View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9391_low_13 (Length: 415)

Name: NF9391_low_13
Description: NF9391
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9391_low_13
NF9391_low_13
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (1-400)||(38965576-38965975)
chr5 (3-375)||(25761170-25761542)
chr5 (3-375)||(13850649-13851021)
chr5 (157-378)||(34833827-34834047)
chr5 (3-400)||(20236084-20236479)
chr5 (3-107)||(23352191-23352295)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (3-400)||(23710439-23710837)
chr8 (3-372)||(9173667-9174022)
chr8 (6-400)||(754008-754404)
chr8 (3-207)||(9710356-9710560)
chr8 (3-156)||(14822473-14822627)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (3-395)||(54586332-54586725)
chr3 (3-349)||(6162006-6162353)
chr3 (3-373)||(52972379-52972750)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (3-375)||(41257291-41257663)
chr7 (175-400)||(15889273-15889498)
chr7 (3-375)||(19215461-19215832)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (3-375)||(38619177-38619549)
chr2 (3-347)||(17312488-17312832)
chr2 (6-358)||(9635368-9635721)
chr2 (264-400)||(26262970-26263104)
chr2 (3-48)||(26262694-26262739)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (3-375)||(50515264-50515636)
chr1 (3-375)||(44713031-44713403)
chr1 (7-261)||(45910457-45910711)
chr1 (3-55)||(16768014-16768066)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (3-373)||(18459698-18460073)
chr6 (3-94)||(24133346-24133437)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 38965576 - 38965975
Alignment:
Q  1 gattaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38965576 gattaacatcatcattttcgtctgaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatgat 38965675  T
Q  101 atgtactgactgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38965676 atgtactgactgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatccggactacaccagtacagaaactgtgttcattttctg 38965775  T
Q  201 actatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttctttta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38965776 actatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttctttta 38965875  T
Q  301 cttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaatttctttaagcgatgcgaaagtagatgatg 400  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38965876 cttgaagatgtgcatgattccagaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccaccgaaacttgaaatttctttaagcgatgcgaaagtagatgatg 38965975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 3 - 375
Target Start/End: Original strand, 25761170 - 25761542
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtat 102  Q
    |||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||| | |||||  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||    
T  25761170 ttaacatcatcatttttgactgaatgcaaaggtaatgtgtatataaacctttccccattgattttttaggctattttcttttgatcacgtcatatgatat 25761269  T
Q  103 gtactg-actgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctga 201  Q
    |||||| ||  |||||||  | | | ||| ||||  |||||||| ||| ||| ||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  25761270 gtactgtacctttccggactatgcaatccagactggattcatgcgttccggagttcgaaatccggactgcaccagtacaaaaactgtgttcattttctga 25761369  T
Q  202 ctatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttac 301  Q
    |||||| || ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||    ||| ||| |||||||||    
T  25761370 ctatgcctg-cactgttttcagatatggttgttccggttgatgccccaaatgttgatccacctgagattgaacctcctaatgcgtttccgcttcttttac 25761468  T
Q  302 ttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaatttct 375  Q
    ||||||||| ||||| |||||| | ||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||  |||| ||||||||||    
T  25761469 ttgaagatgcgcatggttccggtaatgccaaatctgagtatcccccaccaccacgaccaaaacatgaaatttct 25761542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 3 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 13851021 - 13850649
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaacctt-cctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggta 101  Q
    |||||||||||||||| | || ||| |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |     
T  13851021 ttaacatcatcattttcgactgaatgcaaaggtaatgtgtatataaacctttcccccattcgttttt-aggcgatttccttttgatcacgtcatatgatt 13850923  T
Q  102 tgtactg-actgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctg 200  Q
    ||||||| ||  |||||||  | | | |||| |||  |||||||  ||| ||| |||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13850922 tgtactgtacctttccggactatgcaatccgcactggattcatggtttccggagttcgtaatccggactgcaccagtacagaaactgtgttcattttctg 13850823  T
Q  201 actatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttctttta 300  Q
    ||||||| || || || ||| |  |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| |||||   |||||||| ||||||||    
T  13850822 actatgcatg-cattgtttttagatatggttgttccagttgatgccccaaatgttgatccacctgagatttaacctcctaatgtgttgccgcttctttta 13850724  T
Q  301 cttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaatttct 375  Q
    |||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  13850723 cttgaagatgcgcatgatttcggtaatgccaaatccgagaatcccccaccaccaccaccaaaacttgaaatttct 13850649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 157 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 34834047 - 34833827
Alignment:
Q  157 cgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctgactatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatg 256  Q
    |||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||  ||    
T  34834047 cgaaatccagactgcaccagtacagaaactgtgttcattttctgactatacatg-cactgttttcagatatggttgttccgattgatgccccaaattttg 34833949  T
Q  257 atccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttacttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccacc 356  Q
    ||| | || ||||||||| |||||    ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34833948 atctacctaagattgaacctcctaatgcgttgctgcttcttttacttgaagatgcgcatgattccggtaatgccaaatccgagaatcccccaccaccacc 34833849  T
Q  357 actgaaacttgaaatttcttta 378  Q
    ||  ||||||||||||||||||    
T  34833848 accaaaacttgaaatttcttta 34833827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 3 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 20236479 - 20236084
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtat 102  Q
    |||||||||||||||| | || ||| | || |||||||||||||||||||||| | ||| |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||    
T  20236479 ttaacatcatcattttcgactgaatgctaaggtaatgtgtatataaaccttccccgatttgttttt-aggcgatttccttttgatcacgtcatatgatat 20236381  T
Q  103 gtactga-ctgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctga 201  Q
    ||| |   | | ||||||    ||| |||| |||  |||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||| ||| | ||||||||||||||    
T  20236380 gtaatcttcagatccggactttgaaatccgaactggattcatgcgttccggatttcgaaatccggactgcaccagtacataaattatgttcattttctga 20236281  T
Q  202 ctatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttac 301  Q
    |||||| || ||||| |||||  |||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||| | || |||| |  |||||   ||| || | |||||||||    
T  20236280 ctatgcctg-cactgttttcagatatg-ttgctccggttgatgccccaaatgttaatccaccagatattggatctcctaatgtgtcgcggcttcttttac 20236183  T
Q  302 ttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaatttctttaagcgatgcgaaagtagatgatg 400  Q
    ||||||||| | || ||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||| || ||| | |||||| ||||||||    
T  20236182 ttgaagatgcgtattattccggtaatgccaaatacgagaatcccccaccaccatcaccaaaacttgaaatttctctaggcggttcgaaagcagatgatg 20236084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 3 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 23352295 - 23352191
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtat 102  Q
    |||||||||||||||| | || ||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||    
T  23352295 ttaacatcatcattttcgactgaatgcaaaggtaatgtgtatataaacctttccccattcgttttttaggcaatttccttttgatcacgtcatatgatat 23352196  T
Q  103 gtact 107  Q
    |||||    
T  23352195 gtact 23352191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 3 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 23710837 - 23710439
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtat 102  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||    
T  23710837 ttaacatcatcattttcgtctgaatgcaaaggtaatgtgtatataaaccttcccccattcgttttttaggcgatttccttttgatcacgtcatatgatat 23710738  T
Q  103 gtactg-actgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctga 201  Q
    |||||| |  ||||| ||| | ||| | |||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||| |||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  23710737 gtactgtaacgttccagaatatgaaattcggactgcattcatgcgttccggatttcgaattctagactgcaccagtacataaactatgttcattttctga 23710638  T
Q  202 ctatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttac 301  Q
    |||||| || ||||| ||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||| ||||||||| |||||||||    
T  23710637 ctatgcatgacactgtttttagatatggttgtttcggttgatgccccaaatgatgatccacctgaaattgaacctcatattatgttgccgcttcttttac 23710538  T
Q  302 ttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaatttctttaagcgatgcgaaagtagatgatg 400  Q
    ||||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  23710537 ttgaagatgtgtatgattccgggaatgccaaatctgagaatcccccaccactaccaccgaaacttgaaatttctttaggcgatgcgaaagtagaggatg 23710439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 3 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 9174022 - 9173667
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtat 102  Q
    |||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| | |    
T  9174022 ttaacatcatcatttttgactgaatgcaaaggtaatgtgtatataaaccttcccccattcgttttttaggagattttcttttgatcacgtcatatgatct 9173923  T
Q  103 gtactgactgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctgac 202  Q
    |||||     | ||||         ||||||||  |||||||| ||| ||||||| |||||  |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  9173922 gtactc----taccgg---------tccggactggattcatgcgttccggatttcaaaatccagactgcaccagtacagaaactatgttcattttctgac 9173836  T
Q  203 tatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttact 302  Q
    ||||| || ||||| |||||  |||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||   |||||||  ||||||||||    
T  9173835 tatgcctg-cactgttttcagatatggttgctccggttgatatcccaaatgttgatccacctgagattgaacatcctaatgtgttgccacttcttttact 9173737  T
Q  303 tgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaatt 372  Q
    |||||||  |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||    
T  9173736 tgaagatacgcatgattccggtaatgccaaatccgagaatcccccaccaccaccaccaaaacttgaaatt 9173667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 6 - 400
Target Start/End: Original strand, 754008 - 754404
Alignment:
Q  6 acatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtatgta 105  Q
    ||||||||||||||| || ||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| | ||||    
T  754008 acatcatcatttttgactgaatgcaaagataatgtgtatataaaccttcccccattcgttttttaggcgatttccttttgatcacttcatatgatctgta 754107  T
Q  106 ctg-actgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctgacta 204  Q
    ||| || ||||| ||| | ||| |||||||| ||||||||| |||  ||||| ||||||  || | ||| || |||||||||||||||||||||| ||||    
T  754108 ctgtaccgttccagaatatgaaatccggactgcattcatgcgttccagattttgaaatccagagtgcaccagcacagaaactgtgttcattttctaacta 754207  T
Q  205 tgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttacttg 304  Q
    ||| || || || ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| | ||||  |||||| | ||||||||||||    
T  754208 tgcctgtcaatgtttttagatatggttgttccggttgatgccccaaatgctgatccacctaagattgaaccttctattgtgttgctgcttcttttacttg 754307  T
Q  305 aagatgtgcatgattccggaattgccaaa-tccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaatttctttaagcgatgcgaaagtagatgatg 400  Q
    ||||||  ||||||||||| | ||||||| | |||||||| ||||  ||||| || |||||||||||||| | || ||| | |||||||||| ||||    
T  754308 aagatgcacatgattccgggaatgccaaatttcgagaatctcccatcaccactaccgaaacttgaaatttgtctaggcggttcgaaagtagaggatg 754404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 3 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 9710560 - 9710356
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtat 102  Q
    |||||||||||||||| | || ||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  9710560 ttaacatcatcattttcgactgaatgcaaaggtaatgtgtatataa-ccttcccccattcattttttaggcaattttcttttgatcatgtcatatgatat 9710462  T
Q  103 gtactg-actgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctga 201  Q
    | |||| ||| || ||||  ||| | ||||||||  |||||||| |||  || |||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9710461 gcactgtactttttcggactacgcaatccggactggattcatgctttccagagttcgaaatccagactgcaccagtacagaaactgtgttcattttctga 9710362  T
Q  202 ctatgc 207  Q
    ||||||    
T  9710361 ctatgc 9710356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 3 - 156
Target Start/End: Original strand, 14822473 - 14822627
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtat 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||||| ||||| ||||  ||||||| |      
T  14822473 ttaacatcatcatttttgtctaaatgtaaaggtaatgtgtatataaaccttcccccattcgaattttaagcgatttccttttaatcacatcatatgatcc 14822572  T
Q  103 gtact-gactgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggattt 156  Q
    ||||| ||   ||||||||||  || |||||||| |||||||||||| |||||||    
T  14822573 gtactggaacattccggaaaattaaatccggactgcattcatgcattttggattt 14822627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 3 - 395
Target Start/End: Original strand, 54586332 - 54586725
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtat 102  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| |||| ||| ||||||||||||  |||  ||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| | | |    
T  54586332 ttaacatcatcattttcgtctgaatgcaaaggtagtgtgtatataaaatttctcccattcgttttttaggcaatttccttttgatcacgtcatacgatct 54586431  T
Q  103 gtactgactgt-tccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctga 201  Q
    ||||||  | | |||| ||||  ||||| ||||| |||||||   ||  |||||| | |||| | || |||| |||||| ||| | ||||||||||||||    
T  54586432 gtactggatttatccgaaaaataaattcgggactgcattcatatgtttaggatttagtaatccgaacaacaccagtacaaaaattatgttcattttctga 54586531  T
Q  202 ctatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttac 301  Q
    || ||||| ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  54586532 ctctgcttcgcattgttttcagttatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcatatcgtgttgccggttcttttac 54586631  T
Q  302 ttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaatttctttaagcgatgcgaaagtaga 395  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  54586632 ttgaagatgtgcataattcgggaaatgccaaatccgagaagcccccaccaccaccaccgaaacttgaaatttctttaggcgatgcgaaagtaga 54586725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 3 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 6162353 - 6162006
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtat 102  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||| | | | ||| |||||||||||||  |||||||||| ||  |||| |||    
T  6162353 ttaacatcatcattttcgtctgaatgcaaaggtaatgtgtatataaacctttccctagtcgatttttaggcgattaacttttgatcacgttgtatgatat 6162254  T
Q  103 gtactg-actgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctga 201  Q
      | || ||||||||||||    || ||||| || ||||||||| |||||||||||| | || |||   ||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  6162253 tcattgtactgttccggaatgttaaatccggtctgcattcatgcgttctggatttcggattccggagagcaccagtgcagaaactgtgttcattttctga 6162154  T
Q  202 ctatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttac 301  Q
    || | ||| |||||| ||||| | ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| || ||| ||||| ||||||  |||||| | |||||||||    
T  6162153 ctctacttcgcactgttttcagtcatggttgttcctgttgatcccctaaatgatgatccacctcagaatgaacctcctattgtgttgctgcttcttttac 6162054  T
Q  302 ttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccac 349  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6162053 ttgaagatgcgcatgattccggaaatgccaaatccgagaatcccccac 6162006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 3 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 52972750 - 52972379
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctcc-attcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggta 101  Q
    |||||||||||||||| | || ||| |||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| |     
T  52972750 ttaacatcatcattttcgactgaatgcaaaggtaatgtgtgtataaaccttccccccattcgttttttaggcgatttctttttgatcacgtcatatgatt 52972651  T
Q  102 tgtactg-ac-tgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttct 199  Q
    ||||||  || ||||| |||     || || |||||  |||||||| ||| |||||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  52972650 tgtactctacatgttc-ggactgtaaaatctggactggattcatgcgttccggattttgaaatctggactgcaccaatacagaaactgtgttcattttct 52972552  T
Q  200 gactatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttctttt 299  Q
    |||||||  || ||||| || ||  ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||   ||||| |  |||||||    
T  52972551 gactatgtctg-cactgtttacagatatggttgttttggttgatgccccaaatgttgatccacctgagattgaacatcctaatgtgttgtctcttctttt 52972453  T
Q  300 acttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaattt 373  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||| ||||  |||||||||||||    
T  52972452 acttgaagatgcgcatgattccggtaatgccaaatccgagaatcccccatcaccgccaccaaaacttgaaattt 52972379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 3 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 41257663 - 41257291
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtat 102  Q
    |||||||||||||||| | || ||| |||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||    
T  41257663 ttaacatcatcattttcgactgaatgcaaaggtaatgtgtatataaacctttccccattcgttttttaggcgatttccttttgatcacgtcatatgatat 41257564  T
Q  103 gtactg-actgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctga 201  Q
    |||||| ||  || ||||  | | | || ||| |  |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  41257563 gtactgtaccttttcggactatgcaatctggattggattcatgcgttctggatttcgaaatccggactgcaccagtacagaaactgtgtttattttctga 41257464  T
Q  202 ctatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttac 301  Q
    |||||| || ||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||    ||||||| |||||||||    
T  41257463 ctatgcctg-cactgttttcagatatggttgttccgattgatgccccaaatgttgatccacctgagattgaacctcctaatgcgttgccgcttcttttac 41257365  T
Q  302 ttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaatttct 375  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  41257364 ttgaagatgcgcatgattccggtaatgccaaatccgagaatcccccaccaccaccaccaaaacttgaaatttct 41257291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 175 - 400
Target Start/End: Original strand, 15889273 - 15889498
Alignment:
Q  175 agtacagaaactgtgttcattttctgactatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaac 274  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15889273 agtacagaaactatgttcattttctgactaagcttggcactgttttcagttatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaac 15889372  T
Q  275 atcctatcatgttgccggttcttttacttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaatttc 374  Q
    ||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  15889373 atcctatcgctttgctggttcttttacttgaagatgtgcatgattcttgaatttccaaattcgagaatcccccaccactaccactgaaacttgaaatttc 15889472  T
Q  375 tttaagcgatgcgaaagtagatgatg 400  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||||    
T  15889473 tttaggcgatgcaaaagtagaggatg 15889498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 3 - 375
Target Start/End: Original strand, 19215461 - 19215832
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtat 102  Q
    |||||||||||||||| | || ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | |    
T  19215461 ttaacatcatcattttcgactgaatgcaaaggtaatgtgtatataaaccttcccccattagttttttaggcaattttcttttgatcacgtcatatgatct 19215560  T
Q  103 gtactg-actgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctga 201  Q
    ||| || ||  ||| |||  | | | ||||||||  |||||||| ||| ||| ||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  19215561 gtattgtacctttcaggactatgcaatccggactggattcatgcgttccggagttcgaaatctgaactgcatcagtacagaaactgtgt-cattttctga 19215659  T
Q  202 ctatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttac 301  Q
    |||||| || ||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| || ||     |||||| |||||||||    
T  19215660 ctatgcctg-cactgttttcagatgtggttgttccggttgatgccccaaatgttgatccacctgagactgaacctcttaatgcattgccgcttcttttac 19215758  T
Q  302 ttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaatttct 375  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||    
T  19215759 ttgaagatgcgcatgattccggtaatgccaaatccgagaatcccccaccaccaccaccaaaacatgaaatttct 19215832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 158; Significance: 6e-84; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 3 - 375
Target Start/End: Original strand, 38619177 - 38619549
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtat 102  Q
    |||||||||||||||| | || ||| |||| |||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |    
T  38619177 ttaacatcatcattttcgactgaatgcaaaggtaatgtgtatataaacctttcccaatttgttttttaggcgatttccttttgatcacgtcatatgatct 38619276  T
Q  103 gtactg-actgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctga 201  Q
    |||||| ||  |||||||  | | | ||||||||  |||||||| || ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  38619277 gtactgtacctttccggactatgcaatccggactggattcatgcgttatggatttcgaaatctagactgcaccagtacagaaactgtgttcattttttga 38619376  T
Q  202 ctatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttac 301  Q
    |||||| ||  |||| |||||  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||    ||||||| |||||||||    
T  38619377 ctatgcctgt-actgttttcagatatggttgttccgattgatgcctcaaatgttgatccacctgagattgaacctcctaatgcgttgccgcttcttttac 38619475  T
Q  302 ttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaatttct 375  Q
    ||||||| | |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  38619476 ttgaagacgcgcatgattccggtaatgccaaatccgagaatcccccaccaccaccaccaaaacttgaaatttct 38619549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 3 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 17312832 - 17312488
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtat 102  Q
    |||||||||||||||| | || ||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |    
T  17312832 ttaacatcatcattttcgactgaatgcaaaggtaatgtgtatataaaccttctcccattcgttttttaggcgatttccttttgatcacgtcatatgattt 17312733  T
Q  103 gtactg-actgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctga 201  Q
    |||||  || | ||| ||    ||| |||| |||   |||| |  ||   |||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17312732 gtactctaccggtccagactctgaaatccgaactgggttcacgtgtttcagatttcgaaatccggactgcaccagtacagaaactgtgttcattttctga 17312633  T
Q  202 ctatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttac 301  Q
    ||||||||| ||||| |||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||    
T  17312632 ctatgcttg-cactgttttcagatatggttgttctggttgatgccccaaatgttgatccacctgagattgaacatcctaatgtgttgccgcttcttttac 17312534  T
Q  302 ttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatccccc 347  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||    
T  17312533 ttgaagatgcgcatgattccggtaatgccaaatccgagaaaccccc 17312488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 6 - 358
Target Start/End: Original strand, 9635368 - 9635721
Alignment:
Q  6 acatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtatgta 105  Q
    |||||||||||||  ||| | | ||||  |||||||||||||||||||||   ||| |  ||||||||| ||| |||||||||| |||||||| | ||||    
T  9635368 acatcatcattttcatctgagtgcaaagataatgtgtatataaaccttcccttatttgaattttaggcgctttccttttgatcacgtcatatgatctgta 9635467  T
Q  106 ctg-actgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctgacta 204  Q
    ||| |    | || ||||  || || ||||| ||||||||||||   |||||   |||| | || |||| |||||| |||||||| ||||||||||| |     
T  9635468 ctggagcaatacgaaaaataaaatctggactgcattcatgcatttcagattttttaatccgaacaacaccagtacaaaaactgtgctcattttctgagtc 9635567  T
Q  205 tgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttacttg 304  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||    
T  9635568 tgcttcgcactgttttcagttatggttgttcctgttgatgccccaaatgatgatccacctgagattgatcctcctattgtgttgccggttcttttacttg 9635667  T
Q  305 aagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccac 358  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9635668 aagatgtgcatgattccgaaaatgccaaatccgagaatcccccaccaccaccac 9635721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 264 - 400
Target Start/End: Original strand, 26262970 - 26263104
Alignment:
Q  264 tgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttacttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaa 363  Q
    ||||||||||| || ||  ||| |||||||||||| |||||||| |||  |||||||||||| ||| ||| ||||| ||||||  ||||||| || ||||    
T  26262970 tgagattgaacctcatactatgctgccggttctttcacttgaagttgtagatgattccggaaatgctaaagccgaggatcccc--ctaccactaccgaaa 26263067  T
Q  364 cttgaaatttctttaagcgatgcgaaagtagatgatg 400  Q
     |||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  26263068 gttgatatttctttaggagatgcgaaagtagaggatg 26263104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 48
Target Start/End: Original strand, 26262694 - 26262739
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataa 48  Q
    |||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  26262694 ttaacaacatcatttttgtctgaatgcaaaggtaatgtgtatataa 26262739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 3 - 375
Target Start/End: Original strand, 50515264 - 50515636
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtat 102  Q
    |||||||||||||||| | || ||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |    
T  50515264 ttaacatcatcattttcgactgaatgcaaaggtaatgtgtatataaacctttccccatttgttttttaggcgatttccttttgatcacgtcatatgatct 50515363  T
Q  103 gtactg-actgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctga 201  Q
    |||||| ||  |||||||  | | | ||||||||  |||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||    
T  50515364 gtactgtacctttccggactatgcaatccggactggattcatgctttccggaattcgaaatccggactacaccagtacaaaaactgtgttcattttttga 50515463  T
Q  202 ctatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttac 301  Q
    |||||| | |||||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| | | |     |||||| |||||||||    
T  50515464 ctatgcat-gcactgttttcatatatggttgttccggttgataccccaaatgttgatccacctgagattgaaccttcaaatgcattgccgcttcttttac 50515562  T
Q  302 ttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaatttct 375  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| | ||||||  |||||||||||||||    
T  50515563 ttgaagatgcgcatgattccggtaatgccaaatccgagaatcccccaccaacaccaccaaaacttgaaatttct 50515636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 3 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 44713403 - 44713031
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtat 102  Q
    |||||||||||||||| |  | ||| |||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |    
T  44713403 ttaacatcatcattttcggttgaatgcaaaggtaatgtgtatataaacctttccccattcgttttttaggcgatttccttttgatcacgtcatatgatct 44713304  T
Q  103 gtactg-actgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctga 201  Q
    |||||| ||  |||||||  | | | || |||||| |||||||||||| ||| || |||||  ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  44713303 gtactgtacctttccggactatgcaatctggactagattcatgcattccggagttagaaattaggactgcaccagtacaaaaactgtgttcattttctga 44713204  T
Q  202 ctatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttcttttac 301  Q
    |||||| || || || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||| |||||   |||||||  || ||||||    
T  44713203 ctatgcctg-cattgttttcagatatggttgttccggttgatgccccaaatgttgatccacatgagattcaacctcctaatgtgttgccacttattttac 44713105  T
Q  302 ttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaatttct 375  Q
    |||||||||||||||||| ||| | ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  44713104 ttgaagatgtgcatgattacggtaatgccatatctgagaatcccccaccaccaccacaaaaacttgaaatttct 44713031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 45910711 - 45910457
Alignment:
Q  7 catcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtcatatggtatgtac 106  Q
    |||||||||||||| || ||| |||| ||||||| |||||||||||| | |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | |||||    
T  45910711 catcatcatttttgactgaatgcaaaggtaatgtatatataaacctttccccattcattttttaggtgatttccttttgatcatgtcatatgatctgtac 45910612  T
Q  107 tg-actgttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcattttctgactat 205  Q
    || ||  |||||||  | | | ||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45910611 tgtacctttccggactatgcaatccggactggattcatgcgttctggagttcgaaattcggactgcaccagtacagaaactgtgttcattttctgactat 45910512  T
Q  206 gcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatcca 261  Q
    || | |||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  45910511 gcct-gcactgttttcagatatggttgttccggttaatgccccaaatgttgatcca 45910457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 3 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 16768066 - 16768014
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcc 55  Q
    |||||||||||||| | | || ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  16768066 ttaacatcatcattctcgactgaatgcaaaggtaatgtgtatataaaccttcc 16768014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 110; Significance: 3e-55; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 3 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 18460073 - 18459698
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataa---accttcctccattcgtttttta-ggcgattttcttttgatcatgtcatatg 98  Q
    |||||||||||||||| | || ||| |||| |||||||||||||||   ||||||| ||||| |||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  18460073 ttaacatcatcattttcgactgaatgcaaaggtaatgtgtatataataaaccttcccccatttgttttttttggcgatttccttttgatcacgtcatatg 18459974  T
Q  99 gtatgtactgact-gttccggaaaacgaattccggactacattcatgcattctggatttcgaaatctggactacactagtacagaaactgtgttcatttt 197  Q
     | ||||||||   |||| ||||    || |||||||| ||||||||| ||| |||||| ||| |  |||    || ||| |||||||||||||||| ||    
T  18459973 atctgtactgaaacgttctggaatttcaaatccggactgcattcatgcgttccggattttgaatttcggatagaaccagtgcagaaactgtgttcatctt 18459874  T
Q  198 ctgactatgcttggcactgatttcaattatggttgttccggttgatgccccaaatgatgatccagctgagattgaacatcctatcatgttgccggttctt 297  Q
     ||||| ||||| |||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||| ||||||  ||||| || |||||    
T  18459873 ttgactctgcttcgcactgctttcagtcatggttgttcctgttgatgccccacatgatgatccaccttagaatgaacctcctattgtgttgacgcttctt 18459774  T
Q  298 ttacttgaagatgtgcatgattccggaattgccaaatccgagaatcccccactaccaccactgaaacttgaaattt 373  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  || ||||||||||    
T  18459773 ttacttgaagatgcgcatgatgacggaaatgccaaatccgtgaatcccccaccaccaccaccaaatcttgaaattt 18459698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 3 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 24133437 - 24133346
Alignment:
Q  3 ttaacatcatcatttttgtctaaattcaaatgtaatgtgtatataaaccttcctccattcgttttttaggcgattttcttttgatcatgtca 94  Q
    |||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||    
T  24133437 ttaacatcatcattttcgactgaattcaaaggtaatgtgtatataaaccttccctcattcgatttctaggcgctttccttttgatcatgtca 24133346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University