View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9379_low_3 (Length: 600)

Name: NF9379_low_3
Description: NF9379
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9379_low_3
NF9379_low_3
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (14-582)||(34783887-34784455)
chr4 (15-582)||(34775666-34776242)
chr4 (15-582)||(11445211-11445784)
chr4 (15-582)||(11547306-11547879)
chr4 (83-582)||(11507075-11507580)
chr4 (353-582)||(11468527-11468756)
chr4 (353-582)||(11522705-11522934)
[»] scaffold0794 (1 HSPs)
scaffold0794 (83-582)||(1732-2237)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 561; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 34784455 - 34783887
Alignment:
Q  14 gacatcaacaagagattccaaaccctcaaacacattcttgttctcatgaagagcaagcttaaacattctagaatcagcagccatagcatcttgaaacaaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34784455 gacatcaacaagagattccaaaccctcaaacacattcttgttctcatgaagagcaagcttaaacattctagaatcagcagccatagcatcttgaaacaaa 34784356  T
Q  114 ctcaaagtaccagattcagaatctttgttaagaaaatcccaatagttctctcctgttgcacactcaaaaagagtttgtttcttatcctcattgaaccatt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34784355 ctcaaagtaccagattcagaatctttgttaagaaaatcccaatagttctctcctgttgcacactcaaaaagagtttgttccttatcctcattgaaccatt 34784256  T
Q  214 tctttgaagacttccacatgtctatagaacttgcatgaagcgctccttcaataagcgttgataaacatgtcgattttccacttatgagaagctttgaaga 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34784255 tctttgaagacttccacatgtctatagaacttgcatgaagcgctccttcaataagcgttgataaacatgtcgattttccacttatgagaagctttgaaga 34784156  T
Q  314 tggtgtaagaccatatgctgtttcttcttcttcattacttttcactgttgtttttgtaaagaagccattgtgtgttaaaaggcgtaagaatcgatagagg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34784155 tggtgtaagaccatatgctgtttcttcttcttcattacttttcactgttgtttttgtaaagaagccattgtgtgttaaaaggcgtaagaatcgatagagg 34784056  T
Q  414 atgttaactttagaagggtggagttttaaagatgaggctaattcagaaagagtcattggttttccatggttatggattgcatcagctatgcctagttcca 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34784055 atgttaactttagaagggtggagttttaaagatgaggctaattcagaaagagtcattggttttccatggttatggattgcatcagctatgcctagttcca 34783956  T
Q  514 tggctgatttgagagccatggaactaacaaagttgtatacatgtttgtacaaatggatttgagcatgat 582  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34783955 tggctgatttgagtgccatggaactaacaaagttgtatacatgtttgtacaaatggatttgagcatgat 34783887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 15 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 34776242 - 34775666
Alignment:
Q  15 acatcaacaagagattccaaaccctcaaacacattcttgttctcatgaagagcaagcttaaacattctagaatcagcagccatagcatcttgaaacaaac 114  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || ||    || ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||    
T  34776242 acatcaacaagagactccaaaccctcgaaaacgcgtttattctcttggagaacaagcttaaacattctagaatcagatgccatagcatcttgaaacatac 34776143  T
Q  115 tcaaagtaccagattcagaatctttgttaagaaaatcccaatagttctctcctgttgcacactcaaaaagagtttgtttcttatcctcattgaaccattt 214  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||| |  ||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  34776142 tcaaagtactagattcagaatctttgttaagaaaatcccaaaaactctcccctgttgcacactcaaacaatgtttgttccttatcttcattgaaccattt 34776043  T
Q  215 ctttgaagacttccacatgtctatagaacttgcatgaagcgctccttcaataagcgttgataaacatgtcgattttccacttatgagaagctttgaagat 314  Q
    |||||| ||  |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| || ||  |  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||      
T  34776042 ctttgaggaactccacatgtctaaagaacttggatgaagtgctcctttaacaattgaagataaacatgttggttttccacttatgagaagctttgaagga 34775943  T
Q  315 ggtgtaagaccatatgctgtttcttcttcttcat---------tacttttcactgttgtttttgtaaagaagccattgtgtgttaaaaggcgtaagaatc 405  Q
    ||||| |||  ||||||| |||||||||||||||         | | ||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  34775942 ggtgtgagagaatatgctatttcttcttcttcatctccttctttgcctttcactattgtttttgcaaagaaaccattatgtgttaaaaggcgtaagaatc 34775843  T
Q  406 gatagaggatgttaactttagaagggtggagttttaaagatgaggctaattcagaaagagtcattggttttccatggttatggattgcatcagctatgcc 505  Q
    | |  || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  34775842 ggtgaagtatattaactttagaagggtgaagtttcaaagatgaggctagttcagaaagagtcattggttttccatggttgtgaattgcatcagctatgcc 34775743  T
Q  506 tagttccatggctgatttgagagccatggaactaacaaagttgtatacatgtttgtacaaatggatttgagcatgat 582  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34775742 tagttccatggctgatttgagagccatggaactaacaaagttgtatacatgtttgtacaaatggatttgagcatgat 34775666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 15 - 582
Target Start/End: Original strand, 11445211 - 11445784
Alignment:
Q  15 acatcaacaagagattccaaaccctcaaacacattcttgttctcatgaagagcaagcttaaacattctagaatcagcagccatagcatcttgaaacaaac 114  Q
    |||||||| | ||| |||||||| ||||||||||  |||  ||| |  |||||||| || || |||  |||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  11445211 acatcaactatagactccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctcttgaaacatac 11445310  T
Q  115 tcaaagtaccagattcagaatctttgttaagaaaatcccaatagttctctcctgttgcacactcaaaaagagtttgtttcttatcctcattgaaccattt 214  Q
    |||    | ||||||||| ||||||||||||| | |||||| |  |||||||| |||| | |||||| ||  |  ||| ||| |||||| ||| ||||||    
T  11445311 tcagttcatcagattcagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaataggctgagttccttgtcctcagtgagccattt 11445410  T
Q  215 ctttgaagacttccacatgtctatagaacttgcatgaagcgctccttcaataagcgttgataaacatgtcgattttccacttatgagaagctttgaagat 314  Q
    ||| || || | ||||| ||  | |  || || ||||||| ||||   || ||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||      
T  11445411 cttagaggagtgccacacgttcagacgacatggatgaagcactccgctaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagcattgaagga 11445510  T
Q  315 ggtgtaagaccatatgctgtttcttcttct---tcattacttttcac---tgttgtttttgtaaagaagccattgtgtgttaaaaggcgtaagaatcgat 408  Q
    || || |||  ||||| |||||||||||||   || || |  ||||    ||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||| ||||  ||||    
T  11445511 ggagtgagagaatatgttgtttcttcttctccttctttgccattcatcagtgttgtttttgcaaagaaaccattgtgtgttagcaggcgcaagagacgat 11445610  T
Q  409 agaggatgttaactttagaagggtggagttttaaagatgaggctaattcagaaagagtcattggttttccatggttatggattgcatcagctatgcctag 508  Q
    | ||||   ||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11445611 acaggacactaactttcgaaggatggagtttcaaagatgaagctaattcagtaagagtcattggttttccatggttgtggattgcatcagctatgcctag 11445710  T
Q  509 ttccatggctgatttgagagccatggaactaacaaagttgtatacatgtttgtacaaatggatttgagcatgat 582  Q
    |||||  || |||||||| ||||||||| | | |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11445711 ttccacagcagatttgagtgccatggaatttataaagctgtatatatgtttgtacagatggatttgagcatgat 11445784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 15 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 11547879 - 11547306
Alignment:
Q  15 acatcaacaagagattccaaaccctcaaacacattcttgttctcatgaagagcaagcttaaacattctagaatcagcagccatagcatcttgaaacaaac 114  Q
    |||||||| | ||| |||||||| ||||||||||  |||  ||| |  |||||||| || || |||  |||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  11547879 acatcaactatagactccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctcttgaaacatac 11547780  T
Q  115 tcaaagtaccagattcagaatctttgttaagaaaatcccaatagttctctcctgttgcacactcaaaaagagtttgtttcttatcctcattgaaccattt 214  Q
    |||    | ||||||||| ||||||||||||| | |||||| |  |||||||| |||| | |||||| ||  |  ||| ||| |||||| ||| ||||||    
T  11547779 tcagttcatcagattcagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaataggctgagttccttgtcctcagtgagccattt 11547680  T
Q  215 ctttgaagacttccacatgtctatagaacttgcatgaagcgctccttcaataagcgttgataaacatgtcgattttccacttatgagaagctttgaagat 314  Q
    ||| || || | ||||| ||  | |  || || ||||||| ||||   || ||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||      
T  11547679 cttagaggagtgccacacgttcagacgacatggatgaagcactccgctaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagcattgaagga 11547580  T
Q  315 ggtgtaagaccatatgctgtttcttcttct---tcattacttttcac---tgttgtttttgtaaagaagccattgtgtgttaaaaggcgtaagaatcgat 408  Q
    || || |||  ||||| |||||||||||||   || || |  ||||    ||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||| ||||  ||||    
T  11547579 ggagtgagagaatatgttgtttcttcttctccttctttgccattcatcagtgttgtttttgcaaagaaaccattgtgtgttagcaggcgcaagagacgat 11547480  T
Q  409 agaggatgttaactttagaagggtggagttttaaagatgaggctaattcagaaagagtcattggttttccatggttatggattgcatcagctatgcctag 508  Q
    | ||||   ||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11547479 acaggacactaactttcgaaggatggagtttcaaagatgaagctaattcagtaagagtcattggttttccatggttgtggattgcatcagctatgcctag 11547380  T
Q  509 ttccatggctgatttgagagccatggaactaacaaagttgtatacatgtttgtacaaatggatttgagcatgat 582  Q
    |||||  || |||||||| ||||||||| | | |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11547379 ttccacagcagatttgagtgccatggaatttataaagctgtatatatgtttgtacagatggatttgagcatgat 11547306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 83 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 11507580 - 11507075
Alignment:
Q  83 agaatcagcagccatagcatcttgaaacaaactcaaagtaccagattcagaatctttgttaagaaaatcccaatagttctctcctgttgcacactcaaaa 182  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||    | ||||||||| ||||||||||||| | |||||| |  |||||||| |||| | ||||||     
T  11507580 agaatcagcagccatagcctcttgaaacatactcagttcatcagattcagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaag 11507481  T
Q  183 agagtttgtttcttatcctcattgaaccatttctttgaagacttccacatgtctatagaacttgcatgaagcgctccttcaataagcgttgataaacatg 282  Q
    ||| |  ||| ||| |||||| ||| ||||||| | || || | ||| ||||  | |  || || ||||| || |||   || ||  | ||| |||||||    
T  11507480 agactgagttccttctcctcagtgagccatttcgtagaggagtaccatatgttcagacgacatggatgaaccgttccggtaacaaatggtgacaaacatg 11507381  T
Q  283 tcgattttccacttatgagaagctttgaagatggtgtaagaccatatgctgtttcttcttct---tcatt---acttttcactgttgtttttgtaaagaa 376  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||||||  || || |||  ||||  |||||||||||||   || ||   |||  ||| ||||||||| | ||||||    
T  11507380 ttgatttgccacttatgagaagcattgaaggaggagtgagagaatatattgtttcttcttctccttctttgccactcatcagtgttgttttcgcaaagaa 11507281  T
Q  377 gccattgtgtgttaaaaggcgtaagaatcgatagaggatgttaactttagaagggtggagttttaaagatgaggctaattcagaaagagtcattggtttt 476  Q
     |||||||||||||  | ||| ||||  ||||| ||||   |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  11507280 accattgtgtgttagcaagcgcaagagacgataaaggacactaactttagaagggtggagtttcaaagatgaagctaattcagtaagagtcattggtttt 11507181  T
Q  477 ccatggttatggattgcatcagctatgcctagttccatggctgatttgagagccatggaactaacaaagttgtatacatgtttgtacaaatggatttgag 576  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | | ||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  11507180 ccatggttttggattgcatctgctatgcctagttccacggctgatttgagtgccatggaatttataaagccgtatatatgtttgtacagatggatttgag 11507081  T
Q  577 catgat 582  Q
    | ||||    
T  11507080 cgtgat 11507075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 353 - 582
Target Start/End: Original strand, 11468527 - 11468756
Alignment:
Q  353 tttcactgttgtttttgtaaagaagccattgtgtgttaaaaggcgtaagaatcgatagaggatgttaactttagaagggtggagttttaaagatgaggct 452  Q
    |||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||  | ||| ||||| | ||| ||||   |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  11468527 tttcactgttgtttttgcgaagaaaccatcgtgtgttagcaagcgcaagaacctatataggacactaactttagaagggtgaagtttcaaagatgaggct 11468626  T
Q  453 aattcagaaagagtcattggttttccatggttatggattgcatcagctatgcctagttccatggctgatttgagagccatggaactaacaaagttgtata 552  Q
    ||||||| || |||||| || |||||||| || |||||||||||  |||| ||||||||||  || |||||||| ||||||||||| | |||| ||||||    
T  11468627 aattcaggaacagtcataggctttccatgtttgtggattgcatctactattcctagttccacagcagatttgagtgccatggaacttataaagctgtata 11468726  T
Q  553 catgtttgtacaaatggatttgagcatgat 582  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11468727 catgtttgtataaatggatttgagcatgat 11468756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 353 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 11522934 - 11522705
Alignment:
Q  353 tttcactgttgtttttgtaaagaagccattgtgtgttaaaaggcgtaagaatcgatagaggatgttaactttagaagggtggagttttaaagatgaggct 452  Q
    |||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||  | ||| ||||| | ||| ||||   |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  11522934 tttcactgttgtttttgcgaagaaaccatcgtgtgttagcaagcgcaagaacctatataggacactaactttagaagggtgaagtttcaaagatgaggct 11522835  T
Q  453 aattcagaaagagtcattggttttccatggttatggattgcatcagctatgcctagttccatggctgatttgagagccatggaactaacaaagttgtata 552  Q
    ||||||| || |||||| || |||||||| || |||||||||||  |||| ||||||||||  || |||||||| ||||||||||| | |||| ||||||    
T  11522834 aattcaggaacagtcataggctttccatgtttgtggattgcatctactattcctagttccacagcagatttgagtgccatggaacttataaagctgtata 11522735  T
Q  553 catgtttgtacaaatggatttgagcatgat 582  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11522734 catgtttgtataaatggatttgagcatgat 11522705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0794 (Bit Score: 118; Significance: 7e-60; HSPs: 1)
Name: scaffold0794
Description:

Target: scaffold0794; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 83 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 2237 - 1732
Alignment:
Q  83 agaatcagcagccatagcatcttgaaacaaactcaaagtaccagattcagaatctttgttaagaaaatcccaatagttctctcctgttgcacactcaaaa 182  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||    | ||||||||| ||||||||||||| | |||||| |  |||||||| |||| | ||||||     
T  2237 agaatcagcagccatagcctcttgaaacatactcagttcatcagattcagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaag 2138  T
Q  183 agagtttgtttcttatcctcattgaaccatttctttgaagacttccacatgtctatagaacttgcatgaagcgctccttcaataagcgttgataaacatg 282  Q
    ||| |  ||| ||| |||||| ||| ||||||| | || || | ||| ||||  | |  || || ||||| || |||   || ||  | ||| |||||||    
T  2137 agactgagttccttctcctcagtgagccatttcgtagaggagtaccatatgttcagacgacatggatgaaccgttccggtaacaaatggtgacaaacatg 2038  T
Q  283 tcgattttccacttatgagaagctttgaagatggtgtaagaccatatgctgtttcttcttct---tcatt---acttttcactgttgtttttgtaaagaa 376  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||||||  || || |||  ||||  |||||||||||||   || ||   |||  ||| ||||||||| | ||||||    
T  2037 ttgatttgccacttatgagaagcattgaaggaggagtgagagaatatattgtttcttcttctccttctttgccactcatcagtgttgttttcgcaaagaa 1938  T
Q  377 gccattgtgtgttaaaaggcgtaagaatcgatagaggatgttaactttagaagggtggagttttaaagatgaggctaattcagaaagagtcattggtttt 476  Q
     |||||||||||||  | ||| ||||  ||||| ||||   |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  1937 accattgtgtgttagcaagcgcaagagacgataaaggacactaactttagaagggtggagtttcaaagatgaagctaattcagtaagagtcattggtttt 1838  T
Q  477 ccatggttatggattgcatcagctatgcctagttccatggctgatttgagagccatggaactaacaaagttgtatacatgtttgtacaaatggatttgag 576  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | | ||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  1837 ccatggttttggattgcatctgctatgcctagttccacggctgatttgagtgccatggaatttataaagccgtatatatgtttgtacagatggatttgag 1738  T
Q  577 catgat 582  Q
    | ||||    
T  1737 cgtgat 1732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University