View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9357_low_28 (Length: 364)

Name: NF9357_low_28
Description: NF9357
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9357_low_28
NF9357_low_28
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (18-348)||(31149777-31150107)
chr4 (18-343)||(31158683-31159008)
chr4 (18-341)||(31477286-31477609)
chr4 (18-347)||(31019230-31019559)
chr4 (18-337)||(31029121-31029440)
chr4 (18-341)||(31497239-31497562)
chr4 (18-341)||(31502411-31502732)
chr4 (18-341)||(31527845-31528168)
chr4 (18-317)||(31161121-31161415)
chr4 (18-222)||(31489987-31490191)
chr4 (202-337)||(31033457-31033591)
chr4 (23-318)||(31483145-31483443)
chr4 (195-340)||(31245571-31245716)
chr4 (18-101)||(31245394-31245477)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-341)||(17439140-17439466)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (33-341)||(33273234-33273545)
chr6 (33-341)||(33305928-33306239)
chr6 (18-340)||(33389515-33389840)
chr6 (18-343)||(33402054-33402382)
chr6 (18-341)||(33059005-33059331)
chr6 (18-343)||(33411393-33411721)
chr6 (40-341)||(9168213-9168520)
chr6 (18-340)||(31561121-31561446)
chr6 (18-340)||(33286985-33287310)
chr6 (27-339)||(33642923-33643238)
chr6 (152-341)||(33264091-33264280)
chr6 (260-340)||(28869328-28869408)
chr6 (195-292)||(13609622-13609719)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (18-341)||(8202-8528)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 18 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 31150107 - 31149777
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  | |||||||| ||||  |||||||||||||| ||| || || ||||| |||||||||    
T  31150107 agtagaatcattataatttctagagacgagcatatcttgaaagagtatggagtggatgttgtttacaaagttccactcctgaatcggactgactctcttc 31150008  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatcatattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagc 217  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31150007 aattatttagtcgaaaagctttcaaacttgatcatattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagc 31149908  T
Q  218 aattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31149907 aattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatttttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggat 31149808  T
Q  318 gtgttgcgattaagttttgatgggttggagg 348  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31149807 gtgttgcgattaagttttgatgggttggagg 31149777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 18 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 31159008 - 31158683
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||  | |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||    
T  31159008 agtagaatcgttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatgtagtttacaaagttccactcttgaatgggactaactctcttc 31158909  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatcatattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagc 217  Q
    |||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||||    
T  31158908 aattgttttgtcaaaaagctttcaaacttgatcatattatgagtagttttgataagttgacatttgacatactcagttatgctaatggtctaccgctagc 31158809  T
Q  218 aattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggat 317  Q
    |||||||||||| || || ||||||| || |||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  31158808 aattaaagtattgggatcatttttgtttggtcgagacatctatgaatggaaaagtgcattggctagattgagcaaaagtccaaacaaagatatcatggat 31158709  T
Q  318 gtgttgcgattaagttttgatgggtt 343  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||    
T  31158708 gtgatgcgattaagttttgaagggtt 31158683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 341
Target Start/End: Original strand, 31477286 - 31477609
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31477286 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 31477385  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatcatattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||   |||||    ||  ||||||   ||||| ||||||||||| || ||    
T  31477386 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatcatattttgaatagttatgaagggttggttaatggcatactacattatgccaatggcctaccacttgc 31477485  T
Q  218 aattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggat 317  Q
    |||||||||||| || || ||||||| || |||  |||| | |||||||| |||||||||||| ||| | | |||||||||| | || ||| | ||||||    
T  31477486 aattaaagtattgggttcatttttgtttggtcgggatatatctgaatggagaagtgcattggctagactcaaagaaagtccagagaaggatgttatggat 31477585  T
Q  318 gtgttgcgattaagttttgatggg 341  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  31477586 gtgttgcgattaagttttgatggg 31477609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 31019559 - 31019230
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||| ||||||||||    
T  31019559 agtagaatcattataatttctagagatgagcatatcttgaatgagtatggagttgatgaagtttacaaagttccactcttgaatgagaccaactctcttc 31019460  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatcatattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagc 217  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||  ||| |  |||   ||||| ||||||||||| |||||    
T  31019459 aattattttgtcaaaaagctttcaaacttgatcatattatgagtggttatgataaactggcacttgacacgctatcttatgccaatggcctaccactagc 31019360  T
Q  218 aattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggat 317  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| || |||| ||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31019359 aattaaagtattgggctcatttttgtttggtcgagatatctccgaatggagaagtgcattggctagattgaaagaaagtccaaacaaagatattatggat 31019260  T
Q  318 gtgttgcgattaagttttgatgggttggag 347  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31019259 gtgttgcgattaagttttgatggattggag 31019230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 18 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 31029440 - 31029121
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||| ||||||||||    
T  31029440 agtagaatcattataatttctagagatgagcatatcttgaatgagtatggagttgatgaagtttacaaagttccactcttgaatgagaccaactctcttc 31029341  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatcatattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagc 217  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||  |||||  ||| | ||||   ||||| ||||||||||| |||||    
T  31029340 aattattttgtcaaaaagctttcaaacttgagcatgttatgagtggttatgataaaatggcacttgacacactatcttatgccaatggcctaccactagc 31029241  T
Q  218 aattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggat 317  Q
     ||||||||||| ||||| ||||||| || |||| |||||| |||||||| ||||  |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||    
T  31029240 tattaaagtattgggctcatttttgtttggtcgagatatctctgaatggagaagtaaattggctagattgagagaatgtccaatcaaagatattatggat 31029141  T
Q  318 gtgttgcgattaagttttga 337  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  31029140 gtgttgcgattaagttttga 31029121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 341
Target Start/End: Original strand, 31497239 - 31497562
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||  | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |    
T  31497239 agtaaaatcattatcatttctagagacgagcatatactgaaagagtatggagtggatgaggtttacaaagttcctcttttggattggactaactctcgac 31497338  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatcatattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagc 217  Q
     |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||   ||| |    ||   ||||    ||||  ||||||||||| || ||    
T  31497339 gattattatgtcgaaaagctttcaaaattgatcatattttgagtggttatgaagggttagttaatggcgtactgcattatgtcaatggcctaccactggc 31497438  T
Q  218 aattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggat 317  Q
    |||||||||||| || || ||||||| ||||||  ||||  |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31497439 aattaaagtattgggttcatttttgtttgatcgggatataattgaatgggaaagtgcattggttagattgagagaaagtccaaacaaagatgtcatggat 31497538  T
Q  318 gtgttgcgattaagttttgatggg 341  Q
    |||||||| | |||||||||||||    
T  31497539 gtgttgcgttaaagttttgatggg 31497562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 341
Target Start/End: Original strand, 31502411 - 31502732
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  31502411 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaaattttttggagtggatgaagtttacaaagttcctcttttggatcggactaactctcttc 31502510  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatcatattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagc 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||   |||||    ||   |||||   |||||||  |||| |||  ||||    
T  31502511 aattattgtgccgaaaagctttcaaacttgatcatattttgagtag-tatgaagggttggtcaatggcgtactacattatgctacgggcccaccgttagc 31502609  T
Q  218 aattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattgg-caagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatgga 316  Q
    |||| ||||||  ||||| ||||||  || |||| | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || ||  |||||||| |||||||    
T  31502610 aattgaagtatagggctcatttttg--tggtcgagacatctttgaatggaaaagtgcattggcctagattgagagacagcccggacaaagatgtcatgga 31502707  T
Q  317 tgtgttgcgattaagttttgatggg 341  Q
    |||| |  |||||||||||||||||    
T  31502708 tgtgctcagattaagttttgatggg 31502732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 31528168 - 31527845
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||   ||||| ||||| |  |||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||| ||   ||||| |||||||    
T  31528168 agtagaatcattataatttcgagagatactcatatcttgaataggtatggagtggatgtagttttcaaagttccactcttgaatcaaactaattctcttc 31528069  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatcatattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagc 217  Q
    ||||||| || | | |||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||  |||||| || |||||||||||  |||||||||||| |||| |||||    
T  31528068 aattattttgccaacaagctttcaaacgtgataatattttgagtaattatgacgagttggtatatgagatactaaattatgctaatggcttaccactagc 31527969  T
Q  218 aattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggat 317  Q
     ||||||| ||| ||||| ||||||| || |||| |||| | |||||||| |||||||||| | ||||||||||| | |||||||||||||||| | |||    
T  31527968 gattaaagcattgggctcatttttgtttggtcgagatatttatgaatggagaagtgcattgactagattgagagacaatccaaacaaagatatcttcgat 31527869  T
Q  318 gtgttgcgattaagttttgatggg 341  Q
    || |||||||| ||||||||||||    
T  31527868 gtattgcgattgagttttgatggg 31527845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 31161415 - 31161121
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||||    | ||  || ||||  || |||||||||||  | ||| || ||||| |||||||||    
T  31161415 agtagaatcattataacttttagagatgagcatatcttgaaagtgtttgttgtggatgttgtctacaaagttccattgttgaatgggactgactctcttc 31161316  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatcatattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagc 217  Q
    ||||  |  |||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| |||||    
T  31161315 aattgcttagtcggaaagctttcaaaattgatcatctcatgagtagttatgataagctggcatctgacatactatggtatgctaatggcttaccactagc 31161216  T
Q  218 aattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggat 317  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| || |||| | ||||||||||| |||||||||||    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  31161215 aattaaagtattgggctcttttttgtttg-tcgagacatctttgaatgaaaaagtgcatt----agattgagagatagttcaaacaaagatatcatggat 31161121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 222
Target Start/End: Original strand, 31489987 - 31490191
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||  | |||||||| |||| |||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  31489987 agtagaatcattataatttctggagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatgtagtttacagagttccactcttgaattggaccaactctcttc 31490086  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatcatattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagc 217  Q
    ||||||| | || |||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||  ||||| ||| ||| ||| |||  |||||||||||| |||| |||||    
T  31490087 aattattttctctaaaagctttcaaactttatcatattatcagtgattatgaggagttgacatatgacatattaaattatgctaatggcttaccactagc 31490186  T
Q  218 aatta 222  Q
     ||||    
T  31490187 gatta 31490191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 202 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 31033591 - 31033457
Alignment:
Q  202 atggcctacctctagcaattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaa 301  Q
    |||||||||| |  |||||||||||||| ||||| |||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  31033591 atggcctaccaccggcaattaaagtattgggctcatttt-gtgtggtcgaaatatctctgaatggacaagtgcattggctagattgagagaaaatccaaa 31033493  T
Q  302 caaagatatcatggatgtgttgcgattaagttttga 337  Q
     |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  31033492 taaagatattatggatgtgctgcgattaagttttga 31033457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 23 - 318
Target Start/End: Original strand, 31483145 - 31483443
Alignment:
Q  23 aatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttcaatta 122  Q
    |||||||||| ||| ||||||||  ||||| ||| |  | |||||||| || | | |||||||||||||  ||||| ||  ||| |||||||||||||||    
T  31483145 aatcattatagtttgtagagatgctcatatcttggaagagtatggagtggacgcactttacaaagttccattcttgaatgagacaaactctcttcaatta 31483244  T
Q  123 ttgtgtcgaaaagctttcaaacttgatcatattatgagt---agttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagcaa 219  Q
    || |||||||||||||||||   |||| |||||| ||||   ||||||||  || || ||| ||| ||  |||  ||||| ||||||||||| ||||  |    
T  31483245 ttctgtcgaaaagctttcaagtgtgataatattaagagtgatagttatgaggagatgacatatgacatgttaaattatgccaatggcctaccactagtga 31483344  T
Q  220 ttaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggatg 318  Q
    | ||||| ||| | || ||||||||  |||||| ||||| |||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  31483345 taaaagtgttaagttcatttttgtacaatcgaagtatctctgaatggcgaagtgcattggctagattgggagaaagtccaaacaaaaatattatggatg 31483443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 195 - 340
Target Start/End: Original strand, 31245571 - 31245716
Alignment:
Q  195 tatgctaatggcctacctctagcaattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaa 294  Q
    ||||| |||||||| ||  ||||||||||||| || ||||| ||||||||||  ||| || ||| |||||||| ||||||||||||||| || |||||||    
T  31245571 tatgccaatggccttccattagcaattaaagttttgggctcatttttgtatggccgagatgtctctgaatggagaagtgcattggcaaggttaagagaaa 31245670  T
Q  295 gtccaaacaaagatatcatggatgtgttgcgattaagttttgatgg 340  Q
      ||||  | |||||| ||||||||  | ||| | |||||||||||    
T  31245671 acccaaggacagatattatggatgtacttcgaattagttttgatgg 31245716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 18 - 101
Target Start/End: Original strand, 31245394 - 31245477
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggat 101  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||   |  |||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  31245394 agtagaatcatcataatttctagagatgttcatatcttgagagagcatggagtagatgaagtgtacaaagttcgactcttggat 31245477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 18 - 341
Target Start/End: Original strand, 17439140 - 17439466
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||||||||| || ||| ||||||   | ||| | |    
T  17439140 agtagaatcattatcatttctagagatgagcatatattgaaaaagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaattggagagattct-tac 17439238  T
Q  118 aa-ttattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatca---tattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctc 213  Q
    || ||||| |||||||||||||||||| ||||  |   ||||||||||| |||| | || ||||||  ||||||||| || ||||||||||| ||||| |    
T  17439239 aagttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaacattattatgagtaattatcaaaatttggcaaatgagatactgagatatgctaatggtctaccac 17439338  T
Q  214 tagcaattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcat 313  Q
    |||||||||||||| | ||||| ||||||| || | | ||| |   ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||| ||||    
T  17439339 tagcaattaaagtaatgggctcatttttgtttggttgtaatgtgactgaatggaagagtgcattggctagattgagagagagtccagataaagatgtcat 17439438  T
Q  314 ggatgtgttgcgattaagttttgatggg 341  Q
     || ||| ||| ||||||||||||||||    
T  17439439 agacgtgctgcaattaagttttgatggg 17439466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 33 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 33273545 - 33273234
Alignment:
Q  33 atttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttcaattattgtgtcgaa 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||| ||||||||||||||| || ||| |||||||  | ||||   | ||||| |||| ||    
T  33273545 atttctagagatgagcatatattgaaatactatggagtggatgcagtttacaaagttccacttttgaattggacagattctcacaagttattttgtcaaa 33273446  T
Q  133 aagctttcaaacttgatca---tattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagcaattaaagtatt 229  Q
    ||||||||||| ||||  |   ||||||||||| |||||| || || || | |||||| |||   ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  33273445 aagctttcaaatttgagaaagttattatgagtaattatgaaaacttagcgtatgagattctagattatgctaatggtctaccactagcaattatagtatt 33273346  T
Q  230 aggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggatgtgttgcgatta 329  Q
     ||||| ||||||| || ||| ||| |   ||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||||    
T  33273345 gggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgccctggctagattgagagaaagtccaaataatgatatcatggatgtgctgcaatta 33273246  T
Q  330 agttttgatggg 341  Q
    ||||||||||||    
T  33273245 agttttgatggg 33273234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 33 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 33306239 - 33305928
Alignment:
Q  33 atttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggat-tggactaactctcttcaattattgtgtcga 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| | ||||||||||||| |||||| || ||| | || ||||   | ||||| ||||||    
T  33306239 atttctagagatgagcatatattgaaggagtatggagtggatgtattttacaaagttccactcttgaatatggccgaa-tctcacaagttattttgtcga 33306141  T
Q  132 aaagctttcaaacttgatcatattat---gagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagcaattaaagtat 228  Q
    |||||||||||||||||  | |||||   | ||| |||| | || ||||||  ||||||| | || ||||||||||| ||||| |||||||||| | |||    
T  33306140 aaagctttcaaacttgagaacattatattgggtaattatcaaaatttggcagatgagatattgagttatgctaatggtctacccctagcaattacaatat 33306041  T
Q  229 taggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggatgtgttgcgatt 328  Q
    | ||||| ||||||| || ||| ||| |   ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||  ||    
T  33306040 tgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattggctagattgagagaaagtccaaataaagatgtcatgaatgtgctgcattt 33305941  T
Q  329 aagttttgatggg 341  Q
    |||||||||||||    
T  33305940 aagttttgatggg 33305928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 33389840 - 33389515
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| || | ||||||||||||||| || ||| || ||||  | ||||       
T  33389840 agtagaataattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggacgtagtttacaaagttccacttttgaatcggaccgattctcaca 33389741  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatca---tattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctct 214  Q
    | ||||| |||| |||||||||||||| |||  |   |||||||||||||||  | || ||||  | ||||||||| || ||||||||||| || || ||    
T  33389740 agttattttgtcaaaaagctttcaaacatgagaaaattattatgagtagttaccaaaatttggattttgagatactgagttatgctaatggtcttccact 33389641  T
Q  215 agcaattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatg 314  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||| ||| |   ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| | || ||| |||||    
T  33389640 agcaattaaagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattggctagattgagagaaaggccagataacgatgtcatg 33389541  T
Q  315 gatgtgttgcgattaagttttgatgg 340  Q
    |||||| | |  ||||||||||||||    
T  33389540 gatgtgctacagttaagttttgatgg 33389515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 33402382 - 33402054
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||  | |||| ||| || | ||||||||||||||  || ||| |||||||  | |||| |     
T  33402382 agtagaattattatcatttctagagatgaacatatattgaaagagtatgaagtggacgtagtttacaaagttcaacttttgaattggaccgaatctcata 33402283  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatca---tattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctct 214  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||  |||  |   ||||||||||| |||| | || ||||||  | ||||| | |  ||||||| ||| ||||| ||    
T  33402282 agttattttgtcgaaaagctttcaaagctgagaaaattattatgagtaattatcaaaatttggcaaataagatattgaattatgctagtggtctaccact 33402183  T
Q  215 agcaattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatg 314  Q
     |||||||||||||| ||||| |||||||  | ||| ||| |   ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  33402182 tgcaattaaagtattgggctcatttttgttcggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattggctaaattgagagaaagtccaaataaagatgtcatg 33402083  T
Q  315 gatgtgttgcgattaagttttgatgggtt 343  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  33402082 gatgtgctgcaattaagttttgatgggtt 33402054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 18 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 33059331 - 33059005
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||| ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||    |||||||| |||| ||||||||||||| | || |||||||||| | |  |||       
T  33059331 agtagaattattatcatttctagagatgagcatgtattgaaagcgtatggagtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcaca 33059232  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatca---tattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctct 214  Q
      ||||| ||||||||||||||||||  |||  |   ||||||||||| |||| | || |||| |  | ||||||||   |||||||| || ||||| ||    
T  33059231 tgttattttgtcgaaaagctttcaaagatgagaaaattattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccact 33059132  T
Q  215 agcaattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatg 314  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||| |   ||||||||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||   |||||| |||||    
T  33059131 agcaattaaagtattgggctcgtttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgactagattgagacaaagtccagttaaagatgtcatg 33059032  T
Q  315 gatgtgttgcgattaagttttgatggg 341  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  33059031 gatgtgctgcaattaagttttgatggg 33059005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 33411721 - 33411393
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  | || ||||| |||| ||||||||||||||| ||  || || | ||  | |||        
T  33411721 agtagaatcgttatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtacggagtggatgtagtttacaaagttccacttatgaatagtacagattcttacg 33411622  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatca---tattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctct 214  Q
    | ||||| |||||||||||||||||| ||||  |   ||||||||||  |||| | || ||||||  ||||||||||   |||||||| || ||||| ||    
T  33411621 agttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcaaatgagatactagattatgctaaaggtctaccact 33411522  T
Q  215 agcaattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatg 314  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||  | | |   ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  | || ||| |||||    
T  33411521 agcaattaaagtattgggctcatttttgtttggtcatagtgtggctgaatggaagagtgcattggctagattgagagaaagtccgcataatgatgtcatg 33411422  T
Q  315 gatgtgttgcgattaagttttgatgggtt 343  Q
    |||||| |||  |||||||||||||||||    
T  33411421 gatgtgctgcacttaagttttgatgggtt 33411393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 40 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 9168520 - 9168213
Alignment:
Q  40 gagatgagcatatattgaagaattatggagta---gatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttcaattattgtgtcgaaaagc 136  Q
    |||||||||||||||||||  | |||||||||   |||| ||||||||||||||| |||||| ||  |||| | ||||   | ||||| | |||||||||    
T  9168520 gagatgagcatatattgaaagagtatggagtactggatgtagtttacaaagttccactcttgaatcagactgaatctcactagttattttatcgaaaagc 9168421  T
Q  137 tttcaaacttgatca---tattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagcaattaaagtattaggc 233  Q
    ||||||||||||  |   |||||  |||| |||| | || ||||||| ||||||||| |  ||||| || || |||||  |||||||||||||||| |||    
T  9168420 tttcaaacttgagaaaactattagcagtaattatcaaaatttggcatatgagatacttaattatgcgaaaggtctaccattagcaattaaagtattgggc 9168321  T
Q  234 tcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggatgtgttgcgattaagtt 333  Q
    || ||||||| || ||| ||| |   |||||| || ||||||||||| ||||||||| |||  ||| | |||||| ||||||||||||||| | ||||||    
T  9168320 tcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatgcaagagtgcattggctagattgagacaaatcccagataaagatgtcatggatgtgttgcaactaagtt 9168221  T
Q  334 ttgatggg 341  Q
    ||||||||    
T  9168220 ttgatggg 9168213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 340
Target Start/End: Original strand, 31561121 - 31561446
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||| ||||||||||||||| || ||| ||  | |  | ||||       
T  31561121 agtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctcaca 31561220  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatca---tattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctct 214  Q
      ||||| |||||||||||||||||| ||||  |   ||||||||||  |||| | || ||||||  ||||||||| |  |||||||| || ||||| ||    
T  31561221 tgttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgctaaaggtctaccgct 31561320  T
Q  215 agcaattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatg 314  Q
    |||||||| |||||| ||||| ||||||| || ||| ||| |   ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| | ||  || |||||    
T  31561321 agcaattacagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccagataataatgtcatg 31561420  T
Q  315 gatgtgttgcgattaagttttgatgg 340  Q
    |||||| |||   |||||||||||||    
T  31561421 gatgtgctgcagataagttttgatgg 31561446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 33287310 - 33286985
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |  | |||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| | |  |||       
T  33287310 agtagaattattatcatttctagagatgagcatatattggaagagtatggagtggatgtagtctacaaagttccactcttggattggaatgaagctcaca 33287211  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatca---tattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctct 214  Q
      ||||| ||||||||||||||||||   ||  |   ||||||||| | |||||| |  |||| || |||||||||    ||||||||||| |||||  |    
T  33287210 tgttattttgtcgaaaagctttcaaagaagagaaaattattatgagaaattatgaaagtttggtatatgagatactggattatgctaatggtctaccgtt 33287111  T
Q  215 agcaattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatg 314  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||| ||| |    |||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||| | || ||| |||||    
T  33287110 agcaattaaagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgacggaatggaagagtgcattgactagattaagagaaagtccagataatgatgtcatg 33287011  T
Q  315 gatgtgttgcgattaagttttgatgg 340  Q
    |||||| |||  ||||||||||||||    
T  33287010 gatgtgctgcagttaagttttgatgg 33286985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 27 - 339
Target Start/End: Original strand, 33642923 - 33643238
Alignment:
Q  27 attataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttcaa-ttattg 125  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||| ||||||||||||||| || ||| ||  |||  | ||| | ||| || ||     
T  33642923 attatcatttctagagatgagcatatattgaaagtgtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcagacagaatct-tgcaagttgttt 33643021  T
Q  126 tgtcgaaaagctttcaaacttgatca---tattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagcaatta 222  Q
    |||||||||||||||||||||||  |   ||||||||||| ||||   ||||||||||||||  ||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  33643022 tgtcgaaaagctttcaaacttgagaaaactattatgagtaattatcgaaagttggcatctgatgtactacgttatgctaatggtctaccactagcaatta 33643121  T
Q  223 aagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggatgtgtt 322  Q
     | ||||  |||| ||||||| || ||| ||| |   |||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||| | || ||| | ||||||||| |    
T  33643122 caatattgagctcatttttgtttggtcgtaatgtaactgaatggaatggtgcattggctagattgagagaaggtccagataatgatgttatggatgtgct 33643221  T
Q  323 gcgattaagttttgatg 339  Q
    | | ||||| |||||||    
T  33643222 gagtttaagctttgatg 33643238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 152 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 33264280 - 33264091
Alignment:
Q  152 tattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagcaattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcga 251  Q
    ||||||||||| |||| | || ||||||  ||||||| | || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || | ||||| || |||     
T  33264280 tattatgagtaattataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatatttgtttggtcgt 33264181  T
Q  252 aatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggatgtgttgcgattaagttttgatggg 341  Q
    ||| |   ||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||| | || ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33264180 aatgtgactgaatggaagagtacattggctagtttgagagaaagtccagataatgatgtcatggatgtgttgcaattaagttttgatggg 33264091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 260 - 340
Target Start/End: Original strand, 28869328 - 28869408
Alignment:
Q  260 tgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatggatgtgttgcgattaagttttgatgg 340  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||    
T  28869328 tgaatggaagagtgcattggctagattgagagaaagtccagataatgatgtcatggatgtgctgcagttaagttttgatgg 28869408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 195 - 292
Target Start/End: Original strand, 13609622 - 13609719
Alignment:
Q  195 tatgctaatggcctacctctagcaattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagaga 292  Q
    |||||| ||||| | || ||||||||| |||| || ||||| |||||||||| |||| || ||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  13609622 tatgctgatggcattccactagcaattgaagtgttgggctcatttttgtatggtcgagatgtctctgaatggagaagtgcattggccagattaagaga 13609719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 18 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 8528 - 8202
Alignment:
Q  18 agtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcctctcttggattggactaactctcttc 117  Q
    |||| |||| |||| ||||| |||||||| |||||||||||  | |||  ||| |||| ||||||||||||||| || |||||||||||  | ||||       
T  8528 agtagaatcgttatcatttcaagagatgaacatatattgaaagaatataaagtggatgtagtttacaaagttccactgttggattggaccgagtctcaca 8429  T
Q  118 aattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatcatattat---gagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctct 214  Q
    | ||||| |||| ||||||||||||||||||  | |||||   ||  | |||| | || ||||||| ||||||||| |  || |||||||| ||||| ||    
T  8428 agttattttgtcaaaaagctttcaaacttgagaaaattatcatgaaaaattatcaaaatttggcatatgagatactgaattacgctaatggtctaccact 8329  T
Q  215 agcaattaaagtattaggctcgtttttgtatgatcgaaatatctttgaatggaaaagtgcattggcaagattgagagaaagtccaaacaaagatatcatg 314  Q
    |||||||| |||||| ||||| ||||||| || ||| ||| |   ||||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  8328 agcaattacagtattgggctcatttttgtctggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattggctagactgagacaaagtccaaataaagatgtcatg 8229  T
Q  315 gatgtgttgcgattaagttttgatggg 341  Q
    |||||| | | |||||||| |||||||    
T  8228 gatgtgcttcaattaagttatgatggg 8202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University