View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9384_low_3 (Length: 555)

Name: NF9384_low_3
Description: NF9384
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9384_low_3
NF9384_low_3
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (80-535)||(36090238-36090693)
chr4 (120-486)||(21482414-21482780)
chr4 (93-486)||(36100396-36100789)
chr4 (93-486)||(34971597-34971990)
chr4 (97-535)||(36107659-36108097)
chr4 (387-486)||(36080085-36080184)
chr4 (16-77)||(36090730-36090791)
chr4 (26-81)||(21482290-21482345)
chr4 (384-486)||(38125524-38125626)
chr4 (25-77)||(36100295-36100347)
chr4 (25-77)||(36107554-36107606)
chr4 (384-462)||(38129477-38129555)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (93-486)||(6838416-6838809)
chr6 (21-77)||(6838311-6838367)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (93-486)||(8338280-8338673)
chr2 (21-70)||(8338175-8338224)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 36090693 - 36090238
Alignment:
Q  80 aaaggatagttcccatgtccaagtaacagttaaatgtgctaaaagtaacaacattcagatcagaattcaaagtggcggacacgactacgaaggtttatca 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||    
T  36090693 aaaggatagttcccatgtccaagtaacagttaaatgtgctaaaagtaacaacattcagatcagaattcgaagtggcggacatgattacgaaggtttatca 36090594  T
Q  180 tatgtataagacgtgccttatgttataattgacttgcttcatctcaattcaattgatgtcaatttagaagaagaaactgcatgggttgaatcaggtgcaa 279  Q
     |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36090593 aatgtatcagacatgccttatgttataattgacttgcttcatctcaattcaattgatgtcaatttagaagaagaaactgcatgggttgaatcaggtgcaa 36090494  T
Q  280 tacttggtgagatttattatactattgcaatgaaaaataaatcccttgctttcccatctggggtatgtttttcggtaggggctggtagccaattatctag 379  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36090493 tacttggtaagatttattatacgattgcaatgaaaaataactcccttgctttcccatctggggtatgtttttcggtaggggctggtggccaattatctag 36090394  T
Q  380 tgctgggtatggaaacttaatgagaaaatttggtctttctattgataataccattgatgcaaaaattgttgatgtcaatggtaatatccttgatagaaaa 479  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36090393 tgctgggcatggaaacttaatgagaaaatttggtctttctattgataataccattgatgcaaaaattgtcgatgtcaatggtaatatccttgatagaaga 36090294  T
Q  480 tcaatggaaaaagannnnnnnngggctataagagctggtggtgtggctatttttgg 535  Q
    ||||| ||||||||        |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  36090293 tcaatagaaaaagatcttttttgggctataagaggtggtggtggggctagttttgg 36090238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 120 - 486
Target Start/End: Original strand, 21482414 - 21482780
Alignment:
Q  120 aaaagtaacaacattcagatcagaattcaaagtggcggacacgactacgaaggtttatcatatgtataagacgtgccttatgttataattgacttgcttc 219  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21482414 aaaagtaacaaaattcagatcagaatccgaagtggcggccacgactttgaaggtttctcatatgtatcagacgtgccttttgttataattgacttgcttc 21482513  T
Q  220 atctcaattcaattgatgtcaatttagaagaagaaactgcatgggttgaatcaggtgcaatacttggtgagatttattatactattgcaatgaaaaataa 319  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  || |||||||||| |||| || |||||||||    
T  21482514 atctcaattcagttgatgtcaatttacaagaagaaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggaaagctttattataccattggaaagaaaaataa 21482613  T
Q  320 atcccttgctttcccatctggggtatgtttttcggtaggggctggtagccaattatctagtgctgggtatggaaacttaatgagaaaatttggtctttct 419  Q
     || |||||||||||||| || || |||||||| || || |||||| | || || ||| ||| ||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||    
T  21482614 ctctcttgctttcccatccggcgtttgtttttctgtcggagctggtggtcatttttctggtggtggatatggaaatatgatgagaaaatttggtctttct 21482713  T
Q  420 attgataataccattgatgcaaaaattgttgatgtcaatggtaatatccttgatagaaaatcaatgg 486  Q
     |||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21482714 gttgataatattattgacgcaaaaattgttgatgtgaatggtaatatccttgatagaaaatcaatgg 21482780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 93 - 486
Target Start/End: Original strand, 36100396 - 36100789
Alignment:
Q  93 catgtccaagtaacagttaaatgtgctaaaagtaacaacattcagatcagaattcaaagtggcggacacgactacgaaggtttatcatatgtataagacg 192  Q
    |||||||||  |||| |||||||||| ||||  |||||| | ||  | ||||| | ||||||||| ||||| || ||||| || |||||  ||| |||||    
T  36100396 catgtccaaacaacaattaaatgtgccaaaatcaacaacttccaattaagaatccgaagtggcggccacgattatgaaggcttctcatacttatcagacg 36100495  T
Q  193 tgccttatgttataattgacttgcttcatctcaattcaattgatgtcaatttagaagaagaaactgcatgggttgaatcaggtgcaatacttggtgagat 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||| |||||  ||||||||||| | ||||||| ||||||| ||||    
T  36100496 tgccttatgttataattgacttgcttcacctcaattcagttgaagtcaatttacaagatgaaacaacatgggttgaagctggtgcaacacttggtaagat 36100595  T
Q  293 ttattatactattgcaatgaaaaataaatcccttgctttcccatctggggtatgtttttcggtaggggctggtagccaattatctagtgctgggtatgga 392  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||| | || || ||| ||| |||||||||     
T  36100596 ttattataccatttcaaagaaaaataattctcttgctttcccatctggggtctgtttttctctaggtgctggtggtcatttctctggtggtgggtatggt 36100695  T
Q  393 aacttaatgagaaaatttggtctttctattgataataccattgatgcaaaaattgttgatgtcaatggtaatatccttgatagaaaatcaatgg 486  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36100696 aatttgatgagaaaatttggtctttctattgataatatcattgatgcaaaaattgttgatgtcaatggtaatatccttgatagaaagtcaatgg 36100789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 93 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 34971990 - 34971597
Alignment:
Q  93 catgtccaagtaacagttaaatgtgctaaaagtaacaacattcagatcagaattcaaagtggcggacacgactacgaaggtttatcatatgtataagacg 192  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || || ||||| ||||||||||||||| ||| ||| |    
T  34971990 catgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagtaacaacattcagataagaattcgaagtggagggcatgactatgaaggtttatcatatttatcagatg 34971891  T
Q  193 tgccttatgttataattgacttgcttcatctcaattcaattgatgtcaatttagaagaagaaactgcatgggttgaatcaggtgcaatacttggtgagat 292  Q
    |||||| | || || ||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||  |||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  34971890 tgccttttattgtacttgacatgtttcacctcaattcagttgatgtcaatttacaagaatcaacaacatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagat 34971791  T
Q  293 ttattatactattgcaatgaaaaataaatcccttgctttcccatctggggtatgtttttcggtaggggctggtagccaattatctagtgctgggtatgga 392  Q
    ||||||||| |||| ||  ||||| || ||  ||||||| ||||| ||||| |||||| | ||||| |||||| | || || ||| ||| ||| ||||||    
T  34971790 ttattatacaattggaaataaaaacaattcttttgcttttccatccggggtctgttttactgtaggtgctggtggtcatttttctggtggtggttatgga 34971691  T
Q  393 aacttaatgagaaaatttggtctttctattgataataccattgatgcaaaaattgttgatgtcaatggtaatatccttgatagaaaatcaatgg 486  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  34971690 aatttgatgagaaaatttggtctttctattgataatatcattgacgcaaaaattgttgatgtcaatggtaatattcttgatagaaagtcaatgg 34971597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 97 - 535
Target Start/End: Original strand, 36107659 - 36108097
Alignment:
Q  97 tccaagtaacagttaaatgtgctaaaagtaacaacattcagatcagaattcaaagtggcggacacgactacgaaggtttatcatatgtataagacgtgcc 196  Q
    |||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||    
T  36107659 tccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacattcagattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgcc 36107758  T
Q  197 ttatgttataattgacttgcttcatctcaattcaattgatgtcaatttagaagaagaaactgcatgggttgaatcaggtgcaatacttggtgagatttat 296  Q
    || | ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  36107759 ttttattatacttgacatgtttcatctcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttat 36107858  T
Q  297 tatactattgcaatgaaaaataaatcccttgctttcccatctggggtatgtttttcggtaggggctggtagccaattatctagtgctgggtatggaaact 396  Q
    ||||  |||||||  ||||  ||    |||||||||||||||||||| |||||| |  |||| |||||| | || || ||| ||| ||||||||| || |    
T  36107859 tataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttactctaggtgctggtggtcatttctctggtggtgggtatggtaatt 36107958  T
Q  397 taatgagaaaatttggtctttctattgataataccattgatgcaaaaattgttgatgtcaatggtaatatccttgatagaaaatcaatggaaaaagannn 496  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| | ||||       
T  36107959 tgatgagaaaatttggtctttctgttgataatattattgatgcaaaaatggttgatgttaagggtaatattcttgatagaaaatcaatgggagaagatct 36108058  T
Q  497 nnnnngggctataagagctggtggtgtggctatttttgg 535  Q
         |||||||||||| ||||||||  |||| ||||||    
T  36108059 tttttgggctataagaggtggtggtggtgctagttttgg 36108097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 387 - 486
Target Start/End: Original strand, 36080085 - 36080184
Alignment:
Q  387 tatggaaacttaatgagaaaatttggtctttctattgataataccattgatgcaaaaattgttgatgtcaatggtaatatccttgatagaaaatcaatgg 486  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  36080085 tatggtaatttaatgagaaaatttggtctatctgttgataatataattgacgcaaaaattgttgatgttaatggtagtattcttgatagaaaatcaatgg 36080184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 16 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 36090791 - 36090730
Alignment:
Q  16 aaaagaacacctcattcttaaccatcctcaacatgaaaatacacaacaagagattcaaaaca 77  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  36090791 aaaacaacacctcattcttaaccatcttcaacatgaaaatacattacaagagattcaaaaca 36090730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 26 - 81
Target Start/End: Original strand, 21482290 - 21482345
Alignment:
Q  26 ctcattcttaaccatcctcaacatgaaaatacacaacaagagattcaaaacaacaa 81  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  21482290 ctcattctcaaccatcctcaacatgaaaatacaaaacaagagatttaaaacaacaa 21482345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 384 - 486
Target Start/End: Original strand, 38125524 - 38125626
Alignment:
Q  384 gggtatggaaacttaatgagaaaatttggtctttctattgataataccattgatgcaaaaattgttgatgtcaatggtaatatccttgatagaaaatcaa 483  Q
    |||||||| ||| | ||||||||||||||  | ||||||||||||    |||||||  ||||||||||||| |||||||  || |||||||| |||||||    
T  38125524 gggtatggtaacatgatgagaaaatttgggttgtctattgataatgttgttgatgctgaaattgttgatgttaatggtaggattcttgataggaaatcaa 38125623  T
Q  484 tgg 486  Q
    |||    
T  38125624 tgg 38125626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 77
Target Start/End: Original strand, 36100295 - 36100347
Alignment:
Q  25 cctcattcttaaccatcctcaacatgaaaatacacaacaagagattcaaaaca 77  Q
    ||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  36100295 cctcattctcaaccatcctaaatatgaaaatacataacaagagatttaaaaca 36100347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 77
Target Start/End: Original strand, 36107554 - 36107606
Alignment:
Q  25 cctcattcttaaccatcctcaacatgaaaatacacaacaagagattcaaaaca 77  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  36107554 cctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaaca 36107606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 384 - 462
Target Start/End: Original strand, 38129477 - 38129555
Alignment:
Q  384 gggtatggaaacttaatgagaaaatttggtctttctattgataataccattgatgcaaaaattgttgatgtcaatggta 462  Q
    |||||||| ||| | ||||||||||| ||  | |||||||||||||   ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  38129477 gggtatggtaacatgatgagaaaattcgggttatctattgataatattgttgatgctaaaattattgatgtcaatggta 38129555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 93 - 486
Target Start/End: Original strand, 6838416 - 6838809
Alignment:
Q  93 catgtccaagtaacagttaaatgtgctaaaagtaacaacattcagatcagaattcaaagtggcggacacgactacgaaggtttatcatatgtataagacg 192  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| || |||||||| |||||||  |||||||||| ||| |    
T  6838416 catgtccaagaaacagttaaatgtgccaaaagcaacaacattcagattagaattcgaagtggtggtcacgactatgaaggttgttcatatgtatcagatg 6838515  T
Q  193 tgccttatgttataattgacttgcttcatctcaattcaattgatgtcaatttagaagaagaaactgcatgggttgaatcaggtgcaatacttggtgagat 292  Q
    |||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||  |||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  6838516 tgccttttgttatacttgacatgtttcatctcaattctgttgatgtcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagat 6838615  T
Q  293 ttattatactattgcaatgaaaaataaatcccttgctttcccatctggggtatgtttttcggtaggggctggtagccaattatctagtgctgggtatgga 392  Q
    ||||||||| ||||||| |||||  ||    |||||||||||||||||||| || ||| | ||||| |||||| | || || ||| ||| ||||||||||    
T  6838616 ttattataccattgcaaagaaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtgtgctttactgtaggtgctggtggtcatttctctggtggtgggtatgga 6838715  T
Q  393 aacttaatgagaaaatttggtctttctattgataataccattgatgcaaaaattgttgatgtcaatggtaatatccttgatagaaaatcaatgg 486  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||    
T  6838716 aatttgatgagaaaatttggtctttctattgataatattattgacgcaaaaattgttgatgttaagggtaatattcttgatagaaaatcaatgg 6838809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 77
Target Start/End: Original strand, 6838311 - 6838367
Alignment:
Q  21 aacacctcattcttaaccatcctcaacatgaaaatacacaacaagagattcaaaaca 77  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||    
T  6838311 aacacctcattctcaactatcctcaacataaaaatacaaaataagagatttaaaaca 6838367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 170; Significance: 6e-91; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 93 - 486
Target Start/End: Original strand, 8338280 - 8338673
Alignment:
Q  93 catgtccaagtaacagttaaatgtgctaaaagtaacaacattcagatcagaattcaaagtggcggacacgactacgaaggtttatcatatgtataagacg 192  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| || || || |||| ||||     
T  8338280 catgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagcaacaatattcagataagaattcgaagtggcggccacgactacgaaggcttctcttacgtatcagaca 8338379  T
Q  193 tgccttatgttataattgacttgcttcatctcaattcaattgatgtcaatttagaagaagaaactgcatgggttgaatcaggtgcaatacttggtgagat 292  Q
    |  ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| | | ||| ||||    
T  8338380 tatcttttgttataattgacctgcttcacctcaattcagttgatctcaatttacaagatgaaactgcatgggttgaatctggtgcaacaatcggtaagat 8338479  T
Q  293 ttattatactattgcaatgaaaaataaatcccttgctttcccatctggggtatgtttttcggtaggggctggtagccaattatctagtgctgggtatgga 392  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| || || ||||||||||| |||||||| |||| | |  |||| |||||| | || || ||  ||| ||||||||||    
T  8338480 ttattataccattgcaaagaaaaacaattctcttgctttcccgtctggggtctgttctacactaggtgctggtggtcatttttcgggtggtgggtatgga 8338579  T
Q  393 aacttaatgagaaaatttggtctttctattgataataccattgatgcaaaaattgttgatgtcaatggtaatatccttgatagaaaatcaatgg 486  Q
    || || |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  8338580 aatttgatgagaaagtttggtctttctgttgataatatcattgacgcaaaaattattgatgtcaatggtaatactcttgatagaaaatcaatgg 8338673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 70
Target Start/End: Original strand, 8338175 - 8338224
Alignment:
Q  21 aacacctcattcttaaccatcctcaacatgaaaatacacaacaagagatt 70  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  8338175 aacacctcattctcaaccatcctaaacatgaaaatacataacaagagatt 8338224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University