View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9392_low_26 (Length: 274)

Name: NF9392_low_26
Description: NF9392
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9392_low_26
NF9392_low_26
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (29-244)||(30948555-30948770)
chr4 (29-244)||(42267633-42267848)
chr4 (29-244)||(48700193-48700408)
chr4 (35-244)||(2000621-2000830)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (29-244)||(9442464-9442679)
chr8 (39-244)||(24596860-24597065)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (29-244)||(27877081-27877296)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (29-244)||(5821647-5821862)
chr3 (29-244)||(2815635-2815850)
chr3 (39-244)||(42586691-42586896)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (29-244)||(41720140-41720355)
chr5 (29-244)||(34353740-34353955)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (29-244)||(827209-827424)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (36-241)||(8136838-8137045)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 29 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 30948770 - 30948555
Alignment:
Q  29 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgcggaacgcaatctcctt 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30948770 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgtggaacgcaatctcctt 30948671  T
Q  129 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgatgagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30948670 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgataagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 30948571  T
Q  229 tactagacttgataca 244  Q
    ||||||||||||||||    
T  30948570 tactagacttgataca 30948555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 29 - 244
Target Start/End: Original strand, 42267633 - 42267848
Alignment:
Q  29 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgcggaacgcaatctcctt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42267633 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtctgaacgtggcttgaaagtccttgtggaacgcaatctcctt 42267732  T
Q  129 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgatgagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42267733 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgataagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 42267832  T
Q  229 tactagacttgataca 244  Q
    ||||||||||||||||    
T  42267833 tactagacttgataca 42267848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 29 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 48700408 - 48700193
Alignment:
Q  29 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgcggaacgcaatctcctt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  48700408 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtctgaacgtggcttgaaagtccttgtggaacgcaatctcctt 48700309  T
Q  129 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgatgagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48700308 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgataagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 48700209  T
Q  229 tactagacttgataca 244  Q
    ||||||||||||||||    
T  48700208 tactagacttgataca 48700193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 35 - 244
Target Start/End: Original strand, 2000621 - 2000830
Alignment:
Q  35 agcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgcggaacgcaatctccttcacggg 134  Q
    |||||||||||||||||  || ||| |||||||||| | ||||||||||||||| |||| ||| |||||||  ||||||||||  ||||| || |  |||    
T  2000621 agcaagccaagaagaaatgacaatggtgtggcatcacaaactaggccatatgtcggaacatggtttgaaagctcttgcggaacaaaatcttctacctggg 2000720  T
Q  135 ctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgatgagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacacatactag 234  Q
    ||||||||| | |||||  | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  2000721 ctcaagacaatgaatttgtctttctgtgagcactgtgtgacaagcaagcaacatagattgaagttttctatagtaactactagaagcaaatacatacttg 2000820  T
Q  235 acttgataca 244  Q
    |||| |||||    
T  2000821 acttaataca 2000830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 29 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 9442679 - 9442464
Alignment:
Q  29 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgcggaacgcaatctcctt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9442679 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtctgaacgtggcttgaaagtccttgtggaacgcaatctcctt 9442580  T
Q  129 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgatgagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9442579 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgataagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 9442480  T
Q  229 tactagacttgataca 244  Q
    ||||||||||||||||    
T  9442479 tactagacttgataca 9442464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 39 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 24597065 - 24596860
Alignment:
Q  39 agccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgcggaacgcaatctccttcacgggctca 138  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||||||| | |||||||||||| || |||||||| |||||||  |||| |||||  ||||| || |  |||||||    
T  24597065 agccaagaagaaacgacaatggtgtggcatcataaactaggccatatatcggaacgtggtttgaaagctcttgaggaacaaaatcttctacctgggctca 24596966  T
Q  139 agacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgatgagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacacatactagactt 238  Q
    ||||||| |||||  | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  24596965 agacagtgaatttgtctttctgtgagcactgtgtgacaagcaagcaacatagattgaagttttccagagtaactactagaagcaaatacatacttgactt 24596866  T
Q  239 gataca 244  Q
    ||||||    
T  24596865 gataca 24596860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 29 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 27877296 - 27877081
Alignment:
Q  29 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgcggaacgcaatctcctt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27877296 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtctgaacgtggcttgaaagtccttgtggaacgcaatctcctt 27877197  T
Q  129 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgatgagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27877196 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgataagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 27877097  T
Q  229 tactagacttgataca 244  Q
    ||||||||||||||||    
T  27877096 tactagacttgataca 27877081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 29 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 5821862 - 5821647
Alignment:
Q  29 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgcggaacgcaatctcctt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5821862 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtctgaacgtggcttgaaagtccttgtggaacgcaatctcctt 5821763  T
Q  129 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgatgagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5821762 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgataagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 5821663  T
Q  229 tactagacttgataca 244  Q
    ||||||||||||||||    
T  5821662 tactagacttgataca 5821647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 29 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 2815850 - 2815635
Alignment:
Q  29 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgcggaacgcaatctcctt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2815850 tgcagcagcaagccaagaagaaacaatgatgacgtggcatcaaagactaggccatatgtcataacgtggcttgaaagtccttgcggaacgcaatctcctt 2815751  T
Q  129 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgatgagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 228  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2815750 cacgggctcaattcagtaaatttaccattttgtgagcactgtgtgataagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 2815651  T
Q  229 tactagacttgataca 244  Q
    ||||||||||||||||    
T  2815650 tactagacttgataca 2815635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 39 - 244
Target Start/End: Original strand, 42586691 - 42586896
Alignment:
Q  39 agccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgcggaacgcaatctccttcacgggctca 138  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||||  ||||| || |  |||||||    
T  42586691 agccaagaagaaacgacaatggtgtggcatcataaactaggccatatgtcggaacgtggtttgaaagctcttgcggaacaaaatcttctacctgggctca 42586790  T
Q  139 agacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgatgagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacacatactagactt 238  Q
    ||||| | |||||  | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  42586791 agacaatgaatttgtctttctgtgagcactgtgtgacaagcaagcaacatagattgaagttttccagagtaactactagaagcaaatacatacttgactt 42586890  T
Q  239 gataca 244  Q
    ||||||    
T  42586891 gataca 42586896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 29 - 244
Target Start/End: Original strand, 41720140 - 41720355
Alignment:
Q  29 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgcggaacgcaatctcctt 128  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41720140 tgcagcatcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgcggaacgcaatctcctt 41720239  T
Q  129 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgatgagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 228  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41720240 cacgggctcaaggcagtaaatttaccattttgtgagcactgtgtgataagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 41720339  T
Q  229 tactagacttgataca 244  Q
    ||||||||||||||||    
T  41720340 tactagacttgataca 41720355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 29 - 244
Target Start/End: Original strand, 34353740 - 34353955
Alignment:
Q  29 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgcggaacgcaatctcctt 128  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34353740 tgcagcatcaagccaagaagaaacagcgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgctgaacgcaatctcctt 34353839  T
Q  129 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgatgagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 228  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34353840 cacgggctcaaggcagtaaatttaccattttgtgagcactgtgtgataagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactaaaagcaaacaca 34353939  T
Q  229 tactagacttgataca 244  Q
    ||||||||||||||||    
T  34353940 tactagacttgataca 34353955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 29 - 244
Target Start/End: Original strand, 827209 - 827424
Alignment:
Q  29 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtccttgcggaacgcaatctcctt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  827209 tgcagcagcaagccaagaagaaacaacgatgatgtgacatcaaagactaggccatatgtctgaacgtggcttgaaagtccttgtggaacgcaatctcctt 827308  T
Q  129 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgatgagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  827309 cacgggctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgataagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacaca 827408  T
Q  229 tactagacttgataca 244  Q
    ||||||||||||||||    
T  827409 tactagacttgataca 827424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 124; Significance: 8e-64; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 36 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 8137045 - 8136838
Alignment:
Q  36 gcaagccaagaagaaacaacgatgatgtggcatcaaagactaggccatatgtcagaacgtggcttgaaagtcctt-gcggaacgcaatctcctt-cacgg 133  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||  | |||||||||||| | |||| |||||| |||| | ||| |||||||||||||||||| ||| |    
T  8137045 gcaagccaaaaagaaacaacgatgatgtggtatcgcaaactaggccatatattagaatgtggctggaaatttctttgcggaacgcaatctcctttcacag 8136946  T
Q  134 gctcaagacagtaaatttaccattctgtgagcactgtgtgatgagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacacatacta 233  Q
    ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8136945 gctgaagacggtaaacttaccattctgtgagcactgtgtgataagcaagcaacatagattgaagtttgctagagtaactactagaagcaaacatatacta 8136846  T
Q  234 gacttgat 241  Q
    ||||||||    
T  8136845 gacttgat 8136838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University