View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9350_low_2 (Length: 497)
Name: NF9350_low_2
Description: NF9350
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9350_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 431; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 485
Target Start/End: Original strand, 11390098 - 11390564
Alignment:
| Q |
19 |
attataggtaacaaacttgggttggagataaatacaaattcttggagtatttcttaggggtttctctattctgattataaatacacattcttattctccc |
118 |
Q |
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| T |
11390098 |
attataggtaacaaacttgggttggagataaatacaaattcttggagtatttcttaggggtttctctattctgattataaacacacatttttattctccc |
11390197 |
T |
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| Q |
119 |
tttgattaccaaaaaacgatgtttacaccttttctttttctcgatcttgccttgtcaatctttttctcaatcatagtattttgtatttgtattcattata |
218 |
Q |
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| T |
11390198 |
tttgattaccaaaaaacgatgtttacactttttctttttctcgatcttgccttgtcaatctttttctcaatcatagtattttgtatttgtattcattata |
11390297 |
T |
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| Q |
219 |
aagctgcaaagaaaaatctcaaccacaacgaagaaaaatcattttggtatgattatgaagatgatttctataaatttcaccatcttgaagagtgtcaaat |
318 |
Q |
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| T |
11390298 |
aagctgcaaaggaaaatctcaaccacaacgaagaaaaatcattttggtatgattatgaagatgatttctataaatttcaccatcttgaagagtgtcaaat |
11390397 |
T |
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| Q |
319 |
tagcaccaatttatacggggcaaggataaattgtgaagaaagaaaatttttaatagattctataatagatgcacactatgccctaaacctagccccggaa |
418 |
Q |
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| T |
11390398 |
tagcaccaatttatatggggtaaggataaattgtgacgaaagaaaattgttaatagattctataatagatgcacactatgccctaaacctagccccggaa |
11390497 |
T |
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| Q |
419 |
acactttatctttgtgtcaatattattgatcgatttctttcgaaattgaatcctccctcaacaccaa |
485 |
Q |
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| T |
11390498 |
acactttatctttgtgtcaatattattgatcgatttctttccaaattgaatcctccctcaacaccaa |
11390564 |
T |
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Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 11420526 - 11420060
Alignment:
| Q |
19 |
attataggtaacaaacttgggttggagataaatacaaattcttggagtatttcttaggggtttctctattctgattataaatacacattcttattctccc |
118 |
Q |
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| T |
11420526 |
attataggtaacaaacttgtgttggagataaatacaaattcttggagtatttcttaggggtttttctattctgattataaatacacatttttattctccc |
11420427 |
T |
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| Q |
119 |
tttgattaccaaaaaacgatgtttacaccttttctttttctcgatcttgccttgtcaatctttttctcaatcatagtattttgtatttgtattcattata |
218 |
Q |
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| T |
11420426 |
tttgattaccaaaaaacgatgtttacactttttctttttctctatcttgccttgtcaatctttttctcaatcatagtattttgtatttgtattcattata |
11420327 |
T |
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| Q |
219 |
aagctgcaaagaaaaatctcaaccacaacgaagaaaaatcattttggtatgattatgaagatgatttctataaatttcaccatcttgaagagtgtcaaat |
318 |
Q |
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| T |
11420326 |
aagctgcaaaggaaaatctcaaccacaacgaagaaaaatcattttggtatgattatgaagatgatttctataaatttcaccatcttgaagagtgtcaaat |
11420227 |
T |
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| Q |
319 |
tagcaccaatttatacggggcaaggataaattgtgaagaaagaaaatttttaatagattctataatagatgcacactatgccctaaacctagccccggaa |
418 |
Q |
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| T |
11420226 |
tagcaccaatttatatggggtaaggataaattgtgatgaaagaaaatttttaatagattctataatagatgcacactatgccctaaacctagccccggaa |
11420127 |
T |
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| Q |
419 |
acactttatctttgtgtcaatattattgatcgatttctttcgaaattgaatcctccctcaacaccaa |
485 |
Q |
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| T |
11420126 |
acactttatctttgtgtcaatattattgatcgatttctttcgaaattgaatcctccctcaacaccaa |
11420060 |
T |
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