View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9361A_low_65 (Length: 356)

Name: NF9361A_low_65
Description: NF9361A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9361A_low_65
NF9361A_low_65
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (1-356)||(3789222-3789577)
chr7 (1-356)||(3800530-3800885)
chr7 (13-333)||(3767909-3768229)
chr7 (8-314)||(3780206-3780512)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 3789577 - 3789222
Alignment:
Q  1 aaacaagcacctcaatcagtcatatatgtttcctttggtagcttggtagtaatggaccaaaaccaatttaatgaactagccctaggacttgatcttcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3789577 aaacaagcacctcaatcagtcatatatgtttcctttggtagcttggtagtaatggaccaaaaccaatttaatgaactagccctaggacttgatcttcttg 3789478  T
Q  101 acaagccttttctgtgggttgtccgtcctagtaatgacaataaggtaaactatacataccctaatgacttccatggaagtaaaggtaaaattgttggttg 200  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3789477 acaagccttttctttgggttgttcgtcctagtaatgacaataaggtaaactatacataccctaatgacttccatggaagtaaaggtaaaattgttggttg 3789378  T
Q  201 ggcaccacaaagtaaaatattgaaccatccagccattgcttgcttcataagtcactgtggatggaattccaccattgaaggtgtacatgccggtgtacct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3789377 ggcaccacaaagtaaaatattgaaccatccagccattgcttgcttcataagtcactgtggatggaattccaccattgaaggtgtacatgccggtgtacct 3789278  T
Q  301 ttcttgtgttggccatttttaactgatcaatttctcaataaatcgtatatttgtga 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3789277 ttcttgtgttggccatttttaactgatcaatttctcaataaatcgtatatttgtga 3789222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Original strand, 3800530 - 3800885
Alignment:
Q  1 aaacaagcacctcaatcagtcatatatgtttcctttggtagcttggtagtaatggaccaaaaccaatttaatgaactagccctaggacttgatcttcttg 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3800530 aaacaagcacctcaatctgtcatatatgtttcctttggtagcttggtagtaatggaccaaaaccaatttaatgaactagccctaggacttgatcttcttg 3800629  T
Q  101 acaagccttttctgtgggttgtccgtcctagtaatgacaataaggtaaactatacataccctaatgacttccatggaagtaaaggtaaaattgttggttg 200  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3800630 acaagccttttctttgggttgttcgtcctagtaatgacaataaggtaaactatacataccctaatgacttccatggaagtaaaggtaaaattgttggttg 3800729  T
Q  201 ggcaccacaaagtaaaatattgaaccatccagccattgcttgcttcataagtcactgtggatggaattccaccattgaaggtgtacatgccggtgtacct 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  3800730 ggcaccacaaagtaaaatattgaatcatccagccattgcttgctttataagtcattgtggatggaattctaccatagaaggtgtacatgctggtgtacct 3800829  T
Q  301 ttcttgtgttggccatttttaactgatcaatttctcaataaatcgtatatttgtga 356  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3800830 ttcttgtgttggccattttcagttgatcaatttctcaataaatcgtatatttgtga 3800885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 3768229 - 3767909
Alignment:
Q  13 caatcagtcatatatgtttcctttggtagcttggtagtaatggaccaaaaccaatttaatgaactagccctaggacttgatcttcttgacaagccttttc 112  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3768229 caatcggtcgtatatgtttccttcggtagtttggcagtaatggaccaaaaccaatttaatgaactagccctaggacttgatcttcttgacaagccttttc 3768130  T
Q  113 tgtgggttgtccgtcctagtaatgacaataaggtaaactatacataccctaatgacttccatggaagtaaaggtaaaattgttggttgggcaccacaaag 212  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||  |||| |||||| || || ||| |||||| ||| || |     
T  3768129 tttgggttgttcgtcctagtaatgacaacaaggtaaactatgcataccctgatgaattcctcggaactaaaggaaagatcgttagttgggtaccgcagaa 3768030  T
Q  213 taaaatattgaaccatccagccattgcttgcttcataagtcactgtggatggaattccaccattgaaggtgtacatgccggtgtacctttcttgtgttgg 312  Q
     || |||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || || ||||||||| || | ||| |||||||||| ||||||    
T  3768029 gaagatattgaaccatcctgctatagcttgtttcattagtcattgtggttggaattctactatagaaggtgtatattctggtatacctttcttatgttgg 3767930  T
Q  313 ccatttttaactgatcaattt 333  Q
    ||||||  |||||||||||||    
T  3767929 ccatttgcaactgatcaattt 3767909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 8 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 3780512 - 3780206
Alignment:
Q  8 cacctcaatcagtcatatatgtttcctttggtagcttggtagtaatggaccaaaaccaatttaatgaactagccctaggacttgatcttcttgacaagcc 107  Q
    |||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || ||    
T  3780512 cacctcaatccgtcgcatatgtttcctttggtagtttggccgtaatggaccaaaaccaatttaacgaactagctttaggacttgatcttcttgataaacc 3780413  T
Q  108 ttttctgtgggttgtccgtcctagtaatgacaataaggtaaactatacataccctaatgacttccatggaagtaaaggtaaaattgttggttgggcacca 207  Q
    |||| | |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| || | ||||| |||||| || |||||||| ||||| ||     
T  3780412 ttttatttgggttgttcgtccgagcaatgataataaggtaaactatgcataccctgatgaatttcttggaactaaaggaaagattgttggatgggcgccg 3780313  T
Q  208 caaagtaaaatattgaaccatccagccattgcttgcttcataagtcactgtggatggaattccaccattgaaggtgtacatgccggtgtacctttcttgt 307  Q
    ||||  || ||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||| | ||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  3780312 caaaagaagatattgaaccaccctgctattgcttgtttcattagtcattgcggatggaattctaccgtagaaggtgtatatagcggtgtacctttcttgt 3780213  T
Q  308 gttggcc 314  Q
    |||||||    
T  3780212 gttggcc 3780206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University