View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9383_low_2 (Length: 350)

Name: NF9383_low_2
Description: NF9383
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9383_low_2
NF9383_low_2
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (26-332)||(37701474-37701777)
chr5 (17-332)||(37393946-37394261)
chr5 (17-332)||(37710292-37710607)
chr5 (17-332)||(37531885-37532200)
chr5 (17-332)||(37638531-37638846)
chr5 (17-332)||(37592989-37593304)
chr5 (17-330)||(37822691-37823004)
chr5 (17-332)||(37402058-37402373)
chr5 (9-298)||(37434529-37434818)
chr5 (9-332)||(37427835-37428163)
chr5 (17-332)||(37695380-37695695)
chr5 (31-324)||(37383400-37383693)
chr5 (9-300)||(37439887-37440178)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (17-324)||(16844056-16844363)
chr4 (9-261)||(16846715-16846966)
chr4 (9-325)||(24218783-24219099)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 26 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 37701777 - 37701474
Alignment:
Q  26 ttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaacc 125  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37701777 ttggagtggttggacctctccaggaaccgtttgacgggtgagattcccgcggctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaacc 37701678  T
Q  126 accttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccattgtctaaatc 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37701677 accttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatc 37701578  T
Q  226 atgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatatgcatgtggg 325  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  37701577 atgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagatg---aagagtcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggg 37701481  T
Q  326 acaatat 332  Q
     ||||||    
T  37701480 gcaatat 37701474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 17 - 332
Target Start/End: Original strand, 37393946 - 37394261
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  37393946 ttgagaaatttagagtggttggacctctcaaggaaccaattgaagggtgagattcccgtggctttgacaaatttgaatttcctctcattcttaaaccttt 37394045  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  37394046 cacaaaaccaccttgagggagtcatacctacaggtcaacaatttgatacatttggaaatgattcttatgaagggaatacaatgttgtgtggattccaatt 37394145  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||    
T  37394146 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccaccgcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagcggtagcaatcggatat 37394245  T
Q  317 gcatgtgggacaatat 332  Q
    | ||||||| ||||||    
T  37394246 ggatgtggggcaatat 37394261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 17 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 37710607 - 37710292
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37710607 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgaagggtgagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37710508  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37710507 cacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggatttccatt 37710408  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||    
T  37710407 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagcggtagcaatcggatat 37710308  T
Q  317 gcatgtgggacaatat 332  Q
    ||||||||| ||||||    
T  37710307 gcatgtggggcaatat 37710292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 37532200 - 37531885
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37532200 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgaagggtgagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37532101  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37532100 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaatt 37532001  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||  |||||    
T  37532000 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagctgtggcaattggatat 37531901  T
Q  317 gcatgtgggacaatat 332  Q
    | ||||||| ||||||    
T  37531900 ggatgtggggcaatat 37531885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 37638846 - 37638531
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37638846 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgaagggtgagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37638747  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37638746 cacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaatt 37638647  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||  |||||    
T  37638646 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatccggatttggctggaaagcggtagcaatcggatat 37638547  T
Q  317 gcatgtgggacaatat 332  Q
    ||||||||| ||||||    
T  37638546 gcatgtggggcaatat 37638531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 17 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 37593304 - 37592989
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37593304 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgaagggtgagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37593205  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37593204 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaatt 37593105  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||  |||||    
T  37593104 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatccggatttggctggaaagctgtggcaattggatat 37593005  T
Q  317 gcatgtgggacaatat 332  Q
    | ||||||| ||||||    
T  37593004 ggatgtggggcaatat 37592989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 17 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 37823004 - 37822691
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37823004 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgaagggtgagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37822905  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  37822904 cacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttatgtggatttccatt 37822805  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||    
T  37822804 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcggccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagcggtagcaatcggatat 37822705  T
Q  317 gcatgtgggacaat 330  Q
    ||||||||| ||||    
T  37822704 gcatgtggggcaat 37822691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 17 - 332
Target Start/End: Original strand, 37402058 - 37402373
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37402058 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgacgggtgagattcctgaggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37402157  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37402158 cacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttgaaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaatt 37402257  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||  |||||    
T  37402258 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatccggatttggctggaaagctgtggcaattggatat 37402357  T
Q  317 gcatgtgggacaatat 332  Q
    | ||||||| ||||||    
T  37402358 ggatgtggggcaatat 37402373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 9 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 37434818 - 37434529
Alignment:
Q  9 tgagtaaattgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattctt 108  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||  |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37434818 tgagtaaattgagacatttggagtggttagacctctcaaaaaaccagttgacgggtgaaattcctgtggctttgacaaatttgaatttcctatcattctt 37434719  T
Q  109 gaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtgga 208  Q
    ||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37434718 gaacctttcaaacaaccaccttgagggagtcatacctacgggtcaacaatttgctacatttgaaaatgattcctatgaaggaaatacaatgttatgtgga 37434619  T
Q  209 ttcccattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaa 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37434618 ttcccattgtctaaatcatgcaaaaacgagaaagatctgccaccacattcaacatctgaagacgaagaagaatcaggatttggctggaaa 37434529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 9 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 37428163 - 37427835
Alignment:
Q  9 tgagtaaattgagacatttggggtggttggacctctcaaggaacca---aat--gacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctca 103  Q
    |||||||  ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||   |||  ||| ||||||||||| |  ||||||  ||||||||||||||| |||    
T  37428163 tgagtaatctgagaaacttggagtggttggacctctcaaggaaccatttaatttgacaggtgagattcccaccgctttggaaaatttgaatttcctatca 37428064  T
Q  104 ttcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgt 203  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |    
T  37428063 ttcttgaatctctcacaaaaccaccttgagggaatcatacctaccggccaacagtttgatacatttggaaatgattcctatgaagggaatacaatgttat 37427964  T
Q  204 gtggattcccattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgt 303  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  37427963 gtggattcatattgtctaaatcatgcaaaaatgatgaagatcaaccaccacattcaacatctgaagaagaagaggaatcaggatttggctggaaagcggt 37427864  T
Q  304 aacaatatgatatgcatgtgggacaatat 332  Q
    |  |||| |||||||||||||||||||||    
T  37427863 agtaataagatatgcatgtgggacaatat 37427835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 17 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 37695695 - 37695380
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| | |||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37695695 ttgagaaaattggagtggttggacctctcatgtaaccaattgacgggagagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaacttt 37695596  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  37695595 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacgtttggaaatgattcctatgaagggaatactatgttatgtggattcccatt 37695496  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    ||||| || |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||  |||||    
T  37695495 gtctagattatgcaaaaatgatgaagatctaccaccacattcgacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagctgtggcaattggatat 37695396  T
Q  317 gcatgtgggacaatat 332  Q
    | ||||||| ||||||    
T  37695395 ggatgtggggcaatat 37695380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 31 - 324
Target Start/End: Original strand, 37383400 - 37383693
Alignment:
Q  31 gtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccacctt 130  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37383400 gtggttagacctctcaaggaaccaattgaagggtgagattcctttggctttgacaaatttgaattttctctctttcttgaatctttcacaaaaccacctt 37383499  T
Q  131 gagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccattgtctaaatcatgca 230  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  37383500 gagggaatcatacctacaggtcaacagtttggtacatttggaaatgattcctttgaaggaaatacaatgttatgtggatttccattgtcaaaatcatgca 37383599  T
Q  231 aaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatatgcatgtgg 324  Q
    ||| ||| ||||||  | | ||  ||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||   |||| |||||||||||||    
T  37383600 aaactgatgaagattggtcgccatattcaacatctaatgatgaagaggaatctggatttggctggaaagcagtggtaataggatatgcatgtgg 37383693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 9 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 37440178 - 37439887
Alignment:
Q  9 tgagtaaattgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattctt 108  Q
    |||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||  |  |||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  37440178 tgagtaaattgagaaatttagagtggtcggacctctcaagaaaccaattgaccggtgaaattcccgtgactttgacaaatttgaatttcctctctgtctt 37440079  T
Q  109 gaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtgga 208  Q
     || |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  37440078 aaacctttcacaaaaccaccatgagggaatcatacctgcaggtcaacagtttggtacatttggaaatgattcctatgaagggaatacaatgttatgtgga 37439979  T
Q  209 ttcccattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagc 300  Q
    |  |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  37439978 tatccattgtctaagccatgcaaaaatgaggaagatcttccaccatattcaacaactgatgatcaagaggaatcaggatttggctggaaagc 37439887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 180; Significance: 4e-97; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 17 - 324
Target Start/End: Original strand, 16844056 - 16844363
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||| |   |||||| |||||||||||||||| || ||||| || ||||    
T  16844056 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgacgggagagattcttgaggctttggcaaatttgaatttcctttctttcttaaaccttt 16844155  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    ||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  16844156 cacaaaaccactttaaaggaatcatacctacaggtcaacaatttaatacatttggaaatgattcctatcaagggaatacaatgttgtgtggattgccatt 16844255  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||    
T  16844256 ctctaattcatgcaaaaatgaggaagatctgccacaacattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagcggtaacaatcggatat 16844355  T
Q  317 gcatgtgg 324  Q
    ||||||||    
T  16844356 gcatgtgg 16844363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 9 - 261
Target Start/End: Original strand, 16846715 - 16846966
Alignment:
Q  9 tgagtaaattgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattctt 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  16846715 tgagtaaattgagacatttggagtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggagagattcctgtggctttgacaaatttgaatttcctttctttctt 16846814  T
Q  109 gaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtgga 208  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16846815 gaacctttcaaaaaaccaccttgagggagtcatacctacaggtcaacaattttctacatttggaaatgattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtgga 16846914  T
Q  209 ttcccattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaac 261  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16846915 ttcccatcgtctaaatcat-aaaaaatgaggaagatctgccaccacattcaac 16846966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 9 - 325
Target Start/End: Original strand, 24218783 - 24219099
Alignment:
Q  9 tgagtaaattgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattctt 108  Q
    ||||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||| ||| |  |||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  24218783 tgagtaatttgcgaaatttggagtggttggacctctcaagaaacaacttgagtggtaagattcctatggctttgacaaatttgaatttcctctctttttt 24218882  T
Q  109 gaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtgga 208  Q
     || |||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  24218883 aaacctttcacaaaaccatctcaagggaatcatacctaccggccaacaatttaacacatttggaaatgattcctatgaaggaaatgcaatgttatgtgga 24218982  T
Q  209 ttcccattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaa 308  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||| ||| | ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| |||    
T  24218983 tttccattgtcaaaatcatgcaaaaatgatgaagatcggccaccatattcaacgtctaatgatgacgaggaatcgggatttggctggaaagcagtagcaa 24219082  T
Q  309 tatgatatgcatgtggg 325  Q
    || |||||| |||||||    
T  24219083 taggatatggatgtggg 24219099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University