View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9401_high_9 (Length: 532)
Name: NF9401_high_9
Description: NF9401
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9401_high_9 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 495; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 9077326 - 9076824
Alignment:
| Q |
18 |
gaagatgtcaatgtagatgatgttgctgctgctttcaatgattccaaggtactgtttattgcgtttttcccaataggtctgttaaatatcttgcataaat |
117 |
Q |
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| T |
9077326 |
gaagatgtcaatgtagatgatgttgctgctgctttcaatgattccaaggtactgtttattgcgtttttcccaataggtctgttaaatatcttgcataaat |
9077227 |
T |
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| Q |
118 |
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217 |
Q |
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| T |
9077226 |
tataggaacacaatgcacatagatacaacaaaggctttttgatgtctccgtgattggattgcaatcgcgatgtggcctcattaaccgtctttaaccataa |
9077127 |
T |
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| Q |
218 |
tatttcccaatattaagtatcacaatgtgatttcagaagcaatgtaaaaccttggatacaactaatcaataacttttctttgatatgtaggaaaatcttg |
317 |
Q |
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| T |
9077126 |
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9077027 |
T |
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| Q |
318 |
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417 |
Q |
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| T |
9077026 |
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9076927 |
T |
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| Q |
418 |
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517 |
Q |
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| T |
9076926 |
gtgtgaaaaaattagtatgtgctattcaacattttaaagtagtatgcgttggaaaatatactcgattcctttttagtagtaattagataacaaaatatcg |
9076827 |
T |
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518 |
atg |
520 |
Q |
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9076826 |
atg |
9076824 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 9086102 - 9085596
Alignment:
| Q |
21 |
gatgtcaatgtagatgatgttgctgctgctttcaatgattccaaggtactgtttattgcgtttt---tcccaataggtctgttaaatatcttgcataaat |
117 |
Q |
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| T |
9086102 |
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9086003 |
T |
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| Q |
118 |
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217 |
Q |
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9086002 |
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9085903 |
T |
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| Q |
218 |
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317 |
Q |
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9085902 |
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9085803 |
T |
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| Q |
318 |
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417 |
Q |
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9085703 |
T |
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| Q |
418 |
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513 |
Q |
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| T |
9085702 |
gtgtgaaaaaattattatgtgctattcaacattttaaagtggcatgctttgcaaaatataccttgattcctccttattagtagtaattagctaacaaaat |
9085603 |
T |
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| Q |
514 |
attgatg |
520 |
Q |
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| T |
9085602 |
attgatg |
9085596 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 6417306 - 6416800
Alignment:
| Q |
21 |
gatgtcaatgtagatgatgttgctgctgctttcaatgattccaaggtactgtttattgcgtttt---tcccaataggtctgttaaatatcttgcataaat |
117 |
Q |
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6417306 |
gatgtcaatgtggatgatgttgctgcagctttcaatgattctagggtactgtctattgcgttttctttctcaataggtctattaaatatcttgcatatat |
6417207 |
T |
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| Q |
118 |
tataggaacacaatgcacatagatacaacaaaggctttttgatgtctccgtgattggattgcaatcgcgatgtggcctcattaaccgtctttaaccataa |
217 |
Q |
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6417206 |
tataggaacacaatgcacatagatacagcaaaggctttctgatgtctccatgattttattgcaatcgtgatgtggcctcattaaccgtctttaaccaaat |
6417107 |
T |
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| Q |
218 |
tatttcccaatattaagtatcacaatgtgatttcagaagcaatgtaaaaccttggatacaactaatcaataacttttctttgatatgtaggaaaatcttg |
317 |
Q |
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tttttcccaatattaagtatcgcgatgtgattgcagaagcaatgtaaaaccttggatacaactaatcaataacttttctttgatatgtaggaaaatctcg |
6417007 |
T |
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| Q |
318 |
tgacggagaccaaagagaaaccggtgtcaatgaatgcttttgagcttatttctagatcggacagcttcaatcttggcaatttgtttgagaaggaaaaggt |
417 |
Q |
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tgaccgagaccaaagagaaaccggtgtcaatgaatgcttttgagcttatttctagatcggaaagcttcaatcttgacaatttgtttgagagggaaaaggt |
6416907 |
T |
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| Q |
418 |
gtgtgaaaaaattagtatgtgctattcaacattttaaagtagtatgcgttggaaaatata-ctcgat---tcctttttagtagtaattagataacaaaat |
513 |
Q |
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6416906 |
gtgtgaaaaaattattatgtgctattcaacattttaaagtggcatgctttgcaaaatataccttgattcctccttattagtagtaattagctaacaaaat |
6416807 |
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6416806 |
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