View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF9366_low_51 (Length: 399)
Name: NF9366_low_51
Description: NF9366
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9366_low_51 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 124 - 387
Target Start/End: Original strand, 27967726 - 27967988
Alignment:
| Q |
124 |
ttggtccaattcttggtggatagtgccgtgaaggtgcgcatattggaaataatgatggcattgtacctgatggtcatcactaagcttataatgatatctt |
223 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
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| T |
27967726 |
ttggtccaattcttggtggatagtgccgtgaaggtgcgcatattggaaataatgatggcattgtacctgatggtcatcactaa-cttataatgatatctt |
27967824 |
T |
|
| Q |
224 |
cataaataatatctatatagttctcctccttataaccatatatattctgtagaatatatcaacaagaataagatatgcttataaactttaattaataata |
323 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27967825 |
cataaataatatctatatagttctcctcctaataaccatatatattctgtagaatatatcaacaagaataagatatgcctataaactttaattaataata |
27967924 |
T |
|
| Q |
324 |
tatttacaatgttgagttcatgcaaattgatgcactatcatgaaaaactatattctgatgtcca |
387 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
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| T |
27967925 |
tatttacaatgttgagttcatgcaaattgatgcactatcatgaaaaactatattcttatgtcca |
27967988 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 124 - 387
Target Start/End: Original strand, 27979846 - 27980108
Alignment:
| Q |
124 |
ttggtccaattcttggtggatagtgccgtgaaggtgcgcatattggaaataatgatggcattgtacctgatggtcatcactaagcttataatgatatctt |
223 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
27979846 |
ttggtccaattcttggtggatagtgccgtgaaggtgcgcatattggaaataatgatggcattgtacctgatggtcatcactaa-cttataatgatatctt |
27979944 |
T |
|
| Q |
224 |
cataaataatatctatatagttctcctccttataaccatatatattctgtagaatatatcaacaagaataagatatgcttataaactttaattaataata |
323 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27979945 |
cataaataatatctatatagttctcctcctaataaccatatatattctgtagaatatatcaacaagaataagatatgcctataaactttaattaataata |
27980044 |
T |
|
| Q |
324 |
tatttacaatgttgagttcatgcaaattgatgcactatcatgaaaaactatattctgatgtcca |
387 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
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| T |
27980045 |
tatttacaatgttgagttcatgcaaattgatgcactatcatgaaaaactatattcttatgtcca |
27980108 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 124 - 387
Target Start/End: Original strand, 28024712 - 28024974
Alignment:
| Q |
124 |
ttggtccaattcttggtggatagtgccgtgaaggtgcgcatattggaaataatgatggcattgtacctgatggtcatcactaagcttataatgatatctt |
223 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
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| T |
28024712 |
ttggtccaattcttggtggatagtgccgtgaaggtgcgcatattggaaataatgatggcattgtacctgatggtcatcactaa-cttataatgatatctt |
28024810 |
T |
|
| Q |
224 |
cataaataatatctatatagttctcctccttataaccatatatattctgtagaatatatcaacaagaataagatatgcttataaactttaattaataata |
323 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28024811 |
cataaataatatctatatagttctcctcctaataaccatatatattctgtagaatatatcaacaagaataagatatgcctataaactttaattaataata |
28024910 |
T |
|
| Q |
324 |
tatttacaatgttgagttcatgcaaattgatgcactatcatgaaaaactatattctgatgtcca |
387 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
28024911 |
tatttacaatgttgagttcatgcaaattgatgcactatcatgaaaaactatattcttatgtcca |
28024974 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 124 - 387
Target Start/End: Original strand, 28037148 - 28037410
Alignment:
| Q |
124 |
ttggtccaattcttggtggatagtgccgtgaaggtgcgcatattggaaataatgatggcattgtacctgatggtcatcactaagcttataatgatatctt |
223 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
28037148 |
ttggtccaattcttggtggatagtgccgtgaaggtgcgcatattggaaataatgatggcattgtacctgatggtcatcactaa-cttataatgatatctt |
28037246 |
T |
|
| Q |
224 |
cataaataatatctatatagttctcctccttataaccatatatattctgtagaatatatcaacaagaataagatatgcttataaactttaattaataata |
323 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28037247 |
cataaataatatctatatagttctcctcctaataaccatatatattctgtagaatatatcaacaagaataagatatgcctataaactttaattaataata |
28037346 |
T |
|
| Q |
324 |
tatttacaatgttgagttcatgcaaattgatgcactatcatgaaaaactatattctgatgtcca |
387 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
28037347 |
tatttacaatgttgagttcatgcaaattgatgcactatcatgaaaaactatattcttatgtcca |
28037410 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 124 - 387
Target Start/End: Original strand, 27885813 - 27886075
Alignment:
| Q |
124 |
ttggtccaattcttggtggatagtgccgtgaaggtgcgcatattggaaataatgatggcattgtacctgatggtcatcactaagcttataatgatatctt |
223 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
27885813 |
ttggtccaattcttggtggatagtgccgtgaaggtgcgcatattggaaataatgatggcattgtacctgatggtcatcactaa-cttataatgatatctt |
27885911 |
T |
|
| Q |
224 |
cataaataatatctatatagttctcctccttataaccatatatattctgtagaatatatcaacaagaataagatatgcttataaactttaattaataata |
323 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27885912 |
cataaataatatctatatagttctcctcctaataacaatatatattctgtagaatatatcaacaagaataagatatgcttataaactttaattaataata |
27886011 |
T |
|
| Q |
324 |
tatttacaatgttgagttcatgcaaattgatgcactatcatgaaaaactatattctgatgtcca |
387 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
27886012 |
tatttacaatgttgagttcatgcgaattgatgcactatcatgaaaaactatattcttatgtcca |
27886075 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 238 - 387
Target Start/End: Original strand, 27944583 - 27944733
Alignment:
| Q |
238 |
atatagttctcctccttataaccatatatattct-gtagaatatatcaacaagaataagatatgcttataaactttaattaataatatatttacaatgtt |
336 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27944583 |
atatagttctcctcctaataactatatatattctcgtagaatatatcaacaagaataagatatgcttataaactttaattaataatatatttacaatgtt |
27944682 |
T |
|
| Q |
337 |
gagttcatgcaaattgatgcactatcatgaaaaactatattctgatgtcca |
387 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
27944683 |
gagttcatgcgaattgatgcactatcatgaaaaactatattcttatgtcca |
27944733 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 113 - 234
Target Start/End: Original strand, 27872579 - 27872700
Alignment:
| Q |
113 |
actgcctattgttggtccaattcttggtggatagtgccgtgaaggtgcgcatattggaaataatgatggcattgtacctgatggtcatcactaagcttat |
212 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||| |||| ||| |
|
|
| T |
27872579 |
actgcctattgttggtccaattcttggtggatagtgccgtgaaggtgggcatattggaaataatgacggcgttgtatctcatggtcatcaccaagcctat |
27872678 |
T |
|
| Q |
213 |
aatgatatcttcataaataata |
234 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27872679 |
aatgatatcttcataaataata |
27872700 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 284 - 387
Target Start/End: Original strand, 27873127 - 27873236
Alignment:
| Q |
284 |
aacaagaataagatatgcttataaactttaattaataatatatttacaat------gttgagttcatgcaaattgatgcactatcatgaaaaactatatt |
377 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
27873127 |
aacaagaataagatatgattataaactttaattaataatatatttacaattacaatgttaagttcatgcaaattgatgcactatcatgaaaaactatgtt |
27873226 |
T |
|
| Q |
378 |
ctgatgtcca |
387 |
Q |
| |
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|| ||||||| |
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|
| T |
27873227 |
cttatgtcca |
27873236 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 193 - 238
Target Start/End: Original strand, 27858499 - 27858544
Alignment:
| Q |
193 |
atggtcatcactaagcttataatgatatcttcataaataatatcta |
238 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27858499 |
atggtcatcactaaatctataatgatatcttcataaataatatcta |
27858544 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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