View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9361A_low_45 (Length: 395)

Name: NF9361A_low_45
Description: NF9361A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9361A_low_45
NF9361A_low_45
[»] chr6 (32 HSPs)
chr6 (7-395)||(4490040-4490428)
chr6 (7-387)||(4504082-4504462)
chr6 (7-382)||(3171813-3172188)
chr6 (9-387)||(4480760-4481138)
chr6 (7-389)||(4592296-4592678)
chr6 (11-372)||(4563793-4564154)
chr6 (7-374)||(4574388-4574755)
chr6 (7-389)||(4585701-4586083)
chr6 (7-389)||(4613403-4613785)
chr6 (7-376)||(4601867-4602236)
chr6 (7-375)||(4560585-4560952)
chr6 (7-387)||(4617089-4617469)
chr6 (7-377)||(4514806-4515176)
chr6 (7-387)||(4266851-4267231)
chr6 (35-387)||(4516388-4516740)
chr6 (7-386)||(4626019-4626398)
chr6 (8-374)||(4579512-4579878)
chr6 (60-387)||(4256349-4256677)
chr6 (35-374)||(4461203-4461542)
chr6 (7-376)||(4505935-4506304)
chr6 (8-352)||(4557227-4557571)
chr6 (7-333)||(4457715-4458041)
chr6 (35-387)||(4259867-4260219)
chr6 (7-352)||(4598273-4598618)
chr6 (8-389)||(4571037-4571418)
chr6 (35-377)||(4622219-4622561)
chr6 (86-374)||(4469883-4470171)
chr6 (11-373)||(4568137-4568499)
chr6 (63-387)||(4493022-4493346)
chr6 (35-158)||(4299534-4299657)
chr6 (247-367)||(4299671-4299791)
chr6 (80-157)||(4391885-4391962)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (7-387)||(1674293-1674673)
chr8 (7-387)||(20863528-20863908)
chr8 (35-352)||(16685980-16686297)
chr8 (119-158)||(1969140-1969179)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (9-387)||(27999786-28000164)
chr5 (7-387)||(24103066-24103446)
chr5 (116-158)||(20155247-20155289)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (7-387)||(1281181-1281561)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (36-351)||(3086523-3086838)
chr7 (117-158)||(41511442-41511483)
chr7 (113-158)||(48532780-48532825)
[»] scaffold0288 (1 HSPs)
scaffold0288 (35-387)||(3432-3784)
[»] scaffold0477 (1 HSPs)
scaffold0477 (35-387)||(4399-4751)
[»] scaffold0475 (1 HSPs)
scaffold0475 (80-207)||(3443-3569)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 32)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 395
Target Start/End: Original strand, 4490040 - 4490428
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4490040 tgatcttgttattggtggctcacaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 4490139  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4490140 ttgaatcacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccatttt 4490239  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4490240 ttgctgatcaaccacttagcagtagaattatttgcgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 4490339  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacacgaaactcg 395  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  4490340 caatgaattgatggtgggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggaggacacgagactcg 4490428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 7 - 387
Target Start/End: Original strand, 4504082 - 4504462
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||  |||||||| |  |||||||||||||||||||||| || ||     
T  4504082 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttgtgaatgaaacttctaatagaggacttgtagcaagttggtgtccacaagataaagtg 4504181  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4504182 ttgaaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagtgtttgtgctggagtgccaatgttgtgttggccatttt 4504281  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    || |||| || |||||||  || |  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  4504282 tttctgatcagccacttaatagcaacattatttgcgaagaatgggagattgggatgaagattgatgccaatgtacagagagaagaggtagagaaacttat 4504381  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacac 387  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  4504382 taatgaattgatggtgggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggaggacac 4504462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 7 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 3172188 - 3171813
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||||||||| |  || |||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||     
T  3172188 tgatcttgtcattggtggctcggttgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccgcaagagaaagtg 3172089  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||    
T  3172088 ttgaaccatccttcaattggcggattcttgactcactgcggatggaactcaaccacggaaagtgtatgtgctggaatgccaatgttgtgtaggccatttt 3171989  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    ||||||| ||||||| || |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  3171988 ttgctgatcaaccacctaacagtagaattatttgccaagaatggaagattgggatggaaattgataccaatgtaaagagaggggaggtagagaaactgat 3171889  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggag 382  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||    
T  3171888 caacgaattgatggtgggagagaaaggaaagaagatgaggcaaagggccatggagttgaagaagaaggcagaggag 3171813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 9 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 4481138 - 4480760
Alignment:
Q  9 atcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtatt 108  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  4481138 atcttgtcattggtggctcagtggtgttgtcatctgagtatttgaaagaaatttcaaatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtttt 4481039  T
Q  109 gaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttttt 208  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  4481038 gaaccacccttcaatcggcggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagtgtatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattcttt 4480939  T
Q  209 gctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatca 308  Q
    || || || |||| || | |||||||||||||  | ||||||||||||||  |  |||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||   | ||||    
T  4480938 gccgatcagccacctaaccgtagaattatttgcaatgaatgggagattggactcgaaatcgataccaatgtgaagagagaagatgtggagaggttaatca 4480839  T
Q  309 atgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacac 387  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  4480838 atgaattgttggtgggagagaaaggaaagaagatgaagcaaaaggccatggagttgaagaagatggcagaggaggacac 4480760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 7 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 4592678 - 4592296
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||||||| ||   || |||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| |||||| | |||    
T  4592678 tgatcttgtcattggtggcacaattgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcgtaatcgcgagctggtgtcctcaagagcaagta 4592579  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |    
T  4592578 ttaaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagtatatgtgctggaattccaatgttgtgttggccattct 4592479  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    ||  ||| || |||   | | ||||| ||||||   | |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  4592478 ttagtgatcagccaacaaactgtagacttatttacaatgaatgggagattgggatggaaattgatacgaatgtaaagagagaggaggtggagaaacttat 4592379  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacacga 389  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4592378 caatgaattgatggtgggagagaaaggaaagaagatgaggaaaaaggcaatcgagttgaagaagaaggcagaggagaacacga 4592296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 11 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 4564154 - 4563793
Alignment:
Q  11 cttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattga 110  Q
    ||||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  4564154 cttgtcattggtggctcagtcgttttgtcatctgagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcttaattgcaagttggtgtccacaggagaaagtattga 4564055  T
Q  111 accacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccattttttgc 210  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  || || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||     
T  4564054 accacccttcaattggcggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgg 4563955  T
Q  211 tgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaat 310  Q
    ||| || |||   | | ||||| ||||||   | |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||    
T  4563954 tgatcagccaacaaactgtagacttatttacaatgaatgggagattgggatggaaatcgatacgaatgtaaagagagaagaggtggagaaacttgtcaat 4563855  T
Q  311 gaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaa 372  Q
    |||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||||||||||    
T  4563854 gaattgatgtcaggagagaaaggaaagaagatgcggcaaaaggcaattgagttgaagaagaa 4563793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 7 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 4574755 - 4574388
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||||||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4574755 tgatcttgtcattggtggctcggtggttttctcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagagaaagta 4574656  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    |||||||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  || || |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  4574655 ttgaaccacctttcagtcggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagttccaatgttatgttggccatttt 4574556  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    || | || || |||   | | | |||  ||||||  | |||||||||||||| | | |||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| |    
T  4574555 tttcggatcagccagcaaactgcagatatatttgcaatgaatgggagattggaaaggaaatcgatactaatgtaaagagggaggaggtggagaaactggt 4574456  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaagg 374  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| || |  ||| ||||||||||||    
T  4574455 caatgaattgatgtccggagataaaggaaagaagatgaggcaaaaagccattgagctgaagaagaagg 4574388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 7 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 4586083 - 4585701
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| |||||||| ||   ||| ||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||  |||| ||  ||||||| || |||||| | |||    
T  4586083 tgatcttgtcattggtggttccttggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggttggtgcccgcaagagcaagta 4585984  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||      
T  4585983 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattca 4585884  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    ||||||| || |||   | | |||||||||||||  | |||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||| ||||| |||||  || |    
T  4585883 ttgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaagttgacaccaatgtgaagagagaggaggtggagaagttggt 4585784  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacacga 389  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  4585783 caatgaattgatggtgggagagaatggaaagaagatgaggcaaaaggcaatcgagttgaagaagaaggcggaggaggacacga 4585701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 7 - 389
Target Start/End: Original strand, 4613403 - 4613785
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||| |||||||  || |||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||  |||| || || |||||||| |||||| | |||    
T  4613403 tgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgagctggtgtcctcaagagcaagta 4613502  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4613503 ttaaaccacccttcaattggcggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccatttt 4613602  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    | || || || |||   | | | |||  ||| ||  | |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |    
T  4613603 tcgcggatcagccagcaaactgcagatatatatgcaatgaatgggaaattgggatggaaattgacaccaatgtgaagagagatgaggtagagaagctggt 4613702  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacacga 389  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  4613703 caatgaattgatggtgggagagaaaggaaagaaaatgaggcaaaaggcaattgagttgaagaagaaggcagaggaggacacga 4613785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 7 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 4602236 - 4601867
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | | ||||||||||| |||   || |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  4602236 tgatcttgtcattggtggctcagtgattttgtcatctgagtttacaaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtg 4602137  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  4602136 ttgaaccacccttcgatcggcggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccgatgttgtgttggccttttt 4602037  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    |||| || || |||   | | ||||| |||||||| | |||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||| ||| | | ||| |||||    
T  4602036 ttgccgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaatgaatgggagattggtatggaaatcgatacaaatgtgaagagagaggagttggcgaagctgat 4601937  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggca 376  Q
    ||||||| |||| | |||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  4601936 caatgaagtgatagccggagataaaggcaagaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagatggca 4601867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 7 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 4560952 - 4560585
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||||||||| | ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4560952 tgatcttgtcattggtggctcggtggttttctcatctgattttt-gaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagagaaagta 4560854  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  || || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  4560853 ttgaaccacccatcagtcggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagttccaatgttgtgttggccatttt 4560754  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    |||| || || |||   | | | |||  ||||||  | |||||| ||||||| |   |||||||||| ||||||||||| || || || ||||||||| |    
T  4560753 ttgcagatcagccagcaaactgaagatatatttgcaatgaatggaagattggaaacgaaattgatacaaatgtaaagagggaggacgtggagaaactggt 4560654  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggc 375  Q
    |||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||    
T  4560653 caatgaattgatgtcctgagataaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggagctgaagaaaaaggc 4560585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 7 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 4617469 - 4617089
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | | || |||||||| |||   || |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||     
T  4617469 tgatcttgtcattggtggctcagtgattttctcatctgagtttacaaatgaaattgcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagacaaagtg 4617370  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||  || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4617369 ttgaaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgcggatggaattcaaccactgaaagtatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggccatttt 4617270  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    |||| ||||| |||     | ||||| |||||||| | |||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||| ||| | |  || |||||    
T  4617269 ttgccgaccagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagattggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggagttggcaaagctgat 4617170  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacac 387  Q
    ||||||| |||| | |||||| ||||||||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4617169 caatgaagtgatagccggagataaaggaaagaaaatgaagcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaacac 4617089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 7 - 377
Target Start/End: Original strand, 4514806 - 4515176
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||| |||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  4514806 tgatcttgtcattggtggctcagtggttttgtcgtctgagtttgtgaatgaaattgcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtt 4514905  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||| | ||| |    
T  4514906 ttgaaccacccttcaattggcggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgagagcatatgcgctggagtgccaatgctttgttggcaattct 4515005  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    ||| ||| ||||||   | | ||||| |||||||  | |||||||||||||||||  |||| ||||  ||||| |||||||| ||||| || || ||  |    
T  4515006 ttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgcaatgaatgggagattgggatcgaaatcgatatgaatgtgaagagagaggaggttgaaaagcttgt 4515105  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcag 377  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||  | ||||||||| ||||||||||    
T  4515106 caatgaattgatggtgggagagaaaggaaataaaatgaggaaaaaggttatggagttgaaaaagaaggcag 4515176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 387
Target Start/End: Original strand, 4266851 - 4267231
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||     
T  4266851 tgatcttgtcattgggggctcagttgttttgtcatctgatttttttaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagataaagtg 4266950  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||  || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  4266951 ttgaaccacccttcgattggtggattcttgactcattgcggatggaattcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattct 4267050  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    ||| ||| || |||   | | ||||| |||||||  | ||||||||||||||  |  ||||  |||| ||||| |||||||| || || |||||  |  |    
T  4267051 ttggtgatcagccaacaaactgtagatttatttgctatgaatgggagattggactcgaaatcaatacaaatgtgaagagagatgacgtcgagaagttagt 4267150  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacac 387  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||| |    ||||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  4267151 caatgaattgatggtgggagagaaaggaaatatgatgaagcaaaatgtcttggagttgaagaggaaggcagaagagaacac 4267231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 35 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 4516740 - 4516388
Alignment:
Q  35 ttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaaccacccttcaattggtggattct 134  Q
    |||||||| |||||| |||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| |||||| |||| |||||||    
T  4516740 ttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattct 4516641  T
Q  135 tgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccattttttgctgaccaaccacttagcagtagaat 234  Q
    |||||||||||||||||||||| |  ||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || |||   |   | |||      
T  4516640 tgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggcctttttttgctgagcagccaacaaattgcagata 4516541  T
Q  235 tatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaatgaattgatggtcggagagaaagga 334  Q
    ||||||  | ||||||||||||||     |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  4516540 tatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaagga 4516441  T
Q  335 aagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacac 387  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||| ||||    
T  4516440 aagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacac 4516388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 7 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 4626398 - 4626019
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||||||||||    | | |||||| || |||  ||| |||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||| |||||||| |||    
T  4626398 tgatcttgtgattggtggctcatttatttcgtcatccgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccgcaagagaaagta 4626299  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || || ||||| |||||||| |||||| ||||||| |||  ||    
T  4626298 ctgaaccatccttcaattggtggattcttaactcattgtggatggaactcaaccattgaaagcatatgcgctggagttccaatgctgtgttggccaaatt 4626199  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    ||||||| || |||   |   |||||  ||||||  | |||||||||||||| ||| |||| ||| | ||||| ||||| || | |||||||||||||||    
T  4626198 ttgctgatcagccaacaaattgtagatatatttgcaatgaatgggagattggaatggaaatcgatgctaatgtgaagagggagggggtagagaaactgat 4626099  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaaca 386  Q
    ||||| ||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4626098 caatgcattgatggcaggagataacggaaagaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaaca 4626019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 8 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 4579878 - 4579512
Alignment:
Q  8 gatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtat 107  Q
    |||||||| || || |||||||  || |||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||  ||||| | || |||||||| |||||| | |||     
T  4579878 gatcttgtcatcggcggctcagctgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaataacgagctggtgtccgcaagagcaagtac 4579779  T
Q  108 tgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccattttt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || || |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4579778 tgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaatcactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattttt 4579679  T
Q  208 tgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtg-aaga-atgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactga 305  Q
     ||||| || ||| | ||| | |||  ||||| || || | |||| | ||||| ||  |||| || || ||||| |||||||| ||||| ||||| |||     
T  4579678 cgctgatcacccagtaagctgcaga--tatttatgcaatacatggaaaattggaattgaaatcgacactaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgg 4579581  T
Q  306 tcaatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaagg 374  Q
    | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  4579580 ttaatgaattgatggtgggagagaaagcaaagaagatgaggcaaaaggcaattgagttgaagaagaagg 4579512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 60 - 387
Target Start/End: Original strand, 4256349 - 4256677
Alignment:
Q  60 tttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaat 159  Q
    |||| ||||||||| |||| |  ||||||||||| |||||| | ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  4256349 tttcggatagaggactaatcgagagttggtgtccgcaagagcaagtactgaaccactcttcagttggtggattcttgactcattgaggatggaactcaac 4256448  T
Q  160 catggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccattttttgctgacca-accacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgg 258  Q
    ||| || || || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||   | | ||||| ||||||||   ||||||||||||||    
T  4256449 cattgaaagcatttgtgccggagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagaccaacaaactgtagatttatttgtagcgaatgggagattgg 4256548  T
Q  259 gatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacg 358  Q
     ||  ||||  |||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||  | |    
T  4256549 aattgaaatcaatactaatgtgaagagagatgaggtggagaatctgatcaatgaattgatgtcgggagaaaaaggaaagaagatgaggcaaaaggtcatg 4256648  T
Q  359 gagttgaagaagaaggcagcggagaacac 387  Q
    || |||||||||||| ||| | |||||||    
T  4256649 gaattgaagaagaagacagagaagaacac 4256677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 35 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 4461542 - 4461203
Alignment:
Q  35 ttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaaccacccttcaattggtggattct 134  Q
    ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4461542 ttgtcatctgagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagctggtgtccgcaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattct 4461443  T
Q  135 tgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccattttttgctgaccaaccacttagcagtagaat 234  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||  || || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||| || |||   | | ||||| |    
T  4461442 tgactcattgtggatggaattcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccgatgttgtgttggccattctttggtgatcagccagcaaactgtagatt 4461343  T
Q  235 tatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaatgaattgatggtcggagagaaagga 334  Q
    ||||||  |  |||||||||||||  |  |||| ||||   |||| ||||| || ||||| |||||  || |||| ||||||||||| |||||||  |||    
T  4461342 tatttgcaacaaatgggagattggacttgaaatcgataaagatgtgaagagggatgaggtggagaagttggtcaacgaattgatggttggagagattgga 4461243  T
Q  335 aagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaagg 374  Q
    |||||||||||||||||||  | ||| || ||||||||||    
T  4461242 aagaagatgaggcaaaaggtcatggaattcaagaagaagg 4461203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 7 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 4506304 - 4505935
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| || || |||   || ||||||||||||||| |  | |||||||| |||||| |||||||||| ||     
T  4506304 tgatcttgtaattggtggctcagtggttttgtcttcagagtttgcaaatgaaatttcagatagaagccttatagcaagctggtgttcacaagagaaagtg 4506205  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  || || ||||| ||||||||||||||| ||||||| || || |    
T  4506204 ttaaatcacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgctgtgttggccgttct 4506105  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    ||| ||| ||||||   | | ||||| |||||||  | |||| ||||||||| ||  |||||||||| ||||| || |||||| | |||||||| ||| |    
T  4506104 ttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgcaatgaattggagattggaatcgaaattgatactaatgtgaatagagaaaatgtagagaagctggt 4506005  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggca 376  Q
    | ||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||  | ||||||||| |||| ||||    
T  4506004 cgatgaaattatggttggagagaaaggaaacaagatgaggaaaaaggtcatggagttgaaaaagagggca 4505935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 8 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 4557571 - 4557227
Alignment:
Q  8 gatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtat 107  Q
    |||||||| || ||||||||||  || |||||||| || ||| | || |||||||||||||||||  |||| ||  | ||||| || |||||| | ||||    
T  4557571 gatcttgtcatcggtggctcagttgttttgtcatcggagtttgtcaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtat 4557472  T
Q  108 tgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccattttt 207  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || || |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4557471 taaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattttt 4557372  T
Q  208 tgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatc 307  Q
    |||||| || |||   | | | |||  ||||||  |   |||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||  || ||    
T  4557371 tgctgatcagccagcaaactgcagatatatttgcaatacatgggagattggcatggaaattgacaccaatgtgaagagagatgaggtagagaatttggtc 4557272  T
Q  308 aatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaag 352  Q
    |||||||||||||  || |||||||||||||||||| || |||||    
T  4557271 aatgaattgatggagggggagaaaggaaagaagatgtggaaaaag 4557227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 7 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 4458041 - 4457715
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||||||||| |  || |||||||| |||||| |||| |||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||     
T  4458041 tgatcttgtcattggtggctcggttgttttgtcatcggattttgtgaatgaaacttctgatagaggcttaatagcaagttggtgtccacaagataaagtg 4457942  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  || || ||||| ||||||||||||||| || |||| ||||| |    
T  4457941 ttgaaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgtggatgaaactcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgctgcgttggccattct 4457842  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    ||| |||  | |||   ||  ||||| |||||||  | ||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||  |  |    
T  4457841 ttggtgataagccaacaagttgtagatttatttgcaatgaatgagagattgggatggaaatcgatacaaatgtgaagagagatgaggtggagaagttagt 4457742  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaagg 333  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  4457741 caatgaattgatggtgggagaaaaagg 4457715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 35 - 387
Target Start/End: Original strand, 4259867 - 4260219
Alignment:
Q  35 ttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaaccacccttcaattggtggattct 134  Q
    ||||||||||| |||  ||  |||||||| ||||||||  |||| || || |||||||| |||||| | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  4259867 ttgtcatctgagtttgagagtgaaatttcggatagaggcctaatcgcgagctggtgtccgcaagagcaagtactgaaccactcttcagttggtggattct 4259966  T
Q  135 tgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccattttttgctgaccaaccacttagcagtagaat 234  Q
    | |||||||| ||||||||||||| ||| || || || ||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||   | | ||||| |    
T  4259967 taactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatttgtgccgaagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccaacaaactgtagatt 4260066  T
Q  235 tatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaatgaattgatggtcggagagaaagga 334  Q
    ||||||| | |||||||||||||| ||  ||||| |||| ||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||||||| | |||   |||||  |||||    
T  4260067 tatttgtaacgaatgggagattggaattgaaattaatactaatgtgaaaagagatgaggtggcgaagctgatcaatgaaattatgtcaggagaagaagga 4260166  T
Q  335 aagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacac 387  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  4260167 aagaagatgaggcaaaaggtcatggagttgaagaggaaggcagaggagaacac 4260219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 7 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 4598618 - 4598273
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||||||||| |  || |||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||  || | ||||| |||||||  |||||| | |||    
T  4598618 tgatcttgtcattggtggctcggttgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcttagttgcaagctggtgtctgcaagagcaagta 4598519  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||    
T  4598518 ttaaaccatccttcaattggtggattcttaactcattgcggatggaactcaaccactgaaagtatatgtgccggagtgccaatgttgtgttgtccctttt 4598419  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    | || || || | |   | | | |||  ||||||  | |||||||||||||| || |||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||| ||| |    
T  4598418 tcgcggatcagcaagccaactgcagatatatttgcaatgaatgggagattggaatcaaaattgaaactaatgtgaagagagaggaggtggagaagctggt 4598319  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaag 352  Q
    ||| |||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  4598318 caacgaattgatgtcgggagataaaggaaagaaaatgaggcaaaag 4598273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 8 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 4571418 - 4571037
Alignment:
Q  8 gatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtat 107  Q
    |||||||| |||||||||||||  || |||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||  |||| ||  |||||||  | |||||||| ||||    
T  4571418 gatcttgtcattggtggctcagttgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaattgctggttggtgctcgcaagagaaagtat 4571319  T
Q  108 tgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccattttt 207  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |  || || |||| | ||||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  4571318 tgaaccatccttcaattggtggtttcttgactcactgtggatggaactcaacgaccgaaagcatatctactggagttccaatgttgtgttagccattttt 4571219  T
Q  208 tgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatc 307  Q
    |||||| || |||   | | |||||  ||| ||  |   |||||||||||| ||  |||| ||||| ||||| |||||| | ||||| |||||  || ||    
T  4571218 tgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagattggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtc 4571119  T
Q  308 aatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacacga 389  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    | |||| ||||||||||||| | |||| ||||||    
T  4571118 aatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatataatggagatgaagaagaaggcggaggaggacacga 4571037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 35 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 4622561 - 4622219
Alignment:
Q  35 ttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaaccacccttcaattggtggattct 134  Q
    ||||||||||| |||  ||| |||||||||| ||||||  |||| ||| ||||||||||||||||| | ||| | ||||||||| |||||||||||||||    
T  4622561 ttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcaggtagaggcctaatcgcaggttggtgtccacaagaggaagtacttaaccaccctgcaattggtggattct 4622462  T
Q  135 tgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccattttttgctgaccaaccacttagcagtagaat 234  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||  || || ||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||| ||||| || |||   | | |||||      
T  4622461 tgactcattgtggatggaattcaaccaccgaaagcatatgtgctggagtttcaatgctgtgttggccatttttcgctgatcagccaacaaactgtagata 4622362  T
Q  235 tatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaatgaattgatggtcggagagaaagga 334  Q
    ||| ||  |   |||||||||||| ||  ||||  |||| ||||| || ||||| |||||   ||| ||||||||||||||||||   ||||| ||||||    
T  4622361 tatctgcaattcatgggagattggaatcgaaatcaatactaatgtgaaaagagaggaggtgtcgaatctgatcaatgaattgatgtcgggagataaagga 4622262  T
Q  335 aagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcag 377  Q
    ||||||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||    
T  4622261 aagaagatgagacaaaaggccatggagttgaaggagaaggcag 4622219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 86 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 4470171 - 4469883
Alignment:
Q  86 tggtgtccacaagagaaggtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgc 185  Q
    |||||||| |||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  || || ||||| ||||||||||    
T  4470171 tggtgtcctcaagagcaagtactgaaccacccttcaatcggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgc 4470072  T
Q  186 caatgttgtgttgaccattttttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagag 285  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| ||| || | |   |   ||||| |||||||  | ||||||||||||||  |  |||| ||||   |||| |||||    
T  4470071 caatgttgtgttggccattctttggtgatcagctagcaaattgtagatttatttgcaatgaatgggagattggacttgaaatcgataaagatgtgaagag 4469972  T
Q  286 agaagaggtagagaaactgatcaatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaagg 374  Q
    ||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||   | |||||| ||||||||||    
T  4469971 agatgaggtggagaagctagtcaatgaattgatggttggagagaatggaaagaagatgagggaaaagatcatggagttcaagaagaagg 4469883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 11 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 4568499 - 4568137
Alignment:
Q  11 cttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattga 110  Q
    ||||| |||||||||||||   | |||||||| || ||| |||| | || ||| ||||||||   ||||||||| |||||||| |||||| | || ||||    
T  4568499 cttgtcattggtggctcagttattttgtcatccgagtttgtgaatggaacttcggatagaggccaaatagcaagctggtgtccgcaagagcaagtgttga 4568400  T
Q  111 accacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccattttttgc 210  Q
    ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||| |   |||| || || |||||  |||| |||||||| ||||| || |||||| |    
T  4568399 accacccttcagttggacgattcttgactcattgtggatggaactccacattggaaagcatttgtgccagagtaccaatgttatgttggccttttttttc 4568300  T
Q  211 tgaccaacca-cttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaa 309  Q
    ||| || ||| | || | | |||  ||||||| |  | | |||||| || ||  |||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||    
T  4568299 tgagcagccaacata-ctgcagatatatttgtaataagttggagatcggaatcgaaattgatacaaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatgaa 4568201  T
Q  310 tgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaag 373  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  4568200 tgaattaatggtgggacagaaaggaaaaaagatgaggcaaaaggccgtggagttgaagaagaag 4568137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 63 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 4493346 - 4493022
Alignment:
Q  63 cagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcat 162  Q
    ||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||||  |  ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  4493346 cagatagaggcctaattgctagttggtgtccacaagagaaactgctgaaccaccattcgattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaactac 4493247  T
Q  163 ggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccattttttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatg 262  Q
      | |  |||||||| |||||||||||||||||||| || || |||  ||| || |||   | | ||||| | |||||  | |||| |||||||||  |     
T  4493246 caaaaacatatgtgccggagtgccaatgttgtgttggcctttctttagtgatcagccaacaaactgtagattgatttgcaatgaattggagattggagta 4493147  T
Q  263 aaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagt 362  Q
     |||| ||||  ||||| || |||||| | || ||||| ||| |||||||  | ||||| |||||||||||||| |||||||||  ||| || |||||||    
T  4493146 gaaatcgataggaatgttaatagagaaaatgtggagaatctggtcaatgagattatggttggagagaaaggaaacaagatgaggagaaaagccacggagt 4493047  T
Q  363 tgaagaagaaggcagcggagaacac 387  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||    
T  4493046 tgaaaaagaaggcagaggaggacac 4493022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 35 - 158
Target Start/End: Original strand, 4299534 - 4299657
Alignment:
Q  35 ttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaaccacccttcaattggtggattct 134  Q
    ||||||||||| |||  ||| ||||||||| |||||||  |||  ||||| | ||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4299534 ttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcaaatagaggcctaaccgcaagctagtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattct 4299633  T
Q  135 tgactcattgtggatggaactcaa 158  Q
    ||||||| ||||||||||||||||    
T  4299634 tgactcactgtggatggaactcaa 4299657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 247 - 367
Target Start/End: Original strand, 4299671 - 4299791
Alignment:
Q  247 atgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgagg 346  Q
    |||||||||||| ||  |||| ||||| ||||| | |||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||     
T  4299671 atgggagattggaatcgaaatcgatacaaatgtgaggagagaggaggtggaaaagctgatcaatgaattgatggtgggagagaaaggagataagatgaga 4299770  T
Q  347 caaaaggcgacggagttgaag 367  Q
    |||||||| | ||||||||||    
T  4299771 caaaaggcaagggagttgaag 4299791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 80 - 157
Target Start/End: Original strand, 4391885 - 4391962
Alignment:
Q  80 gcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactca 157  Q
    ||||| ||||||||  ||||| | |||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  4391885 gcaagatggtgtccgaaagagcaagtattgaaccacccttgaatttgtggattcttaacgcattgtggatgaaactca 4391962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 173; Significance: 6e-93; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 7 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 1674673 - 1674293
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||| ||     
T  1674673 tgatcttgtcattggtggctcagtggttttgtcatctgagtttatgaaagaaatttcagatagaggcctaatatcaaattggtgtccacaagagaaagtg 1674574  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||||||||||| ||  || || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1674573 ttgaaccacccttcaatcggcggattcttgacacactgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggccatttt 1674474  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    ||||||| || |||   | | ||||| |||||||| | |||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| |   | ||||| || ||    
T  1674473 ttgctgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaatgaatggaagattggtatggaaattgatacgaatgtgaagagagagggtttggagaagcttat 1674374  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacac 387  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  1674373 caatgaattgatggtgggagagaatggaaaaaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggagaacac 1674293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 387
Target Start/End: Original strand, 20863528 - 20863908
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||||||||| | | | || |||||||  ||| |||| |||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||     
T  20863528 tgatcttgtcattggtggctcggtgattttttcatctgcgtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgagttggtgtccacaagagaaggtg 20863627  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  20863628 ttgaaccatccttcaattggtggatttctaactcattgtggatggaactcaaccattgagagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgctggccatttt 20863727  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    ||||||| || ||    | | | |||   |||||  |  ||||||||||||||||  ||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||  ||| |    
T  20863728 ttgctgatcagccgacaaactgcagatacatttgcaacaaatgggagattgggatcgaaattgacaccaatgtcaagagagaggaggtggagatgctggt 20863827  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacac 387  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  20863828 aaatgaattgatggtgggagagaaaggaaggaggatgaggcaaaagacaaatgagttgaagaagaaggcagaggaggacac 20863908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 35 - 352
Target Start/End: Original strand, 16685980 - 16686297
Alignment:
Q  35 ttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaaccacccttcaattggtggattct 134  Q
    ||||||||||| |||  ||| ||||| ||||||||| |  |||| || || ||||| || |||||| | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||    
T  16685980 ttgtcatctgagtttaagaatgaaatctcagatagaagcctaatcgcgagctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaatcggtggattct 16686079  T
Q  135 tgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccattttttgctgaccaaccacttagcagtagaat 234  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||   |   | |||      
T  16686080 taactcattgtggatggaactcaaccactgaaagtatatatgctggagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccagcaaaatgcagata 16686179  T
Q  235 tatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaatgaattgatggtcggagagaaagga 334  Q
    ||||||  | |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16686180 tatttgcaatgaatgggagattggcatggaaattgacaccaatgtgaagagagatgaggtggagaaattggtcaatgaattgatggtgggagagaaagga 16686279  T
Q  335 aagaagatgaggcaaaag 352  Q
    |||||||||||| |||||    
T  16686280 aagaagatgaggaaaaag 16686297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 119 - 158
Target Start/End: Original strand, 1969140 - 1969179
Alignment:
Q  119 tcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaa 158  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  1969140 tcaattggtggattcttgactcattgtggctggaattcaa 1969179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 9 - 387
Target Start/End: Original strand, 27999786 - 28000164
Alignment:
Q  9 atcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtatt 108  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||| || ||    
T  27999786 atcttgtcattggtggctcagtggttttgtcatctgagtttaggaaagaaatttcagatagaggcctaatatcaaattggtgtccacaagagaaagtttt 27999885  T
Q  109 gaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttttt 208  Q
    |||||||||||||||  | || ||||||||||| || ||||||||||||| ||  || || ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  27999886 gaaccacccttcaatcagcgggttcttgactcactgcggatggaactcaaccaccgaaagcatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggtcatttttt 27999985  T
Q  209 gctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatca 308  Q
    ||||| || |||   | | ||||| |||||||| | |||||| ||||||| ||| |||||||||  ||||| |||| ||| ||  | ||||| || ||||    
T  27999986 gctgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaatgaatggaagattggtatggaaattgatatgaatgtgaagatagaggatttggagaagcttatca 28000085  T
Q  309 atgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacac 387  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  28000086 atgaattgatggtgggagagaatggaaaaaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaaaaaggcagaggagaacac 28000164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 7 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 24103446 - 24103066
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||| |||||||  || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||     
T  24103446 tgatcttgtcattgggggctcagttgttttgtcatctgatttttttaaagaagtttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagataaagtg 24103347  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  24103346 ttaaaccacccttcgattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattct 24103247  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    ||| ||| ||||||   | | ||||| |||||||  | ||||||||||||||  |  |||| ||||| ||||| |||||||| || || |||||  |  |    
T  24103246 ttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgctatgaatgggagattggactcgaaatcgatacaaatgtgaagagagatgacgtcgagaagttagt 24103147  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacac 387  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||    |||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  24103146 caatgaattgatggtgggagagaacggaaagacgatgaagcaaaaggtcttggagttcaagaagaaggcagaagagaacac 24103066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 116 - 158
Target Start/End: Original strand, 20155247 - 20155289
Alignment:
Q  116 ccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaa 158  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  20155247 ccttcaattggaggattcttgacacattgtggatggaattcaa 20155289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 1281561 - 1281181
Alignment:
Q  7 tgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggta 106  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| | | ||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  1281561 tgatcttgtcattggcggctcagtgattttgtcatctgactttgcgaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtg 1281462  T
Q  107 ttgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccatttt 206  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1281461 ttgaaccacccttcaatcggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccatttt 1281362  T
Q  207 ttgctgaccaaccacttagcagtagaattatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgat 306  Q
    ||||||| || |||     | ||||| |||||||| | |||||| ||||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |  ||  ||||    
T  1281361 ttgctgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatggaagattggtatggaaatcgatacaaatgtgaagagagaggaggtggctaagttgat 1281262  T
Q  307 caatgaattgatggtcggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacac 387  Q
    |||||||||||| | ||| ||  |||||||||| |||||  ||||||| | ||| |||||||||  ||| | |||||||||    
T  1281261 caatgaattgatagccggggatgaaggaaagaatatgagagaaaaggccatggaattgaagaaggcggcggaggagaacac 1281181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 36 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 3086838 - 3086523
Alignment:
Q  36 tgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaaccacccttcaattggtggattctt 135  Q
    |||||||||| |||  |||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3086838 tgtcatctgagtttgagaaagaaatttcagatagaggtctaatcgcaagctggtgtccgcaagagcaagtattgaatcacccttcaattggtggattctt 3086739  T
Q  136 gactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccattttttgctgaccaaccacttagcagtagaatt 235  Q
    |||||||||||||||||||||||   | || ||  ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  || |||||| | | | |||||  |    
T  3086738 gactcattgtggatggaactcaacggttgaaagcgtacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttatggagatcaaccaataaactgtagatat 3086639  T
Q  236 atttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaatgaattgatggtcggagagaaaggaa 335  Q
    || ||  |   |||||||||||| ||  |||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  3086638 atctgcaatatatgggagattggaattgaaatcgatactaatgtgaagagagaggaggtcgagaagctgatcaatgaattgatggtgggagataaaggaa 3086539  T
Q  336 agaagatgaggcaaaa 351  Q
    ||||||||||||||||    
T  3086538 agaagatgaggcaaaa 3086523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 117 - 158
Target Start/End: Original strand, 41511442 - 41511483
Alignment:
Q  117 cttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaa 158  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  41511442 cttcaattggtggatttttgactcattgtggttggaattcaa 41511483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 113 - 158
Target Start/End: Original strand, 48532780 - 48532825
Alignment:
Q  113 cacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaa 158  Q
    |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  48532780 cacccttcaattggaggattcttaacacattgtggatggaattcaa 48532825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0288 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0288
Description:

Target: scaffold0288; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 35 - 387
Target Start/End: Original strand, 3432 - 3784
Alignment:
Q  35 ttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaaccacccttcaattggtggattct 134  Q
    |||||||| || |||  ||| |||||||||||||||||  ||||  |||| ||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  3432 ttgtcatcagaatttgagaatgaaatttcagatagaggcctaatcacaagctggtgtccacaagagcaagtactgatccacccttcaattggtggattct 3531  T
Q  135 tgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccattttttgctgaccaaccacttagcagtagaat 234  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||  || || ||||| |||||||| |||||| | ||||| ||||| |||| ||| || |||   | | ||||| |    
T  3532 tgactcattgtggatggaattcaaccactgaaagcatatgcgctggagtaccaatgctttgttggccattctttggtgatcagccaacaaactgtagatt 3631  T
Q  235 tatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaatgaattgatggtcggagagaaagga 334  Q
    ||||||  | ||||||||||||||  |  |||| ||||   |||| |||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  3632 tatttgcaacgaatgggagattggacttgaaatcgatatggatgtgaagagagatgaggtggagaagctagtcaatgaattgacggtgggagagaaagga 3731  T
Q  335 aagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacac 387  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  3732 aagaagatgaggcaaaaggccgtggagttaaagaagaaggcagaggagaacac 3784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0477 (Bit Score: 113; Significance: 4e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0477
Description:

Target: scaffold0477; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 35 - 387
Target Start/End: Original strand, 4399 - 4751
Alignment:
Q  35 ttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggagtaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaaccacccttcaattggtggattct 134  Q
    ||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||  |||| || || ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4399 ttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattct 4498  T
Q  135 tgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgaccattttttgctgaccaaccacttagcagtagaat 234  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| || || |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| || || || |||   | |  | |       
T  4499 tgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgtaggagtgccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactatcggta 4598  T
Q  235 tatttgtgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaatgaattgatggtcggagagaaagga 334  Q
    ||| |   |   |||||||| ||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||  |||||  |||  |||||||||||||||||   ||||| ||||||    
T  4599 tatctcccatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgaagagagagaaggtaacgaatatgatcaatgaattgatgtcgggagataaagga 4698  T
Q  335 aagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggagaacac 387  Q
    | |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4699 atgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaacac 4751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0475 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0475
Description:

Target: scaffold0475; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 80 - 207
Target Start/End: Original strand, 3443 - 3569
Alignment:
Q  80 gcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctg 179  Q
    ||||| ||||||||  ||||| | || ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || || || ||| |||    
T  3443 gcaagatggtgtccgtaagagcaagtgttgaaccaccctt-agttggtggattcttaactcattgtggatggaactcaaccattgaaagcatttgttctg 3541  T
Q  180 gagtgccaatgttgtgttgaccattttt 207  Q
    |||| |||||| || |||| ||||||||    
T  3542 gagttccaatgctgcgttggccattttt 3569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University