View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9337_low_1 (Length: 1049)

Name: NF9337_low_1
Description: NF9337
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9337_low_1
NF9337_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-1036)||(7036710-7037728)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (22-92)||(24828175-24828245)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1003; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1003; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1036
Target Start/End: Original strand, 7036710 - 7037728
Alignment:
Q  18 attttattctgaaataatctccaagctaagcacgcaacttttaacgggattgatttatgccaagccttcgaccatgattgattaggaacacttatcaatc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7036710 attttattctgaaataatctccaagctaagcacacaacttttaacgggattgatttatgccaagccttcgaccatgattgattaggaacacttatcaatc 7036809  T
Q  118 cctccatcaacattttatacgtttcttttaccgaatacatatttcgtgtgtcctgaacgtgtatatatattgcatatatcgttccaccataccgaattgc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7036810 cctccatcaacattttatacgtttcttttaccgaatacatatttcgtgtgtcttgaacgtgtatatatattgcatatatcgttccaccataccgaattgc 7036909  T
Q  218 ctctccaaccctctctaaacaccccatctctttctcaccatatctatttgatagaacactgtaccaatgccaaaaaccctcatttcttaatttcaacttt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7036910 ctctccaaccctctctaaacaccccatctctttctcaccatatctatttgatagaacactgtaccaatgccaaaaaccctcatttcttaatttcaacttt 7037009  T
Q  318 cattttcctagaagggcattaaatccccaaattatttattcccaatccccctcttctattgggaataaaaagagagaaaatagactaggagagctgacaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037010 cattttcctagaagggcattaaatccccaaattatttattcccaatccccctcttctattgggaataaaaagagagaaaatagactaggagagctgacaa 7037109  T
Q  418 tcctgatttaataataaccatgcaaccaccgatggacaactgattattcttccaatttgacaatattaaacaaaccgcatctataactggttgccaggta 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037110 tcctgatttaataataaccatgcaaccaccgatggacaactgattattcttccaatttgacaatattaaacaaaccgcatctataactggttgccaggta 7037209  T
Q  518 gcctaagatacttaaaaggtgaagatcctatttttcctttataattcgaatattcccccatccctttcctccaatgattaacatataatctgtgtattgt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037210 gcctaagatacttaaaaggtgaagatcctatttttcctttataattcgaatattcccccatccctttcctccaatgattaacatataatctgtgtattgt 7037309  T
Q  618 aggcgagcatagccttcatcatcaaatttgaaacttgtgaacaaactcaactccacagatctcctcatcaacatatgaaatccttcagcaactatgagaa 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037310 aggcgagcatagccttcatcatcaaatttgaaacttgtgaacaaactcaactccacagatctcctcatcaacatatgaaatccttcagcaactatgagaa 7037409  T
Q  718 acaaaaacggcaacaaaggatcaccttgtctcaatcgaagacccatttcaaattccttagtggggcttccattcgccaatatggaaattgacgttgtctt 817  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037410 acaaaaacggcaacaaaggatcaccttgtctcaatcgaagacccgtttcaaattccttaatggggcttccattcgccaatatggaaattgacgttgtctt 7037509  T
Q  818 caagcattttaagatccatttccttcatgtttcatgaaaccccatttcaacatgacaaagtcaggaaatttcaatcaactaagtcatacgccttttcgaa 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037510 caagcattttaagatccatttccttcatgtttcatgaaaccccatttcaacatgacaaagtcaggaaatttcaatcaactaagtcatacgccttttcgaa 7037609  T
Q  918 gtctactttaaacatgagcacttcttttttctacctttttgcctcatccataatttctttagctataaggatcctatccaaaaatattctaccgaatatg 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037610 gtctactttaaacatgagcacttcttttttctacctttttgcctcatccataatttctttagctataaggatcctatccaaaaatattctaccgaatatg 7037709  T
Q  1018 aaagccaactgtgtctctg 1036  Q
    |||||||||||||||||||    
T  7037710 aaagccaactgtgtctctg 7037728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 24828245 - 24828175
Alignment:
Q  22 tattctgaaataatctccaagctaagcacgcaacttttaacgggattgatttatgccaagccttcgaccat 92  Q
    |||| ||||||||||||||  |||| || | ||||||||||||||  |||||||||||||| || ||||||    
T  24828245 tattttgaaataatctccacactaaacatgaaacttttaacgggaccgatttatgccaagcttttgaccat 24828175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University