View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9371_low_8 (Length: 466)

Name: NF9371_low_8
Description: NF9371
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9371_low_8
NF9371_low_8
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (6-449)||(4855383-4855829)
chr4 (6-450)||(5161257-5161704)
chr4 (6-444)||(5215090-5215531)
chr4 (6-442)||(5183548-5183987)
chr4 (6-450)||(5196939-5197386)
chr4 (6-449)||(4840877-4841323)
chr4 (6-449)||(5174199-5174645)
chr4 (118-309)||(7143544-7143738)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 449
Target Start/End: Original strand, 4855383 - 4855829
Alignment:
Q  6 gtcattgaattgtgatgatggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcgaggagtggtccacaaagattgggattacctctgtagctgtcctcaatg 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4855383 gtcattggattgtgatgatggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcgaggagtggtccacaaagatcgggattacctctgtagctgtcctcaatg 4855482  T
Q  106 aaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagatgagttgttgtatgacacattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaa 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4855483 aaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggta 4855582  T
Q  206 tcttaccactcaag---ttgtatgataagtcaaggctctctatatgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggacctgacaagtgattatgtgatag 302  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4855583 tcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctttctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatag 4855682  T
Q  303 gttcaaggctaaaacttgttgcaggtgtccaatttgagaagggatggtaccagttagcttattgcatgataaatccaatccaaccatattctctagaact 402  Q
    ||||||||||  |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  4855683 gttcaaggctctaactggttgaaggtgaccaatttgagaagggatgacacctgttaggttattccatgataaatccaatccagtcatattctctagaact 4855782  T
Q  403 ttacccctgtaaaagtaatcattatgctttgttctgaactccgcttc 449  Q
    |||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  4855783 ttacccttgtaaaagtattcatagtgctttgttctgaactccacttc 4855829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 6 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 5161704 - 5161257
Alignment:
Q  6 gtcattgaattgtgatgatggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcgaggagtggtccacaaagattgggattacctctgtagctgtcctcaatg 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |    
T  5161704 gtcattggattgtgatgatggtgaagacttgacaccttcacactttcggtcgaggagtgatccacaaagaccgggattacctctgtagctgtcctcaacg 5161605  T
Q  106 aaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagatgagttgttgtatgacacattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaa 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||  ||  |||| ||||||||| |||||| |||||||| |    
T  5161604 aaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacgttgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagctcataaggta 5161505  T
Q  206 tcttaccactcaagtt---gtatgataagtcaaggctctctatatgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggacctgacaagtgattatgtgatag 302  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5161504 tcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctctctatttcggtaagatttgaaaacgtaattggaataggacccgacaagtgattatgtgatag 5161405  T
Q  303 gttcaaggctaaaacttgttgcaggtgtccaatttgagaagggatggtaccagttagcttattgcatgataaatccaatccaaccatattctctagaact 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||    
T  5161404 gttcaaggctaaaacttgttgcaggtgcccaatttgagaagggatagtacctgttagcttgttgcatgataaatccaatccagtcattttctctaggact 5161305  T
Q  403 ttacccctgtaaaagtaatcattatgctttgttctgaactccgcttcc 450  Q
    |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  5161304 ttacctttgtaaaagtaatcattgtgctttgttctgaactccacttcc 5161257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 6 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 5215531 - 5215090
Alignment:
Q  6 gtcattgaattgtgatgatggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcgaggagtggtccacaaagattgggattacctctgtagctgtcctcaatg 105  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||| | | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||       
T  5215531 gtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacacttttgatagaggagtggtccacaaagaccgggattacctctgtaactgtcctcatca 5215432  T
Q  106 aaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagatgagttgttgtatgacacattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaa 205  Q
    ||   | |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||  ||  |||| || |||||| |||||||||||  || |    
T  5215431 aaacctccaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaagttgttgtatgatacattgaaggttgataaaaagttcaactgggttagttcatttggta 5215332  T
Q  206 tcttaccactcaagtt---gtatgataagtcaaggctctctatatgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggacctgacaagtgattatgtgatag 302  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5215331 tcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatag 5215232  T
Q  303 gttcaaggctaaaacttgttgcaggtgtccaatttgagaagggatggtaccagttagcttattgcatgataaatccaatccaaccatattctctagaact 402  Q
    ||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  5215231 gttcaaggctctaacttgttgaaggtgaccaatttgagaagggatgagacctgttaggttattccatgataaatccaatccagtcatattctctagaact 5215132  T
Q  403 ttacccctgtaaaagtaatcattatgctttgttctgaactcc 444  Q
    |||||| |||||||||| ||||  ||||||||||||||||||    
T  5215131 ttacccttgtaaaagtattcatagtgctttgttctgaactcc 5215090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 6 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 5183987 - 5183548
Alignment:
Q  6 gtcattgaattgtgatgatggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcgaggagtggtccacaaagattgggattacctctgtagctgtcctcaatg 105  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||| | |  |||||| |||| ||||||  |||||||||||||||| ||| ||||       
T  5183987 gtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacacttttgatttaggagttgtccgcaaagaccgggattacctctgtagttgtactcatca 5183888  T
Q  106 aaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagatgagttgttgtatgacacattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaa 205  Q
    ||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5183887 aagtttgcaaattgtcttgtgctaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaa 5183788  T
Q  206 tcttaccactcaagtt---gtatgataagtcaaggctctctatatgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggacctgacaagtgattatgtgatag 302  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  5183787 tcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctctctatttgggtaagttttgaaaaagttattggaataggaccagacaagtaattatgtgatag 5183688  T
Q  303 gttcaaggctaaaacttgttgcaggtgtccaatttgagaagggatggtaccagttagcttattgcatgataaatccaatccaaccatattctctagaact 402  Q
     |||||||||  || |||||| |||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||| |||||||    
T  5183687 attcaaggctttaatttgttgtaggtctccaatttgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatgatctttagaact 5183588  T
Q  403 ttacccctgtaaaagtaatcattatgctttgttctgaact 442  Q
     ||||| |||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  5183587 atacccttgtaaaagtaatcatagtgctttgttctaaact 5183548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 6 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 5197386 - 5196939
Alignment:
Q  6 gtcattgaattgtgatgatggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcgaggagtggtccacaaagattgggattacctctgtagctgtcctcaatg 105  Q
    ||||||| |||| |||||||||| || || | ||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||       
T  5197386 gtcattggattgggatgatggtggaggctcgacacgttcacactttcgactgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttatcctcatca 5197287  T
Q  106 aaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagatgagttgttgtatgacacattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaa 205  Q
    ||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||  ||   ||| || | | || |||||||||||  || |    
T  5197286 aagtttgcaaactggcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggta 5197187  T
Q  206 tcttaccactcaagt---tgtatgataagtcaaggctctctatatgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggacctgacaagtgattatgtgatag 302  Q
    |||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5197186 tcttaccactcaagtcattgtatgataagtcaagactctctatttgggtaagatttgaaaaagtgattggaatgggacctgacaagtgattatgtgatag 5197087  T
Q  303 gttcaaggctaaaacttgttgcaggtgtccaatttgagaagggatggtaccagttagcttattgcatgataaatccaatccaaccatattctctagaact 402  Q
     |||||||||  || |||||| |||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  5197086 attcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatttgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctctagaact 5196987  T
Q  403 ttacccctgtaaaagtaatcattatgctttgttctgaactccgcttcc 450  Q
    |||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||    
T  5196986 ttacccttgtaaaagtattcatagtgctttgttctgaactccacttcc 5196939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 6 - 449
Target Start/End: Original strand, 4840877 - 4841323
Alignment:
Q  6 gtcattgaattgtgatgatggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcgaggagtggtccacaaagattgggattacctctgtagctgtcctcaatg 105  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| | ||  |||||||||||| | ||||| |||||||||||||   ||||||||| ||||| | |||||||      
T  4840877 gtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgttcacactttcgattgaggaatggtccacaaagaccaggattacctatgtagttttcctcaaca 4840976  T
Q  106 aaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagatgagttgttgtatgacacattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaa 205  Q
    |||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| |||||||||||  || |    
T  4840977 aagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccagagaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaaaagttcaactgggttagttcatttggta 4841076  T
Q  206 tcttaccactcaagtt---gtatgataagtcaaggctctctatatgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggacctgacaagtgattatgtgatag 302  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4841077 tcttaccactcaagttattgtatgataagtcaagactctctatttgggtaagatttgaaaaagtgattggaatgggacctgacaagtgattatgtgatag 4841176  T
Q  303 gttcaaggctaaaacttgttgcaggtgtccaatttgagaagggatggtaccagttagcttattgcatgataaatccaatccaaccatattctctagaact 402  Q
     |||||||||  || |||||| |||| ||||||||| ||||||||   ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  4841177 attcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatttgggaagggataacacctgttaaattattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaact 4841276  T
Q  403 ttacccctgtaaaagtaatcattatgctttgttctgaactccgcttc 449  Q
    |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  4841277 ttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctaaactccacttc 4841323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 6 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 5174645 - 5174199
Alignment:
Q  6 gtcattgaattgtgatgatggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcgaggagtggtccacaaagattgggattacctctgtagctgtcctcaatg 105  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| | ||  |||||||||||| | || || |||||||||||||   ||||||||| ||||| | |||||||      
T  5174645 gtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgttcacactttcgattgacgaatggtccacaaagaccaggattacctatgtagttttcctcaaca 5174546  T
Q  106 aaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagatgagttgttgtatgacacattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaa 205  Q
    |||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||  ||   ||| || | | || |||||||||||  || |    
T  5174545 aagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggta 5174446  T
Q  206 tcttaccactcaagt---tgtatgataagtcaaggctctctatatgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggacctgacaagtgattatgtgatag 302  Q
    |||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  5174445 tcttaccactcaagtcattgtatgataagtcaagactctctatttgggtaagatttgaaaaagtgattggaatgggaccagacaagtgattatgtgatag 5174346  T
Q  303 gttcaaggctaaaacttgttgcaggtgtccaatttgagaagggatggtaccagttagcttattgcatgataaatccaatccaaccatattctctagaact 402  Q
     |||||||||  || |||||| |||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  5174345 attcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatttgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctctagaact 5174246  T
Q  403 ttacccctgtaaaagtaatcattatgctttgttctgaactccgcttc 449  Q
     ||||| ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  5174245 atacccttgtaagagtattcattgtgctttgttctgaactccacttc 5174199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 118 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 7143738 - 7143544
Alignment:
Q  118 tgtcctgtactaggtggtgttccagatgagttgttgtatgacacattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaatcttaccactca 217  Q
    |||||| |||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||| || |||| | ||||||| |   |||||| | |||  | ||||||| |||    
T  7143738 tgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtaagacacattgaagatatctataaaggtcaagtgacttagttgagaagctaccttaccattca 7143639  T
Q  218 agttg---tatgataagtcaaggctctctatatgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggacctgacaagtgattatgtgataggttcaag 309  Q
    ||||    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  7143638 agttactctatgataagtcaagactctctatttgggtaagattggaaaaagtgattggaataggacctgacaagtgattatgttatagattcaag 7143544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University