View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9337_low_7 (Length: 579)

Name: NF9337_low_7
Description: NF9337
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9337_low_7
NF9337_low_7
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-561)||(8522570-8523124)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (135-560)||(25523231-25523656)
chr6 (173-422)||(24140436-24140685)
chr6 (17-65)||(25523113-25523161)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (173-560)||(11117611-11117998)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (129-553)||(42128349-42128773)
chr5 (129-560)||(34240757-34241188)
chr5 (175-560)||(34233030-34233415)
chr5 (129-560)||(42117200-42117631)
chr5 (177-531)||(41713797-41714151)
chr5 (180-560)||(42122948-42123328)
chr5 (219-560)||(41572300-41572641)
chr5 (219-560)||(41617939-41618280)
chr5 (192-377)||(41443996-41444181)
chr5 (12-81)||(42128830-42128899)
chr5 (11-65)||(34240621-34240675)
chr5 (10-67)||(41713636-41713693)
chr5 (13-81)||(42117709-42117777)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (121-553)||(12247914-12248346)
chr2 (121-553)||(11994583-11995016)
chr2 (177-327)||(32682155-32682311)
chr2 (10-93)||(11994451-11994534)
chr2 (10-93)||(12248395-12248478)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 8523124 - 8522570
Alignment:
Q  10 gtggtcctctaccaaaagcctatttcaaaatttttgaagccatgatgaatgttactgagtttgaatacatgaggaatagtatagtgaatgggaatgtctc 109  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||  |||  |     
T  8523124 gtggtcctctaccaaaatcctatttcaaaaagtttgaagccatgatgaatgttactgagttggaatacatgaggaatagaatatggaatggagatgg-tg 8523026  T
Q  110 a----aggaaacaagttgcaccctactatgattctgtgattgtagcgacaaaagggnnnnnnntgaaactggtgaaaattccaaacatctttgtaattat 205  Q
    |    ||||| | |    || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8523025 atggtaggaacccatactcatcttactatgattctgtgattgtggcgacaaaagggaacaaaatgaaactagtgaaaattccaaacaactttgtaattat 8522926  T
Q  206 tgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaacgttattggtgagcttcattcaatcatagggcttaacctttcccataacagacttacaggt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522925 tgatttgtcaagaaacaaatttgaaggcgagattccaaagattattggtgagcttcatgcaatcatagggcttaacctttcccataacagacttacaggt 8522826  T
Q  306 catattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaactggtgcaattcctttggaattaaccaatctta 405  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  8522825 catattcccaaatccataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaaccgatgtgattcctttggaattaaccaatctta 8522726  T
Q  406 acaatcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaatacttttacaaatgattcctatgaaggaaa 505  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  8522725 acagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaa 8522626  T
Q  506 cttggagttatgtggattacccttgttaaaaatgtgtggacctgaacagcattctg 561  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8522625 cttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctg 8522570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 135 - 560
Target Start/End: Original strand, 25523231 - 25523656
Alignment:
Q  135 gattctgtgattgtagcgacaaaagggnnnnnnntgaaactggtgaaaattccaaacatctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggag 234  Q
    |||||||||| ||| || |||||||||       ||||| |||||||||||||||  |  ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25523231 gattctgtgactgtggcaacaaaagggattcaaatgaaattggtgaaaattccaataaagtttgtatctattgatttttcaagaaacaaatttgaaggag 25523330  T
Q  235 agattccaaacgttattggtgagcttcattcaatcatagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgac 334  Q
    |||||||||| | |||||| ||||||||| || ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25523331 agattccaaatgctattggagagcttcatgcactcaaagggcttaacctttcccacaacagacttaccggtcatattcccaaatccataggaaacttgac 25523430  T
Q  335 atacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaactggtgcaattcctttggaattaaccaatcttaacaatcttgaagtcttggatctttccaat 434  Q
    ||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||| ||||  ||||||  ||||||||||||| | |||  |||||||||| || |||||||||||    
T  25523431 atacttggaatctctggatctttccctgaatatgttaaccggtgtgattcctgcggaattaaccaatttaaactttcttgaagtcatgaatctttccaat 25523530  T
Q  435 aatcgtcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaatacttttacaaatgattcctatgaaggaaacttggagttatgtggattacccttgttaa 534  Q
    || | | | |||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||    
T  25523531 aaccatttggtgggagaaatacctagaggaaagcaattcaacacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtcaa 25523630  T
Q  535 aaatgtgtggacctgaacagcattct 560  Q
    | |  ||||||| |||||| ||||||    
T  25523631 agagatgtggacttgaacaacattct 25523656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 173 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 24140685 - 24140436
Alignment:
Q  173 actggtgaaaattccaaacatctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaacgttattggtgagcttcattcaatcata 272  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || ||||||||| || ||| |    
T  24140685 actggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatatgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgctatcggagagcttcatgcactcaaa 24140586  T
Q  273 gggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaa 372  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  24140585 gggattaacctttcccataacagacttactggtcatattccccaatccatcggaaagttgacatacttggaatctttgaatctttcatcaaatatgttaa 24140486  T
Q  373 ctggtgcaattcctttggaattaaccaatcttaacaatcttgaagtcttg 422  Q
    | || |  ||||||| ||||||||||||| | |||| |||||||||||||    
T  24140485 ccggcgtgattccttcggaattaaccaatatgaacagtcttgaagtcttg 24140436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 17 - 65
Target Start/End: Original strand, 25523113 - 25523161
Alignment:
Q  17 tctaccaaaagcctatttcaaaatttttgaagccatgatgaatgttact 65  Q
    |||||||||||||||||| | || || ||||||||||| ||||||||||    
T  25523113 tctaccaaaagcctatttaagaaattatgaagccatgaagaatgttact 25523161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 173 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 11117998 - 11117611
Alignment:
Q  173 actggtgaaaattccaaacatctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaacgttattggtgagcttcattcaatcata 272  Q
    |||||||||||||||||  |  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| ||||||||| || ||| |    
T  11117998 actggtgaaaattccaataaagttagtaagtattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattacaaatgctattggagagcttcatgcactcaaa 11117899  T
Q  273 gggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaa 372  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11117898 gggcttaatctttcccgtaacagacttactggtcatattcccaactccataggaaacttggcatacttggaatctttggatctttcatcaaatatgttaa 11117799  T
Q  373 ctggtgcaattcctttggaattaaccaatcttaacaatcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaatt 472  Q
    |  |||  ||||||   |||||||||||| |   |  |||||||||||| ||| |||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11117798 ccagtgtgattcctgcagaattaaccaatttgggctttcttgaagtcttagatatttcaaataaccatctagtgggagaaatacctcaaggaaagcaatt 11117699  T
Q  473 caatacttttacaaatgattcctatgaaggaaacttggagttatgtggattacccttgttaaaaatgtgtggacctgaacagcattct 560  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||||| ||| |  |||||||||||||| ||||||    
T  11117698 caatacatttacaaatgattcctatgaaggaaattcagggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggacctgaacaacattct 11117611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 168; Significance: 9e-90; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 129 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 42128773 - 42128349
Alignment:
Q  129 tactatgattctgtgattgtagcgacaaaagggnnnnnnntgaaactggtgaaaattccaaacatctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttg 228  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||        || | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42128773 tactatgattctatgattgtggcgacaaaagggaacaaaaggacattggtgaaaattccaaatatctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttg 42128674  T
Q  229 aaggagagattccaaacgttattggtgagcttcattcaatcatagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaa 328  Q
    ||||||| |||||||| | | |||||||||||||| || | ||||| || |||||||||||||||| ||| |  || | |||||| |||||||| |||||    
T  42128673 aaggagatattccaaatgattttggtgagcttcatgcactaataggactcaacctttcccataacaaactcattggccctattccaaaatccatgggaaa 42128574  T
Q  329 cttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaactggtgcaattcctttggaattaaccaatcttaacaatcttgaagtcttggatctt 428  Q
    ||||||| |||||||||  |||||||| || |||||| || | |||| ||  ||||||   ||||||| |||| |      |||||||||||| ||||||    
T  42128573 cttgacaaacttggaatggttggatctctcatcaaatgtgctcactgatgtgattcctgcagaattaagcaatttgggttttcttgaagtcttagatctt 42128474  T
Q  429 tccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaatacttttacaaatgattcctatgaaggaaacttggagttatgtggattaccct 528  Q
    || ||||| | ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  42128473 tcaaataaccatctagtgggagaaatacctcaaggaccgcaattcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttccct 42128374  T
Q  529 tgttaaaaatgtgtggacctgaaca 553  Q
    ||| ||| |  ||||||||||||||    
T  42128373 tgtcaaagaattgtggacctgaaca 42128349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 129 - 560
Target Start/End: Original strand, 34240757 - 34241188
Alignment:
Q  129 tactatgattctgtgattgtagcgacaaaagggnnnnnnntgaaactggtgaaaattccaaacatctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttg 228  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||||        ||| ||||  |||||||||||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||     
T  34240757 tactatgattctgtgactgtgacgacaaaaggcatcaaaatgacactgacgaaaattccaacaatgtttgtaagtattgatttctcaagaaacaagttta 34240856  T
Q  229 aaggagagattccaaacgttattggtgagcttcattcaatcatagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaa 328  Q
    | ||||  |||||||| | ||| || || |||||  || ||| ||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||  ||||||||  |||    
T  34240857 atggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactcactggtcctattcctcaatccatacaaaa 34240956  T
Q  329 cttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaactggtgcaattcctttggaattaaccaatcttaacaatcttgaagtcttggatctt 428  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||| | ||||||   ||||||   |||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||    
T  34240957 cttgacaaacttggaatcgttggatctctcgtcaaatatgctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctt 34241056  T
Q  429 tccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaatacttttacaaatgattcctatgaaggaaacttggagttatgtggattaccct 528  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  34241057 tccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattaccct 34241156  T
Q  529 tgttaaaaatgtgtggacctgaacagcattct 560  Q
    ||| ||| |  |||||||| ||||| ||||||    
T  34241157 tgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattct 34241188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 175 - 560
Target Start/End: Original strand, 34233030 - 34233415
Alignment:
Q  175 tggtgaaaattccaaacatctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaacgttattggtgagcttcattcaatcatagg 274  Q
    |||| ||||||||||  | |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  |||||||| | ||| || || |||||  || ||| |||    
T  34233030 tggtaaaaattccaataaactttgtaagtattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagg 34233129  T
Q  275 gcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaact 374  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||  ||||||||  |||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||| | |||    
T  34233130 gcttaacctttcacataacagactcactggtcctattcctcaatccatacaaaacttgacaaacttggaatcgttggatctctcgtcaaatatgctcact 34233229  T
Q  375 ggtgcaattcctttggaattaaccaatcttaacaatcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattca 474  Q
    |||   ||||||   |||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233230 ggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattca 34233329  T
Q  475 atacttttacaaatgattcctatgaaggaaacttggagttatgtggattacccttgttaaaaatgtgtggacctgaacagcattct 560  Q
    |||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |  |||||||| ||||| ||||||    
T  34233330 atacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattct 34233415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 129 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 42117631 - 42117200
Alignment:
Q  129 tactatgattctgtgattgtagcgacaaaagggnnnnnnntgaaactggtgaaaattccaaacatctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttg 228  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||       ||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42117631 tactatgattctgtgattgtgtcgacaaaagggagcaaaatgacattggtgaaaattccaaacatttttgtaattattgatttgtcaaaaaacaaatttg 42117532  T
Q  229 aaggagagattccaaacgttattggtgagcttcattcaatcatagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaa 328  Q
    | |||||||||||||| | |||||| || || ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||    
T  42117531 agggagagattccaaatgctattggagacctccatgcactcaaagggcttaacctttcccataacagactcaccggtcatattcccaaatccatgggaaa 42117432  T
Q  329 cttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaactggtgcaattcctttggaattaaccaatcttaacaatcttgaagtcttggatctt 428  Q
    |||| || |||||||||| |||||||| || ||||||||| | || |||   || |||   |||||||||||| |  ||  |||| |||||||| |||||    
T  42117431 cttgtcaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatatgcttaccggtatgatccctgcagaattaaccaatttagactttcttcaagtcttgaatctt 42117332  T
Q  429 tccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaatacttttacaaatgattcctatgaaggaaacttggagttatgtggattaccct 528  Q
    |||||||| | ||| |||||| ||||||||||||    ||| ||| |||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||| || |    
T  42117331 tccaataaccatctagtgggaaaaatacctcaagagccgcacttcgatacatttccaaatgattcctacaaaggaaacttgggtttatgtggatttccgt 42117232  T
Q  529 tgttaaaaatgtgtggacctgaacagcattct 560  Q
    ||| ||| || |||||||||||||| ||||||    
T  42117231 tgtcaaagatttgtggacctgaacatcattct 42117200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 177 - 531
Target Start/End: Original strand, 41713797 - 41714151
Alignment:
Q  177 gtgaaaattccaaacatctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaacgttattggtgagcttcattcaatcatagggc 276  Q
    |||||||||||||| ||||||| || ||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||| | |||||||| |||||||||    ||| |||||    
T  41713797 gtgaaaattccaaaaatctttgcaagtattgatttttcaagaaataaatttgatggggagattccagatgttattggagagcttcatgatctcaaagggc 41713896  T
Q  277 ttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaactgg 376  Q
    ||||||||||  |||||| ||| || ||||| |||||  ||||||| |||||||||| | |||||||||| |||||||| || ||||||||| | |||||    
T  41713897 ttaacctttcatataacaaactcactggtcacattccccaatccatgggaaacttgataaacttggaatcattggatctctcgtcaaatatgctcactgg 41713996  T
Q  377 tgcaattcctttggaattaaccaatcttaacaatcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaat 476  Q
    |   |||||| |  | ||||||||| |  ||  ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41713997 tcggattcctgtaaagttaaccaatttggactttcttgaagtcttggatctttctaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcagttcaat 41714096  T
Q  477 acttttacaaatgattcctatgaaggaaacttggagttatgtggattacccttgt 531  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  41714097 acatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgt 41714151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 180 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 42123328 - 42122948
Alignment:
Q  180 aaaattccaaacatctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaacgttattggtgagcttcattcaatcatagggctta 279  Q
    ||||||||||| |  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  |||| ||| || ||||||||||||    
T  42123328 aaaattccaaaaaagtttgtaagtattgatatgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgctattggaaagctacatgcactcatagggctta 42123229  T
Q  280 acctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaactggtgc 379  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||| ||||||  |||| || ||| ||||| || |||||||||  |||||||| || ||||||||| | |||| ||     
T  42123228 acctttcccataacagactcaatggtcctattccccaatcaattggatacttgtcaaacttggaatggttggatctctcatcaaatatgctcactgatgt 42123129  T
Q  380 aattcctttggaattaaccaatcttaacaatcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaatact 479  Q
     ||||||   ||| |||||||| |   |  |||||||||||| ||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  42123128 gattcctgcagaactaaccaatttgggctttcttgaagtcttagatatttcaaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcagttcaataca 42123029  T
Q  480 tttacaaatgattcctatgaaggaaacttggagttatgtggattacccttgttaaaaatgtgtggacctgaacagcattct 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||||||    
T  42123028 tttacaaatgattcctatgaaggaaattcagggttatgtggattacccttgtcaaaaaaatgtggacctgaacaacattct 42122948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 219 - 560
Target Start/End: Original strand, 41572300 - 41572641
Alignment:
Q  219 aacaaatttgaaggagagattccaaacgttattggtgagcttcattcaatcatagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaat 318  Q
    ||||| ||||||||||||||||  || |||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||  |||    
T  41572300 aacaattttgaaggagagattctgaatgttattggggagcttcactcactcaaagggcttaacctttcccataacagactcaccggtcctattcctcaat 41572399  T
Q  319 ccataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaactggtgcaattcctttggaattaaccaatcttaacaatcttgaagt 418  Q
    || ||||||||||| || || ||||||| ||||||||||| ||||||||  | ||||||| ||||||||  ||||||| |||||| |||  | ||| |||    
T  41572400 ccgtaggaaacttgtcaaacatggaatcattggatctttcgtcaaatatactcactggtgtaattccttcagaattaatcaatctgaacggtattggagt 41572499  T
Q  419 cttggatctttccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaatacttttacaaatgattcctatgaaggaaacttggagttatgt 518  Q
     ||| |||||||  |||| | ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| | ||||| || ||||||||||||||||  |||||     
T  41572500 attgaatctttctcataaccatctagtgggagaaatacctcaaggaaaacagttcaatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgc 41572599  T
Q  519 ggattacccttgttaaaaatgtgtggacctgaacagcattct 560  Q
    ||||| ||||||| ||| |  |||| ||||||||| ||||||    
T  41572600 ggatttcccttgtcaaagaaatgtgaacctgaacaacattct 41572641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 219 - 560
Target Start/End: Original strand, 41617939 - 41618280
Alignment:
Q  219 aacaaatttgaaggagagattccaaacgttattggtgagcttcattcaatcatagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaat 318  Q
    ||||| ||||||||||||||||  || |||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||  |||    
T  41617939 aacaattttgaaggagagattctgaatgttattggggagcttcactcactcaaagggcttaacctttcccataacagactcaccggtcctattcctcaat 41618038  T
Q  319 ccataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaactggtgcaattcctttggaattaaccaatcttaacaatcttgaagt 418  Q
    || ||||||||||| || || ||||||| ||||||||||| ||||||||  | ||||||| ||||||||  ||||||| |||||| |||  | ||| |||    
T  41618039 ccgtaggaaacttgtcaaacatggaatcattggatctttcgtcaaatatactcactggtgtaattccttcagaattaatcaatctgaacggtattggagt 41618138  T
Q  419 cttggatctttccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaatacttttacaaatgattcctatgaaggaaacttggagttatgt 518  Q
     ||| |||||||  |||| | ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| | ||||| || ||||||||||||||||  |||||     
T  41618139 attgaatctttctcataaccatctagtgggagaaatacctcaaggaaaacagttcaatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgc 41618238  T
Q  519 ggattacccttgttaaaaatgtgtggacctgaacagcattct 560  Q
    ||||| ||||||| ||| |  |||| ||||||||| ||||||    
T  41618239 ggatttcccttgtcaaagaaatgtgaacctgaacaacattct 41618280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 192 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 41444181 - 41443996
Alignment:
Q  192 atctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaacgttattggtgagcttcattcaatcatagggcttaacctttcccata 291  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| |    
T  41444181 atctttgtaagtattgatttttcaggaaacaaatttgaaggagacattccaaatgttattggtgagcttcatgcaatcataggactcaacctttcccaca 41444082  T
Q  292 acagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaactggt 377  Q
    | | |||||| |||   |||||  ||||| | ||||| |||| | || | |||||  ||||||| |||||||||||| | ||||||    
T  41444081 ataaacttactggtgcgattcctcaatcctttggaaatttgataaacatcgaatcaatggatctctcctcaaatatgctcactggt 41443996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 42128899 - 42128830
Alignment:
Q  12 ggtcctctaccaaaagcctatttcaaaatttttgaagccatgatgaatgttactgagtttgaatacatga 81  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||| | || ||||||||||    
T  42128899 ggtccgctaccaaaagcctattttaaaaagtttgaagccatgaagaatgttactcaattggaatacatga 42128830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 11 - 65
Target Start/End: Original strand, 34240621 - 34240675
Alignment:
Q  11 tggtcctctaccaaaagcctatttcaaaatttttgaagccatgatgaatgttact 65  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||| ||||||    
T  34240621 tggtccgctaccaaaagcctatttaaaatattttgaagccatgaagaaagttact 34240675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 67
Target Start/End: Original strand, 41713636 - 41713693
Alignment:
Q  10 gtggtcctctaccaaaagcctatttcaaaatttttgaagccatgatgaatgttactga 67  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| || | || |||||| ||||||||||||    
T  41713636 gtggtccgctaccaaaagcctatttaaaaaattatcaaaccatgaagaatgttactga 41713693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 13 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 42117777 - 42117709
Alignment:
Q  13 gtcctctaccaaaagcctatttcaaaatttttgaagccatgatgaatgttactgagtttgaatacatga 81  Q
    |||| ||||||||||| | ||| ||||  ||||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||    
T  42117777 gtccgctaccaaaagcatttttaaaaaaatttgaagccatgaagaaagttactgaattggaatacatga 42117709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 160; Significance: 5e-85; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 121 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 12248346 - 12247914
Alignment:
Q  121 ttgcaccctactatgattctgtgattgtagcgacaaaagggnnnnnnntgaaactggtgaaaattccaaacatctttgtaattattgatttgtcaagaaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||       ||| |  ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12248346 ttgcaccctactatgattctgtgattgtggcatcaaaagggaacaaaatgacatgggttaaaattccaaacatcttagtaattattgatttgtcaagaaa 12248247  T
Q  221 caaatttgaaggagagattccaaacgttattggtgagcttcattcaatcatagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatcc 320  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || | ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||||| ||||||    
T  12248246 caaatttgaaggagagattccaaatgttattgatgagcttcaagcacttatagggcttaacctttcccataacagactcattggtcctattcccaaatcc 12248147  T
Q  321 ataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaactggtgcaattcctttggaattaaccaatcttaacaatcttgaagtct 420  Q
    || |||||||||||| |||||||||   ||||||| || ||||||||| | |||| ||  |||||     ||||||||||| |   |  ||||| ||| |    
T  12248146 atgggaaacttgacaaacttggaatggctggatctctcatcaaatatgctcactgatgtgattccagcaaaattaaccaatttgggctttcttgcagttt 12248047  T
Q  421 tggatctttccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaatacttttacaaatgattcctatgaaggaaacttggagttatgtgg 520  Q
    | ||  |||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||| || ||| | || ||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  12248046 tagacttttccaataaccatctagtgggagaaatacctcgaggaaaacagttcgagacattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtgg 12247947  T
Q  521 attacccttgttaaaaatgtgtggacctgaaca 553  Q
    ||| ||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  12247946 atttcccttgtcaaagaagtgtggacctgaaca 12247914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 121 - 553
Target Start/End: Original strand, 11994583 - 11995016
Alignment:
Q  121 ttgcaccctactatgattctgtgattgtagcgacaaaagggnnnnnnntgaaactggtgaaaattccaaacatctttgtaattattgatttgtcaagaaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||       ||| |  ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11994583 ttgcaccctactatgattctgtgattgtggcgtcaaaagggaacaaaatgacatgggttaaaattccaaacatcttagtaattattgatttgtcaagaaa 11994682  T
Q  221 caaatttgaaggagagattccaaacgttattggtgagcttcattcaatcatagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatcc 320  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || | ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||||| ||||||    
T  11994683 caaatttgaaggagagattccaaatgttattgatgagcttcaagcacttatagggcttaacctttcccataacagactcattggtcctattcccaaatcc 11994782  T
Q  321 ataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaactggtgcaattcctttggaattaaccaatcttaacaatcttgaagtct 420  Q
    || |||||||||||| |||||||||   ||||||| || ||||||||| | |||| ||  |||||     ||||||||||| |   |  ||||| ||| |    
T  11994783 atgggaaacttgacaaacttggaatggctggatctctcatcaaatatgctcactgatgtgattccagcaaaattaaccaatttgggctttcttgcagttt 11994882  T
Q  421 tggatctttccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaatt-caatacttttacaaatgattcctatgaaggaaacttggagttatgtg 519  Q
    | ||  |||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||| || || | | || ||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  11994883 tagacttttccaataaccatctagtgggagaaatacctcgaggaaaacagttccgagacattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtg 11994982  T
Q  520 gattacccttgttaaaaatgtgtggacctgaaca 553  Q
     ||| ||||||| ||| | ||| |||||||||||    
T  11994983 aatttcccttgtcaaagaagtgcggacctgaaca 11995016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 177 - 327
Target Start/End: Original strand, 32682155 - 32682311
Alignment:
Q  177 gtgaaaattccaaacatctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaacgttattggtgagcttcattc------aatca 270  Q
    |||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |      |||||    
T  32682155 gtgaaaattccaagaaactttgtaagtattgatttgtcaagaaacagatttgaaggagagattccaaatgctattggggagcttcatgcactcagaatca 32682254  T
Q  271 tagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaa 327  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||  ||||||| ||||    
T  32682255 gagggcttaacctttcccataacagactcaccgatcatattccccaatccatgggaa 32682311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 10 - 93
Target Start/End: Original strand, 11994451 - 11994534
Alignment:
Q  10 gtggtcctctaccaaaagcctatttcaaaatttttgaagccatgatgaatgttactgagtttgaatacatgaggaatagtatag 93  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  |||  ||||||||||||| ||||||| |||| || | |||||||||||||| |||||    
T  11994451 gtggtccgctaccaaatgcctattttgaaaagtttgaagccatgaagaatgttgctgaattggtatacatgaggaataatatag 11994534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 12248478 - 12248395
Alignment:
Q  10 gtggtcctctaccaaaagcctatttcaaaatttttgaagccatgatgaatgttactgagtttgaatacatgaggaatagtatag 93  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  |||  ||||||||||||| ||||||| |||| || | |||||||| ||||| |||||    
T  12248478 gtggtccgctaccaaatgcctattttgaaaagtttgaagccatgaagaatgttgctgaattggtatacatgacgaataatatag 12248395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University