View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9340_low_1 (Length: 936)

Name: NF9340_low_1
Description: NF9340
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9340_low_1
NF9340_low_1
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (10-924)||(14176444-14177364)
chr4 (10-924)||(28608511-28609432)
chr4 (637-712)||(6802395-6802470)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-924)||(12933174-12934094)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (10-924)||(15298964-15299880)
chr7 (748-803)||(6692200-6692255)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (26-226)||(38994875-38995074)
chr5 (748-803)||(19944150-19944205)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (658-694)||(50060080-50060116)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (748-803)||(796566-796621)
chr6 (748-803)||(8273206-8273261)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 830; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 830; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 924
Target Start/End: Original strand, 14176444 - 14177364
Alignment:
Q  10 agaagcagagatgtagtgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctgctattctagaaacacctaaacgttatggtaaggttgatcttacacttacca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14176444 agaagcagagatgtagtgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctgctattctagaaacacctaaacgttatggtaaggttgatcttacacttacca 14176543  T
Q  110 cccctcctgtaagagttgctacagaagggggatatcttgatgaagaccctagggttgatggtgagccagtagttgaagatggtgatgatgaagatgttca 209  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14176544 ctcctcctgtaagagttgccacagaagggggagatcttgatgaagaccctggggttgatggtgagccagtagttgaagatggtgatgatgaagatgttca 14176643  T
Q  210 ggatggagagcaatccccaacatctcagctcaggagatcaagcagagatcatcat------accaggtaccctagttcggagtacatcctcatcactgat 303  Q
     ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14176644 agatggagagcaatccacaacatctcatctcaggagatcaagcagagatcatcatccatctaccaggtaccctagttcggagtacatcctcatcactgat 14176743  T
Q  304 gagggggagccggaaagtttcgatgaagttcaaactcataaggataaaatccaatggatgaaagcaatgcaagaagagatggattcattgcagaaaaatg 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14176744 gagggggagccggaaagtttcgatgaagttcaaactcataaggataaaatccaatggatgaaagcaatgcaagaagagatggattcattgcagaaaaatg 14176843  T
Q  404 atacttatgaacttgtgaaacttcctgaaggcagaaaagccttgaaaaataaatgggtgttcaagctcaagaaagatggtgacaagctagtgaagtacaa 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14176844 atacttatgaacttgtgaaacttcctgaaggcagaaaagccttgaagaataaatgggtgttcaagctcaagaaagatggtgacaagctagtgaagtacaa 14176943  T
Q  504 agctcgcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgaggaatagattttgatgaaatcttctcttcagttgttaagatgagttcaattcgagttatactt 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14176944 agctcgcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgaggaatagattttgatgaaatcttctctccagttgttaagatgagttcaattcgagttatactc 14177043  T
Q  604 ggattggttgctagcttggatttggagcttgaacaaatggacgtaaagactgcatttcttcatggagatttagatgaagagatctacatggttcaaccag 703  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14177044 ggattagttgctagcttggatttggagcttgaacaaatggatgtaaagactgcatttcttcatggagatttagatgaagagatctacatggttcaaccag 14177143  T
Q  704 aaggatttgagaagactcgaaaggagcacctggtttgcaaattgaagaagagcttgtatggattaaaacaagcacctagacaatggtataagaaatttga 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  14177144 aaggatttgagaagactcgaaaggagcacttggtttgcaaattgaagaagagcttgtatggattaaaacaagcaccaagacaatggtataagaaattcga 14177243  T
Q  804 ctcgttcatgatgagtcaggaatatgccaagacagatgcagatcattgtgtatatgtcaaaacatttcgaggtaacaaattcatcatccttctgttatat 903  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14177244 ctcgttcatgatgagtcatgaatataccaagacagatgcagatcattgtgtatatgtcaaaacatttcgaggtaacaaattcatcatccttctgttatat 14177343  T
Q  904 gtagatgatatgttgatagtg 924  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14177344 gtagatgatatgttgatagtg 14177364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 811; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 28609432 - 28608511
Alignment:
Q  10 agaagcagagatgtagtgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctgctattctagaaacacctaaacgttatggtaaggttgatcttacacttacca 109  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28609432 agaagcagagatgtagtgtttcataagcaagaaactatgtcagattctgctattctagaaacacctaaacgttatggtaaggttgatcttacacttacca 28609333  T
Q  110 cccctcctgtaagagttgctacagaagggggatatcttgatgaagaccctagggttgatggtgagccagtagttgaagatggtgatgatgaagatgttca 209  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28609332 ctcctcctgtaagagttgccacagaagggggagatcttgatgaagaccctggggttgatggtgagccagtagttgaagatggtgatgatgaagatgttca 28609233  T
Q  210 ggatggagagcaatccccaacatctcagctcaggagatcaagcagagatcatcat------accaggtaccctagttcggagtacatcctcatcactgat 303  Q
     ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28609232 agatggagagcaatccacaacatctcatctcaggagattaagcagagatcatcatccatctaccaggtaccctagttcggagtacatcctcatcactgat 28609133  T
Q  304 gagggggagccggaaagtttcgatgaagttcaaactcataaggataaaatccaatggatgaaagcaatgcaagaagagatggattcattgcagaaaaa-t 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28609132 gagggggagccggaaagtttcgatgaagttcaaactcataaggataaaatccaatggatgaaagcaatgcaagaagagatggattcattgcagaaaaaat 28609033  T
Q  403 gatacttatgaacttgtgaaacttcctgaaggcagaaaagccttgaaaaataaatgggtgttcaagctcaagaaagatggtgacaagctagtgaagtaca 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28609032 gatacttatgaacttgtgaaacttcctgaaggcagaaaagccttgaagaataaatgggtgttcaagctcaagaaagatggtgacaagctagtgaagtaca 28608933  T
Q  503 aagctcgcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgaggaatagattttgatgaaatcttctcttcagttgttaagatgagttcaattcgagttatact 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608932 aagctcgcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgaggaatagattttgatgaaatcttctctccagttgttaagatgagttcaattcgagttatact 28608833  T
Q  603 tggattggttgctagcttggatttggagcttgaacaaatggacgtaaagactgcatttcttcatggagatttagatgaagagatctacatggttcaacca 702  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608832 cggattagttgctagcttggatttggagcttgaacaaatggatgtaaagactgcatttcttcatggagatttagatgaagagatctacatggttcaacca 28608733  T
Q  703 gaaggatttgagaagactcgaaaggagcacctggtttgcaaattgaagaagagcttgtatggattaaaacaagcacctagacaatggtataagaaatttg 802  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28608732 gaaggatttaagaagactcgaaaggagcacttggtttgcaaattgaagaagagcttgtatggattaaaacaagcaccaagacaatggtataagaaatttg 28608633  T
Q  803 actcgttcatgatgagtcaggaatatgccaagacagatgcagatcattgtgtatatgtcaaaacatttcgaggtaacaaattcatcatccttctgttata 902  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28608632 actcgttcatgatgagtcatgaatataccaagacagatgcagatcattgtgtatatgtcaaaacatttcgaggtaacaaattcatcatcattctgttata 28608533  T
Q  903 tgtagatgatatgttgatagtg 924  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  28608532 tgtagatgatatgttgatagtg 28608511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 637 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 6802470 - 6802395
Alignment:
Q  637 caaatggacgtaaagactgcatttcttca-tggagatttagatgaagagatctacatggttcaaccagaaggatttg 712  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  6802470 caaatggatgtaaagactgc-tttcttaaatggagatttagaggaagaaatctacatggatcaaccagaaggttttg 6802395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 826; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 826; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 924
Target Start/End: Original strand, 12933174 - 12934094
Alignment:
Q  10 agaagcagagatgtagtgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctgctattctagaaacacctaaacgttatggtaaggttgatcttacacttacca 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12933174 agaagcagagatgtagtgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctactattctagaaacacctaaacgttatggtaaggttgatcttacacttacca 12933273  T
Q  110 cccctcctgtaagagttgctacagaagggggatatcttgatgaagaccctagggttgatggtgagccagtagttgaagatggtgatgatgaagatgttca 209  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12933274 ctcctcctgtaagagttgccacagaagggggagatcttgatgaagaccctggggttgatggtgagccagtagttgaagatggtgatgatgaagatgttca 12933373  T
Q  210 ggatggagagcaatccccaacatctcagctcaggagatcaagcagagatcatcat------accaggtaccctagttcggagtacatcctcatcactgat 303  Q
     ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12933374 agatggagagcaatccacaacatctcatctcaggagatcaagcagagatcatcatccatctaccaggtaccctagttcggagtacatcctcatcactgat 12933473  T
Q  304 gagggggagccggaaagtttcgatgaagttcaaactcataaggataaaatccaatggatgaaagcaatgcaagaagagatggattcattgcagaaaaatg 403  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12933474 gagggggagccggacagtttcgatgaagttcaaactcataaagataaaatccaatggatgaaagcaatgcaagaagagatggattcattgcagaaaaatg 12933573  T
Q  404 atacttatgaacttgtgaaacttcctgaaggcagaaaagccttgaaaaataaatgggtgttcaagctcaagaaagatggtgacaagctagtgaagtacaa 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12933574 atacttatgaacttgtgaaacttcctgaaggcagaaaagccttgaagaataaatgggtgttcaagctcaagaaagatggtgacaagctagtgaagtacaa 12933673  T
Q  504 agctcgcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgaggaatagattttgatgaaatcttctcttcagttgttaagatgagttcaattcgagttatactt 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  12933674 agctcgcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgaggaatagattttgatgaaatcttctctccagttgttaagatgagttcaattcgagttatactc 12933773  T
Q  604 ggattggttgctagcttggatttggagcttgaacaaatggacgtaaagactgcatttcttcatggagatttagatgaagagatctacatggttcaaccag 703  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12933774 ggattggttgctagcttggatttggagcttgaacaaatggatgtaaagactgcatttcttcatggagatttagatgaagagatctacatggttcaaccag 12933873  T
Q  704 aaggatttgagaagactcgaaaggagcacctggtttgcaaattgaagaagagcttgtatggattaaaacaagcacctagacaatggtataagaaatttga 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12933874 aaggatttgagaagactcgaaaggagcacttggtttgcaaattgaagaagagcttgtatggattaaaacaagcaccaagacaatggtataagaaatttga 12933973  T
Q  804 ctcgttcatgatgagtcaggaatatgccaagacagatgcagatcattgtgtatatgtcaaaacatttcgaggtaacaaattcatcatccttctgttatat 903  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12933974 ctcgttcatgatgagtcatgaatataccaagacagatgcagatcattgtgtatatgtcaaaacatttcgaggtaacaaattcatcatccttctgttatat 12934073  T
Q  904 gtagatgatatgttgatagtg 924  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  12934074 gtagatgatatgttgatagtg 12934094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 706; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 706; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 924
Target Start/End: Original strand, 15298964 - 15299880
Alignment:
Q  10 agaagcagagatgtagtgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctgctattctagaaacacctaaacgttatggtaaggttgatcttacacttacca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15298964 agaagcagagatgtagtgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctgctattccagaaacacctaaacgttatggtaaggttgatcttacagttacca 15299063  T
Q  110 cccctcctgtaagagttgctacagaagggggatatcttgatgaagaccctagggttgatggtgagccagtagttgaagatggtgatgatgaagatgttca 209  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15299064 ctcctcctgtaagagttgccacagaagggggagatcttgatgaagaccctggggttaatggtgagttagtagttgaagatggtgatgaggaagatgttca 15299163  T
Q  210 ggatggagagcaatccccaacatctcagctcaggagatcaagcagagatcatcat------accaggtaccctagttcggagtacatcctcatcactgat 303  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |    
T  15299164 ggatggagagcaatgcccaacatctcagctcaagagatcaagcagagatcatcatccatctaccaggtaccctagtttggagtacattctcatcactgtt 15299263  T
Q  304 gagggggagccggaaagtttcgatgaagttcaaactcataaggataaaatccaatggatgaaagcaatgcaagaagagatggattcattgcagaaaaatg 403  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15299264 gagggggagccgaaaagttttgatgaagttcaaactcataaggataaaatccaatggatgaaagcaatgtaagaagagatggattccttgcagaaaaatg 15299363  T
Q  404 atacttatgaacttgtgaaacttcctgaaggcagaaaagccttgaaaaataaatgggtgttcaagctcaagaaagatggtgacaagctagtgaagtacaa 503  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  15299364 atacttatgaacttgtgaagcttcctgaaatcagaaaagccttaaagaataaatgggtgttcaagctcaagaaagatagtgacaagctagtgaaatacaa 15299463  T
Q  504 agctcgcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgaggaatagattttgatgaaatct--tctcttcagttgttaagatgagttcaattcgagttatac 601  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15299464 agctctcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgaggaatagattttgatgaaatcttctctctccagttgttaagatgagttcaattcgagttatac 15299563  T
Q  602 ttggattggttgctagcttggatttggagcttgaacaaatggacgtaaagactgcatttcttcatggagatttagatgaagagatctacatggttcaacc 701  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15299564 tcggattggttgctagcttgggtttggagcttgaacaaatggacgtaaagac------tcttcatggatatttagatgaagagatctacatggttcaacc 15299657  T
Q  702 agaaggatttgagaagactcgaaaggagcacctggtttgcaaattgaagaagagcttgtatggattaaaacaagcacctagacaatggtataagaaattt 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15299658 agaaggatttgagaagactcgaaaggagcacttggtttgcaaattgaagaagagcttgtatggattaagacaagcaccaagacaatggtataagaaattt 15299757  T
Q  802 gactcgttcatgatgagtcaggaatatgccaagacagatgcagatcattgtgtatatgtcaaaacatttcgaggtaacaaattcatcatccttctgttat 901  Q
     ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15299758 tactcgttcatgatgagtcatgaatataccaagacagatgcagatcattgtgtatatgtcaaaatatttcgaggtaacaaatttatcatccttctgttat 15299857  T
Q  902 atgtagatgatatgttgatagtg 924  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  15299858 atgtagatgataagttgatagtg 15299880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 748 - 803
Target Start/End: Original strand, 6692200 - 6692255
Alignment:
Q  748 aagaagagcttgtatggattaaaacaagcacctagacaatggtataagaaatttga 803  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||    
T  6692200 aagaagagcttgtatggcctaaaacaagctccaagacaatggtatatgaagtttga 6692255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 81; Significance: 1e-37; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 26 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 38995074 - 38994875
Alignment:
Q  26 tgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctgctattctagaaacacctaaacgttatggtaaggttgatcttacacttaccacccctcctgtaagagt 125  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||  ||||||||||| |    |||||||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  38995074 tgtttcatgagcaagaaactatgacaaatt-tactattcctgaaacacctaagcacggtggtaaggttgaccttacactaaccactcctcctataagagt 38994976  T
Q  126 tgctacagaagggggatatcttgatgaagaccctagggttgatggtgagccagtagttgaagatggtgatgatgaagatgttcaggatggagagcaatcc 225  Q
    ||| | |||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||| | |   |||||||||||||||||    
T  38994975 tgccaaagaagggggagatcttgattaaaaccctagggttgatggtgagccaacaattgaagatggtgatgacgaaaaaggataggatggagagcaatcc 38994876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 748 - 803
Target Start/End: Original strand, 19944150 - 19944205
Alignment:
Q  748 aagaagagcttgtatggattaaaacaagcacctagacaatggtataagaaatttga 803  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||    
T  19944150 aagaagagcttgtatggcctaaaacaagctccaagacaatggtatatgaagtttga 19944205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 658 - 694
Target Start/End: Original strand, 50060080 - 50060116
Alignment:
Q  658 tttcttcatggagatttagatgaagagatctacatgg 694  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  50060080 tttcttcatggagatttagaggaagagatctacatgg 50060116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 748 - 803
Target Start/End: Complemental strand, 796621 - 796566
Alignment:
Q  748 aagaagagcttgtatggattaaaacaagcacctagacaatggtataagaaatttga 803  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||    
T  796621 aagaagagcttgtatggcctaaaacaagctccaagacaatggtatatgaagtttga 796566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 748 - 803
Target Start/End: Original strand, 8273206 - 8273261
Alignment:
Q  748 aagaagagcttgtatggattaaaacaagcacctagacaatggtataagaaatttga 803  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||    
T  8273206 aagaagagcttgtatggcctaaaacaagctccaagacaatggtatatgaagtttga 8273261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University