View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9359_low_8 (Length: 611)

Name: NF9359_low_8
Description: NF9359
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9359_low_8
NF9359_low_8
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (18-605)||(27105355-27105942)
chr3 (27-605)||(27098365-27098943)
chr3 (96-605)||(27085768-27086277)
chr3 (27-605)||(27069643-27070221)
chr3 (181-605)||(27062730-27063148)
chr3 (160-605)||(27041354-27041799)
chr3 (27-259)||(27056534-27056765)
chr3 (27-227)||(27045634-27045834)
chr3 (435-508)||(27046048-27046121)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (471-535)||(19414817-19414881)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 568; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 568; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 605
Target Start/End: Original strand, 27105355 - 27105942
Alignment:
Q  18 cttattaggttaataatttcatagagtggcctttcatcgagctcgctaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27105355 cttattaggttaataatttcatagagtggcctttcatcgagctcgctaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattag 27105454  T
Q  118 gtaaaggttcaaaatccttcaacttgcgtctaataccagttacaatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27105455 gtaaaggttcaaaatccttcaacttgcgtctaataccagctacaatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatct 27105554  T
Q  218 ccacacataacctgcaattgattcaaaagttgtgaaccttatacctccactttccttcatcaaactcaacttaagctttgttaacatttcaccctccaca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27105555 ccacacataacctgcaattgattcaaaagttgtgaaccttatacctccactttccttcatcaaactcaacttaagctttgttaacatttcaccctccaca 27105654  T
Q  318 ttaaaacaatatttcttcataactgtagtgttgtcttgattcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcatagggctttctggaaatggttgtt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27105655 ttaaaacaatatttcttcataactgtagtgttgtcttgattcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcatagggctttctggaaatggttgtt 27105754  T
Q  418 tagttattgatccaataagtctctctctttcccacacaggtatcgtcgagggttcatttcttccccttgcaagttcaataatcgctttgaataattgaga 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27105755 tagttattgatccaataagtctctctctttcccacacaggtatcgtcgagggctcatttcttcctcttgcaagttcaataatcgctttgaataattgaga 27105854  T
Q  518 tgcaccaactccgtcacagatagcgtgcagcacccccattccgatcgtaaaacctccacaacgaaattttgtcaccttgaacaccaaa 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27105855 tgcaccaactccgtcacagatagcgtgcagcacccccattccgattgtgaaacctccacaacgaaattttgtcaccttgaacaccaaa 27105942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 471; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 605
Target Start/End: Original strand, 27098365 - 27098943
Alignment:
Q  27 ttaataatttcatagagtggcctttcatcgagctcgctaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattaggtaaaggtt 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27098365 ttaataatttcatagagtggcctttcatcgagctcactaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattaggtaaaggat 27098464  T
Q  127 caaaatccttcaacttgcgtctaataccagttacaatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccacacata 226  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27098465 caaaatccttcaagttgcgtctaatacctgctacaatggtcagtactgtttcaccattgctgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccaaacata 27098564  T
Q  227 acctgcaattgattcaaaagttgtgaaccttatacctccactttccttcatcaaactcaacttaagctttgttaacatttcaccctccacattaaaacaa 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| || | ||||||||||    
T  27098565 acctgcaattgattcaaaagttgtgaaccttatatttccactttccttcatcaagctcaacttaagccttgttatcatttcaccatcaatattaaaacaa 27098664  T
Q  327 tatttcttcataactgtagtgttgtcttgattcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcatagggctttctggaaatggttgtttagttattg 426  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27098665 tattgcttcataactgtagtgttgtgttgattcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcatagggctttctggaaatggttgttcagttattg 27098764  T
Q  427 atccaataagtctctctctttcccacacaggtatcgtcgagggttcatttcttccccttgcaagttcaataatcgctttgaataattgagatgcaccaac 526  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27098765 atccaataagtctctctctttcccacacaggtatcttcgagggctcatttcttccccttgcaagttcaatgatcgctttgaagaattgagatgcaccaac 27098864  T
Q  527 tccgtcacagatagcgtgcagcacccccattccgatcgtaaaacctccacaacgaaattttgtcaccttgaacaccaaa 605  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27098865 tccgtcacagatagcgtgcaacacccccattccgatcgtgaaacctccacaaagaaattttgtcaccttgaacaccaaa 27098943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 96 - 605
Target Start/End: Original strand, 27085768 - 27086277
Alignment:
Q  96 gaattcccataataaccattaggtaaaggttcaaaatccttcaacttgcgtctaataccagttacaatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagtt 195  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||  ||| ||||||| || ||||||||| |||||  | ||||||| | | |||||  ||||||| | |||||||    
T  27085768 gaattcccataataccctttaggtaaagtatcataatcctttaagttgcgtctactaccaactgcaatggttagcgctgttaaaccattgcttttaagtt 27085867  T
Q  196 ttaaggctcttgctcttgatctccacacataacctgcaattgattcaaaagttgtgaaccttatacctccactttccttcatcaaactcaacttaagctt 295  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||  | || |||| ||||||||||||||||||||  |    
T  27085868 ttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaaccttatattttcattttcattcatcaaactcaacttaagtct 27085967  T
Q  296 tgttaacatttcaccctccacattaaaacaatatttcttcataactgtagtgttgtcttgattcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcata 395  Q
    | ||| |||||||||||| || |||||||||||||  || || |  ||||| || | |||||| | ||| ||||||| || |||||||||   || |||     
T  27085968 tcttatcatttcaccctctactttaaaacaatattgtttaattatcgtagtattattttgatttacaaagggtgaaagtgaaacagattctcggtccatg 27086067  T
Q  396 gggctttctggaaatggttgtttagttattgatccaataagtctctctctttcccacacaggtatcgtcgagggttcatttcttccccttgcaagttcaa 495  Q
    || | || |||||| | |||| ||| |||||||||||   || | |||||||||||||||||| ||   || || ||| ||||||| |||||||||||||    
T  27086068 ggacattgtggaaaagtttgtatagctattgatccaacttgtttttctctttcccacacaggtttcactgatggctcagttcttcctcttgcaagttcaa 27086167  T
Q  496 taatcgctttgaataattgagatgcaccaactccgtcacagatagcgtgcagcacccccattccgatcgtaaaacctccacaacgaaattttgtcacctt 595  Q
     ||| ||| |||| | ||| ||||| |||| ||||||||| ||||| |||  || ||||||||| || || ||||| |||||| |||||||||||||| |    
T  27086168 caattgctctgaagatttgtgatgcgccaaatccgtcacaaatagcatgcgacaaccccattccaattgtgaaaccgccacaaagaaattttgtcaccat 27086267  T
Q  596 gaacaccaaa 605  Q
     |||||||||    
T  27086268 taacaccaaa 27086277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 27 - 605
Target Start/End: Original strand, 27069643 - 27070221
Alignment:
Q  27 ttaataatttcatagagtggcctttcatcgagctcgctaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattaggtaaaggtt 126  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||   |||||||| |     |||||||| ||||| || || |||||||  |    
T  27069643 ttaacaatttcatagagtggcatttcatcgagctcactcacttttaaaacaacttttgcatccatggtagaattcccgtaataccctttcggtaaagtat 27069742  T
Q  127 caaaatccttcaacttgcgtctaataccagttacaatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccacacata 226  Q
    |||||||| |||| || ||||| ||||||  ||  ||  ||| || ||||| | ||||| || |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27069743 caaaatccatcaagttacgtctcataccaactaacatattcagcattgttttatcattgctgctaagctttaaggctcttgctcttgacctccacacata 27069842  T
Q  227 acctgcaattgattcaaaagttgtgaaccttatacctccactttccttcatcaaactcaacttaagctttgttaacatttcaccctccacattaaaacaa 326  Q
    ||||||||    |||||||||||| |||| |||   | ||||||  ||||||||||||||||||||  |||||| | |||| ||||| || |||||| ||    
T  27069843 acctgcaagaacttcaaaagttgtaaaccctattttttcacttttattcatcaaactcaacttaagtcttgttatcgtttcgccctctactttaaaagaa 27069942  T
Q  327 tatttcttcataactgtagtgttgtcttgattcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcatagggctttctggaaatggttgtttagttattg 426  Q
    |||| ||| |||| |||||| ||   |||||||| ||| |||||||||||||||||||   ||| ||| || | || |||||| |||||| ||| |||||    
T  27069943 tattgcttaataattgtagtattagtttgattcacaaagggtgaaaatgcaacagattttctgtccatgggacattgtggaaaaggttgtatagctattg 27070042  T
Q  427 atccaataagtctctctctttcccacacaggtatcgtcgagggttcatttcttccccttgcaagttcaataatcgctttgaataattgagatgcaccaac 526  Q
    ||||||   || | |||||||||||||||||| ||   || || ||| ||||||| ||||||||||||| ||  |||||||| ||||| ||||||||||     
T  27070043 atccaacttgtgtttctctttcccacacaggtttcacagatggctcagttcttcctcttgcaagttcaacaactgctttgaagaattgtgatgcaccaaa 27070142  T
Q  527 tccgtcacagatagcgtgcagcacccccattccgatcgtaaaacctccacaacgaaattttgtcaccttgaacaccaaa 605  Q
    ||||||||| ||||| ||   || ||||||||| || || ||||| |||||  |||||||||||||| | |||||||||    
T  27070143 tccgtcacaaatagcatgtgacatccccattccaattgtgaaaccaccacagagaaattttgtcaccattaacaccaaa 27070221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 181 - 605
Target Start/End: Original strand, 27062730 - 27063148
Alignment:
Q  181 cattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccacacataacctgcaattgattcaaaagttgtgaaccttatacctccactttccttcatcaa 280  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||       |||| ||||||||    
T  27062730 cattgctgctaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaaccttatat------tttcgttcatcaa 27062823  T
Q  281 actcaacttaagctttgttaacatttcaccctccacattaaaacaatatttcttcataactgtagtgttgtcttgattcagaaaaggtgaaaatgcaaca 380  Q
    ||||||||||||  |||||| | |||| ||||| || ||||||||||||| ||| |||| | |||| ||   |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  27062824 actcaacttaagtcttgttatcgtttcgccctctactttaaaacaatattgcttaataattttagtattaggttgattcacaaagggtgaaaatgcaaca 27062923  T
Q  381 gattccttgttcatagggctttctggaaatggttgtttagttattgatccaataagtctctctctttcccacacaggtatcgtcgagggttcatttcttc 480  Q
    |||||  ||| ||| |||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||   |  | |||||||||||||||||| ||   || || ||  ||||||    
T  27062924 gattctctgtccatggggcattgtggaaatggttgtgtagttattgttccaacttggttttctctttcccacacaggtttcactgatggctcggttcttc 27063023  T
Q  481 cccttgcaagttcaataatcgctttgaataattgagatgcaccaactccgtcacagatagcgtgcagcacccccattccgatcgtaaaacctccacaacg 580  Q
    | ||||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||| ||||| ||   || ||||||||| || || ||||| |||||| |    
T  27063024 ctcttgcaagttcaagaattgctttgaagaattgtgatgcgccaaatccgtcacaaatagcatgtgacatccccattccaattgtgaaaccaccacaaag 27063123  T
Q  581 aaattttgtcaccttgaacaccaaa 605  Q
    |||||| |||||| | |||||||||    
T  27063124 aaatttcgtcaccattaacaccaaa 27063148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 160 - 605
Target Start/End: Original strand, 27041354 - 27041799
Alignment:
Q  160 caatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccacacataacctgcaattgattcaaaagttgtgaaccttat 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||    
T  27041354 caatggtcaacactgtttcaccattgctgttaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaacctcat 27041453  T
Q  260 acctccactttccttcatcaaactcaacttaagctttgttaacatttcaccctccacattaaaacaatatttcttcataactgtagtgttgtcttgattc 359  Q
       | || |||  |||||||||||||| |||||   ||||| |||||||||||| || |||||||||||||  || || |  ||||| || | ||||||     
T  27041454 tttttcatttttattcatcaaactcaatttaagtcctgttatcatttcaccctctactttaaaacaatattgtttaattatcgtagtattattttgattt 27041553  T
Q  360 agaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcatagggctttctggaaatggttgtttagttattgatccaataagtctctctctttcccacacaggta 459  Q
    | ||| ||||||| || |||||||||   || ||| || | || |||||| |||| | ||| |||||||| ||   || | ||||||||||||||||||     
T  27041554 acaaagggtgaaagtgaaacagattctcggtccatgggacattgtggaaaaggttttatagctattgatcgaacttgtttttctctttcccacacaggtt 27041653  T
Q  460 tcgtcgagggttcatttcttccccttgcaagttcaataatcgctttgaataattgagatgcaccaactccgtcacagatagcgtgcagcacccccattcc 559  Q
    ||   || || ||| ||||||| ||| ||||||||| ||| ||| |||| | ||| ||||| |||| ||||||||| ||||| |||  || |||||||||    
T  27041654 tcactgatggctcagttcttccacttccaagttcaacaattgctctgaagatttgtgatgcgccaaatccgtcacaaatagcatgcgacaaccccattcc 27041753  T
Q  560 gatcgtaaaacctccacaacgaaattttgtcaccttgaacaccaaa 605  Q
     || || ||||| |||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  27041754 aattgtgaaaccgccacaaagaaattttgtcaccattaacaccaaa 27041799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 27 - 259
Target Start/End: Original strand, 27056534 - 27056765
Alignment:
Q  27 ttaataatttcatagagtggcctttcatcgagctcgctaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattaggtaaaggtt 126  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| | |||||| || |||||||| |||   ||| |||| | |   ||||| ||||| || || ||||||||||  |    
T  27056534 ttaacaatttcatagagtggcatttcgttgagctcactcacttttaaaacaacatttacatctatagtagaatttccatattaccctttaggtaaagtat 27056633  T
Q  127 caaaatccttcaacttgcgtctaataccagttacaatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccacacata 226  Q
    || |||||| ||| |||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  27056634 cataatcctccaagttgcgtctaataccaactgcaatggtcagcactgtttcaccattgctgttaagttttaaggctcttgctcttgacctctacacata 27056733  T
Q  227 acctgcaattgattcaaaagttgtgaaccttat 259  Q
    |||||||| | | ||||||||||||||||||||    
T  27056734 acctgcaagt-actcaaaagttgtgaaccttat 27056765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 27 - 227
Target Start/End: Original strand, 27045634 - 27045834
Alignment:
Q  27 ttaataatttcatagagtggcctttcatcgagctcgctaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattaggtaaaggtt 126  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||   ||| |||| |||   | ||| |||||||| ||  |||| ||||| |    
T  27045634 ttaacaatttcatagagtggcatttcattgagctcactaacttttaacacaacttttccatccacagtagtattaccataataccctataggcaaaggat 27045733  T
Q  127 caaaatccttcaacttgcgtctaataccagttacaatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccacacata 226  Q
    || || | ||||   ||||||||||||||  ||  ||  |||||| |||||  ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27045734 cataacctttcatgctgcgtctaataccaactaacatattcaacattgtttttccattgttgctaagttgtaaggctcttgctcttgacctccacacata 27045833  T
Q  227 a 227  Q
    |    
T  27045834 a 27045834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 435 - 508
Target Start/End: Original strand, 27046048 - 27046121
Alignment:
Q  435 agtctctctctttcccacacaggtatcgtcgagggttcatttcttccccttgcaagttcaataatcgctttgaa 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   || || ||| |||||||  || ||||||||||||| ||||||||    
T  27046048 agtctctctctttcccacacaggtatcacagaaggctcacttcttccttttacaagttcaataattgctttgaa 27046121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 471 - 535
Target Start/End: Original strand, 19414817 - 19414881
Alignment:
Q  471 tcatttcttccccttgcaagttcaataatcgctttgaataattgagatgcaccaactccgtcaca 535  Q
    |||||||||||  |||||| ||||| ||| || ||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  19414817 tcatttcttccttttgcaatttcaacaattgcattgaaaaattgagatgcaccaaatccatcaca 19414881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University