View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9330_low_2 (Length: 982)

Name: NF9330_low_2
Description: NF9330
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9330_low_2
NF9330_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (14-967)||(35784778-35785731)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 918; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 918; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 967
Target Start/End: Complemental strand, 35785731 - 35784778
Alignment:
Q  14 cagagactacaccagatattcctgatattgaaaaagtgacaaaagacactttttactcggaccaagaagcaatccatggtttgcctgactcgctgcaaga 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35785731 cagagactacaccagatattcctgatattgaaaaagtgacaaaagacactttttactcggaccaagaagtaatccatggtttgcctaactcgctgcaaga 35785632  T
Q  114 aatttctcatctcacatcagaaccacttacacctgattttgaacctgcgagtccatcagatgttccttaccgcaaagaaacgtttgacaattttcctgac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35785631 aatttctcatctcacatcagaaccacttacacctgattttgaacctgcgagtccatcagatgttccttaccgcaaagaaacgtttgacaattttcctgac 35785532  T
Q  214 acactaccagaaattgctcctcttacttcagagccacatgcatctaatttgggatatgtgagctcgtcagatgtttcttctacccaagaaataaccaata 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35785531 acactaccagaaattgctcctcttacttcagagccacatgcatctaatttgggatatgtgagctcatcagatgtttcttctacccaagaaataaccaata 35785432  T
Q  314 atgtagctgattctcattcctctgatagtcgcatctctgaaaaggatcttcacacacatgataattctgttttggatcacttagtagggactcatacctc 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35785431 atgtagctgattctcattcctctgatagtcccatctctgaaagggatcttcacacacatgataattctgttttggatcacttagtagggactcatacctc 35785332  T
Q  414 cattgattctcctaccgttagtgatgcagtgtcaacacccattataactgatacaccaccttctggctctcaattaccagatgaaaacgcaggtaagatc 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35785331 cattgattctcctaccgttagtgatgcagtgtcaacacccattataactgatacaccatcttctggctctaaattaccagatgaaaacgcaggtaagatc 35785232  T
Q  514 aataatatcttccaatatgaagatgcacataaagagtctttcagtgataattcggttaggttctggactaatggtggattattaggacttgagccatcaa 613  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35785231 aataatatcttcaaatatgaagatgcacataaagagtctttcagtgataattcggttaggttctggactaatggtggattattaggacttgagccatcaa 35785132  T
Q  614 aacctcctgattttaccatgtcaagttccttaaatcaagggtctttaagcttgaaaaatgatatgaatggtggttcacttggcaattccatacaaaagag 713  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35785131 aacctcctgactttaccatgtcaagttccttaaatcaagggtctttaagcttgaaaaatgatatgaatggtggttcacttggcaattccatacaaaagag 35785032  T
Q  714 caatgattgcgctcacaaagagggacatgaattatcagaaaaggttcctcaacagattctcaaggaatcaagttctagatatgatgaccaggcttgtgcc 813  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35785031 caatgattgcgctcacaaagagggacatgaattatcagaaaaggttcctcaacagattctcaaggaatcaagttctagatatgatgaccaggcttgtgcc 35784932  T
Q  814 tctgaatatacctccattggttctcagcagaataatggtcacactaagagaaacaatttggtggaagccaattcgactgcacctagaactgttctaactg 913  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35784931 tctgaatatacctccattggttctcagcagaataatggtcacactaagagaaacaatttggtggaagccaattcgactgcacctagaactgttctaactg 35784832  T
Q  914 ccgtcgctgacaccaaggattgtgctgaacctaatcagggaaatggtgaaaact 967  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35784831 ccgtcgctgacaccaaggattgtgctgaacctaatcagggaaatggtgaaaact 35784778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University