View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9388A_low_27 (Length: 423)

Name: NF9388A_low_27
Description: NF9388A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9388A_low_27
NF9388A_low_27
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (7-416)||(24108761-24109170)
chr3 (10-394)||(24116471-24116855)
chr3 (14-394)||(23689620-23690000)
chr3 (14-394)||(24061857-24062237)
chr3 (10-394)||(24614519-24614903)
chr3 (14-392)||(23693080-23693458)
chr3 (14-392)||(23711520-23711898)
chr3 (14-392)||(23729976-23730354)
chr3 (14-392)||(23748431-23748809)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (86-258)||(11390762-11390934)
chr6 (86-258)||(11419690-11419862)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 416
Target Start/End: Original strand, 24108761 - 24109170
Alignment:
Q  7 gtatccatctctacaaatttgaatgcacgaatccatcataacactggcacaagacaataacttgtcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24108761 gtatccatctctacaaatttgaatgcacgaatccatcataacactggcacaagacaataacttgtcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattg 24108860  T
Q  107 ctccaaaagggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgcacacaatagaatgatttgtca 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24108861 ctccaaaagggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgcacacaatagaatgatttgtca 24108960  T
Q  207 agctgagttcagaaaagaaaaacaccatcttctccatgatcttatcttcatcagacaaaaggcatgtccttatgtttctaataagaaaaacataaggtgt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24108961 agctgagttcagaaaagaaaaacaccatcttctccatgatcttatcttcatcagataaaaggcatgtccttatgtttctaataagaaaaacataaggtgt 24109060  T
Q  307 tggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggattagcttctccatttgacatatttcttttggcgtataaatgtaatcagccatgccttcgatgtca 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24109061 tggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggattagcttctccatttgacatatttcttttggcatataaatgtaatcagccatgccttcgatgtca 24109160  T
Q  407 taaacaccaa 416  Q
    ||||||||||    
T  24109161 taaacaccaa 24109170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 10 - 394
Target Start/End: Original strand, 24116471 - 24116855
Alignment:
Q  10 tccatctctacaaatttgaatgcacgaatccatcataacactggcacaagacaataacttgtcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattgctc 109  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||| | ||||||||| | || || ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  24116471 tccatctccacaaatttgaatgcacgatttcatcataacattagcacaagaccacaagttttcctcggagtaccctgtgcatatcttcaaatcattgctc 24116570  T
Q  110 caaaagggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgcacacaatagaatgatttgtcaagc 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24116571 caaaagggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcaatgaaggcttgtagtcgcacacaatagaatgatttgtcaagc 24116670  T
Q  210 tgagttcagaaaagaaaaacaccatcttctccatgatcttatcttcatcagacaaaaggcatgtccttatgtttctaataagaaaaacataaggtgttgg 309  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24116671 tgacttccgaaaagaaaaacaccatattctccatgatcttgtcttcatcggataaaagacacgcccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttgg 24116770  T
Q  310 aaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggattagcttctccatttgacatatttcttttggcgtataaatgtaatcagccatg 394  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||    
T  24116771 aaccgttaaaatccaaccaagtttttgtaggattagcttctccatttgacatatttcttccggcatataaatataatcagccatg 24116855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 14 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 23690000 - 23689620
Alignment:
Q  14 tctctacaaatttgaatgcacgaatccatcataacactggcacaagacaataacttgtcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattgctccaaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||| | |||||||||    ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23690000 tctccacaaatttgaatgcacgatttcatcataacgtgtgcacaagacaacaagttttcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattgctccaaa 23689901  T
Q  114 agggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgcacacaatagaatgatttgtcaagctgag 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  23689900 agggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcaatgaaggcttgtagtcgcagacaatggaatgatttgtcaagctgag 23689801  T
Q  214 ttcagaaaagaaaaacaccatcttctccatgatcttatcttcatcagacaaaaggcatgtccttatgtttctaataagaaaaacataaggtgttggaacc 313  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||  |||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23689800 ttccgaaaagaaaaacaccatgttctccatgatcttgtcttcatcagaagaaacacatgcctttacgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaacc 23689701  T
Q  314 gttaaaatccaaccaagttcttgtaggattagcttctccatttgacatatttcttttggcgtataaatgtaatcagccatg 394  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  23689700 gttaaaatccaaccaagttcttgcaggataagcttctccatttgacatatttcttctggcatataaatataatcagccatg 23689620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 14 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 24062237 - 24061857
Alignment:
Q  14 tctctacaaatttgaatgcacgaatccatcataacactggcacaagacaataacttgtcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattgctccaaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||| | |||||||||    ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24062237 tctccacaaatttgaatgcacgatttcatcataacgtgtgcacaagacaacaagttttcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattgctccaaa 24062138  T
Q  114 agggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgcacacaatagaatgatttgtcaagctgag 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  24062137 agggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcaatgaaggcttgtagtcgcagacaatggaatgatttgtcaagctgag 24062038  T
Q  214 ttcagaaaagaaaaacaccatcttctccatgatcttatcttcatcagacaaaaggcatgtccttatgtttctaataagaaaaacataaggtgttggaacc 313  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||  |||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24062037 ttccgaaaagaaaaacaccatgttctccatgatcttgtcttcatcagaagaaacacatgcctttacgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaacc 24061938  T
Q  314 gttaaaatccaaccaagttcttgtaggattagcttctccatttgacatatttcttttggcgtataaatgtaatcagccatg 394  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  24061937 gttaaaatccaaccaagttcttgcaggataagcttctccatttgacatatttcttctggcatataaatataatcagccatg 24061857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 10 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 24614903 - 24614519
Alignment:
Q  10 tccatctctacaaatttgaatgcacgaatccatcataacactggcacaagacaataacttgtcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattgctc 109  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||| |  ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24614903 tccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaataacttttcctcggagtaccccgtacacatcttcaaatcattgctc 24614804  T
Q  110 caaaagggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgcacacaatagaatgatttgtcaagc 209  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  24614803 caaaagggataccttccaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgcacacaatggattgatttgtcaagc 24614704  T
Q  210 tgagttcagaaaagaaaaacaccatcttctccatgatcttatcttcatcagacaaaaggcatgtccttatgtttctaataagaaaaacataaggtgttgg 309  Q
    | || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| || ||||| || |  || |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24614703 tcagctcagagaagaaaaacaccatgttctccatgatcttgtcttgatcggataaaagacacgctctcatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttgg 24614604  T
Q  310 aaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggattagcttctccatttgacatatttcttttggcgtataaatgtaatcagccatg 394  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||    
T  24614603 aaccgttaatatccaaccaagttcttgtaggataagcttctccatttgacatatttcttccggcatataaatataatcagccatg 24614519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 14 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 23693458 - 23693080
Alignment:
Q  14 tctctacaaatttgaatgcacgaatccatcataacactggcacaagacaataacttgtcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattgctccaaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  23693458 tctccacaaatttgaatgcacgattccatcataacatgggcacaagacaataacttatcctcggagtaccccgtacacattttcaaatcattgctccaaa 23693359  T
Q  114 agggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgcacacaatagaatgatttgtcaagctgag 213  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23693358 agggataccttccaacaataaaccttgcaagatacacggcacaagcagcaatcatagaaggcttgtagtcgcacacaatagaatgatttgttaagctgag 23693259  T
Q  214 ttcagaaaagaaaaacaccatcttctccatgatcttatcttcatcagacaaaaggcatgtccttatgtttctaataagaaaaacataaggtgttggaacc 313  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| || |||   |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  23693258 ttcagaaaagaaaaacaccatgtgctccatgatcttgtcttcatccgataaattacatgcccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaact 23693159  T
Q  314 gttaaaatccaaccaagttcttgtaggattagcttctccatttgacatatttcttttggcgtataaatgtaatcagcca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  23693158 gttaaaatccaaccaagttcttgcaggataagcttctccatttgacatatttcttctggcatataaatataatcagcca 23693080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 14 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 23711898 - 23711520
Alignment:
Q  14 tctctacaaatttgaatgcacgaatccatcataacactggcacaagacaataacttgtcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattgctccaaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  23711898 tctccacaaatttgaatgcacgattccatcataacatgggcacaagacaataacttatcctcggagtaccccgtacacattttcaaatcattgctccaaa 23711799  T
Q  114 agggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgcacacaatagaatgatttgtcaagctgag 213  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23711798 agggataccttccaacaataaaccttgcaagatacacggcacaagcagcaatcatagaaggcttgtagtcgcacacaatagaatgatttgttaagctgag 23711699  T
Q  214 ttcagaaaagaaaaacaccatcttctccatgatcttatcttcatcagacaaaaggcatgtccttatgtttctaataagaaaaacataaggtgttggaacc 313  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| || |||   |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  23711698 ttcagaaaagaaaaacaccatgtgctccatgatcttgtcttcatccgataaattacatgcccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaact 23711599  T
Q  314 gttaaaatccaaccaagttcttgtaggattagcttctccatttgacatatttcttttggcgtataaatgtaatcagcca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  23711598 gttaaaatccaaccaagttcttgcaggataagcttctccatttgacatatttcttctggcatataaatataatcagcca 23711520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 14 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 23730354 - 23729976
Alignment:
Q  14 tctctacaaatttgaatgcacgaatccatcataacactggcacaagacaataacttgtcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattgctccaaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  23730354 tctccacaaatttgaatgcacgattccatcataacatgggcacaagacaataacttatcctcggagtaccccgtacacattttcaaatcattgctccaaa 23730255  T
Q  114 agggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgcacacaatagaatgatttgtcaagctgag 213  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23730254 agggataccttccaacaataaaccttgcaagatacacggcacaagcagcaatcatagaaggcttgtagtcgcacacaatagaatgatttgttaagctgag 23730155  T
Q  214 ttcagaaaagaaaaacaccatcttctccatgatcttatcttcatcagacaaaaggcatgtccttatgtttctaataagaaaaacataaggtgttggaacc 313  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| || |||   |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  23730154 ttcagaaaagaaaaacaccatgtgctccatgatcttgtcttcatccgataaattacatgcccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaact 23730055  T
Q  314 gttaaaatccaaccaagttcttgtaggattagcttctccatttgacatatttcttttggcgtataaatgtaatcagcca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  23730054 gttaaaatccaaccaagttcttgcaggataagcttctccatttgacatatttcttctggcatataaatataatcagcca 23729976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 14 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 23748809 - 23748431
Alignment:
Q  14 tctctacaaatttgaatgcacgaatccatcataacactggcacaagacaataacttgtcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattgctccaaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  23748809 tctccacaaatttgaatgcacgattccatcataacatgggcacaagacaataacttatcctcggagtaccccgtacacattttcaaatcattgctccaaa 23748710  T
Q  114 agggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgcacacaatagaatgatttgtcaagctgag 213  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23748709 agggataccttccaacaataaaccttgcaagatacacggcacaagcagcaatcatagaaggcttgtagtcgcacacaatagaatgatttgttaagctgag 23748610  T
Q  214 ttcagaaaagaaaaacaccatcttctccatgatcttatcttcatcagacaaaaggcatgtccttatgtttctaataagaaaaacataaggtgttggaacc 313  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| || |||   |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  23748609 ttcagaaaagaaaaacaccatgtgctccatgatcttgtcttcatccgataaattacatgcccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaact 23748510  T
Q  314 gttaaaatccaaccaagttcttgtaggattagcttctccatttgacatatttcttttggcgtataaatgtaatcagcca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  23748509 gttaaaatccaaccaagttcttgcaggataagcttctccatttgacatatttcttctggcatataaatataatcagcca 23748431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 86 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 11390934 - 11390762
Alignment:
Q  86 gtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgc 185  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||| ||| |||||  |||||||||||||| | | ||||||||||||| ||||| |||||||| |    
T  11390934 gtacatatcttcaaatcattgttccataaaggataccttccaataacaattcttgcacaatacacagcagaagcagcaatcatagaaggtttatagtcac 11390835  T
Q  186 acacaatagaatgatttgtcaagctgagttcagaaaagaaaaacaccatcttctccatgatcttatcttcatc 258  Q
    ||||||| |||| || ||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||    
T  11390834 acacaattgaataatgtgtcaagctcagctctgaaaagaaaaacaccatattttccatcatcttgtcttcatc 11390762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 86 - 258
Target Start/End: Original strand, 11419690 - 11419862
Alignment:
Q  86 gtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgc 185  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||| ||| |||||  |||||||||||||| | | ||||||||||||| ||||| |||||||| |    
T  11419690 gtacatatcttcaaatcattgttccataaaggataccttccaataacaattcttgcacaatacacagcagaagcagcaatcatagaaggtttatagtcac 11419789  T
Q  186 acacaatagaatgatttgtcaagctgagttcagaaaagaaaaacaccatcttctccatgatcttatcttcatc 258  Q
    ||||||| |||| || ||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||    
T  11419790 acacaattgaataatgtgtcaagctcagctctgaaaagaaaaacaccatattttccatcatcttgtcttcatc 11419862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University