View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9399_low_1 (Length: 578)

Name: NF9399_low_1
Description: NF9399
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9399_low_1
NF9399_low_1
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (1-578)||(100626-101203)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-578)||(41121946-41122523)


Alignment Details
Target: scaffold0041 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 578
Target Start/End: Original strand, 100626 - 101203
Alignment:
Q  1 ttgtcgctttttccatcatttgattttgacggtgaattttttgtcccgctaccttaaccttaaatgggtaataagattaagaaaattgtctcagtaaact 100  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  100626 ttgtcgctttctcgatcatttgattttgacggtgaattttttatcccgctaccttaaccttaaatgggtaataagattaagaaaattgtcccagtaagct 100725  T
Q  101 taggtcatttgacagagatatcgcagccgagatttgaactcgagattatgaaaattaaattggatcatattattctcccttgctaaccttttggacaaaa 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  100726 taggtcatttgacagagacatcgcagccgagatttgaactcgagattaagaaaattaaattggatcatattactctcccttgctaaccttttggacaaaa 100825  T
Q  201 tttgtcacgcgataaaatcttatcaataattgttgatcatcgatcatttgaactctataaattgtgtatgtataatgcagcggtaagaaagattaagaca 300  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  100826 tttgccacgcaataaaatcttatcaataattgttgatcatcgatcatttgaactctataaattgtgtatgtataatgcagcggtaagaaagattaagaca 100925  T
Q  301 aattagttaaaagtatatgtgaatttagattatttatcgttagagattcaacacatttatcattggatcgagatccaacttctccaactttgagctcaat 400  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  100926 aattagttaagagtatatgtgaatttagattatttatcgttagagattccacacatttatcattggatcgagatccaacttctccaactttgagctcaat 101025  T
Q  401 agatcaactttcaaataaactcaaaattgaaaccaatctattttaatgaaatgactatgtgctgattgtgtagtctcctcttgaagggaatgtgtattaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  101026 agatcaactttcaaataaactcaaaattgaaaccaatctatcttaatgaaatgactatgtgctgattgtgtagtctcctcttgaagggaatgtgtattaa 101125  T
Q  501 atatttgcagtgtaaataccacaaatgaattggatgatcaaaattggacggtcccttgtaagaaatgagtcacatcac 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  101126 atatttgcagtgtaaataccacaaatgaattagatgatcaaaattggacggtcccttgtaagaaatgagtcacatcac 101203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 41122523 - 41121946
Alignment:
Q  1 ttgtcgctttttccatcatttgattttgacggtgaattttttgtcccgctaccttaaccttaaatgggtaataagattaagaaaattgtctcagtaaact 100  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  41122523 ttgtcgctttctcgatcatttgattttgacggtgaattttttatcccgctaccttaaccttaaatgggtaataagattaagaaaattgtcccagtaagct 41122424  T
Q  101 taggtcatttgacagagatatcgcagccgagatttgaactcgagattatgaaaattaaattggatcatattattctcccttgctaaccttttggacaaaa 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41122423 taggtcatttgacagagacatcgcagccgagatttgaactcgagattaagaaaattaaattggatcatattactctcccttgctaaccttttggacaaaa 41122324  T
Q  201 tttgtcacgcgataaaatcttatcaataattgttgatcatcgatcatttgaactctataaattgtgtatgtataatgcagcggtaagaaagattaagaca 300  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41122323 tttgccacgcaataaaatcttatcaataattgttgatcatcgatcatttgaactctataaattgtgtatgtataatgcagcggtaagaaagattaagaca 41122224  T
Q  301 aattagttaaaagtatatgtgaatttagattatttatcgttagagattcaacacatttatcattggatcgagatccaacttctccaactttgagctcaat 400  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41122223 aattagttaagagtatatgtgaatttagattatttatcgttagagattccacacatttatcattggatcgagatccaacttctccaactttgagctcaat 41122124  T
Q  401 agatcaactttcaaataaactcaaaattgaaaccaatctattttaatgaaatgactatgtgctgattgtgtagtctcctcttgaagggaatgtgtattaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41122123 agatcaactttcaaataaactcaaaattgaaaccaatctatcttaatgaaatgactatgtgctgattgtgtagtctcctcttgaagggaatgtgtattaa 41122024  T
Q  501 atatttgcagtgtaaataccacaaatgaattggatgatcaaaattggacggtcccttgtaagaaatgagtcacatcac 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41122023 atatttgcagtgtaaataccacaaatgaattagatgatcaaaattggacggtcccttgtaagaaatgagtcacatcac 41121946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University