View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9330_low_7 (Length: 576)

Name: NF9330_low_7
Description: NF9330
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9330_low_7
NF9330_low_7
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (227-562)||(41337480-41337815)
chr5 (220-562)||(41328733-41329075)
chr5 (220-562)||(41316692-41317034)
chr5 (220-562)||(41324756-41325098)
chr5 (220-562)||(41332666-41333008)
chr5 (220-551)||(41286859-41287189)
chr5 (451-562)||(41305235-41305346)
chr5 (226-551)||(31187876-31188201)
chr5 (226-551)||(31177813-31178138)
chr5 (286-551)||(41366911-41367176)
chr5 (226-551)||(31225577-31225902)
chr5 (294-562)||(41310967-41311239)
chr5 (247-427)||(41431934-41432114)
chr5 (1-151)||(41316352-41316502)
chr5 (1-151)||(41366512-41366659)
chr5 (40-151)||(41337300-41337411)
chr5 (5-157)||(41286365-41286517)
chr5 (3-95)||(41328321-41328413)
chr5 (61-151)||(41324481-41324571)
chr5 (1-95)||(41332332-41332426)
chr5 (287-370)||(14235879-14235962)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (230-551)||(17248693-17249014)
chr4 (61-157)||(17249071-17249167)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (495-556)||(23024374-23024435)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (525-562)||(15885829-15885866)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 140; Significance: 5e-73; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 227 - 562
Target Start/End: Original strand, 41337480 - 41337815
Alignment:
Q  227 ccatttgcaggacatgttcgctgctggtagtgcaacatcgtcaggggttgtgataagggcgatgtctgagatgttaaagaatccaaaggtaatggatgaa 326  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||| || | ||||||||||||  ||||| || |||||||||| |||||| ||||||| ||||  |||||||| |||    
T  41337480 ccatttgcaggacttgttcattgctggcagcgaaacatcgtcaggaattgtgctatgggcgatgtcggagatgataaagaacccaatagtaatggaagaa 41337579  T
Q  327 gcacaaagtgaggtaagaagagtgtttgacaaaaaggggtatgtggatgagacagagttgaatcagttactatacttaaaatgtatcatcaaagaaacac 426  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| | |||||   ||||||||| ||| ||||||||||||||     
T  41337580 gcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaaggggtatgtagacgagacagagttgcaacagttgacatacttaaagtgtgtcatcaaagaaacat 41337679  T
Q  427 taaggctacatcctcctggaccattgttactcccaagagaaagtagggagagttgccaaatcaatgagtatgatattccagctaagactagggttattgt 526  Q
    | |||||||||||| ||| ||| |||||  | |||||||||||||| ||||| ||  ||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||  |||    
T  41337680 ttaggctacatcctactgtacctttgttggttccaagagaaagtagagagagatgtgaaatcaatgggtatgagatcccagctaagacaagggttgctgt 41337779  T
Q  527 caatgcttgggcgattggaagagattcaaagtattg 562  Q
    ||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  41337780 caatgtttgggcaattggaagagatccaaagtattg 41337815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 220 - 562
Target Start/End: Original strand, 41328733 - 41329075
Alignment:
Q  220 tgttattccatttgcaggacatgttcgctgctggtagtgcaacatcgtcaggggttgtgataagggcgatgtctgagatgttaaagaatccaaaggtaat 319  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||  | ||||||||||  |||| || || ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  41328733 tgttaatccatttgtaggacatgttccttgctggtaccgaaacatcgtcacaggttctgttatgggcgatgtctgagatggtgaagaacccaaaggtaat 41328832  T
Q  320 ggatgaagcacaaagtgaggtaagaagagtgtttgacaaaaaggggtatgtggatgagacagagttgaatcagttactatacttaaaatgtatcatcaaa 419  Q
    ||| |||||||||  ||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | || ||  |||||||||| |   ||||||||    
T  41328833 ggaagaagcacaagatgaagtaagtagagtgtttgataaaaaggagtatgtggatgagacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaa 41328932  T
Q  420 gaaacactaaggctacatcctcctggaccattgttactcccaagagaaagtagggagagttgccaaatcaatgagtatgatattccagctaagactaggg 519  Q
    |||||| | ||| | |||||   || |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||    
T  41328933 gaaacattgaggttgcatcccgttgcaccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaagacaaggg 41329032  T
Q  520 ttattgtcaatgcttgggcgattggaagagattcaaagtattg 562  Q
    | || || ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  41329033 taatggttaatgcttgggctattggaagagattcaaggtattg 41329075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 220 - 562
Target Start/End: Original strand, 41316692 - 41317034
Alignment:
Q  220 tgttattccatttgcaggacatgttcgctgctggtagtgcaacatcgtcaggggttgtgataagggcgatgtctgagatgttaaagaatccaaaggtaat 319  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||| || ||||||  |||||||||||| |||| |||| ||  |||| |||||    
T  41316692 tgttaatccatttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtgatttgggcgatgtctgcgatggtaaaaaactcaaatgtaat 41316791  T
Q  320 ggatgaagcacaaagtgaggtaagaagagtgtttgacaaaaaggggtatgtggatgagacagagttgaatcagttactatacttaaaatgtatcatcaaa 419  Q
    |||  ||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||  |||||||||| | | ||||||||    
T  41316792 ggaacaagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagacagagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtcatcaaa 41316891  T
Q  420 gaaacactaaggctacatcctcctggaccattgttactcccaagagaaagtagggagagttgccaaatcaatgagtatgatattccagctaagactaggg 519  Q
    |||||| | ||| |  |||||  ||  ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||| ||||| ||||    
T  41316892 gaaacattgaggttgtatcctgttgctccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagccaagacaaggg 41316991  T
Q  520 ttattgtcaatgcttgggcgattggaagagattcaaagtattg 562  Q
    ||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||    
T  41316992 ttgctgtcaatgcttgggctattggaagagatccaaggtattg 41317034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 220 - 562
Target Start/End: Original strand, 41324756 - 41325098
Alignment:
Q  220 tgttattccatttgcaggacatgttcgctgctggtagtgcaacatcgtcaggggttgtgataagggcgatgtctgagatgttaaagaatccaaaggtaat 319  Q
    ||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||  | ||||||||||  |  |||| || ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  41324756 tgttaatccatttgtaggacatattcgatgctggtaccgaaacatcgtcaacgactgtgttatgggcgatatctgagatggtaaagaatccaaaggtgat 41324855  T
Q  320 ggatgaagcacaaagtgaggtaagaagagtgtttgacaaaaaggggtatgtggatgagacagagttgaatcagttactatacttaaaatgtatcatcaaa 419  Q
    ||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||| | || ||  |||||||||||| | | |||||     
T  41324856 ggaagaagcacaagctgaggtaagaagagtttttgataggaaggggtttgtggatgagacagagttgcaccaattgatatacttaaaatctgtgatcaag 41324955  T
Q  420 gaaacactaaggctacatcctcctggaccattgttactcccaagagaaagtagggagagttgccaaatcaatgagtatgatattccagctaagactaggg 519  Q
    |||||| | |||||||||||  | | ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||    
T  41324956 gaaacaatgaggctacatccaaccgtaccgttgttacttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaagacaaggg 41325055  T
Q  520 ttattgtcaatgcttgggcgattggaagagattcaaagtattg 562  Q
    | || || ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||    
T  41325056 tcatggttaatgcttgggctattggaagagatccaaggtattg 41325098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 220 - 562
Target Start/End: Original strand, 41332666 - 41333008
Alignment:
Q  220 tgttattccatttgcaggacatgttcgctgctggtagtgcaacatcgtcaggggttgtgataagggcgatgtctgagatgttaaagaatccaaaggtaat 319  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||  ||||||||  | ||||||||||| |||  || || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |    
T  41332666 tgttaatccatttgtaggatatgttcattgctggtaccgaaacatcgtcagaggtattgttatgggcgatgtctgagatggtaaagaacccaaaggtatt 41332765  T
Q  320 ggatgaagcacaaagtgaggtaagaagagtgtttgacaaaaaggggtatgtggatgagacagagttgaatcagttactatacttaaaatgtatcatcaaa 419  Q
    ||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| | || ||  |||||||||| | | || |||||    
T  41332766 ggaagaagcacagattgaagtaagaagagtgtttgataaaaaggggtatgtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttaaagtctgtcgtcaaa 41332865  T
Q  420 gaaacactaaggctacatcctcctggaccattgttactcccaagagaaagtagggagagttgccaaatcaatgagtatgatattccagctaagactaggg 519  Q
    |||||| | ||| |||||||   || |||||||||| | ||||||||||||| | ||   |||||||| |||| |||||| || ||||||||||| ||||    
T  41332866 gaaacattgaggttacatcccgttgcaccattgttaattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatgggtatgaaatcccagctaagacaaggg 41332965  T
Q  520 ttattgtcaatgcttgggcgattggaagagattcaaagtattg 562  Q
    | || || ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  41332966 taatggttaatgcttgggctattggaagagattcaaggtattg 41333008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 220 - 551
Target Start/End: Original strand, 41286859 - 41287189
Alignment:
Q  220 tgttattccatttgcaggacatgttcgctgctggtagtgcaacatcgtcaggggttgtgataagggcgatgtctgagatgttaaagaatccaaaggtaat 319  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||| | | |||||||||||||| |||| || | | ||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  41286859 tgttaatccatttacaggacttgttcactgctggtggcgaaacatcgtcaggggctgtgttatgagggatgtctgagatggtaaagaatccaaaggtgat 41286958  T
Q  320 ggatgaagcacaaagtgaggtaagaagagtgtttgacaaaaaggggtatgtggatgagacagagttgaatcagttactatacttaaaatgtatcatcaaa 419  Q
    |||  ||||||||  ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| | || ||  ||||||| || | | | ||||||    
T  41286959 gga-aaagcacaagctgaggtaagaagagtgtttgatagaaaggggtatgtggttgagacagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaaa 41287057  T
Q  420 gaaacactaaggctacatcctcctggaccattgttactcccaagagaaagtagggagagttgccaaatcaatgagtatgatattccagctaagactaggg 519  Q
    |||||| | ||| | |||||| ||  |||||||||  | ||||||||||||| | ||   |||||||| ||||  |||||||| || || ||||||||||    
T  41287058 gaaacaatgaggttgcatcctgctataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactaggg 41287157  T
Q  520 ttattgtcaatgcttgggcgattggaagagat 551  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41287158 ttcttgtcaatgcttgggcaattggaagagat 41287189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 451 - 562
Target Start/End: Original strand, 41305235 - 41305346
Alignment:
Q  451 tgttactcccaagagaaagtagggagagttgccaaatcaatgagtatgatattccagctaagactagggttattgtcaatgcttgggcgattggaagaga 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41305235 tgttactcccaagagaaagtagggagagttgccaaatcaatgagtatgatattccagctaagactagggttattgtcaatgcttgggcgattggaagaga 41305334  T
Q  551 ttcaaagtattg 562  Q
    | ||||||||||    
T  41305335 tccaaagtattg 41305346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 226 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 31188201 - 31187876
Alignment:
Q  226 tccatttgcaggacatgttcgctgctggtagtgcaacatcgtcaggggttgtgataagggcgatgtctgagatgttaaagaatccaaaggtaatggatga 325  Q
    |||||||| |||| ||||| | ||||||||  | ||||||||| |||| |||| || ||| ||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||||  |    
T  31188201 tccatttgtaggatatgtttggtgctggtacggaaacatcgtccggggctgtgctatgggggatatctgagatggtaaagaacccaaagataatggagaa 31188102  T
Q  326 agcacaaagtgaggtaagaagagtgtttgacaaaaaggggtatgtggatgagacagagttgaatcagttactatacttaaaatgtatcatcaaagaaaca 425  Q
    |||||||  ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| | || ||  |||||||||| | ||| |||| |||||||    
T  31188101 agcacaagctgaagtaagaaaagtgtttgataaaaaggggtatgtcgatgaaacagagttgcaccaattgatatacttaaagtctataatcagagaaaca 31188002  T
Q  426 ctaaggctacatcctcctggaccattgttactcccaagagaaagtagggagagttgccaaatcaatgagtatgatattccagctaagactagggttattg 525  Q
     | |||||||||||| |||  || |||||  | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| || |||||||| || || |||  |     
T  31188001 ttgaggctacatccttctgtgcctttgttggttccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaaaacaagagttgcta 31187902  T
Q  526 tcaatgcttgggcgattggaagagat 551  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||    
T  31187901 tcaatgtttgggcaattggaagagat 31187876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 226 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 31178138 - 31177813
Alignment:
Q  226 tccatttgcaggacatgttcgctgctggtagtgcaacatcgtcaggggttgtgataagggcgatgtctgagatgttaaagaatccaaaggtaatggatga 325  Q
    |||||||| |||| ||||| | || |||||  | |||||| ||||| |||||| || ||| ||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||    
T  31178138 tccatttgtaggatatgtttgttggtggtaccgaaacatcatcaggagttgtgttatgggggatatctgagatgataaagaacccaaagataatgaagga 31178039  T
Q  326 agcacaaagtgaggtaagaagagtgtttgacaaaaaggggtatgtggatgagacagagttgaatcagttactatacttaaaatgtatcatcaaagaaaca 425  Q
    |||||||  ||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||| | || ||  |||||||||| | ||| ||||||||||||    
T  31178038 agcacaagctgaagtaagaaaagtgtttgataaaaaggggcatgtcgatgaaacagagttgcaccatttgatatacttaaagtctataatcaaagaaaca 31177939  T
Q  426 ctaaggctacatcctcctggaccattgttactcccaagagaaagtagggagagttgccaaatcaatgagtatgatattccagctaagactagggttattg 525  Q
     ||||| | |||||| ||  ||| |||||  | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| || |||||||| || || |||  |     
T  31177938 ttaaggttgcatccttctttacctttgttgattccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaaaacaagagttgcta 31177839  T
Q  526 tcaatgcttgggcgattggaagagat 551  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||    
T  31177838 tcaatgtttgggcaattggaagagat 31177813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 286 - 551
Target Start/End: Original strand, 41366911 - 41367176
Alignment:
Q  286 cgatgtctgagatgttaaagaatccaaaggtaatggatgaagcacaaagtgaggtaagaagagtgtttgacaaaaaggggtatgtggatgagacagagtt 385  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| | |||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  41366911 cgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagacagagtt 41367010  T
Q  386 gaatcagttactatacttaaaatgtatcatcaaagaaacactaaggctacatcctcctggaccattgttactcccaagagaaagtagggagagttgccaa 485  Q
    | | || ||  ||||||||||||   |||||||||||||| | ||| | |||||| ||  |||||| ||  | ||||||||||||| | ||   ||||||    
T  41367011 gcaccaattgatatacttaaaatccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaa 41367110  T
Q  486 atcaatgagtatgatattccagctaagactagggttattgtcaatgcttgggcgattggaagagat 551  Q
    || |||   |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  41367111 ataaatagatatgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagat 41367176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 226 - 551
Target Start/End: Original strand, 31225577 - 31225902
Alignment:
Q  226 tccatttgcaggacatgttcgctgctggtagtgcaacatcgtcaggggttgtgataagggcgatgtctgagatgttaaagaatccaaaggtaatggatga 325  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||||||||| | ||| || |||||||||||| || ||| ||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||    
T  31225577 tccatttgtaggatatgtttgctgctggtagcgaaacgtcatcaggggttgtgttatgggggatatctgagatggtaaagaacccaaagataatggagga 31225676  T
Q  326 agcacaaagtgaggtaagaagagtgtttgacaaaaaggggtatgtggatgagacagagttgaatcagttactatacttaaaatgtatcatcaaagaaaca 425  Q
    |||||||  ||| |||||||   ||||||| ||||||||  |||| ||||| ||||||||| | || ||| |||||||||| | ||| || | |||||||    
T  31225677 agcacaagctgaagtaagaaacatgtttgataaaaagggacatgtcgatgaaacagagttgcaccaattaatatacttaaagtctataattagagaaaca 31225776  T
Q  426 ctaaggctacatcctcctggaccattgttactcccaagagaaagtagggagagttgccaaatcaatgagtatgatattccagctaagactagggttattg 525  Q
     | ||  |||||||  ||| ||| |||||  | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| || |||||||| || || |||  |     
T  31225777 ttgagattacatccatctgcacctttgttggttccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaaaacaagagttgcta 31225876  T
Q  526 tcaatgcttgggcgattggaagagat 551  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||    
T  31225877 tcaatgtttgggcaattggaagagat 31225902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 294 - 562
Target Start/End: Original strand, 41310967 - 41311239
Alignment:
Q  294 gagatgttaaagaatccaaaggtaatggatgaagcacaaagtgaggtaagaagagtgtttgacaaaaagggg----tatgtggatgagacagagttgaat 389  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||||||    |||||||||||||  |||||| |     
T  41310967 gagatggtaaagaacccaaaggtaatggaagaagcacaagttgaagtaagaagagtgtttgataaaaaggggtatatatgtggatgagatggagttgcac 41311066  T
Q  390 cagttactatacttaaaatgtatcatcaaagaaacactaaggctacatcctcctggaccattgttactcccaagagaaagtagggagagttgccaaatca 489  Q
    | |||  |||||||||| | | |||||||||||||||| ||| | |||||   || |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  41311067 ctgttgatatacttaaagtttgtcatcaaagaaacactgaggttgcatccagttgcaccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatta 41311166  T
Q  490 atgagtatgatattccagctaagactagggttattgtcaatgcttgggcgattggaagagattcaaagtattg 562  Q
    ||  | |||| || |||  |||||| || ||  || | | ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||    
T  41311167 ataggcatgagatcccaattaagacaagagtcgttattattgcttgggctattggaagagatccaaggtattg 41311239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 247 - 427
Target Start/End: Original strand, 41431934 - 41432114
Alignment:
Q  247 ctgctggtagtgcaacatcgtcaggggttgtgataagggcgatgtctgagatgttaaagaatccaaaggtaatggatgaagcacaaagtgaggtaagaag 346  Q
    ||||||||| || ||| ||||||| ||||||  || |||||||||||||||||   ||||| || || || ||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  41431934 ctgctggtactgaaacttcgtcagtggttgtcttatgggcgatgtctgagatggcgaagaacccgaatgtgatggaagaagcacaagctgaggtaagaag 41432033  T
Q  347 agtgtttgacaaaaaggggtatgtggatgagacagagttgaatcagttactatacttaaaatgtatcatcaaagaaacact 427  Q
    ||||||||| |  || ||||||||||||||||| |||||| |  | ||  ||||||| || | ||||||||||||||||||    
T  41432034 agtgtttgatatgaaagggtatgtggatgagactgagttgcactaattgatatacttgaagtctatcatcaaagaaacact 41432114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Original strand, 41316352 - 41316502
Alignment:
Q  1 tgcaagacatcatcgatgatcataaacgtagtaacaaggaaacgagcaaggataatgacttagtagatgttcttctcaagattcaaaaggaaaatgaaca 100  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| | | | ||||||||   ||||| ||| | ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||    
T  41316352 tgcaagacatcatcgacgatcacaaaagcattcacaaggaagaaagcaatgatgaagatctagtagatgttcttctcaagattcaacaggaaaattatca 41316451  T
Q  101 cccacaataccccttgactaatgacagtataaaatctgtcatccaggttag 151  Q
    | ||||| | || || ||| |||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  41316452 ctcacaacatcctttaactgatgacaatataaaatcaatcatccaggttag 41316502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Original strand, 41366512 - 41366659
Alignment:
Q  1 tgcaagacatcatcgatgatcataaacgtagtaacaaggaaacgagcaaggataatgacttagtagatgttcttctcaagattcaaaaggaaaatgaaca 100  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||| || | || ||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||   | ||||   ||    
T  41366512 tgcaagagatcatcgatgatcacaaaagtagtcacaagaaagctaggaagaatgatgatctagtagatgttcttctcaagattcaacgtgtaaat---ca 41366608  T
Q  101 cccacaataccccttgactaatgacagtataaaatctgtcatccaggttag 151  Q
    | ||||| | ||||||||  | |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  41366609 ctcacaacatcccttgaccgacgacaatataaaatcggtcatccaggttag 41366659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 151
Target Start/End: Original strand, 41337300 - 41337411
Alignment:
Q  40 aaacgagcaaggataatgacttagtagatgttcttctcaagattcaaaaggaaaatgaacacccacaataccccttgactaatgacagtataaaatctgt 139  Q
    |||| ||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||  ||| ||||| | ||||||||| |||| | ||||||||| ||    
T  41337300 aaacaagcaaggatgaagacctagttgatgttcttctcaaggttcaacatgaaaatgttcactcacaacaacccttgactgatgaaaatataaaatcagt 41337399  T
Q  140 catccaggttag 151  Q
    ||| ||||||||    
T  41337400 cattcaggttag 41337411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 157
Target Start/End: Original strand, 41286365 - 41286517
Alignment:
Q  5 agacatcatcgatgatcataaacgtagtaacaaggaaacgagcaaggataatgacttagtagatgttcttctcaagattcaaaaggaaaatgaacaccca 104  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||| ||| ||||   ||||| ||| | ||  || | ||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||    
T  41286365 agacatcattgatgatcataaaagaagtcacatggaagaaagcaaagatgaagatctaattgatgttcttctcaagattcaacaggaaagtgagcactca 41286464  T
Q  105 caataccccttgactaatgacagtataaaatctgtcatccaggttagactaca 157  Q
     || | ||||||||| |||| | | ||||| | |||||||||||||| |||||    
T  41286465 taacatcccttgactgatgataatttaaaagcagtcatccaggttagtctaca 41286517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 95
Target Start/End: Original strand, 41328321 - 41328413
Alignment:
Q  3 caagacatcatcgatgatcataaacgtagtaacaaggaaacgagcaaggataatgacttagtagatgttcttctcaagattcaaaaggaaaat 95  Q
    |||||||||||||| ||||| | | ||| | |||||||| | ||||| ||| | ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41328321 caagacatcatcgacgatcacagaagtattcacaaggaagcaagcaatgatgaagatctagtagatgttcttctcaagattcaacaggaaaat 41328413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 61 - 151
Target Start/End: Original strand, 41324481 - 41324571
Alignment:
Q  61 tagtagatgttcttctcaagattcaaaaggaaaatgaacacccacaataccccttgactaatgacagtataaaatctgtcatccaggttag 151  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||| | || || ||  |||||| |||||| ||  |||||||||||||    
T  41324481 tagtagatgttcttctcaagattcaacaggaaaattatcactcacaacatcctttaaccgatgacaatataaagtcaatcatccaggttag 41324571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 95
Target Start/End: Original strand, 41332332 - 41332426
Alignment:
Q  1 tgcaagacatcatcgatgatcataaacgtagtaacaaggaaacgagcaaggataatgacttagtagatgttcttctcaagattcaaaaggaaaat 95  Q
    |||||||||||||||| ||||| | | | | | |||||||| | ||||| ||| | ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41332332 tgcaagacatcatcgacgatcacagaagcattcacaaggaagcaagcaacgatgaagatctagtagatgttcttctcaagattcaacaggaaaat 41332426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 287 - 370
Target Start/End: Original strand, 14235879 - 14235962
Alignment:
Q  287 gatgtctgagatgttaaagaatccaaaggtaatggatgaagcacaaagtgaggtaagaagagtgtttgacaaaaaggggtatgt 370  Q
    ||||||||||||  ||||||| || | ||| ||||| |||||||||  |||||||||||| | |||||| | ||||||||||||    
T  14235879 gatgtctgagattgtaaagaaccctagggtgatggaagaagcacaagctgaggtaagaagggagtttgatagaaaggggtatgt 14235962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 106; Significance: 9e-53; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 230 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 17249014 - 17248693
Alignment:
Q  230 tttgcaggacatgttcgctgctggtagtgcaacatcgtcaggggttgtgataagggcgatgtctgagatgttaaagaatccaaaggtaatggatgaagca 329  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||| ||||| || |||  |||||||||||  |||| || |||||||| ||||| | ||||    
T  17249014 tttgcaggacatgtttgctgctggtagcgaaacatcgtctgggattgtgttatggggaatgtctgagataataaaaaacccaaaggtgatggaagcagca 17248915  T
Q  330 caaagtgaggtaagaagagtgtttgacaaaaaggggtatgtggatgagacagagttgaatcagttactatacttaaaatgtatcatcaaagaaacactaa 429  Q
    |||  |||||||||||| || ||||| | |||||||||||| ||||| || |||||| |||| ||| |||||||||| | | |||||||||||||||| |    
T  17248914 caagctgaggtaagaagtgtttttgatagaaaggggtatgtagatgaaacggagttggatcaattaatatacttaaattctgtcatcaaagaaacactga 17248815  T
Q  430 ggctacatcctcctggaccattgttactcccaagagaaagtagggagagttgccaaatcaatgagtatgatattccagctaagactagggttattgtcaa 529  Q
    |||| ||||||  || |||||||||  | || ||| |||||||||| |  || | |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||    
T  17248814 ggctgcatcctattgtaccattgttgattcctagacaaagtagggaaaaatgtcgaatcaacgggtatgatattccagctaagacaagggttgctgttaa 17248715  T
Q  530 tgcttgggcgattggaagagat 551  Q
    || |||||| ||||||||||||    
T  17248714 tgtttgggcaattggaagagat 17248693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 61 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 17249167 - 17249071
Alignment:
Q  61 tagtagatgttcttctcaagattcaaaaggaaaatgaacacccacaataccccttgactaatgacagtataaaatctgtcatccaggttagactaca 157  Q
    |||| |||| |||| ||||||||||| | |||| |||  |||||||| |  | |||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  17249167 tagttgatgctcttatcaagattcaacaagaaagtgattacccacaaaattcattgactgatgacaatataaaatcaatcatccaggttagtctaca 17249071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 495 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 23024435 - 23024374
Alignment:
Q  495 tatgatattccagctaagactagggttattgtcaatgcttgggcgattggaagagattcaaa 556  Q
    ||||| |||||| ||||||||| ||| || |||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  23024435 tatgacattccaactaagactaaggtgatagtcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaa 23024374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 525 - 562
Target Start/End: Original strand, 15885829 - 15885866
Alignment:
Q  525 gtcaatgcttgggcgattggaagagattcaaagtattg 562  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15885829 gtcaatgcatgggcgattggaagagatccaaagtattg 15885866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University