View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9389_low_10 (Length: 419)

Name: NF9389_low_10
Description: NF9389
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9389_low_10
NF9389_low_10
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (1-408)||(175761-176168)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-408)||(14641124-14641531)
chr4 (124-408)||(26110568-26110852)
chr4 (13-281)||(10012268-10012535)
chr4 (13-281)||(10019409-10019676)
chr4 (12-88)||(10154177-10154253)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-408)||(29564417-29564824)
chr8 (12-285)||(24956620-24956893)
chr8 (12-285)||(18176218-18176491)
chr8 (57-292)||(44506524-44506755)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (24-406)||(7230301-7230683)
chr2 (1-354)||(7230679-7231032)
chr2 (12-285)||(21022782-21023055)
[»] scaffold0020 (1 HSPs)
scaffold0020 (1-368)||(131097-131464)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-408)||(4576468-4576878)
chr3 (13-292)||(9787400-9787679)
chr3 (57-292)||(3590116-3590351)
chr3 (67-285)||(19607112-19607333)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (12-285)||(32604723-32604996)
chr1 (57-281)||(38318296-38318519)


Alignment Details
Target: scaffold0005 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 408
Target Start/End: Original strand, 175761 - 176168
Alignment:
Q  1 attctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  175761 attctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaat 175860  T
Q  101 caggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  175861 caggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaattttattatgaccttctgctgcttgaactaatcgctcaaatgt 175960  T
Q  201 gtttctcatagttgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactt 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  175961 gtttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactt 176060  T
Q  301 tccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggcacccctaaagctg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  176061 tccatagggataatatcatcctcttctgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgccactagattcatgtggcacccctaaagctg 176160  T
Q  401 atgtccat 408  Q
     |||||||    
T  176161 gtgtccat 176168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 14641531 - 14641124
Alignment:
Q  1 attctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14641531 attctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaat 14641432  T
Q  101 caggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14641431 caggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaattttattatgaccttctgctgcttgaactaatcgctcaaatgt 14641332  T
Q  201 gtttctcatagttgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactt 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14641331 gtttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactt 14641232  T
Q  301 tccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggcacccctaaagctg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14641231 tccatagggataatatcatcctcttctgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgccactagattcatgtggcacccctaaagctg 14641132  T
Q  401 atgtccat 408  Q
     |||||||    
T  14641131 gtgtccat 14641124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 124 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 26110852 - 26110568
Alignment:
Q  124 acattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagttgctgcagtcc 223  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  26110852 acattagatgttgctacaatttcggccttctcaatttcattatgaccttctgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatcgttgttgcagtcc 26110753  T
Q  224 caaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactttccatagggataatatcatcctc 323  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26110752 caaccttgatcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactttccatagggataatatcatcctc 26110653  T
Q  324 ttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggcacccctaaagctgatgtccat 408  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26110652 ttctgattcaataatttctagtggcacatcatcaataacatttttgccactagattcatgtggcacccctaaagctggtgtccat 26110568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 13 - 281
Target Start/End: Original strand, 10012268 - 10012535
Alignment:
Q  13 tcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaat 112  Q
    ||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||     || |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| || |||    ||||| ||||    
T  10012268 tcatccttaaccatttctaaagcataactaaattgtttcccatccaaaagtccttcttcctttgcactttttaatattgcaa-acatgttggaatagaat 10012366  T
Q  113 attgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagt 212  Q
    ||| ||||   |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||  || |||| |||| | |||||| || ||||| |||||||||||    
T  10012367 attttccattgacatgagatgttgcttcaatttcagccttttcaacttcattatgattttctgctacttggattaatcgttctaatgtttttctcatagt 10012466  T
Q  213 tgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttctttt 281  Q
    || ||||||||||||||| | ||||| || |||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  10012467 tggtgcagtcccaacctttgccttactctatgttgctttctcatccatatttggtgaaacctttctttt 10012535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 13 - 281
Target Start/End: Original strand, 10019409 - 10019676
Alignment:
Q  13 tcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaat 112  Q
    ||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||     || |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| || |||    ||||| ||||    
T  10019409 tcatccttaaccatttctaaagcataactaaattgtttcccatccaaaagtccttcttcctttgcactttttaatattgcaa-acatgttggaatagaat 10019507  T
Q  113 attgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagt 212  Q
    ||| ||||   |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||  || |||| |||| | |||||| || ||||| |||||||||||    
T  10019508 attttccattgacatgagatgttgcttcaatttcagccttttcaacttcattatgattttctgctacttggattaatcgttctaatgtttttctcatagt 10019607  T
Q  213 tgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttctttt 281  Q
    || ||||||||||||||| | ||||| || |||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  10019608 tggtgcagtcccaacctttgccttactctatgttgctttctcatccatatttggtgaaacctttctttt 10019676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 10154253 - 10154177
Alignment:
Q  12 ttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaata 88  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  |  |||||||  ||| || ||||| |||||||||||||    
T  10154253 ttcatctttaagcatttctaaagcataactaaattgttaaccattcaaaaatccatcatcctttgcacttttcaata 10154177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 29564824 - 29564417
Alignment:
Q  1 attctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29564824 attctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgtacttttcaatattgtaacacaat 29564725  T
Q  101 caggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||    
T  29564724 caggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaattttattatgactttctgttgcttgaactaatcgctcaaatgt 29564625  T
Q  201 gtttctcatagttgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactt 300  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29564624 gtttctcattgttgttgcagtcccaaccttgttcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactt 29564525  T
Q  301 tccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggcacccctaaagctg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29564524 tccatagggataatatcatcctcttctgattcaataatttctagtggcacatcatcaatatcatttttgccactagattcatgtggcacccctaaagctg 29564425  T
Q  401 atgtccat 408  Q
     |||||||    
T  29564424 gtgtccat 29564417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 24956893 - 24956620
Alignment:
Q  12 ttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaa 111  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  |||||||   || |  ||||| ||||||||||||| | |||| ||||| ||||| ||     
T  24956893 ttcatctttaagcatttctaaagcataactaaattgttgaccattcaaaaaaccataatcctttgcacttttcaataatttaacgcaatctggaatagag 24956794  T
Q  112 tattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatag 211  Q
    || | |||| | |||| ||| || || |||||||  ||||| |||| ||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||     
T  24956793 tactctccatggacatgagaggtggccgcaatttgagccttttcaacttcattatgaccttcagctgcttcaactaaccgctcaaatgtttttctcataa 24956694  T
Q  212 ttgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttcttt 285  Q
    ||| || |||||||||||| | ||| |||||||| |||||| | || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  24956693 ttgttgaagtcccaacctttgcctttccctttgtcactttcactccaatatatggtgaaacctttcttttcttt 24956620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 12 - 285
Target Start/End: Original strand, 18176218 - 18176491
Alignment:
Q  12 ttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaa 111  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| ||  |||||||   || || ||||| ||||||||||||| | |||| |||||  |||| ||     
T  18176218 ttcatctttaagcatttctaaagcatgactaaattgttgaccattcaaaaaaccatcatcctttgcacttttcaataatttaacgcaatctagaatagag 18176317  T
Q  112 tattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatag 211  Q
    || | |||| | |||| ||| || ||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||    
T  18176318 tactctccatggacatgagaggtggctgcaatttgagccttttcaacttcattatgaccttcggctgcttcaactaaccgctcaaatgttcttctcatag 18176417  T
Q  212 ttgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttcttt 285  Q
    ||| ||  ||||||||||| | ||| |||||||| |||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  18176418 ttgttgttgtcccaacctttgcctttccctttgtcactttctctccaatagctggtgaaacttttcttttcttt 18176491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 57 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 44506755 - 44506524
Alignment:
Q  57 caaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctca 156  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||    ||||| ||||||| ||||   |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||    
T  44506755 caaaagtccttcttcctttgcactttttaatattgcaacacatgttggaatagaatattttccattgacatgagatgttgcttcaatttcagccttttca 44506656  T
Q  157 atttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagttgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcac 256  Q
    | ||||||||||  || |||| |||| |||||||| || ||||| |||||||||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||||  ||||||||     
T  44506655 acttcattatgattttctgctacttggactaatcgttctaatgtttttctcatagctggtgcagtcccaacctttgccttactctttgttgctttctcat 44506556  T
Q  257 ccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatt 292  Q
    ||     |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  44506555 cc----ttggtgaaacctttcttttattttttgatt 44506524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 7230683 - 7230301
Alignment:
Q  24 catctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaaga 123  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230683 catcaccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaaga 7230584  T
Q  124 acattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagttgctgcagtcc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7230583 acattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgacattctgatgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagttgttgcagtcc 7230484  T
Q  224 caaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactttccatagggataatatcatcctc 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230483 caaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaaccttttttttctttcttgatttgttactttccatagggataatatcatcctc 7230384  T
Q  324 ttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggcacccctaaagctgatgtcc 406  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  7230383 ttctgattcaataagttctagtgacacatcatcaatagcattttttccactagattcatgtggcatccctaaagctggtgtcc 7230301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 7231032 - 7230679
Alignment:
Q  1 attctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7231032 attctattatcttcatctttaagcatcaccaaagtataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaat 7230933  T
Q  101 caggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||    
T  7230932 caggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgacattctgatgcttgaactaatcgctcaaatgt 7230833  T
Q  201 gtttctcatagttgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactt 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230832 gtttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactt 7230733  T
Q  301 tccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatca 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  7230732 tccatagggataatatcatcctcttctgattcaataagttctagtgacacatca 7230679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 285
Target Start/End: Original strand, 21022782 - 21023055
Alignment:
Q  12 ttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaa 111  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  |||||||   || || ||||| ||||||||||||| | |||| ||| | ||||| ||     
T  21022782 ttcatctttaagcatttctaaagcataactaaattgttgaccattcaaaaaaccatcatcctttgcacttttcaataatttaacgcaaactggaatagag 21022881  T
Q  112 tattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatag 211  Q
    || | |||| | |||| ||| || || |||||||  ||||| |||| ||||||||||||||   |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  21022882 tactctccatggacatgagaggtggccgcaatttgagccttttcaacttcattatgaccttcaactgcttaaactaaccgctcaaatgtttttctcatag 21022981  T
Q  212 ttgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttcttt 285  Q
    ||| ||  ||||||||||| | ||| |||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  21022982 ttgttgttgtcccaacctttgcctttccctttgtcactttctctccaatatttggtgaaacctttcttttcttt 21023055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0020 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0020
Description:

Target: scaffold0020; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 131464 - 131097
Alignment:
Q  1 attctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  131464 attctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgtacttttcaatattgtaacacaat 131365  T
Q  101 caggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgt 200  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131364 caagaattgaatattgtccacgaacattagatgttgctgcaatttcattcttcttaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgt 131265  T
Q  201 gtttctcatagttgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactt 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131264 gtttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttacactttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactt 131165  T
Q  301 tccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcattttt 368  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131164 tccataggtataatatcatcctcttctgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcattttt 131097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 1 - 408
Target Start/End: Original strand, 4576468 - 4576878
Alignment:
Q  1 attctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaa---cac 97  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||    
T  4576468 attctattatcttcatctttaagcttctccaaagcataactaaattgtcgactattcaaatgtccttcctccttcgcacatttcaatattgtaataacac 4576567  T
Q  98 aatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaa 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4576568 aatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttctgctgcttgaactaatcgctcaaa 4576667  T
Q  198 tgtgtttctcatagttgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgtta 297  Q
    |||| |||||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  4576668 tgtgattctcatagttgttgtagtcccagcctttgtcttaccctttgtaactttcacacccatatctggtgaaacatttcttttctttcttgattggtta 4576767  T
Q  298 ctttccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggcacccctaaag 397  Q
     || ||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||| || ||||||| ||||    
T  4576768 tttcccataaggataacatcatcctcttcagattcaataatttctaatggcacgtcatcaatatcatttttgccactagattcacgtcgcacccccaaag 4576867  T
Q  398 ctgatgtccat 408  Q
    ||| |||||||    
T  4576868 ctggtgtccat 4576878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 292
Target Start/End: Original strand, 9787400 - 9787679
Alignment:
Q  13 tcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaat 112  Q
    ||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||     || |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||    ||||| ||||    
T  9787400 tcatccttaaccatttctaaagcataactaaattgtttcccatccaaaagtccttcttcctttgcactttttaatattgaaacacatgttggaatagaat 9787499  T
Q  113 attgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagt 212  Q
    ||| ||||   |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||  || |||| |||| |||||||| || ||||| ||||||||||     
T  9787500 attttccattgacatgagatgttgcttcaatttcagccttttcaagttcattatgattttctgctacttggactaatcgttctaatgtttttctcatagc 9787599  T
Q  213 tgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatt 292  Q
    || ||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  9787600 tggtgcagtcccaacctttgtcttactctttgttgctttctcatccatatttggtgaaacctttcttttattttttgatt 9787679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 57 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 3590351 - 3590116
Alignment:
Q  57 caaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctca 156  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||    | ||| ||||||| ||||   |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||    
T  3590351 caaaagtccttcttcctttgcactttttaatattgcaacacatgttgaaatagaatattttccattgacatgagatgttgcttcaatttcagccttttca 3590252  T
Q  157 atttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagttgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcac 256  Q
    | ||||||||||  || |||| |||| |||||||| || ||||| |||||||||| || ||||||||||||||| | ||| |  |||||  ||||||||     
T  3590251 acttcattatgattttctgctacttggactaatcgttctaatgtttttctcatagctggtgcagtcccaacctttgccttcctatttgttgctttctcat 3590152  T
Q  257 ccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatt 292  Q
    |||||| |||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  3590151 ccatatttggtgaaacctttcttatattttttgatt 3590116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 67 - 285
Target Start/End: Original strand, 19607112 - 19607333
Alignment:
Q  67 tcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattat 166  Q
    |||||||| ||||||||||||| | |||   | || ||||| || |||||| || | |||||||| ||  | |||||||  ||||| |||| ||||||||    
T  19607112 tcctcctttgcacttttcaataatttaatgtagtctggaatagagtattgtacatggacattagaggtgaccgcaatttgagccttttcaacttcattat 19607211  T
Q  167 gaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagttgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctc---acccatatc 263  Q
    ||||||  | ||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||   |   |||||    
T  19607212 gaccttcagatgcttcagttaaccgctcaaatgtgtttctcatagttgttgtcgtcccaacctttgcctttccctttgtcactttctctcaattaatatc 19607311  T
Q  264 tggtgaaacctttcttttcttt 285  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  19607312 tggtgaaacctttctttacttt 19607333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 12 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 32604996 - 32604723
Alignment:
Q  12 ttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaa 111  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  |||||||   || |  ||||| ||||||||||||| | |||| || || ||||| ||     
T  32604996 ttcatctttaagcatttctaaagcataactaaattgttgaccattcaaaaaaccattatcctttgcacttttcaataatttaacgcattctggaatagag 32604897  T
Q  112 tattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatag 211  Q
    || | |||| | |||| ||| || || |||||||  ||||| |||| ||||||||||||||   |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  32604896 tactctccatggacatgagaggtggccgcaatttgagccttttcaacttcattatgaccttcatctgctttaactaaccgctcaaatgtttttctcatag 32604797  T
Q  212 ttgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttcttt 285  Q
    ||| ||  ||||||||||| | ||| |||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  32604796 ttgttgttgtcccaacctttgcctttccctttgtcactttctctccaatatttggtgaaacctttcttttcttt 32604723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 57 - 281
Target Start/End: Original strand, 38318296 - 38318519
Alignment:
Q  57 caaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctca 156  Q
    |||| |||| || ||||| |||||||| ||||||| ||||||    |||||  || ||||||||   |||| ||||||||||  | |||| ||||| |||    
T  38318296 caaaggtccgtcttcctttgcactttttaatattgcaacacatgttggaatataaaattgtccattgacatgagatgttgctttactttcagccttttca 38318395  T
Q  157 atttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagttgctgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcac 256  Q
    | || |||||||  || | || |||| |||| ||| || ||||| ||||||||||||| || | || ||||||| | ||||| |||| |  ||||||||     
T  38318396 acttgattatgattttcttcttcttggactattcgttctaatgtttttctcatagttggtgta-tcacaacctttgccttactcttttttgctttctcat 38318494  T
Q  257 ccatatctggtgaaacctttctttt 281  Q
    |||||| ||| |||||| |||||||    
T  38318495 ccatatttggcgaaaccattctttt 38318519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University