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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9344_low_2 (Length: 735)

Name: NF9344_low_2
Description: NF9344
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9344_low_2
NF9344_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (11-735)||(43365300-43366024)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 696; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 696; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 735
Target Start/End: Original strand, 43365300 - 43366024
Alignment:
Q  11 catcaacacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaattttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagct 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365300 catcaacacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaattttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagct 43365399  T
Q  111 tccaattagggacctttaatgaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacgaccctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacg 210  Q
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T  43365400 tccaattagggacctttaattaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacgaccctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacg 43365499  T
Q  211 cactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatgtcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaat 310  Q
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T  43365500 cactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatgtcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaat 43365599  T
Q  311 aattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtacaatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatg 410  Q
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T  43365600 aattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtacaatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatg 43365699  T
Q  411 tgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtctttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaag 510  Q
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T  43365700 tgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtctttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaag 43365799  T
Q  511 agtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatctgtattttttcaataccagaaatattgcatccacataaca 610  Q
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T  43365800 agtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatctgtattttttcaataccagaaatattgcatccacataaca 43365899  T
Q  611 ttatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaattgagnnnnnnnagccgaacggcacatacaaaatctgta 710  Q
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T  43365900 ttatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaattgagtttttttagccgaacggcacatacaaaatctgta 43365999  T
Q  711 tatcaatcaccaatttgtgcagacc 735  Q
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T  43366000 tatcgatcaccaatttgtgcagacc 43366024  T

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