View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9369_low_49 (Length: 276)

Name: NF9369_low_49
Description: NF9369
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9369_low_49
NF9369_low_49
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (17-259)||(9226590-9226832)
chr4 (17-259)||(18858232-18858474)
chr4 (17-259)||(16626182-16626424)
chr4 (17-259)||(5145564-5145806)
chr4 (91-241)||(4567590-4567740)
chr4 (91-259)||(15314549-15314718)
chr4 (139-239)||(16634744-16634844)
chr4 (73-241)||(47564964-47565132)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (17-259)||(16498-16740)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (17-259)||(10686453-10686695)
chr8 (17-259)||(18867859-18868101)
chr8 (17-259)||(35743045-35743287)
chr8 (17-266)||(26299029-26299278)
chr8 (91-259)||(28892997-28893165)
chr8 (91-241)||(16755040-16755190)
chr8 (91-259)||(4815006-4815174)
chr8 (91-259)||(28330128-28330296)
chr8 (91-241)||(25682563-25682713)
chr8 (77-241)||(15946914-15947078)
chr8 (73-241)||(21039682-21039849)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (17-259)||(24263512-24263754)
chr7 (17-259)||(16882583-16882825)
chr7 (17-259)||(18411313-18411555)
chr7 (17-259)||(21986576-21986818)
chr7 (17-259)||(9187334-9187576)
chr7 (118-259)||(21643794-21643935)
chr7 (17-167)||(24272181-24272331)
chr7 (17-123)||(21642343-21642449)
chr7 (91-259)||(3322568-3322736)
chr7 (91-259)||(7072284-7072452)
chr7 (91-259)||(25407647-25407815)
chr7 (73-259)||(44012293-44012478)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (17-259)||(43594777-43595019)
chr5 (17-259)||(43627571-43627813)
chr5 (17-259)||(27447479-27447721)
chr5 (17-259)||(31399181-31399423)
chr5 (17-259)||(33789012-33789254)
chr5 (17-259)||(37558791-37559033)
chr5 (17-259)||(24557773-24558015)
chr5 (17-259)||(24598805-24599047)
chr5 (17-259)||(28835958-28836199)
chr5 (17-100)||(28805070-28805153)
chr5 (91-259)||(25447720-25447889)
chr5 (207-244)||(29103928-29103965)
chr5 (207-244)||(29267741-29267778)
chr5 (27-135)||(31301980-31302088)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (17-259)||(14739761-14740003)
chr6 (17-259)||(33333265-33333507)
chr6 (17-251)||(24433517-24433751)
chr6 (91-259)||(35203843-35204011)
chr6 (91-241)||(13880990-13881140)
chr6 (91-241)||(25943920-25944070)
chr6 (73-239)||(17692617-17692783)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (17-259)||(8514750-8514992)
chr3 (17-259)||(32477996-32478238)
chr3 (17-259)||(1308527-1308769)
chr3 (17-258)||(2674410-2674651)
chr3 (17-227)||(22170529-22170739)
chr3 (17-259)||(3325727-3325969)
chr3 (17-124)||(18144952-18145059)
chr3 (91-259)||(6305544-6305712)
chr3 (91-241)||(10096586-10096736)
chr3 (91-241)||(10203472-10203622)
chr3 (91-259)||(16459697-16459865)
chr3 (91-241)||(10610553-10610703)
chr3 (91-259)||(10899242-10899410)
chr3 (91-259)||(54190741-54190909)
chr3 (91-258)||(22623759-22623926)
chr3 (91-241)||(29911733-29911883)
chr3 (91-241)||(47880668-47880818)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (17-259)||(19346934-19347176)
chr2 (17-259)||(25393542-25393784)
chr2 (40-201)||(39485468-39485629)
chr2 (17-103)||(31058614-31058700)
chr2 (17-249)||(31133776-31134008)
chr2 (17-92)||(39485393-39485468)
chr2 (91-241)||(45569641-45569791)
chr2 (95-259)||(2738438-2738602)
chr2 (91-259)||(39684480-39684648)
chr2 (91-259)||(20052541-20052708)
chr2 (91-241)||(17934335-17934485)
chr2 (91-259)||(22715014-22715182)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (17-259)||(164-406)
scaffold0006 (17-259)||(8320-8562)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (17-259)||(41395907-41396137)
chr1 (17-132)||(19369001-19369116)
chr1 (91-259)||(9523961-9524129)
chr1 (91-241)||(2397035-2397185)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (56-259)||(34705-34908)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (91-259)||(924-1092)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (91-259)||(18559-18727)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 9226832 - 9226590
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226832 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 9226733  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9226732 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 9226633  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226632 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 9226590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 18858232 - 18858474
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858232 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 18858331  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18858332 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 18858431  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858432 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 18858474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 16626424 - 16626182
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16626424 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaactcgtaacccttcagaccttccggataaccaatgaa 16626325  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  16626324 gatacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgtcaaagctcagaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttccca 16626225  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16626224 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 16626182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 5145564 - 5145806
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||    
T  5145564 catcaaaggtaatatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttctggataacgaataaa 5145663  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  5145664 gacacatttcaaagctctagtctcaagcttgtctttcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccggtttccca 5145763  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  5145764 ttccatacttccataggtgtcttgaagtctattgtcgttgatg 5145806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 91 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 4567740 - 4567590
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  4567740 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttca 4567641  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    ||   ||||| || |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4567640 aattagagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttga 4567590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 15314718 - 15314549
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| | | | || |||||||||||||| ||||    
T  15314718 ttcacaccttcaggataactcatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagaaaacgctaaagctccgaaaactttca 15314619  T
Q  191 aagaggagtaatcc-gccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| |||  ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  15314618 agttagagtagtcctaccggtctcccactccaaacatccataggtgtcttgagatctatcccggttgatg 15314549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 139 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 16634844 - 16634744
Alignment:
Q  139 tcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtct 238  Q
    ||||| ||||| || |||| ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||   ||||| |  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  16634844 tcaagtttgtcctgtttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttcaaattagagtagtttgccggtctcccactccaaacctccataggtgtct 16634745  T
Q  239 t 239  Q
    |    
T  16634744 t 16634744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 47565132 - 47564964
Alignment:
Q  73 ttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 172  Q
    |||||||  ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  |   ||| ||| |||| |    
T  47565132 ttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctagcatgagcaaatgcta 47565033  T
Q  173 aagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    ||||||| ||||| ||||||   ||||| || | |||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  47565032 aagctccaaaaactttcaaattagagtagtctgtcggtctcccactccaaacgtccataggtgtcttga 47564964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 16740 - 16498
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16740 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 16641  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16640 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 16541  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16540 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 16498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 10686695 - 10686453
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686695 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 10686596  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10686595 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 10686496  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10686495 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 10686453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 18868101 - 18867859
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868101 catcaaaggtaacatccctactaatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 18868002  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18868001 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacattcaaagaggagtaatctgccggtttccca 18867902  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18867901 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 18867859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 35743045 - 35743287
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743045 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 35743144  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743145 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 35743244  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743245 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 35743287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 17 - 266
Target Start/End: Original strand, 26299029 - 26299278
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299029 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 26299128  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  26299129 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttccca 26299228  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatgtccatct 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  26299229 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatggccatct 26299278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 28893165 - 28892997
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  28893165 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttca 28893066  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  28893065 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28892997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 91 - 241
Target Start/End: Original strand, 16755040 - 16755190
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  16755040 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 16755139  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    |    ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16755140 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 16755190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Original strand, 4815006 - 4815174
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | |  ||||||| ||| || ||||    
T  4815006 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgttaaagctctgaagactttca 4815105  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  4815106 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 4815174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 28330296 - 28330128
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  28330296 ttcacacctttaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 28330197  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  28330196 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28330128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 25682713 - 25682563
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  25682713 ttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctttagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 25682614  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25682613 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25682563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 77 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 15947078 - 15946914
Alignment:
Q  77 acaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagc 176  Q
    |||||||||| || |||||||||||  |||||||||| || ||||| |||| | ||||||  ||||| ||||| || |||| | | ||| |||| |||||    
T  15947078 acaacttgtaacctttcacaccttcaagataaccaataaaaacacacttcacaactctagcatcaagtttgtcatgtttgacacgtgcaaatgctaaagc 15946979  T
Q  177 tccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    ||||||||| |||||    ||||| || | | || |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  15946978 tccgaaaactttcaagttagagtagtctggcagtctcccactccaaacatccataggtgtcttga 15946914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 21039849 - 21039682
Alignment:
Q  73 ttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 172  Q
    |||||||  ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| |    
T  21039849 ttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaag-ttgtcttgtctgacatgagcaaatgcta 21039751  T
Q  173 aagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    |||||| |||||| |||||    ||||| ||  ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  21039750 aagctctgaaaacattcaagttagagtagtctaccggtctcccactacaaacctccataggtgtcttga 21039682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 24263754 - 24263512
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263754 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 24263655  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24263654 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 24263555  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24263554 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 24263512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 16882583 - 16882825
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882583 catcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 16882682  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16882683 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 16882782  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882783 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 16882825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 18411313 - 18411555
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18411313 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataacaaatgaa 18411412  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  18411413 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgtcaaagctccaaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttccca 18411512  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  18411513 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccagttgatg 18411555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 21986576 - 21986818
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21986576 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccagataaccaatgaa 21986675  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||| |||||||    
T  21986676 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccgatttccca 21986775  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21986776 ctccatacttccataggtgtcttgaagtctattgccgttgatg 21986818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 9187576 - 9187334
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9187576 catcaaaggtaacatccatactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacagcttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 9187477  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||    
T  9187476 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaaagatgagtagtttgccggtttccca 9187377  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9187376 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 9187334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 118 - 259
Target Start/End: Original strand, 21643794 - 21643935
Alignment:
Q  118 acacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccac 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21643794 acacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatcagccggtttcccac 21643893  T
Q  218 tccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21643894 tccatacctccataggtgtcttgaagtctatacccgttgatg 21643935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 24272331 - 24272181
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24272331 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttaatcctcaactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 24272232  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcata 167  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24272231 gacacatttcaaagctctaggctcaatcttgtcttgcttgatatgcgcata 24272181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 123
Target Start/End: Original strand, 21642343 - 21642449
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21642343 catcgaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccaatagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 21642442  T
Q  117 gacacat 123  Q
    |||||||    
T  21642443 gacacat 21642449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Original strand, 3322568 - 3322736
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||  |||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  3322568 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcaccgctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 3322667  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  3322668 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 3322736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 7072452 - 7072284
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| |||| ||||||||||| || ||||    
T  7072452 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactttca 7072353  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  7072352 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 7072284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 25407815 - 25407647
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  25407815 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttca 25407716  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| ||  || || |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  25407715 agttagagtagtctacccgtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 25407647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 73 - 259
Target Start/End: Original strand, 44012293 - 44012478
Alignment:
Q  73 ttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 172  Q
    |||||||  ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| |    
T  44012293 ttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgcta 44012392  T
Q  173 aagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    ||||||| ||||| ||||||   ||||| || |||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||| || |||||||    
T  44012393 aagctcc-aaaactttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctctataagtgtcttcaaatctatccctgttgatg 44012478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 43594777 - 43595019
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594777 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 43594876  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43594877 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 43594976  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43594977 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 43595019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 43627571 - 43627813
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627571 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 43627670  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43627671 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 43627770  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43627771 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 43627813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 27447479 - 27447721
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447479 catcaaaggtaacatccctacttatcaaggctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 27447578  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27447579 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 27447678  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27447679 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 27447721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 31399423 - 31399181
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399423 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 31399324  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31399323 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaattcgccggtttccca 31399224  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399223 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 31399181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 33789012 - 33789254
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789012 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 33789111  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33789112 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccggtttccca 33789211  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789212 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 33789254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 37559033 - 37558791
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559033 catcaaaggtaacatccctacttatcacgactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 37558934  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37558933 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccggtttccca 37558834  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  37558833 ctccatacctccataagtgtcttgaagtctatccccgttgatg 37558791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 24558015 - 24557773
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24558015 catcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 24557916  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  24557915 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccggtttccca 24557816  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24557815 ctccatacttccataggtgtcttgaagtttattcccgttgatg 24557773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 24599047 - 24598805
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24599047 catcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 24598948  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  24598947 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccggtttccca 24598848  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24598847 ctccatacttccataggtgtcttgaagtttattcccgttgatg 24598805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 28835958 - 28836199
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28835958 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttctcaccttccggataaccaatgaa 28836057  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||    
T  28836058 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatacgcatatg-caaagctccgaaaaccatcaaagatgagtaatctaccggtttccca 28836156  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  28836157 ctccatacttccataggtgtcttgaagtctattcatgttgatg 28836199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 28805153 - 28805070
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacacctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805153 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagatttcaatttccacaacttgtaccccttcacacctt 28805070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 25447889 - 25447720
Alignment:
Q  91 ttcacaccttcc-ggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttc 189  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||||||||||| |||    
T  25447889 ttcacacctttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttc 25447790  T
Q  190 aaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    ||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  25447789 aagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 25447720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 207 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 29103965 - 29103928
Alignment:
Q  207 cggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 244  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29103965 cggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29103928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 207 - 244
Target Start/End: Original strand, 29267741 - 29267778
Alignment:
Q  207 cggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 244  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29267741 cggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29267778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Original strand, 31301980 - 31302088
Alignment:
Q  27 aacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttc 126  Q
    ||||||||||||||| | |||||  ||| |||||| ||||||| | ||||||| |||||| || | || ||| ||  ||||||| |  ||||||||||||    
T  31301980 aacatccctacttataatgactcccgatactccaccagattcccacttccacatcttgtaaccatgcagaccctctagataacccagtaagacacatttc 31302079  T
Q  127 aaagctcta 135  Q
    | |||||||    
T  31302080 acagctcta 31302088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 14740003 - 14739761
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740003 catcaaaggtaacatccctactaatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 14739904  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14739903 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 14739804  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14739803 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 14739761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 33333507 - 33333265
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33333507 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttcctgataaccaatgaa 33333408  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333407 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 33333308  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33333307 ctccatacctccataggtatcttgaagtctattcccgttgatg 33333265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 17 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 24433751 - 24433517
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24433751 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattcaaatttacacaacttgtaacccttcacaccttccagataaccaatgaa 24433652  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||   || ||||||||     
T  24433651 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtattgattgatatgcgcatatgtcaaaactccgaaaaccttcaaagatgagtaaattgctggtttcccg 24433552  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcc 251  Q
    ||||||   || ||||| |||||||||||||||||    
T  24433551 ctccatttttcaataggcgtcttgaagtctattcc 24433517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Original strand, 35203843 - 35204011
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  35203843 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 35203942  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  35203943 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 35204011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 91 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 13881140 - 13880990
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  13881140 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 13881041  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13881040 agttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 13880990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 91 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 25944070 - 25943920
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||| ||||||||  ||||| |||||| |  | | ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  25944070 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacatttcacagctctagcatcaagtttgtctagtctcacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttca 25943971  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25943970 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25943920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 73 - 239
Target Start/End: Original strand, 17692617 - 17692783
Alignment:
Q  73 ttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 172  Q
    ||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||||||   ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |    
T  17692617 ttccacaacctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctaacatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgcta 17692716  T
Q  173 aagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtctt 239  Q
    |||| |||||||| |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  17692717 aagccccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccatatgtgtctt 17692783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 8514750 - 8514992
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514750 catcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 8514849  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8514850 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 8514949  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514950 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 8514992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 32477996 - 32478238
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477996 catcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 32478095  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32478096 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 32478195  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478196 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 32478238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 1308527 - 1308769
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308527 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 1308626  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  1308627 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttccca 1308726  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1308727 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 1308769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 17 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 2674651 - 2674410
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674651 catcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaactcttatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 2674552  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674551 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 2674452  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgat 258  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  2674451 ctccatacctccataggtgtctagaagtttattctcgttgat 2674410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 17 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 22170739 - 22170529
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170739 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 22170640  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22170639 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 22170540  T
Q  217 ctccatacctc 227  Q
    |||||||||||    
T  22170539 ctccatacctc 22170529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 3325969 - 3325727
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3325969 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaattttcacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 3325870  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |  ||||||||    
T  3325869 gacacatttcaaagctctaggctcaagcatgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatcttctagtttccca 3325770  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3325769 ctccatacttccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 3325727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 124
Target Start/End: Original strand, 18144952 - 18145059
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18144952 catcaaaggtaacgtccctacttatcaagacatttgatcctccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 18145051  T
Q  117 gacacatt 124  Q
    ||||||||    
T  18145052 gacacatt 18145059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 6305712 - 6305544
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  6305712 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 6305613  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  6305612 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 6305544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 91 - 241
Target Start/End: Original strand, 10096586 - 10096736
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  10096586 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 10096685  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10096686 agttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 10096736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 91 - 241
Target Start/End: Original strand, 10203472 - 10203622
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  10203472 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 10203571  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10203572 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10203622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 16459865 - 16459697
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||||||| | || |||||||||||||| ||||    
T  16459865 ttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcatgacatgcgcaaacgctaaagctccgaaaactttca 16459766  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  16459765 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 16459697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 91 - 241
Target Start/End: Original strand, 10610553 - 10610703
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  10610553 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttca 10610652  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10610653 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10610703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 10899410 - 10899242
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||| |||||| || |    
T  10899410 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaactttta 10899311  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  10899310 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 10899242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 54190909 - 54190741
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||||||||||| || |    
T  54190909 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttta 54190810  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  54190809 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 54190741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 91 - 258
Target Start/End: Original strand, 22623759 - 22623926
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  22623759 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcatagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttca 22623858  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgat 258  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| | |||||||||||| ||||  ||||| || ||||||    
T  22623859 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaaactccataggtgttttgagatctatccctgttgat 22623926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 241
Target Start/End: Original strand, 29911733 - 29911883
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |  ||||    
T  29911733 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaagattttca 29911832  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29911833 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 29911883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 91 - 241
Target Start/End: Original strand, 47880668 - 47880818
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||  ||| |||| |||||||| ||||| ||||    
T  47880668 ttcacaccttcaggatatcccatgaaaatacacttcacagctctagaatcaagtttgtcctgtctgacataagcaaatgctaaagctccaaaaactttca 47880767  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    ||   ||||| || |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  47880768 aattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctacataggtgtcttga 47880818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 19346934 - 19347176
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346934 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaattttcacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 19347033  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347034 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 19347133  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347134 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 19347176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 25393542 - 25393784
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25393542 catcaaaggtaacatccctactaatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 25393641  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  25393642 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagctccgtaaaccttcaaagatgagtaatctgccggtttccca 25393741  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25393742 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 25393784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 40 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 39485629 - 39485468
Alignment:
Q  40 atcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggct 139  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39485629 atcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggct 39485530  T
Q  140 caagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaa 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39485529 caagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaa 39485468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 103
Target Start/End: Original strand, 31058614 - 31058700
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccg 103  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31058614 catcaaaggtaacatacctactaatcaagacttttgaccctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccg 31058700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 17 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 31134008 - 31133776
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    ||||||| ||||| ||| | |||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |  | |||||  || ||||||||||||||    
T  31134008 catcaaaagtaacgtccttgcttatcatcgctcttgatcctcatatagattccaatttccacaacttgtaactgtgcacacgctctggataaccaatgaa 31133909  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    || |||||||| | ||| ||  ||||||||||||| ||||||||||  ||| || |||||  |||||| ||||||||  ||||| ||  |||  ||||||    
T  31133908 gaaacatttcacaactccagcatcaagcttgtcttacttgatatgcagatacgctaaagcctcgaaaatcttcaaagttgagtagtcttccgacttccca 31133809  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatt 249  Q
    ||| || |||  || |||||||| |||||||||    
T  31133808 ctctatgcctttattggtgtcttaaagtctatt 31133776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 92
Target Start/End: Original strand, 39485393 - 39485468
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtacccctt 92  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39485393 catcaaaggtaacatctctactaatcaagatttttgatccttcactagattccaatttccacaacttgtaaccctt 39485468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 91 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 45569791 - 45569641
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  45569791 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 45569692  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    |    ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  45569691 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 45569641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 95 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 2738602 - 2738438
Alignment:
Q  95 caccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaaga 194  Q
    ||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || |||||       
T  2738602 caccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagtt 2738503  T
Q  195 ggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
     ||||| || |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  2738502 agagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 2738438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 39684648 - 39684480
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  39684648 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 39684549  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| ||  ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  39684548 agttagagtagtcttccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 39684480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Original strand, 20052541 - 20052708
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||||| |||||| ||||    
T  20052541 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctc-gaaaactttca 20052639  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  20052640 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 20052708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 91 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 17934485 - 17934335
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |  |||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||||||| || ||||    
T  17934485 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacatatctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactttca 17934386  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17934385 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 17934335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Original strand, 22715014 - 22715182
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| | | | || |||||||||||||| ||||    
T  22715014 ttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgaatgacatgagaaaacgctaaagctccgaaaactttca 22715113  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  22715114 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 22715182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 164 - 406
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  164 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 263  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  264 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgctttccca 363  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  364 ctccatacttccataggtgtcttgaagtctattcctgttgatg 406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 8320 - 8562
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8320 catcaaaggtaacatccctactaattaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 8419  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  8420 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgctttccca 8519  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8520 ctccatacttccataggtgtcttgaagtctattcctgttgatg 8562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 166; Significance: 7e-89; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 41395907 - 41396137
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395907 catcaaaggtaacatccctactaactaagactcttgatcctcaactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 41396006  T
Q  117 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 216  Q
    |||||||||| |             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  41396007 gacacatttccac------------agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgcgggtttccca 41396094  T
Q  217 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41396095 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 41396137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 17 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 19369116 - 19369001
Alignment:
Q  17 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19369116 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattctaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 19369017  T
Q  117 gacacatttcaaagct 132  Q
    ||||||||||||||||    
T  19369016 gacacatttcaaagct 19369001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 9524129 - 9523961
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  9524129 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 9524030  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  9524029 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 9523961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 241
Target Start/End: Original strand, 2397035 - 2397185
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  2397035 ttcacactttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcctgcttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttca 2397134  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 241  Q
    |    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  2397135 agttagagtagtctactggtctcccactccaaacctccataggtgttttga 2397185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 116; Significance: 5e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 56 - 259
Target Start/End: Original strand, 34705 - 34908
Alignment:
Q  56 ctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgctt 155  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  34705 ctccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcacagctctagccttaagcttgtcttgctt 34804  T
Q  156 gatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgtt 255  Q
    ||||||||||||||||||| ||  || |||||||| ||| |||||   |    |||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  34805 gatatgcgcatatgccaaatcttagagaaccttcatagatgagtagaacattagtttcccactccatacttccataggtatcctgaagtttattcccgtt 34904  T
Q  256 gatg 259  Q
    ||||    
T  34905 gatg 34908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Original strand, 924 - 1092
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| | ||||||||  ||||| ||||||||| | | ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  924 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacattttacagctctagcatcaagtttgtcttgcctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttca 1023  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  1024 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 1092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 91 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 18727 - 18559
Alignment:
Q  91 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 190  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||  | | ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  18727 ttcacagcttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcctgtctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttca 18628  T
Q  191 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 259  Q
    ||   ||||| |  |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  18627 aattagagtagtttgccggcctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 18559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University