View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9371_low_5 (Length: 600)

Name: NF9371_low_5
Description: NF9371
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9371_low_5
NF9371_low_5
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (17-582)||(31743444-31744009)
chr4 (69-582)||(31730598-31731108)
chr4 (46-583)||(31738237-31738771)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 546; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 546; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 582
Target Start/End: Original strand, 31743444 - 31744009
Alignment:
Q  17 agcttgtatagctccaaattaatatctgtgtgttattacatttaaaattcaatatgaacattcctgttatcatgattatacttacctatatacttgttaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31743444 agcttgtatagctccaaattaatatctgtgtgttattacatttaatattaaatatgaacattcctgttatcatgattatacttacctatatacttgttaa 31743543  T
Q  117 cactctcaaacattccatagcagctgattctcttggtttgtcacaatccatcagcaataataataccttggtgtcccaaaatggaagatttgaacttggt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31743544 cactctcaaacattccatagcagctgattctcttggtttgtcacaatccatcagcaataataataccttggtgtcccaaaatggaagatttgaacttggt 31743643  T
Q  217 ttcttcactccaggtaactctagcaaaacataccttggtatttggtataaaaacattccagttcaaaatgttgtttgggttgcaaacagaaacaacccta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31743644 ttcttcactccaggtaactctagcaaaacttaccttggtatttggtataaaaacattccagttcaaaatgttgtttgggttgcaaacagaaacaacccta 31743743  T
Q  317 tcaataatagtacttcaaactacacattaaaactcaacaccacaggaaaccttgtcatcactcagaatagctcctttgtttggtacgcaacaaccgatca 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31743744 tcaataatagtacttcaaactacacattaaaactcaacaccacaggaaaccttgtcatcactcagaatagctcctttgtttggtacgcaacaaccgatca 31743843  T
Q  417 aaagcaagtacataatccagtggcagtgctgttagacagtggaaatcttgtggtaaaaaatgaaggagaaacaaaccaagaagatgagtatttatggcaa 516  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31743844 aaagcaagtacataatcctgtagcagtgctgttagacagtggaaatcttgtggtaaaaaatgaaggagaaacaaaccaagaagatgagtatttatggcaa 31743943  T
Q  517 agctttgattatccatcagatacccttttagatgggatgaaattgggaaggaatctaagaaatggt 582  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31743944 agctttgattatccatcagatacccttttagatgggatgaaattgggaaggaatctaagaaatggt 31744009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 69 - 582
Target Start/End: Original strand, 31730598 - 31731108
Alignment:
Q  69 tatgaacattcctgttatcatgattatacttacctatatacttgttaacactctcaaacattccatagcagctgattctcttggtttgtcacaatccatc 168  Q
    |||| |||||| |||| |||||||| |  || ||||| |||||| | || || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31730598 tatggacattcttgttttcatgatttttgtttcctatttacttgctcactctttcaaactttccatagcagctgattctcttggtttgtcacaatccatc 31730697  T
Q  169 agcaataataata---ccttggtgtcccaaaatggaagatttgaacttggtttcttcactccaggtaactctagcaaaacataccttggtatttggtata 265  Q
    |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |    
T  31730698 agcaataataataataccttggtgtcccaaaatggaagatatgaacttggtttcttcactccaggtaactctaacaaaacttaccttggtatttggtaca 31730797  T
Q  266 aaaacattccagttcaaaatgttgtttgggttgcaaacagaaacaaccctatcaataatagtacttcaaactacacattaaaactcaacaccacaggaaa 365  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||||   ||||||||||| |  || ||   ||||||| |||||| ||    
T  31730798 aaaacattcctgttcaaaaatttgtttgggttgcaaacagaaacaatcccatcaata---gtacttcaaaccatgcactatttctcaacagcacaggcaa 31730894  T
Q  366 ccttgtcatcactcagaatagctcctttgtttggtacgcaacaaccgatcaaaagcaagtacataatccagtggcagtgctgttagacagtggaaatctt 465  Q
    ||||||  | ||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  31730895 ccttgttcttactcaaaataactcctttgtttggtacacaacaaccaatcaaaagcaagtacataatcctgtagcagtgctgttagacagtggaaatctt 31730994  T
Q  466 gtggtaaaaaatgaaggagaaacaaaccaagaagatgagtatttatggcaaagctttgattatccatcagatacccttttagatgggatgaaattgggaa 565  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31730995 gtggtaaaaaatgatggagaaacaaacc---aagatgagtatttatggcaaagctttgattatccatcagatacccttttagatgggatgaaattgggaa 31731091  T
Q  566 ggaatctaagaaatggt 582  Q
    |||||||||||||||||    
T  31731092 ggaatctaagaaatggt 31731108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 46 - 583
Target Start/End: Original strand, 31738237 - 31738771
Alignment:
Q  46 gtgttattacatttaaaattcaatatgaacattcctgttatcatgattatacttacctatatacttgttaacactctcaaacattccatagcagctgatt 145  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||    
T  31738237 gtgttattacattcaaaattcaatatggacattcctgttttcatgattatagttacctatatacttgttaactctctcaaactttccatagcaactgatt 31738336  T
Q  146 ctcttggtttgtcacaatccatcagcaataataataccttggtgtcccaaaatggaagatttgaacttggtttcttcactccaggtaactctagcaaaac 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31738337 ctcttggtttgtcacaatccatcagcaata---ataccttggtgtcccaaaatggaagatatgaacttggtttcttcactccaggtaactctaacaaaac 31738433  T
Q  246 ataccttggtatttggtataaaaacattccagttcaaaatgttgtttgggttgcaaacagaaacaaccctatcaataatagt---acttcaaactacaca 342  Q
     ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |   | ||||||||||| |    
T  31738434 ttaccttggtatttggtacaaaaacatacctgttcaaaattttgtttgggttgcaaacagaaacaatcccatcaatagtactttaaattcaaactacata 31738533  T
Q  343 ttaaaactcaacaccacaggaaaccttgtcatcactcagaatagctcctttgtttggtacgcaacaaccgatcaaaagcaagtacataatccagtggcag 442  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| | ||||| | | ||||||||||| |||||||| ||||||| | ||| ||||||||||| ||||    
T  31738534 ttaaaactcaacagcacaggcaaccttgtcctcactgaaaataggttcattgtttggtacacaacaaccaatcaaaaactagtgcataatccagtagcag 31738633  T
Q  443 tgctgttagacagtggaaatcttgtggtaaaaaatgaaggagaaacaaaccaagaagatgagtatttatggcaaagctttgattatccatcagataccct 542  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31738634 tgctcttagacagtggcaatcttgtggtgagaaatgaaggagaaactaatcaagaa---gaatatttatggcaaagctttgactatccatcagataccct 31738730  T
Q  543 tttagatgggatgaaattgggaaggaatctaagaaatggtt 583  Q
    |||| | ||||||||||| ||||||||| || |||||||||    
T  31738731 tttaaaagggatgaaatttggaaggaatttacgaaatggtt 31738771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University