View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9377_low_36 (Length: 250)

Name: NF9377_low_36
Description: NF9377
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9377_low_36
NF9377_low_36
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (1-241)||(27766950-27767190)
chr5 (1-241)||(33385366-33385606)
chr5 (1-241)||(10776672-10776913)
chr5 (1-241)||(8300174-8300414)
chr5 (15-241)||(25857416-25857642)
chr5 (1-241)||(18359084-18359323)
chr5 (114-241)||(28535667-28535794)
chr5 (118-241)||(26072917-26073040)
chr5 (114-241)||(31641533-31641659)
chr5 (114-241)||(35983783-35983910)
chr5 (104-241)||(27165944-27166081)
chr5 (118-230)||(23238409-23238521)
chr5 (114-241)||(30732306-30732433)
chr5 (1-201)||(19255154-19255355)
chr5 (114-241)||(12825220-12825347)
chr5 (114-241)||(42513741-42513868)
chr5 (114-241)||(42928152-42928279)
chr5 (118-200)||(8228051-8228133)
chr5 (114-200)||(27117194-27117280)
chr5 (118-223)||(18089771-18089876)
chr5 (160-235)||(24407995-24408070)
chr5 (104-241)||(27795494-27795631)
chr5 (104-206)||(33169669-33169771)
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (1-241)||(37434040-37434280)
chr8 (1-241)||(17699390-17699630)
chr8 (1-241)||(20824204-20824444)
chr8 (1-241)||(2170248-2170490)
chr8 (1-241)||(43270358-43270601)
chr8 (4-235)||(13200034-13200265)
chr8 (152-241)||(42177581-42177670)
chr8 (114-241)||(9922622-9922749)
chr8 (105-241)||(25090399-25090535)
chr8 (114-241)||(13396409-13396536)
chr8 (7-164)||(2529800-2529957)
chr8 (114-241)||(7924407-7924534)
chr8 (114-196)||(8299824-8299906)
chr8 (118-196)||(32266589-32266667)
chr8 (104-241)||(13879479-13879616)
chr8 (141-241)||(41665361-41665461)
chr8 (114-197)||(172124-172207)
chr8 (7-76)||(42177722-42177791)
chr8 (114-201)||(5181691-5181778)
chr8 (1-58)||(5181578-5181635)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (1-241)||(12697721-12697961)
chr4 (1-241)||(8361008-8361248)
chr4 (1-241)||(20002626-20002873)
chr4 (118-241)||(45472701-45472824)
chr4 (1-113)||(4548339-4548451)
chr4 (104-235)||(55725684-55725815)
chr4 (118-241)||(2822029-2822152)
chr4 (1-241)||(7403821-7404061)
chr4 (1-241)||(54483151-54483391)
chr4 (104-235)||(1828538-1828669)
chr4 (114-241)||(19755288-19755415)
chr4 (114-241)||(19784391-19784518)
chr4 (114-200)||(15740242-15740328)
chr4 (1-241)||(13270883-13271123)
chr4 (114-198)||(47418825-47418909)
chr4 (114-241)||(23642583-23642710)
chr4 (114-196)||(47685932-47686014)
chr4 (105-241)||(48312107-48312243)
chr4 (104-241)||(11587190-11587327)
chr4 (104-235)||(46145686-46145817)
chr4 (154-241)||(19735739-19735826)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (1-241)||(29523737-29523977)
chr3 (3-241)||(11203729-11203967)
chr3 (1-241)||(33496455-33496695)
chr3 (1-241)||(12342218-12342457)
chr3 (1-235)||(35214369-35214603)
chr3 (1-202)||(36801106-36801307)
chr3 (1-195)||(7031055-7031249)
chr3 (1-241)||(19890586-19890826)
chr3 (118-241)||(48570031-48570154)
chr3 (114-241)||(40930520-40930647)
chr3 (1-206)||(26771016-26771221)
chr3 (79-241)||(17097868-17098030)
chr3 (114-241)||(34332807-34332934)
chr3 (114-199)||(19920263-19920348)
chr3 (104-235)||(2755853-2755984)
chr3 (114-241)||(2364298-2364425)
chr3 (114-241)||(7312797-7312924)
chr3 (114-198)||(10323606-10323690)
chr3 (119-241)||(15312609-15312731)
chr3 (104-224)||(963172-963292)
chr3 (104-241)||(20532041-20532178)
chr3 (154-235)||(3140913-3140994)
chr3 (114-196)||(7032339-7032421)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (1-241)||(43388275-43388515)
chr1 (1-241)||(16917801-16918041)
chr1 (1-241)||(37191202-37191442)
chr1 (114-241)||(51052501-51052628)
chr1 (114-241)||(11909097-11909224)
chr1 (114-241)||(6050624-6050751)
chr1 (114-241)||(35541070-35541197)
chr1 (118-241)||(47623069-47623192)
chr1 (155-206)||(28351776-28351827)
chr1 (154-191)||(22191823-22191860)
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (1-241)||(10577241-10577481)
chr6 (1-241)||(21630099-21630341)
chr6 (1-241)||(17606326-17606566)
chr6 (1-241)||(17573647-17573887)
chr6 (1-205)||(17579109-17579313)
chr6 (1-241)||(20883025-20883265)
chr6 (1-241)||(11462320-11462555)
chr6 (114-205)||(18651262-18651353)
chr6 (104-232)||(15958814-15958942)
chr6 (114-206)||(12734146-12734238)
chr6 (114-200)||(2553658-2553744)
chr6 (114-206)||(24767451-24767543)
chr6 (114-235)||(21168220-21168341)
chr6 (104-235)||(13937711-13937842)
chr6 (1-198)||(14373026-14373223)
chr6 (104-236)||(18682502-18682634)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (33-241)||(18532568-18532776)
chr7 (1-235)||(37254666-37254900)
chr7 (1-212)||(25619367-25619578)
chr7 (114-241)||(235429-235556)
chr7 (114-241)||(17720656-17720783)
chr7 (118-232)||(11277253-11277367)
chr7 (1-241)||(47876891-47877131)
chr7 (114-241)||(4938120-4938247)
chr7 (118-232)||(29968000-29968114)
chr7 (114-241)||(37919565-37919692)
chr7 (1-37)||(18530418-18530454)
chr7 (154-241)||(36363584-36363671)
chr7 (163-191)||(551595-551623)
chr7 (15-47)||(37919466-37919498)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (5-241)||(14439665-14439900)
chr2 (1-241)||(10999943-11000182)
chr2 (4-235)||(12645447-12645678)
chr2 (1-241)||(41206924-41207164)
chr2 (118-241)||(40176693-40176816)
chr2 (4-208)||(15917565-15917769)
chr2 (116-241)||(38604366-38604491)
chr2 (1-201)||(17764994-17765194)
chr2 (114-241)||(4552190-4552317)
chr2 (1-241)||(28252628-28252868)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (118-200)||(3277-3359)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (114-241)||(105835-105962)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (114-196)||(11242-11324)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 27766950 - 27767190
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  27766950 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacatatataatcccacgtt 27767049  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27767050 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 27767149  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27767150 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 27767190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 33385606 - 33385366
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||     
T  33385606 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgatacacaaaaccgattttccacagatataattccacgtg 33385507  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33385506 ccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 33385407  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33385406 ttgatgaatatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 33385366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 10776672 - 10776913
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  10776672 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacttgcccacatcccgatacacaaaaccgattttccacagatataatcccacgtg 10776771  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatat- 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10776772 ccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatata 10776871  T
Q  200 tttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10776872 tttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 10776913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 8300414 - 8300174
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||     
T  8300414 gcaccaaaagtcggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccggttttccacagctataatccctcgtg 8300315  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8300314 ccaccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8300215  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8300214 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaggtcat 8300174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 25857642 - 25857416
Alignment:
Q  15 acaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgttccaccaaatttgat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||| ||| |||||||||| |||    
T  25857642 acaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaatcggttttccacagctataatccctcgtgccaccaaattagat 25857543  T
Q  115 tttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgag 214  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25857542 ttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacaagag 25857443  T
Q  215 gttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  25857442 gttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 25857416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 18359323 - 18359084
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||   ||||||| |||||||||||||  |||||| | ||||| | ||| |    
T  18359323 gcaccgaaaatcggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccagatcccgtgacacaaaaccgatcctccacatatataatgc-acgat 18359225  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |  |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  18359224 ctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatatt 18359125  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18359124 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacatgtcat 18359084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 28535794 - 28535667
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |  |||    
T  28535794 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccatgttttgatgtaactga 28535695  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  28535694 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 28535667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 118 - 241
Target Start/End: Original strand, 26072917 - 26073040
Alignment:
Q  118 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtt 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||   | |||||  ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| || |    
T  26072917 gtaggtaatcgatccctcaacagtcgccaaacaaagatagggactttcaaaggaacatatttatgccaaattaactccaaattttgatgcaaatggggct 26073016  T
Q  218 gttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||    
T  26073017 gttcctgcgatgtcagcaagtcat 26073040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 31641533 - 31641659
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||| ||| |  |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |  |||    
T  31641533 ttttgtaggtaaccgatccctcagtagtctccatgcaaggatagaaacttt-agaggaacctgtgtatgccaaattaactccatgttttgatgtaagtga 31641631  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  31641632 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 31641659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 35983910 - 35983783
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| |||| |||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| |  |||    
T  35983910 ttttgtaggtaaccgattcctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtgtaagccaaattaactccatgttttgatgtaactga 35983811  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  35983810 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 35983783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 104 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 27166081 - 27165944
Alignment:
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |  |||||||   | |||||| ||||||| ||| |||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  27166081 ccaaatttgcttttataggtaaacgatccttcagcgttcgccaaacgaagatagagacttttagaggtacctgttggtgccaaattaattccatattttg 27165982  T
Q  204 atgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||| | ||  |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  27165981 atgtaaattgggttgttcctgtgatgccaacatgtcat 27165944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 118 - 230
Target Start/End: Original strand, 23238409 - 23238521
Alignment:
Q  118 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtt 217  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||| |||||  |||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||| || || |  || ||||    
T  23238409 gtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggtt 23238508  T
Q  218 gttcctgtgatgt 230  Q
    | |||||||||||    
T  23238509 gctcctgtgatgt 23238521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 30732433 - 30732306
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  | |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |  ||     
T  30732433 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaagatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactgg 30732334  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  30732333 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 30732306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 19255355 - 19255154
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattt-tccacagaaataatcccacgt 99  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||| |||||| || ||||| |||||     ||||  | |||||| ||||      
T  19255355 gcaccaaaagttggacaagacaagaacaaatgattgacatcttcaacgtgcccgcatccagtgacacacaaccgcgcgctccaagggaataatgccacaa 19255256  T
Q  100 tccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatat 199  Q
    |   |||||||   |||||||||||| ||||||||||  |  |||||||  |||||||| ||||| | || || ||||||||||||||||||||||||||    
T  19255255 tttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaaaccgccaagcaaggatagatactttgagagaaatctgtttatgccaaattaactccatat 19255156  T
Q  200 tt 201  Q
    ||    
T  19255155 tt 19255154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 12825220 - 12825347
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||| | ||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || |  ||     
T  12825220 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatacatactttgagaggaacttgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactgg 12825319  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  12825320 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 12825347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 42513741 - 42513868
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||| ||| || || |  ||     
T  42513741 ttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactgg 42513840  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  42513841 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 42513868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 42928152 - 42928279
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||| ||| ||||||||||  || ||||||   |||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |  ||     
T  42928152 ttttgtagttaaccgatccctcagaagccgccaaacaaggatagagactttgagaggaacctgtttataccaaattaactccatatttggatgtaactgg 42928251  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || |||||||| ||||||| || |||||    
T  42928252 ggctgttcctgcgatgtcagcatgtcat 42928279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 118 - 200
Target Start/End: Original strand, 8228051 - 8228133
Alignment:
Q  118 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||| |||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8228051 gtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaactccatatt 8228133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 114 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 27117280 - 27117194
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||| ||||| || |||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27117280 ttttgtgggtaaccggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatatt 27117194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 118 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 18089876 - 18089771
Alignment:
Q  118 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtt 217  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||  | |||||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| | | ||||    
T  18089876 gtaggtaaacgatctctcaatagtcgtcaagcaaagatagagactttcaacggtacctgtttgtgccaaattaactccaaattttgttgaataaggggtt 18089777  T
Q  218 gttcct 223  Q
    ||||||    
T  18089776 gttcct 18089771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 160 - 235
Target Start/End: Original strand, 24407995 - 24408070
Alignment:
Q  160 acttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatg-aacatgaggttgttcctgtgatgtcaaca 235  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  24407995 actttcaaaggtacctgtttatgccaaatcaactccatactttgatgtaacatg-ggttgttcctgcgatgtcaaca 24408070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 241
Target Start/End: Original strand, 27795494 - 27795631
Alignment:
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    ||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||  | ||  | |||||| | ||| |||||||| ||||| | |||||||||| || |    
T  27795494 ccaaattggctttagtaggcaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaagactgtaactttgagaggtacctgtttgtgccagactaactccatacttgg 27795593  T
Q  204 atgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||  ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  27795594 atgaatctgaggttgttcatgcgatgtcaataagtcat 27795631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 104 - 206
Target Start/End: Original strand, 33169669 - 33169771
Alignment:
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    ||||||||  ||| |||||||| || ||||||| ||  |||||||  |  ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  33169669 ccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatattttg 33169768  T
Q  204 atg 206  Q
    |||    
T  33169769 atg 33169771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 37434040 - 37434280
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37434040 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagatataatcccacgtt 37434139  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37434140 ccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagaatagagacttttaaaggaacatgtttatgccaaattaactccatatt 37434239  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37434240 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 37434280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 17699390 - 17699630
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||     
T  17699390 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctacatcccgatacacaaaatcgattttccacagatataatcccatgtg 17699489  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17699490 ccaccaaatttgatatagtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17699589  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17699590 ttgatgaacatgaggttgttcatgtgatgtcaacaagtcat 17699630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 20824204 - 20824444
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||     
T  20824204 gcaccaaaagtcggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccggttttccacagctataatccctcgtg 20824303  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20824304 ccaccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 20824403  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20824404 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 20824444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 2170248 - 2170490
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaac--cgattttccacagaaataatcccacg 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||  |||||||||||||| | |||||||||    
T  2170248 gcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacaccccgttacacaaaacaccgattttccacagatagaatcccacg 2170347  T
Q  99 ttccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccata 198  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2170348 ttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacggtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccagattaactccata 2170447  T
Q  199 ttttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2170448 ttttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacatgtcat 2170490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 43270358 - 43270601
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||  ||||||||| | |||| ||||||    
T  43270358 gcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacaacccgttacacaaaaccgagcttccacagatagaatctcacgtt 43270457  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    | |||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  43270458 ctaccaaatttgttttagtaggcaaacgatccttcaacagtcgccaagtaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccagatgaactccatatt 43270557  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttc---ctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||||||||||    ||||||||||||| |||||    
T  43270558 ttgatgaacatgaggttgttcaatatgtgatgtcaacatgtcat 43270601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 235
Target Start/End: Original strand, 13200034 - 13200265
Alignment:
Q  4 ccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgttcca 103  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | |||| ||||||||||||| ||||  || || || ||||||||||||   |||| ||  | ||| |  || ||      
T  13200034 ccaaaaattgggcaagacaaaaacatatgagtcacatcttcaacatgcccacacccagtaacacaaaaccgagcctccataggtagaattctgcgctctg 13200133  T
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13200134 ccaaattgtattttgtaggtaaacgatccctcaatagctgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacctgtttatgccaaactaactccatattttg 13200233  T
Q  204 atgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaaca 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13200234 atgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaaca 13200265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 152 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 42177670 - 42177581
Alignment:
Q  152 ggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  42177670 ggatagaaacttttaaaggaacctgttaatgccatattaactccaaattttgatgaacataaagttgttcatgtgatgtcaacatgtcat 42177581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 9922622 - 9922749
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||| || |  |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |  |||    
T  9922622 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgtcatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtga 9922721  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  9922722 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 9922749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 105 - 241
Target Start/End: Original strand, 25090399 - 25090535
Alignment:
Q  105 caaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttga 204  Q
    |||||| | ||| |||||||  |||||||||||||  |||||||  ||||| |||||||||| ||| |||||||| ||| | | |||||||||||| |||    
T  25090399 caaattggctttagtaggtagtcgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaacttttagaggtacctgtttgtgctagactaactccatattgtga 25090498  T
Q  205 tgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||| |||||  ||||| ||||||||||| |||||||    
T  25090499 tgaagatgagagtgttcatgtgatgtcaataagtcat 25090535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 13396409 - 13396536
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |  ||     
T  13396409 ttttgtaggtaaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacttgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattgg 13396508  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  13396509 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 13396536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 7 - 164
Target Start/End: Original strand, 2529800 - 2529957
Alignment:
Q  7 aaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgttccacca 106  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||  || || || ||||||||||||   |||| |   | ||| ||||| || ||||    
T  2529800 aaaattgggcaagacaaaaacaaatgagtcacatcttcaacatgcccacaccctgtaacacaaaaccgagcctccaaaagtagaattccacgatctacca 2529899  T
Q  107 aatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttt 164  Q
    ||||  ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||||||||    
T  2529900 aattgtattttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttt 2529957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 7924407 - 7924534
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||| ||| || || |  ||     
T  7924407 ttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactgg 7924506  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  7924507 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 7924534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 114 - 196
Target Start/End: Original strand, 8299824 - 8299906
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactcca 196  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  8299824 ttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtcca 8299906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 118 - 196
Target Start/End: Original strand, 32266589 - 32266667
Alignment:
Q  118 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactcca 196  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||| |||||  |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32266589 gtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactcca 32266667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 104 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 13879616 - 13879479
Alignment:
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||  | ||  | |||||| | ||| |||| ||| ||||| | |||||||||| ||||    
T  13879616 ccaaattggctttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaagactgtaactttgagaggtacctatttgtgccagactaactccatactttg 13879517  T
Q  204 atgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||  ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  13879516 atgaatctgaggttgttcatgcgatgtcaataagtcat 13879479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 41665461 - 41665361
Alignment:
Q  141 tcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtca 240  Q
    ||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |  || || || ||||||||||||| || ||||    
T  41665461 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 41665362  T
Q  241 t 241  Q
    |    
T  41665361 t 41665361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 114 - 197
Target Start/End: Original strand, 172124 - 172207
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccat 197  Q
    |||||| ||||| || |||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  172124 ttttgtgggtaaccggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccat 172207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 42177791 - 42177722
Alignment:
Q  7 aaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgat 76  Q
    |||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||| ||||    
T  42177791 aaaattggacaagagaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaatcgat 42177722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 114 - 201
Target Start/End: Original strand, 5181691 - 5181778
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattt 201  Q
    |||||| |||||| ||||||||| | | ||||||   || ||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5181691 ttttgttggtaaatgatccctcagccgccgccaaacaagaatatagacttttagaggcacctgtttatgccaaattatctccatattt 5181778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 58
Target Start/End: Original strand, 5181578 - 5181635
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatc 58  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||| |||||    
T  5181578 gcaccaaaagttgggcaagacaaaaacatatgattctcatcttcaacttgcccgcatc 5181635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 12697721 - 12697961
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  12697721 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagctataatcccacgtt 12697820  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  12697821 ccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaatttcatatt 12697920  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12697921 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 12697961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 8361008 - 8361248
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||     
T  8361008 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgatacacaaaaccgattttcaacagatataattccacgtg 8361107  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8361108 ccaccaaatttgatttactaggtaaacgattcctcagcagtcgccaaacaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8361207  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  8361208 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatggcaacaaatcat 8361248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 20002626 - 20002873
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacag-------aaataatc 93  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||   |||||||       |  ||||     
T  20002626 gcaccgaaaaatggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaaccgagcctccacagtccacagatgtaatg 20002725  T
Q  94 ccacgttccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaact 193  Q
    ||||| ||  |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20002726 ccacggtctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacagccgccaagcaatgatagaaacttttaaaagaacctgtttatgccaaattaact 20002825  T
Q  194 ccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  20002826 ccatattttgattaacatgaggttgttcgtgtgatgtcaacatgtcat 20002873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 118 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 45472824 - 45472701
Alignment:
Q  118 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  45472824 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtg 45472725  T
Q  218 gttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  45472724 gttcctgtgatgtcaacaagtcat 45472701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 4548451 - 4548339
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  4548451 gcaccaaaaattgggcaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagctataatcccacgtt 4548352  T
Q  101 ccaccaaatttga 113  Q
    |||||||||||||    
T  4548351 ccaccaaatttga 4548339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 104 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 55725815 - 55725684
Alignment:
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    |||||||  ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||  ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  55725815 ccaaattgtattttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacttgtttatgccaaattaactccatattttg 55725716  T
Q  204 atgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaaca 235  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  55725715 ataaacatgaggttgttcctgtgatgtcaaca 55725684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 2822152 - 2822029
Alignment:
Q  118 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtt 217  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||   |||  |||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2822152 gtaggtaagcgatccctcaacaatcgccaagcatggactgaaacttttagaggtacctgtttgtgccagattaactccatattttgatgaatatgaggtt 2822053  T
Q  218 gttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
T  2822052 gttcctatgatgtcaacaagtcat 2822029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 7403821 - 7404061
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | || |||||| |  ||||| |||||    |||| |   | ||| ||||| |    
T  7403821 gcactaaaagttggacaagacaaaaacaaatgattgacatcttcaacgttcccgcatccagagacacacaaccgcgcctccaaacgtaaaatgccacggt 7403920  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
       |||||||   |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  7403921 ttgccaaattcttttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagagactttgaaatgaacttgtttatgccaaattaacttcatatt 7404020  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||| |  || || || ||||||||||||| || |||||    
T  7404021 ttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 7404061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 54483391 - 54483151
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||  |||||||| ||||||| || |   ||||  || | ||| || || |    
T  54483391 gcaccaaagaatggacaagacaaaaacaaatgagacacatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaagcctagcctccatcgataaaatgccgcgat 54483292  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
        |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||  | ||  | |||||||| ||| |||||||| ||||| | |||||||||| |    
T  54483291 ttgtcaaattggttttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaagactgtaacttttagaggtacctgtttgtgccagactaactccatact 54483192  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||||  ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  54483191 ttgatgaatctgaggttgttcatgcgatgtcaataagtcat 54483151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 104 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 1828669 - 1828538
Alignment:
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    ||||||| | |||||||||||| | ||| | ||| |||| |||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1828669 ccaaattagtttttgtaggtaacctatctcgcaatagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatg 1828570  T
Q  204 atgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaaca 235  Q
    ||| |  || || || ||||||||||||||||    
T  1828569 atgtaactggggctgctcctgtgatgtcaaca 1828538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 19755288 - 19755415
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||     
T  19755288 ttttgtaggtaaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattgg 19755387  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || || |||||||||| || |||||    
T  19755388 ggctgctcttgtgatgtcagcatgtcat 19755415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 19784518 - 19784391
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||     
T  19784518 ttttgtaggtaaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattgg 19784419  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || || |||||||||| || |||||    
T  19784418 ggctgctcttgtgatgtcagcatgtcat 19784391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 114 - 200
Target Start/End: Original strand, 15740242 - 15740328
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||||| ||||| | ||| |||| |||||  |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15740242 ttttgtaggtaaccgatctcgcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 15740328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 13271123 - 13270883
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| | | |||||||| ||   ||  ||||| || || || ||||| |  |||||||| | ||| ||||| |    
T  13271123 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaataaattagtaacatcttcgacaatcccacatccagtaactcataaccgctcctccacagatagaatgccacgat 13271024  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
       |||||||   |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||| |||    
T  13271023 ttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacatt 13270924  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
     || || |  || || || ||||||||||||| || |||||    
T  13270923 atggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 13270883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 114 - 198
Target Start/End: Original strand, 47418825 - 47418909
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccata 198  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  47418825 ttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 47418909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 23642710 - 23642583
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||| ||| || || |  ||     
T  23642710 ttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactgg 23642611  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  23642610 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 23642583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 114 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 47686014 - 47685932
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactcca 196  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  47686014 ttttgtaggtaaccgatctctcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaagtcca 47685932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 241
Target Start/End: Original strand, 48312107 - 48312243
Alignment:
Q  105 caaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttga 204  Q
    |||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||  | |||||  ||||  | |||||||| | | |||||||| ||||| | |||||||||| |||||    
T  48312107 caaattggctttagtaggtaaatgatccctcaacaacccccaagcaaggactgtaacttttagatgtacctgtttgtgccagactaactccatactttga 48312206  T
Q  205 tgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||  ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  48312207 tgaatctgaggttgttcatgcgatgtcaataagtcat 48312243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 11587327 - 11587190
Alignment:
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||||| |||||  || |||||||  || ||||| ||||| | ||| | || ||||||||||||||||||||||  | |    
T  11587327 ccaaattttctttcgtaggtaaacgattcctcagaagccgccaagcaagaatagatactttgataggtatctatttatgccaaattaactccatagatgg 11587228  T
Q  204 atgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||| |  ||||| |||||||||||||||| || |||||    
T  11587227 atgcaactgaggctgttcctgtgatgtcagcatgtcat 11587190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 104 - 235
Target Start/End: Original strand, 46145686 - 46145817
Alignment:
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    ||||||||  ||| |||||||| || ||||||| ||  |||||||  |  ||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  46145686 ccaaattttgtttagtaggtaatcggtccctcagcaagcgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctatttgtgccaaatcaactccatattttg 46145785  T
Q  204 atg-aacatgaggttgttcctgtgatgtcaaca 235  Q
    ||| |||||| ||||||||||| || |||||||    
T  46145786 atgtaacatg-ggttgttcctgcgaagtcaaca 46145817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 19735826 - 19735739
Alignment:
Q  154 atagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatg-aacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||||||  ||||| ||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| || |||||    
T  19735826 atagaaacttccaaaggtacaagtttatgcctaattaactccaaattttgatgtaacat-aggttgttcctgcgatgtcagcatgtcat 19735739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 29523977 - 29523737
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||     
T  29523977 gcaccaaaaattggacaagacaagaataaatgattcacatctttaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagctataatcccacgtg 29523878  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29523877 ccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 29523778  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29523777 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 29523737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 3 - 241
Target Start/End: Original strand, 11203729 - 11203967
Alignment:
Q  3 accaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgttcc 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  11203729 accaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagctataatcccacgttcc 11203828  T
Q  103 accaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatttt 202  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11203829 accaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagtatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatttt 11203928  T
Q  203 gatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11203929 gatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaaatcat 11203967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 33496455 - 33496695
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33496455 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgtccgcatcccattacacaaaaccgattttccacagatataatcccacgtt 33496554  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33496555 ccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaatgatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatata 33496654  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33496655 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 33496695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 12342457 - 12342218
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  12342457 gcaccaaaaattggacaagagaagaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagctataatcccacgtt 12342358  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12342357 ccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaa-gaacctgtttatgccaaattaactccatatt 12342259  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12342258 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 12342218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 35214603 - 35214369
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||  ||||||| | | |||||||||||    
T  35214603 gcaccaaaaattggacaagacaagaacaaatgattcacatcttcaacatgccaacatcccgttacacaaaactgagcttccacatatagaatcccacgtt 35214504  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |   |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35214503 ctggcaaatttgatttagtaggcaaacgatccctcaacatccgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccagattaactccatatt 35214404  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaaca 235  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  35214403 ttgatgaacatgaggttgttcccgtgatgttaaca 35214369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 36801307 - 36801106
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |     
T  36801307 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgatttacatcttcaacctgcccacatcccgatacacaaaaccgattttccacagatataatctcacatg 36801208  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  36801207 ccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcagcagttgccaagcaaggatataaacttttaagggaacctatttatgctaaattaactccatatt 36801108  T
Q  201 tt 202  Q
    ||    
T  36801107 tt 36801106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 7031249 - 7031055
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||| |||     
T  7031249 gcaccaaaagtcggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccggttttccacagctaaaatccctcgtg 7031150  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactcc 195  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7031149 ccaccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagacgccaagcaaggatagaaagttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactcc 7031055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 19890586 - 19890826
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||  ||||||||| ||||  ||||| || || ||||  ||||  |||||| |  |||| ||||| |    
T  19890586 gcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgagtcgtatcttcaacatgcccacatcctgtgacgcaaattcgatcctccacaaatgtaatgccacgat 19890685  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |  |||| || ||||| |||||||| |||||||||||||  ||| | |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19890686 ctgccaagttggatttagtaggtaatcgatccctcaacaaccgcaatgcaaggatggaaacttttaaaggaacctgtttatgccagattaactccatatt 19890785  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  19890786 ttgatgaacatgaggttattcctgtgatgtcaacatgtcat 19890826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 48570154 - 48570031
Alignment:
Q  118 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| |||  ||||  |||||||||| ||| | |||||| ||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48570154 gtaggtaaacgatccctcaacaaccgctaagcaaggactgaaacttttagaggtatctgtttgtgctagattaactccatattttgatgaatatgaggtt 48570055  T
Q  218 gttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  48570054 gttcatgtgatgtcaacaagtcat 48570031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 40930647 - 40930520
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |  |||    
T  40930647 ttttgtaggtaaccaatccctcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaactaactccatgttttgatgcaactga 40930548  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||| ||||||||||||| || |||||    
T  40930547 ggttgctcctgtgatgtcagcatgtcat 40930520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 26771221 - 26771016
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||  || || || ||||| ||| |    |||| || ||| || ||||| |    
T  26771221 gcactaaaaattgggcaagacaaaaacaagtgattcacatcttccacgtgcccacaaccagtgacacacaactgcacctccaaaggaatgataccacggt 26771122  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
       ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||| | |||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26771121 ttgccaaatttgctttcgtaggtaaacgatccctcaaaagccgccaagtaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccacattaactccatatt 26771022  T
Q  201 ttgatg 206  Q
    | ||||    
T  26771021 tggatg 26771016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 79 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 17098030 - 17097868
Alignment:
Q  79 tccacagaaataatcccacgttccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtt 178  Q
    |||| ||||||||||||||| |   ||||||||  ||| |||||||| |||||| ||||||||||| |||  | |||||| ||||| | |    ||||||    
T  17098030 tccatagaaataatcccacggtttgccaaattttctttagtaggtaaccgatccatcaacagtcgctaagcaaagatagagactttcacatatgcctgtt 17097931  T
Q  179 tatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| | ||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  17097930 tatgccaaattaactccacattttgatgtaaatggggttgttcatgcgatgtcaacaagtcat 17097868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 34332934 - 34332807
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||| ||||  ||| ||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||     
T  34332934 ttttgtaggtaatcgatctctcagaagttgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactgg 34332835  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  34332834 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 34332807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 114 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 19920348 - 19920263
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatat 199  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19920348 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatat 19920263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 104 - 235
Target Start/End: Original strand, 2755853 - 2755984
Alignment:
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    |||||||| |||| |||||||| || ||||||| ||  |||||||  |  ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  2755853 ccaaattttatttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaatatagacactttcaaaggtacctgtttgtgccaaatcaactccatattttg 2755952  T
Q  204 atg-aacatgaggttgttcctgtgatgtcaaca 235  Q
    ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  2755953 atgtaacatg-ggttgttcctgcgatgtcaaca 2755984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 2364298 - 2364425
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || |  ||     
T  2364298 ttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactgg 2364397  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  2364398 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 2364425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 7312797 - 7312924
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || |  ||     
T  7312797 ttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactgg 7312896  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  7312897 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 7312924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 114 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 10323690 - 10323606
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccata 198  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  10323690 ttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccata 10323606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 119 - 241
Target Start/End: Original strand, 15312609 - 15312731
Alignment:
Q  119 taggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggttg 218  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||| |||||  |  ||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| |  ||    
T  15312609 taggcaaacgattcctcagcagtcaccaagcaaatatatagacttttagaggtacctgtttatgccaaattaactccaaattttgatgtaaatgggtatg 15312708  T
Q  219 ttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||| |||||||  |||||||    
T  15312709 ttcctgcgatgtcagtaagtcat 15312731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 963292 - 963172
Alignment:
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    ||||||||  ||| |||||||| || ||||||| ||  |||||||  |  ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  963292 ccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatattttg 963193  T
Q  204 atg-aacatgaggttgttcctg 224  Q
    ||| |||||| |||||||||||    
T  963192 atgtaacatg-ggttgttcctg 963172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 20532178 - 20532041
Alignment:
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||| | | |||||||||||  |  ||| | ||||| ||| | ||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  20532178 ccaaatttgattttgtaggtaatcgttccattagcagtcgccaaggaaaaataaatactttcaaatggaccttcttatgccaaattaattccatattttg 20532079  T
Q  204 atgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||| | |||||| || || || ||||||| || |||||    
T  20532078 atgtaaatgaggatgctcatgggatgtcagcatgtcat 20532041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 154 - 235
Target Start/End: Original strand, 3140913 - 3140994
Alignment:
Q  154 atagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatg-aacatgaggttgttcctgtgatgtcaaca 235  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  3140913 atagacactttcaaaggcacctgtttgtaccaaatcaactccatattttgatgtaacatg-ggttgttcctgcgatgtgaaca 3140994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 114 - 196
Target Start/End: Original strand, 7032339 - 7032421
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactcca 196  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||||||| |  |||||||||| ||| | |||||||||||| |||||||  |||||||    
T  7032339 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccatgcaaggatagaaattttgagaggaacctgtttgtgccaaaccaactcca 7032421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 43388275 - 43388515
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  43388275 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagctataatcccacgtt 43388374  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43388375 ccaccaattttgatttagtaggtaaacgatccctcaacaatcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 43388474  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43388475 ttgatgaacatgaagttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 43388515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 16918041 - 16917801
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||| |||  |||||||| |||     
T  16918041 gcaccaaaagtcggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccattacacaaaaccggttttccgcagctataatccctcgtg 16917942  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16917941 ccaccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 16917842  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16917841 ttgatgaacaagaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 16917801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 37191442 - 37191202
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||| ||||  ||||||||  |||| ||||| |    
T  37191442 gcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaatcgatcctccacagatgtaatgccacgat 37191343  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |  |||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||  |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  37191342 ctgccaagttggatttagtaggtaatcgatctctcaacagccgccaagcaaggatataaacttttaaatgaaccagtttatgccagattaactccatatt 37191243  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  37191242 ttgatgaacatgaggttgttcatgtgatgtcaacatgtcat 37191202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 51052501 - 51052628
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |  ||     
T  51052501 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactgg 51052600  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  51052601 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 51052628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 11909224 - 11909097
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  | |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |  ||     
T  11909224 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaatgatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactgg 11909125  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  11909124 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 11909097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 6050624 - 6050751
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||| ||| || || |  ||     
T  6050624 ttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactgg 6050723  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  6050724 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 6050751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 35541070 - 35541197
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || |  ||     
T  35541070 ttttgtgggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactgg 35541169  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  35541170 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 35541197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 118 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 47623192 - 47623069
Alignment:
Q  118 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtt 217  Q
    |||||||| || |||||||| || |||||||  || ||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |  ||| |  |||||||    
T  47623192 gtaggtaagcggtccctcaaaagccgccaagcaagaatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaattccatatatgaatgtaactgaggtt 47623093  T
Q  218 gttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||||||||||| || |||||    
T  47623092 gttcctgtgatgtcagcatgtcat 47623069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 155 - 206
Target Start/End: Original strand, 28351776 - 28351827
Alignment:
Q  155 tagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatg 206  Q
    |||| ||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28351776 tagagactttcagagggaccggtttatgccaaattaactccatattttgatg 28351827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 154 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 22191860 - 22191823
Alignment:
Q  154 atagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaa 191  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  22191860 atagaaaccttcaaaggaacctgtttatgccaaattaa 22191823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 10577481 - 10577241
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  10577481 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagttataatcccacgtt 10577382  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10577381 ccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactctatatt 10577282  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10577281 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaaaaagtcat 10577241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 21630341 - 21630099
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21630341 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagatataatcccacgtt 21630242  T
Q  101 ccaccaaattt--gattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccata 198  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21630241 ccaccaaatttttgattttgtaggtaaacgatccctcaatagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctggttatgccaaattaactccata 21630142  T
Q  199 ttttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21630141 ttttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 21630099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 17606566 - 17606326
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||    
T  17606566 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgtatcccgttacacaaaatcgattttccacagctataattccacgtt 17606467  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17606466 ccaccaaatttgatttagtaggtaaatgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17606367  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17606366 ttgatgaacatgagattgttcctgtgatgtcaacaagtcat 17606326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 17573887 - 17573647
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||     
T  17573887 gcaccaaaagtcggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccggttttccacagctataatccctcgtg 17573788  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17573787 ccaccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaatcttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17573688  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17573687 ttgataaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 17573647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 17579313 - 17579109
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||     
T  17579313 gcaccaaaagtcggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccggttttccacagctataatccctcgtg 17579214  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17579213 ccaccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17579114  T
Q  201 ttgat 205  Q
    |||||    
T  17579113 ttgat 17579109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 20883265 - 20883025
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||   |||||||| ||||| ||||| |    
T  20883265 gcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgattcatatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaaccgagcctccacagatataatgccacgat 20883166  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    | ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  20883165 ctaccaagttcgatttagtaggtaaacaatccctcaacagccgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctatttatgccagattaactccatatt 20883066  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  20883065 ttgatgaacatgtggttgttcctgtgatgtcaacatgtcat 20883025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 11462320 - 11462555
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||| |||||||| | ||| || | ||||| ||||| |    
T  11462320 gcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccacatcccgtgacaaaaaaccgagtctccgcatatataatgccacgat 11462419  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |  |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||  ||||| |||||||||     ||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  11462420 ctgccaagttggatttagtaggtaaaagatccctcaacagctgccaagcaaggattgaaactttt-----aacctgtttataccagattaactccatatt 11462514  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||    
T  11462515 ttgatgaatatgttgttgttcctgtgatgtcaacatgtcat 11462555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 114 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 18651353 - 18651262
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgat 205  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18651353 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgat 18651262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 104 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 15958942 - 15958814
Alignment:
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| || |||||||  || ||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |    
T  15958942 ccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaaaagccgccaagcaagaatagagactttaagaggaacctgtttatgccatattaacttcatatttgg 15958843  T
Q  204 atgaacatgaggttgttcctgtgatgtca 232  Q
    ||| |  ||| ||||||||||||||||||    
T  15958842 atgtaactgaagttgttcctgtgatgtca 15958814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 114 - 206
Target Start/End: Original strand, 12734146 - 12734238
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatg 206  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  12734146 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaaatccatattatgatg 12734238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 114 - 200
Target Start/End: Original strand, 2553658 - 2553744
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||||||| |||||  |||| ||||||||||  |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2553658 ttttgtaggtaaccgatctttcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 2553744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 114 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 24767543 - 24767451
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatg 206  Q
    |||||||||||| |||||||| |  ||||| ||||  |||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24767543 ttttgtaggtaaccgatccctaagaagtcgtcaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 24767451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 114 - 235
Target Start/End: Original strand, 21168220 - 21168341
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| |||||   ||| |||| ||||| ||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||| || || |  ||     
T  21168220 ttttgtaggtaatcgatcttgcaaaagtctccaagctaggatagatactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactgg 21168319  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaaca 235  Q
    || || ||||||||||||||||    
T  21168320 ggctgctcctgtgatgtcaaca 21168341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 235
Target Start/End: Original strand, 13937711 - 13937842
Alignment:
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    ||||||||  ||| |||||||| || ||||||| ||  |||||||  |  ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  13937711 ccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatattttg 13937810  T
Q  204 atg-aacatgaggttgttcctgtgatgtcaaca 235  Q
    ||| |||||| ||||||||||| || |||||||    
T  13937811 atgtaacatg-ggttgttcctgcgaagtcaaca 13937842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 14373223 - 14373026
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||   | || |  ||||| |||||    |||| ||||||||| ||||| |    
T  14373223 gcaccaaaaaatggacaagacaaaaacaaatgatttacatcttcatcatgcccataaccggaaacacacaaccgcccctccatagaaataatgccacggt 14373124  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccata 198  Q
       ||||||||  ||| |||||||| |  | |||||| ||  ||||||  || ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  14373123 ttgccaaatttcctttcgtaggtaagccgttcctcaaaagctgccaagcaagaatagatacttttagaggtacctgtttatgccaaattaaatccata 14373026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 104 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 18682634 - 18682502
Alignment:
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    ||||||||  ||| |||||||| | ||||||| |||  ||||||   | |||||||||||| ||||| || ||||| ||||  || ||||||| ||||||    
T  18682634 ccaaatttactttagtaggtaaccaatccctcgacaaacgccaaaaaaagatagaaactttcaaaggtacttgtttgtgccgtatcaactccagattttg 18682535  T
Q  204 atg-aacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaa 236  Q
    ||| || ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  18682534 atgcaaaatg-ggttgttcctgcgatgtcaacaa 18682502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 153; Significance: 3e-81; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 33 - 241
Target Start/End: Original strand, 18532568 - 18532776
Alignment:
Q  33 attcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgttccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatcc 132  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  18532568 attcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaattccacgttctaccaaaattgatttagtaggtaaacgatcc 18532667  T
Q  133 ctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtca 232  Q
    ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18532668 ctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgcgagattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcatgtgatgtca 18532767  T
Q  233 acaagtcat 241  Q
    |||||||||    
T  18532768 acaagtcat 18532776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 37254666 - 37254900
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  || |  ||| |||| |||||||||||| | |||||||| ||||| ||||  |    
T  37254666 gcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaaaatgtccacattccgtgacacaaaaccgagtctccacagatataatgccacaat 37254765  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |  |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37254766 ctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaacttttaaagtaacctgtttatgccagattaactccatatt 37254865  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaaca 235  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37254866 ttgatgaacatgaggttgttcccgtgatgtcaaca 37254900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 25619367 - 25619578
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||| || |  ||||||||   ||| ||||| |    
T  25619367 gcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccacatcctgtgacacaaaatcggtcctccacagatgcaatgccacgat 25619466  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |  |||| || ||||| |||||||| || ||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25619467 ctgccaagttggatttagtaggtaatcgttccctcaacaaccgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccatattaactccatatt 25619566  T
Q  201 ttgatgaacatg 212  Q
    ||||||||||||    
T  25619567 ttgatgaacatg 25619578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 235556 - 235429
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||     
T  235556 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagagactttgagatgaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgtaactgg 235457  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || |||||||||||||||| |||||    
T  235456 ggctgctcctgtgatgtcaacatgtcat 235429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 17720656 - 17720783
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||||||| |  |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |  |||    
T  17720656 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtga 17720755  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  17720756 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 17720783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 118 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 11277367 - 11277253
Alignment:
Q  118 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtt 217  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |  || ||||    
T  11277367 gtaggtaaccgatctctcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggtt 11277268  T
Q  218 gttcctgtgatgtca 232  Q
    | |||||||||||||    
T  11277267 gctcctgtgatgtca 11277253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 47876891 - 47877131
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| | || |||||| |  ||||| |||||    |||| ||  | ||| ||||| |    
T  47876891 gcactaaaagttgaacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccgcatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggt 47876990  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
       |||||||   ||||||||||||  |||| ||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  47876991 ttgccaaattattttttgtaggtaactgatctctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccctatt 47877090  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||| |  || || || ||||||||||||| || |||||    
T  47877091 ttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 47877131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 4938247 - 4938120
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||| ||| || || |  ||     
T  4938247 ttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactgg 4938148  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  4938147 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 4938120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 118 - 232
Target Start/End: Original strand, 29968000 - 29968114
Alignment:
Q  118 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtt 217  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||  ||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | || || |  || ||||    
T  29968000 gtaggtaaccgatctctcaaaagtcctcaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatactatggtgtaactggggtt 29968099  T
Q  218 gttcctgtgatgtca 232  Q
    | |||||||||||||    
T  29968100 gctcctgtgatgtca 29968114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 37919565 - 37919692
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| | ||| ||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||| |  ||     
T  37919565 ttttgtaggtaaccaatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttataccaaattaacttcatatgatgatgtaattgg 37919664  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  37919665 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 37919692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 37
Target Start/End: Original strand, 18530418 - 18530454
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattca 37  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18530418 gcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattca 18530454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 154 - 241
Target Start/End: Original strand, 36363584 - 36363671
Alignment:
Q  154 atagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||  || ||||||| ||||  || ||||| |||||||||| |||||    
T  36363584 atagagacctttaagggaacctgcttatgccaaattaaatccatgcttggatgaacttgagcatgctcctgagatgtcaacatgtcat 36363671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 551623 - 551595
Alignment:
Q  163 tttaaaggaacctgtttatgccaaattaa 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  551623 tttaaaggaacctgtttatgccaaattaa 551595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 47
Target Start/End: Original strand, 37919466 - 37919498
Alignment:
Q  15 acaagacaaaaataaatgattcacatcttcaac 47  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37919466 acaagacaaaaataaatgattaacatcttcaac 37919498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 153; Significance: 3e-81; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 5 - 241
Target Start/End: Original strand, 14439665 - 14439900
Alignment:
Q  5 caaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgttccac 104  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||||||  ||||||||| | |||||||||||| ||    
T  14439665 caaaaattggacaagacaaaac-aaatgattcacatcttcaacctacccacatcccgttacataaaaccgagcttccacagatagaatcccacgttctac 14439763  T
Q  105 caaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttga 204  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  14439764 caaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgtcaagccaagatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccagattaactccatagtttga 14439863  T
Q  205 tgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  14439864 tgaacatgaggtcgttcctgtgatgtcaacatgtcat 14439900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 11000182 - 10999943
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||    
T  11000182 gcaccaaaaattggacaagataagaacaaatgattcacatcttcaacatgcccacattccgttacacaaaaccgagcttccacagatagaatcccacgtt 11000083  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |  ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  11000082 ctgccaaatttgatttagtaggcaaacgatccct-aacagccaccaagcaaggatagaaacttttaaagaaacctgtttatggcagattaactccatatt 10999984  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  10999983 ttgatgaacatgagattgttcctatgatgtcaacatgtcat 10999943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 4 - 235
Target Start/End: Original strand, 12645447 - 12645678
Alignment:
Q  4 ccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgttcca 103  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||  || || || ||||||||||||   |||| ||  | ||| |  || ||      
T  12645447 ccaaaaattgggcaagacaaaaacaaatgagtcacatcttcaacatgcccacaccctgtaacacaaaaccgagcctccaaaggtagaattctgcgatctg 12645546  T
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
     ||||||  ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||  ||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12645547 tcaaattgtattttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagagaaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 12645646  T
Q  204 atgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaaca 235  Q
    || ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  12645647 ataaacatgagggttttcctgtgatgtcaaca 12645678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 41206924 - 41207164
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||| |||||| || ||||| |||||    ||||  | |||||| ||||| |    
T  41206924 gcaccaaaagttggacaagacaagaacaaatgattgacatcttcaacgtgcccgcatccagtgacacacaaccgcgcctccaagggaataatgccacgat 41207023  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
       |||||||   |||||||||||| ||||||||||  || |||||||  |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41207024 ttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaagccgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 41207123  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    | |||| |  ||||| |||||||| ||||||| || |||||    
T  41207124 tggatgtaactgaggatgttcctgcgatgtcagcatgtcat 41207164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 241
Target Start/End: Original strand, 40176693 - 40176816
Alignment:
Q  118 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||  |||||||||| ||| |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40176693 gtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggactgaaacttttagaggtacctgtttgtgccagactaactccatattttgatgaatatgaggtt 40176792  T
Q  218 gttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||||| |||||||    
T  40176793 gttcctgtgatgtcaataagtcat 40176816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 4 - 208
Target Start/End: Original strand, 15917565 - 15917769
Alignment:
Q  4 ccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgttcca 103  Q
    |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||  || || || ||||| |||||   ||||| || |||||| ||||| |       
T  15917565 ccaaaagttggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccacaaccagtgacacacaaccgcacttccaaaggaataataccacgatttg 15917664  T
Q  104 ccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 203  Q
    |||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||| | ||||| | |||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||    
T  15917665 ccaaattaacttttgtaggtaaacgatccctcagcagtccccaagcaaggatacagactttcagaggaacctatttatgcgaaattaactcaatattttg 15917764  T
Q  204 atgaa 208  Q
    |||||    
T  15917765 atgaa 15917769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 116 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 38604491 - 38604366
Alignment:
Q  116 ttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgagg 215  Q
    |||||||||||||||| || |||||  |||| |  ||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||    
T  38604491 ttgtaggtaaacgatctcttaacagcagccatgcaaggattgaaacttttagaggtacttgtttatgccagattaactccatattttgatgaaaattagg 38604392  T
Q  216 ttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |||||||||||||||||||| |||||    
T  38604391 ttgttcctgtgatgtcaacatgtcat 38604366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 17765194 - 17764994
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || || |  || || || ||||| |||||    |||| || ||| || ||||| |    
T  17765194 gcaccaaaaattgggcaagacaaaaacaagtgattcacatcttccacgtgaccacaaccagtgacacacaaccgcgcctccaaaggaatgataccacggt 17765095  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
       ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| || |||||||  || ||||| ||||| | |||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17765094 ttgccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaatagccgccaagcaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccatattaactccatatt 17764995  T
Q  201 t 201  Q
    |    
T  17764994 t 17764994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 4552190 - 4552317
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||||| || || |  ||     
T  4552190 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttaagaggaacctatttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactgg 4552289  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  4552290 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 4552317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 28252628 - 28252868
Alignment:
Q  1 gcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagaaataatcccacgtt 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |  || || |  ||||| |||||    |||| |  |||||| ||| | |    
T  28252628 gcaccaaaaaatggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcatcatgaccacaaccggaaacacataaccgcccctccatatgaataatgccatggt 28252727  T
Q  101 ccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
       ||||||||   || |||||||| ||||||||||| || |||||||  || ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||      
T  28252728 ttgccaaatttcccttcgtaggtaagcgatccctcaaaagccgccaagcaagaatagatacttttagaggtacctgtttatgccaaattaattccataga 28252827  T
Q  201 ttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    |  ||| |  ||||| |||||||||||||||| || |||||    
T  28252828 tgaatgtaactgaggctgttcctgtgatgtcagcatgtcat 28252868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 51; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 118 - 200
Target Start/End: Original strand, 3277 - 3359
Alignment:
Q  118 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 200  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||| |||||  |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3277 gtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagaaactttaagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 3359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 105962 - 105835
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||| ||| || || |  ||     
T  105962 ttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactgg 105863  T
Q  214 ggttgttcctgtgatgtcaacaagtcat 241  Q
    || || ||||||||||||| || |||||    
T  105862 ggctgctcctgtgatgtcagcatgtcat 105835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 114 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 11324 - 11242
Alignment:
Q  114 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagttaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactcca 196  Q
    |||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11324 ttttgtaggtaaccgatccctgagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtcca 11242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University