View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9388A_low_114 (Length: 287)

Name: NF9388A_low_114
Description: NF9388A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9388A_low_114
NF9388A_low_114
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (123-283)||(21966567-21966726)
chr3 (123-283)||(21989003-21989162)
chr3 (120-283)||(21966981-21967144)
chr3 (120-283)||(21989417-21989580)
chr3 (120-212)||(45421100-45421192)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (124-283)||(20487202-20487361)
chr6 (120-281)||(20481638-20481799)
chr6 (124-210)||(22970091-22970177)
chr6 (124-210)||(23818217-23818303)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (121-283)||(24860167-24860329)
chr8 (124-280)||(24858944-24859099)
chr8 (122-210)||(42127358-42127446)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (82-123)||(2771124-2771165)
chr4 (118-210)||(11384186-11384278)
chr4 (123-210)||(44491718-44491805)
[»] scaffold0625 (1 HSPs)
scaffold0625 (120-186)||(8000-8066)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (120-186)||(18993631-18993697)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (123-210)||(48678058-48678145)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (124-210)||(28240793-28240879)
chr2 (120-157)||(3833504-3833541)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 123 - 283
Target Start/End: Original strand, 21966567 - 21966726
Alignment:
Q  123 aggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtc 222  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21966567 aggcttaattatatatttggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcctttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtc 21966666  T
Q  223 catcgtctatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcg 283  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21966667 catcgtttatgtcctttccgtcaaacattaattaagaaatg-taagtctcacacatggtcg 21966726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 123 - 283
Target Start/End: Original strand, 21989003 - 21989162
Alignment:
Q  123 aggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtc 222  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21989003 aggcttaattatatatttggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcctttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtc 21989102  T
Q  223 catcgtctatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcg 283  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21989103 catcgtttatgtcctttccgtcaaacattaattaagaaatg-taagtctcacacatggtcg 21989162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 120 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 21967144 - 21966981
Alignment:
Q  120 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21967144 tttaggcttaattatatatctggtccctcaaataattaccaatattcattttggtcccttaattaatttaagtttcattttggtcctttaattaagattc 21967045  T
Q  220 gtccatcgtctatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcg 283  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21967044 gtccatcgtttatgtcctttccgtcaaacattaattaagaaacgttaagtctcacacatggtcg 21966981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 120 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 21989580 - 21989417
Alignment:
Q  120 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21989580 tttaggcttaattatatatctggtccctcaaataattaccaatattcattttggtcccttaattaatttaagtttcattttggtcctttaattaagattc 21989481  T
Q  220 gtccatcgtctatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcg 283  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21989480 gtccatcgtttatgtcctttccgtcaaacattaattaagaaacgttaagtctcacacatggtcg 21989417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 120 - 212
Target Start/End: Original strand, 45421100 - 45421192
Alignment:
Q  120 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaatt 212  Q
    |||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| | ||  |||  ||||||||| ||||||||   |||||| |||| |||||||||||    
T  45421100 tttaggctaaattacatatttggtcccttaattaatttctaagtttcactttggtcccctaattaataaaagtttcgttttagtcctttaatt 45421192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 136; Significance: 5e-71; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 124 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 20487361 - 20487202
Alignment:
Q  124 ggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtcc 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20487361 ggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtctcattttggtcctttaattaagatccgtcc 20487262  T
Q  224 atcgtctatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcg 283  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20487261 atcgtttatgtcctttccgtcaaactttaattaagaaacgttaagtctcacacatggtcg 20487202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 120 - 281
Target Start/End: Original strand, 20481638 - 20481799
Alignment:
Q  120 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20481638 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcggtttggtcccttatttaattttagtctcattttggtcctttaattaagattc 20481737  T
Q  220 gtccatcgtctatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggt 281  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  20481738 gtccatcgtttatgtcctttccgtcaaactttaattaagaaacgctaagtctcacacatggt 20481799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 124 - 210
Target Start/End: Original strand, 22970091 - 22970177
Alignment:
Q  124 ggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaa 210  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||| |||  ||||| ||| | ||||||||| | | || |||||||||||||    
T  22970091 ggcttaattatataaatggtcccttaaataattatgaaatttcaatttggcccccttattaattttcgctccaatttggtcctttaa 22970177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 124 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 23818303 - 23818217
Alignment:
Q  124 ggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaa 210  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||| |||  ||||| ||| | ||||||||| | | || |||||||||||||    
T  23818303 ggcttaattatataaatggtcccttaaataattatgaaatttcaatttggcccccttattaattttcgctccaatttggtcctttaa 23818217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 121 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 24860329 - 24860167
Alignment:
Q  121 ttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| | ||    
T  24860329 ttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattatttttagactcattttggtcctttaattaagctccg 24860230  T
Q  221 tccatcgtctatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcg 283  Q
    |||||||| |||| ||||| |||||||  ||||||  |||| ||||||||||||| |||||||    
T  24860229 tccatcgtttatgccctttccgtcaaattttaattttgaaacgttaagtctcacatatggtcg 24860167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 124 - 280
Target Start/End: Original strand, 24858944 - 24859099
Alignment:
Q  124 ggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtcc 223  Q
    ||||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  24858944 ggcttaattatatatctaggcc-ttaaataattatcaaaattcgttttggtcccttaattatttttaggttcattttggtcctttaattaagctccgtcc 24859042  T
Q  224 atcgtctatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatgg 280  Q
    ||||| | ||| |||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24859043 atcgtttttgttctttccgttaaaaatttattaagaaatgttaagtctcacacatgg 24859099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 122 - 210
Target Start/End: Original strand, 42127358 - 42127446
Alignment:
Q  122 taggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaa 210  Q
    |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  | | |||  ||||||||| | | ||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  42127358 taggcttaattacataaatggtcccttaaataattatgagatttcaatttggtccccttaataattttcgttccatttcggtcctttaa 42127446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000007; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 82 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 2771165 - 2771124
Alignment:
Q  82 ttttggtcaagtaatctaatgactagagcttcatacaattta 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2771165 ttttggtcaagtaatctaatgactagagcttcatacaattta 2771124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 118 - 210
Target Start/End: Original strand, 11384186 - 11384278
Alignment:
Q  118 aatttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  | | |||  ||||||||| | | ||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  11384186 aatttaggcttaattatataaatggtcccttaaataattatgagatttcaatttggtcccattaataattttcgttccatttcggtcctttaa 11384278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 123 - 210
Target Start/End: Original strand, 44491718 - 44491805
Alignment:
Q  123 aggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaa 210  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  | | |||  ||||||||| | ||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  44491718 aggcttaattacataaatggtcccttaaataattatgagatttcaatttggtcccattattaattttcgcctcattttggtcctttaa 44491805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0625 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0625
Description:

Target: scaffold0625; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 120 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 8066 - 8000
Alignment:
Q  120 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaat 186  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||  ||| |||  ||||||||||||||||||    
T  8066 tttaggcttaattacatctttggtcccttaaataattatgaaatttcactttggtcccttaattaat 8000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 120 - 186
Target Start/End: Original strand, 18993631 - 18993697
Alignment:
Q  120 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaat 186  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||  ||| |||  ||||||||||||||||||    
T  18993631 tttaggcttaattacatctttggtcccttaaataattatgaaatttcactttggtcccttaattaat 18993697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 123 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 48678145 - 48678058
Alignment:
Q  123 aggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaa 210  Q
    |||||| ||||||||  |||| |||||||||||||  | | |||| ||||||||||| ||||||||| | | |||||||||| |||||    
T  48678145 aggctttattatataattggttccttaaataattatgagatttcgatttggtccctttattaattttcgctccattttggtcatttaa 48678058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 124 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 28240879 - 28240793
Alignment:
Q  124 ggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaa 210  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||||||||  ||| ||   ||||||||| | ||||||||| ||  ||||||||||||||||    
T  28240879 ggcttaattacataaatggtcccttaaataattatgaaattttaatttggtccccttattaattttcgtcccattttggtcctttaa 28240793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 120 - 157
Target Start/End: Original strand, 3833504 - 3833541
Alignment:
Q  120 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataatta 157  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  3833504 tttaggcttaattatataattggtcccttaaataatta 3833541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University