View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9353_low_3 (Length: 749)

Name: NF9353_low_3
Description: NF9353
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9353_low_3
NF9353_low_3
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (468-747)||(4915610-4915889)
chr6 (18-173)||(4915460-4915615)
chr6 (182-368)||(28889748-28889936)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (174-368)||(54938826-54939020)
chr4 (177-368)||(54937788-54937960)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (174-368)||(13077489-13077683)
chr7 (177-368)||(13078550-13078741)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (174-368)||(39984801-39984995)
chr3 (177-368)||(41968188-41968378)
chr3 (176-368)||(39983742-39983934)
chr3 (468-745)||(1505862-1506139)
chr3 (26-171)||(1505720-1505865)
chr3 (181-287)||(14414236-14414340)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (174-368)||(14684515-14684709)
chr2 (174-368)||(21306371-21306565)
chr2 (177-368)||(14685576-14685767)
chr2 (177-368)||(30246417-30246608)
chr2 (174-368)||(40421339-40421533)
chr2 (177-368)||(4517243-4517434)
chr2 (177-368)||(21307428-21307619)
chr2 (177-359)||(40422407-40422589)
chr2 (553-726)||(28025461-28025634)
chr2 (18-173)||(28025714-28025869)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (174-368)||(8090038-8090232)
chr1 (177-368)||(27962617-27962808)
chr1 (194-368)||(172877-173051)
chr1 (177-368)||(48907301-48907492)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (177-368)||(45036163-45036354)
chr8 (177-368)||(6540576-6540769)
chr8 (177-368)||(13255524-13255714)
chr8 (468-746)||(2930942-2931220)
chr8 (468-747)||(3011547-3011829)
chr8 (17-173)||(3011396-3011552)
chr8 (487-730)||(2947605-2947854)
chr8 (484-727)||(37796462-37796705)
chr8 (26-173)||(2921867-2922014)
chr8 (72-173)||(2947868-2947969)
chr8 (18-173)||(37796716-37796871)
chr8 (27-171)||(2931217-2931358)
chr8 (540-632)||(2921708-2921800)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (200-305)||(5033188-5033290)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 468 - 747
Target Start/End: Original strand, 4915610 - 4915889
Alignment:
Q  468 gagtgatgttcgattatgaggaagcatgtgagttcattgggaaagagctaatgtgtcgtgcggcttctctctctttaagaaagagtcatgttcttttgat 567  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4915610 gagtgatgttcgattatgaggaagcatgtgagttcattgggaaagagctaatgtgtcgtgcggcttctctctctttaagaaagagtcatgttcttttgat 4915709  T
Q  568 gcttaacttcatccaatatctcaggaaaagtcttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatcaaagagggaagttggctaaagacatcttgtggtgct 667  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4915710 gcttaactccatccaatatctcaggaaaagtcttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatcaaagagggaagttggctaaagacatcttgtggtgtt 4915809  T
Q  668 aggtatccagttggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatgtccatctcattgatca 747  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||    
T  4915810 aggtctccagttggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatca 4915889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 173
Target Start/End: Original strand, 4915460 - 4915615
Alignment:
Q  18 gatacagacctccttcgaagtcattcttaattggttcatggttggaaaaacttctgcaaaggggttcagttcttgttgacattcccctgattgatgagag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4915460 gatacagacctccttcgaagtcattcttaattggttcatggttggaaaaacttctgcaaagtggttcagttcttgttgacattcccctgattgatgagag 4915559  T
Q  118 cttctatggggatagaataaataagtacaaagaggagttgaaaacagttggagtga 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4915560 cttctatggggatagaataaataagtacaaagaggagttgaaaacagttggagtga 4915615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 182 - 368
Target Start/End: Original strand, 28889748 - 28889936
Alignment:
Q  182 gaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgccaaaatg 281  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  28889748 gaaaccaactgatatagaagaatgaaatagggaaaatccatttgattacagaataatatcgcagaactttgagggtctgcaactccctaatgccaaaatg 28889847  T
Q  282 gccccttcccagtcaaatcctcagatg--cccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
     ||||||||||||||||||||||||||   ||  |||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  28889848 accccttcccagtcaaatcctcagatgattccaccaatcttcccatctattccctatttattcttaaagcataaccacccactactgac 28889936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 191; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 174 - 368
Target Start/End: Original strand, 54938826 - 54939020
Alignment:
Q  174 agttgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattg 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54938826 agttgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattactgaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattg 54938925  T
Q  274 ccaaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54938926 ccaaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 54939020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 177 - 368
Target Start/End: Original strand, 54937788 - 54937960
Alignment:
Q  177 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  54937788 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattactgaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcta 54937887  T
Q  277 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    |||||||||||||||||                   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54937888 aaatggccccttcccag-------------------tcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 54937960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 174 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 13077683 - 13077489
Alignment:
Q  174 agttgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattg 273  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13077683 agttgatagaaatcaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattg 13077584  T
Q  274 ccaaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13077583 ccaaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 13077489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 177 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 13078741 - 13078550
Alignment:
Q  177 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 276  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13078741 tgatagaaatcaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacggaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 13078642  T
Q  277 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13078641 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctccccaatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 13078550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 174 - 368
Target Start/End: Original strand, 39984801 - 39984995
Alignment:
Q  174 agttgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattg 273  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39984801 agttgatagaaatcaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattg 39984900  T
Q  274 ccaaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39984901 ccaaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 39984995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 177 - 368
Target Start/End: Original strand, 41968188 - 41968378
Alignment:
Q  177 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41968188 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacaga-taatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 41968286  T
Q  277 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41968287 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 41968378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 176 - 368
Target Start/End: Original strand, 39983742 - 39983934
Alignment:
Q  176 ttgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcc 275  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39983742 ttgatagaaatcaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcc 39983841  T
Q  276 aaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39983842 taaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 39983934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 468 - 745
Target Start/End: Original strand, 1505862 - 1506139
Alignment:
Q  468 gagtgatgttcgattatgaggaagcatgtgagttcattgggaaagagctaatgtgtcgtgcggcttctctctctttaagaaagagtcatgttcttttgat 567  Q
    |||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||  | ||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||||||||    
T  1505862 gagttatgttcagttatgaggaagcatgtgacttcattgcaagagaactaatgtctcgtgctgcttctttctctttaagaggaagtcatgttcttttgat 1505961  T
Q  568 gcttaacttcatccaatatctcaggaaaagtcttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatcaaagagggaagttggctaaagacatcttgtggtgct 667  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||  ||  ||| | | ||| |||||||||||||||||||||||||  |    
T  1505962 gcttaacttcatccaatatcttaggaaaagccttcttcctttggacaactttgtcaactgcataagaaaggaaagttggctaaagacatcttgtggtctt 1506061  T
Q  668 aggtatccagttggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatgtccatctcattgat 745  Q
    |||| ||| || ||||||||| |||||| |||    |||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||    
T  1506062 aggtctcctgtgggatctgtactgaatgattctagctggcaagttgcatcacagattagtaatatccctatcattgat 1506139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 26 - 171
Target Start/End: Original strand, 1505720 - 1505865
Alignment:
Q  26 cctccttcgaagtcattcttaattggttcatggttggaaaaacttctgcaaaggggttcagttcttgttgacattcccctgattgatgagagcttctatg 125  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||  |||   ||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  1505720 cctccctcaaagtcattcttaattggctcatcattgcggaaaattttgcaaagtggttcatttcttgttgacattcccctgattgacgagagcttctacg 1505819  T
Q  126 gggatagaataaataagtacaaagaggagttgaaaacagttggagt 171  Q
    || ||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||| |||||    
T  1505820 ggaatagaataaatgagtacacagaagagttgaaaatagtcggagt 1505865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 181 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 14414340 - 14414236
Alignment:
Q  181 agaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgccaaaat 280  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||  |||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||    
T  14414340 agaaaccaactgatatagaagaaggaaataggggaaatc--tttgtttacagaatgatatggcagaacttctagggtctgcacgtccctaatcccaaaat 14414243  T
Q  281 ggcccct 287  Q
    |||||||    
T  14414242 ggcccct 14414236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 174 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 14684709 - 14684515
Alignment:
Q  174 agttgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattg 273  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14684709 agttgatagaaatcaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattg 14684610  T
Q  274 ccaaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14684609 ccaaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 14684515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 174 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 21306565 - 21306371
Alignment:
Q  174 agttgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattg 273  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21306565 agttgatagaaatcaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattg 21306466  T
Q  274 ccaaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21306465 ccaaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 21306371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 177 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 14685767 - 14685576
Alignment:
Q  177 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 276  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14685767 tgatagaaatcaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 14685668  T
Q  277 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14685667 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 14685576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 177 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 30246608 - 30246417
Alignment:
Q  177 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 276  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30246608 tgatagaaatcaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 30246509  T
Q  277 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30246508 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 30246417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 174 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 40421533 - 40421339
Alignment:
Q  174 agttgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattg 273  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40421533 agttgatagaaatcaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagagtaatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattg 40421434  T
Q  274 ccaaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40421433 ccaaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 40421339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 177 - 368
Target Start/End: Original strand, 4517243 - 4517434
Alignment:
Q  177 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 276  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4517243 tgatagaaatcaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacatcgagggtctgcacctccctattgcca 4517342  T
Q  277 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4517343 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 4517434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 177 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 21307619 - 21307428
Alignment:
Q  177 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 276  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21307619 tgatagaaatcaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 21307520  T
Q  277 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21307519 aaaaggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 21307428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 177 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 40422589 - 40422407
Alignment:
Q  177 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 276  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40422589 tgatagaaatcaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcaagggtctgcacctccctattgcca 40422490  T
Q  277 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctccc 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40422489 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctccc 40422407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 553 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 28025634 - 28025461
Alignment:
Q  553 tcatgttcttttgatgcttaacttcatccaatatctcaggaaaagtcttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatcaaagagggaagttggctaaag 652  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| ||| ||||| ||| |||  ||||||||||    
T  28025634 tcatgttcttttgatgcttaacttcatccaatatctcaggaaaagtcttctcccgttggacaaatttgtgaacagcatcagagatggaccttggctaaag 28025535  T
Q  653 acatcttgtggtgctaggtatccagttggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattag 726  Q
    |||||||  |||   |||| ||| || ||||| |||||| ||| ||| | ||||||||| ||||| ||||||||    
T  28025534 acatctttgggtctaaggtctcctgtgggatcagtattgcatgattccggatggcaagtcgcatctcagattag 28025461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 28025869 - 28025714
Alignment:
Q  18 gatacagacctccttcgaagtcattcttaattggttcatggttggaaaaacttctgcaaaggggttcagttcttgttgacattcccctgattgatgagag 117  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||||||| | ||    |||| |||| || ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  28025869 gatacaggcctccttcaaagtcgttcttaattcgctcgccattgggaaaatttttgcaaagtggttcagttcttgttgatatccccctgattgacgagag 28025770  T
Q  118 cttctatggggatagaataaataagtacaaagaggagttgaaaacagttggagtga 173  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||| || |||||||    
T  28025769 cttctatggggatagaataaacaagtatgaagaagagttgaaaactgtaggagtga 28025714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 174 - 368
Target Start/End: Original strand, 8090038 - 8090232
Alignment:
Q  174 agttgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattg 273  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8090038 agttgatagaaatcaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattg 8090137  T
Q  274 ccaaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8090138 ccaaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 8090232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 177 - 368
Target Start/End: Original strand, 27962617 - 27962808
Alignment:
Q  177 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  27962617 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcaagggtctgcacctccctaatgcca 27962716  T
Q  277 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27962717 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 27962808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 8e-94
Query Start/End: Original strand, 194 - 368
Target Start/End: Original strand, 172877 - 173051
Alignment:
Q  194 tatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgccaaaatggccccttcccag 293  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  172877 tatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgccaaaatggccccttcccag 172976  T
Q  294 tcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  172977 tcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 173051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 177 - 368
Target Start/End: Original strand, 48907301 - 48907492
Alignment:
Q  177 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 276  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  48907301 tgatagaaatcaattgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattacca 48907400  T
Q  277 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48907401 aaatggccccttcccagtcaaatccttagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 48907492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 180; Significance: 8e-97; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 177 - 368
Target Start/End: Original strand, 45036163 - 45036354
Alignment:
Q  177 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 276  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45036163 tgatagaaatcaactgatatagaagaataaaatagggaaaattcctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 45036262  T
Q  277 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45036263 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 45036354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 177 - 368
Target Start/End: Original strand, 6540576 - 6540769
Alignment:
Q  177 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgc-- 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||      
T  6540576 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcaagggtctgcacctccctaatgcca 6540675  T
Q  275 caaaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6540676 caaaatggccccttcccagtcaagtcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 6540769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 177 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 13255714 - 13255524
Alignment:
Q  177 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgcca 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13255714 tgatagaaaccaactgatatagaagaataaatttggtaaattcc-tttgattacagaataatattgcagaacttcaagggtctgcacctccctattgcca 13255616  T
Q  277 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatctctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13255615 aaatggccccttcccagtcaaatcctcagatgcccctcaatcttcccatccctcccctatttattcttaaaacttaacctcccactactgac 13255524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 468 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 2931220 - 2930942
Alignment:
Q  468 gagtgatgttcgattatgaggaagcatgtgagttcattgggaaagagctaatgtgtcgtgcggcttctctctctttaagaaagagtcatgttcttttgat 567  Q
    |||| |||||| ||| ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  2931220 gagttatgttcaattgtgaggaagcatgtgaatttattggaaaagaactaatgtctcgtgctgcttctttctcattaagtaggagtcatgttcttttgat 2931121  T
Q  568 gcttaacttcatccaatatctcaggaaaagtcttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatcaaagagggaagttggctaaagacatcttgtggtgct 667  Q
     ||||||||| |||||||| || ||| ||  ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |    
T  2931120 tcttaacttcgtccaatatatccggacaaaccttcttcctttggacaattttgttgacagcatcaaagaggcaagttggctaaagacatcttgtggtctt 2931021  T
Q  668 aggtatccagttggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatgtccatctcattgatc 746  Q
    |||  ||| || ||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| | |||||||||    
T  2931020 aggcctcctgtgggatcggtattgaatgactcaggatggcaagttgcatcacaaattagtgatatccctttcattgatc 2930942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 468 - 747
Target Start/End: Original strand, 3011547 - 3011829
Alignment:
Q  468 gagtgatgttcgattatgaggaagcatgtgagttcattgggaaagagctaatgtgtcgtgcggcttctctctctttaagaaagagtcatgttcttttgat 567  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||| | |||||| |||| |||||| |||||  ||||  |||| | |||| |||||||||||||    
T  3011547 gagtgatgttcaattgtgaggaagcatgtggattcattggaagagagctcatgtctcgtgcagcttcattctcactaagcaggagtgatgttcttttgat 3011646  T
Q  568 gcttaacttcatccaatatctcaggaaaagtcttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatcaaagagggaagttggctaaagacatcttgtggtgct 667  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| | | |||||| ||||||||||||||||| ||||  |    
T  3011647 gcttaacttcatccaatatctcaagaaaagtcttcttcctttggacaattttgtcgacagcataagaaagggaaattggctaaagacatcttttggtctt 3011746  T
Q  668 aggtatccagttggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttg---catcacagattagtgatgtccatctcattgatca 747  Q
    |||| ||| || ||||| |||||||||| ||| | |||||||||||   ||||||| ||||||||| | | | ||||||||||    
T  3011747 aggtctcctgtgggatcggtattgaatgattccggatggcaagttgtatcatcacaaattagtgatattcctttcattgatca 3011829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 17 - 173
Target Start/End: Original strand, 3011396 - 3011552
Alignment:
Q  17 agatacagacctccttcgaagtcattcttaattggttcatggttggaaaaacttctgcaaaggggttcagttcttgttgacattcccctgattgatgaga 116  Q
    |||||||  |||||||| ||||||||||||||||| | ||  |||| ||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3011396 agatacatgcctccttcaaagtcattcttaattggcttatcattgggaaaacttttgcaaagtggtttagtacttgttgacattcccctgattgatgaga 3011495  T
Q  117 gcttctatggggatagaataaataagtacaaagaggagttgaaaacagttggagtga 173  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3011496 gcttctatggggatagaataaatgaatacaaagaggagttgaaaacaattggagtga 3011552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 487 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 2947854 - 2947605
Alignment:
Q  487 ggaagcatgtgagttcattgggaaagagctaatgtgtcgtgcggcttctctctctttaagaaagagtcatgttcttttgatgcttaacttcatccaatat 586  Q
    ||||| |||| | |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  | ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2947854 ggaagtatgttatttcattggaagagagctaatgtctcgtgcggcttctttctctttaaccaggaaccatgttctttggatgcttaacttcatccaatat 2947755  T
Q  587 ctcaggaaaagtc------ttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatcaaagagggaagttggctaaagacatcttgtggtgctaggtatccagttg 680  Q
    |||  ||||||||      |||||  ||| |||  |||||| |||  | ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||  ||||| ||| || |    
T  2947754 ctccagaaaagtcgtctttttctttgtttagacttatttgtcgacttcctcaaacagggaagttggctaaagacatcacatggttttaggtctcctgtgg 2947655  T
Q  681 gatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgat 730  Q
    ||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  2947654 gatctgtattgaatgattccggatggcaagttgcatcacaaattagtgat 2947605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 484 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 37796705 - 37796462
Alignment:
Q  484 tgaggaagcatgtgagttcattgggaaagagctaatgtgtcgtgcggcttctctctctttaagaaagagtcatgttcttttgatgcttaacttcatccaa 583  Q
    ||||||||||||| | |||||||| | ||| || |||| ||| ||  ||||  || ||||||| |||| |||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  37796705 tgaggaagcatgtaaattcattggaagagaactgatgtctcgcgcatcttccttcactttaagtaagaatcatgtccttttgatgcttaaattcatccaa 37796606  T
Q  584 tatctcaggaaaagtcttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatcaaagagggaagttggctaaagacatcttgtggtgctaggtatccagttggat 683  Q
    |||||||||| ||||||||| || || |||||||||||| ||| ||||| ||| | |  ||||||||||||||||   |||  ||||| ||| |||||||    
T  37796605 tatctcaggagaagtcttctcccattggacaaatttgtgaacagcatcagagatgaaccttggctaaagacatctgaaggtcttaggtctcctgttggat 37796506  T
Q  684 ctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagt 727  Q
    |||| ||||||| ||| | |||| |||| |||||||| ||||||    
T  37796505 ctgttttgaatgattccggatggaaagtagcatcacaaattagt 37796462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 26 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 2922014 - 2921867
Alignment:
Q  26 cctccttcgaagtcattcttaattggttcatggttggaaaaacttctgcaaaggggttcagttcttgttgacattcccctgattgatgagagcttctatg 125  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | | |   ||||  ||| || ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |    
T  2922014 cctccttcaaagtcattcttaattcgctaaccattggggaaaattttgcaaagtggttcagttcttgtcgatattcccctgattgatgagagcttctacg 2921915  T
Q  126 gggatagaataaataagtacaaagaggagttgaaaacagttggagtga 173  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  2921914 gggataaaataaataagtatgaagaggagttgaaaacaattggagtga 2921867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 72 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 2947969 - 2947868
Alignment:
Q  72 tgcaaaggggttcagttcttgttgacattcccctgattgatgagagcttctatggggatagaataaataagtacaaagaggagttgaaaacagttggagt 171  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||||| |||| |||||||||    
T  2947969 tgcaaagtggttcagatcttgttgacatccccctgattgatgagagcttctatggggaaagaataaatgcgtacaaagaagagttaaaaagagttggagt 2947870  T
Q  172 ga 173  Q
    ||    
T  2947869 ga 2947868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 37796871 - 37796716
Alignment:
Q  18 gatacagacctccttcgaagtcattcttaattggttcatggttggaaaaacttctgcaaaggggttcagttcttgttgacattcccctgattgatgagag 117  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||||||| | ||    ||||  ||| || ||||||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||    
T  37796871 gatacagtcctccttcaaagtcgttcttaattcgctcgccattggggaaaattttgcaaagtggttcggtgcttgttgatatccccctcattgatgagag 37796772  T
Q  118 cttctatggggatagaataaataagtacaaagaggagttgaaaacagttggagtga 173  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  37796771 cttctatggggatagaataaacaagtatgaagaggagttgaaaacaattggagtga 37796716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 27 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 2931358 - 2931217
Alignment:
Q  27 ctccttcgaagtcattcttaattggttcatggttggaaaaacttctgcaaaggggttcagttcttgttgacattcccctgattgatgagagcttctatgg 126  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||   ||| |||  || ||||||| |||||||||||||| || |||||| | || ||||| |||||||||||    
T  2931358 ctccttcaaagtcattcttaattggttcat---tgggaaatattttgcaaagtggttcagttcttgtggatattcccttaatagatgaaagcttctatgg 2931262  T
Q  127 ggatagaataaataagtacaaagaggagttgaaaacagttggagt 171  Q
     || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2931261 agagagaataaatgagtacaaagaggaattgaaaacaattggagt 2931217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 540 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 2921800 - 2921708
Alignment:
Q  540 ctttaagaaagagtcatgttcttttgatgcttaacttcatccaatatctcaggaaaagtcttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatca 632  Q
    ||||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| ||| |||||    
T  2921800 ctttaagcaagaatcatgttattttaatgcttaacttcatccaatatctcagtaaaagtcttcttcctctggacaaatttgtgaacagcatca 2921708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 200 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 5033290 - 5033188
Alignment:
Q  200 agaataaaatagggaaaatccctttgattacagaataatattgcagaacttcgagggtctgcacctccctattgccaaaatggccccttcccagtcaaat 299  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5033290 agaataaaatagggaaa-tccctttgattacagaa-aacatcacagaactttgaggctctgcacctccctat-gccaaaatggccccttcccagtcaaat 5033194  T
Q  300 cctcag 305  Q
    ||||||    
T  5033193 cctcag 5033188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University