatgttctacaataatgtgggaagtacttc 38447688  T

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Target: chr3 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 55 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 6067860 - 6067743
Alignment:
Q  55 gaagatgaatttcatattccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgtcccaaacatgttctaca 154  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6067860 gaagatgaattt-atataccacaattgaaatttagaaaatatccataaattttttatgagataaatgaaacacttttagatgtcccaaacatgttctaca 6067762  T
Q  155 ataatgtgggaagtacttc 173  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  6067761 ataacgtgggaagtacttc 6067743  T

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Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 288 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 6067699 - 6067645
Alignment:
Q  288 attggaacttctcatataccaatggctccacccgcaacatgttcataccttccac 342  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  6067699 attggaacttctcatatacctatggatccacccccaccatgttcataccttccac 6067645  T

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Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000008; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 168 - 223
Target Start/End: Original strand, 38343008 - 38343063
Alignment:
Q  168 tacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttattttatat 223  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| | ||||||||    
T  38343008 tacttctacattgattgataggtgagttgattatgcaatgccattctcttttatat 38343063  T

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Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 168 - 223
Target Start/End: Original strand, 38447201 - 38447256
Alignment:
Q  168 tacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttattttatat 223  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| | ||||||||    
T  38447201 tacttctacattgattgataggtgagttgattatgcaatgccattctcttttatat 38447256  T

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Target: chr4 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 30 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 53351307 - 53351249
Alignment:
Q  30 tagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatattccacaattgaaattta 88  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||| || ||| |||||||||    
T  53351307 tagccaacaagttaaggattcacaagatgatgaatttaatataccgcaagtgaaattta 53351249  T

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