View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9401_low_35 (Length: 449)

Name: NF9401_low_35
Description: NF9401
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9401_low_35
NF9401_low_35
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (1-432)||(1856713-1857144)
chr1 (1-432)||(1815900-1816331)
chr1 (1-432)||(1868308-1868742)
chr1 (1-432)||(1842699-1843133)
chr1 (82-432)||(9170548-9170901)
chr1 (1-432)||(9200115-9200549)
chr1 (97-432)||(9155810-9156148)
chr1 (82-432)||(9161722-9162075)
chr1 (42-432)||(9218631-9219024)
chr1 (34-217)||(9118329-9118512)
chr1 (304-432)||(9229516-9229644)
chr1 (91-217)||(9229734-9229860)
chr1 (307-432)||(9118605-9118730)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (1-155)||(37567655-37567809)
chr7 (150-277)||(37572119-37572246)
chr7 (130-174)||(30105892-30105936)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (133-212)||(40597787-40597866)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Original strand, 1856713 - 1857144
Alignment:
Q  1 ggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaacaattcatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1856713 ggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaacaattcatta 1856812  T
Q  101 atgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1856813 atgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacagaaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgt 1856912  T
Q  201 tagcaatggtactctttctgaatttattcacacaaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaggct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1856913 tagcaatggtactctttctgaatttattcacacaaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaggct 1857012  T
Q  301 ctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcag 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1857013 ctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcgg 1857112  T
Q  401 attttggagcttcaagattggttccacttgat 432  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857113 attttggagcttcaagattggttccacttgat 1857144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 1816331 - 1815900
Alignment:
Q  1 ggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaacaattcatta 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1816331 ggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataatagaattgtggctatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcatta 1816232  T
Q  101 atgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgt 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816231 acgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttggggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgt 1816132  T
Q  201 tagcaatggtactctttctgaatttattcacacaaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaggct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||| |||||| |  ||||||||||  |||    
T  1816131 tagcaatggtactctttctgaatttcttcgcacacaaggtaagacgaacgatcttacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagctggagct 1816032  T
Q  301 ctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcag 400  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1816031 ctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgctaaagtgtcag 1815932  T
Q  401 attttggagcttcaagattggttccacttgat 432  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||||||||||    
T  1815931 attttggagcatcaaggttgattccacttgat 1815900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Original strand, 1868308 - 1868742
Alignment:
Q  1 ggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaacaattcatta 100  Q
    ||||||||||| |||| ||||||    || |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||| |||||| | ||||||||| || ||||||||||    
T  1868308 ggttttggtaccgttttcaaaggacttctagatgataaaagaatcgttgctatcaaaaaatcaaaaataatagatagaagccaaatcgatcaattcatta 1868407  T
Q  101 atgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgt 200  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1868408 atgaggtggttgttctctctcaaataaatcataggaatgttgtcaaactcttggggtgttgtttagagacagaagttcctttgttggtttatgaatttgt 1868507  T
Q  201 tagcaatggtactctttctgaatttattcacacaaaaggtaagacg---aatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgag 297  Q
    || |||||| || |||||||  ||||| |||||| || |||| | |   ||| ||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1868508 taccaatggcaccctttctggttttatacacacacaaagtaataaggtgaataatgaaacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaa 1868607  T
Q  298 gctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgt 397  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  1868608 gctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacaccgccaaagtat 1868707  T
Q  398 cagattttggagcttcaagattggttccacttgat 432  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1868708 cggattttggagcttcaagattggttccacttgat 1868742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Original strand, 1842699 - 1843133
Alignment:
Q  1 ggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaacaattcatta 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||    || |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||| |||||| | |||||||||  | ||||||||||    
T  1842699 ggttttggtactgtttacaaaggatttctagatgataaaagaatcgttgctatcaaaaaatcaaaaataatagatagaagccaaatcaatcaattcatta 1842798  T
Q  101 atgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgt 200  Q
    |||||||   | || |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1842799 atgaggtaattattctctctcaaataaatcataggaatgttgtcaaactcttggggtgttgtttagagacagaagttcctttgttggtttatgaatttgt 1842898  T
Q  201 tagcaatggtactctttctgaatttattcacacaaaaggtaagacg---aatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgag 297  Q
    || |||||| || |||||||  ||||| |||||| || |||| | |   ||| ||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1842899 taccaatggcaccctttctggttttatacacacacaaagtaataaggtgaataatgaaacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaa 1842998  T
Q  298 gctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgt 397  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |    
T  1842999 actttgtcatatctacattcatatgcctcaataccaataatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacacagccaaagtat 1843098  T
Q  398 cagattttggagcttcaagattggttccacttgat 432  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1843099 cagattttggagcttcaagattggttccaattgat 1843133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 82 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 9170901 - 9170548
Alignment:
Q  82 caaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctt 181  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| | |||| |  | ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9170901 caaattgagcaattcattaatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctagggtgttgtctagagacagaagttcctt 9170802  T
Q  182 tgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttattca---cacaaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaa-ga 277  Q
      ||||| || || ||||||||||| ||||| ||||  || || || ||   ||| |||| ||| || ||| ||||||| ||||| || || ||||| ||    
T  9170801 cattggtgtacgaatttgttagcaacggtacacttttcgatttcatacaaagcactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacccg-cttaagga 9170703  T
Q  278 tagccgcagaggtagctgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatgg 377  Q
    |||| ||||||  |||||  ||| | || ||||||||||||| ||| ||||  || || |||||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||     
T  9170702 tagcagcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaattccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatga 9170603  T
Q  378 aaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgat 432  Q
     |   |||| |||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||    
T  9170602 caattacactgccaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgat 9170548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 9200549 - 9200115
Alignment:
Q  1 ggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaacaattcatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |   |   |||||| | |||||| ||| | ||||| || |||| ||| |||  ||  |||||||| ||||||||||    
T  9200549 ggttttggtacagtttacaaaggagttttacctgataacaaaattgtcgctgtaaaaaaatccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaattcatta 9200450  T
Q  101 atgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgt 200  Q
    ||||||| | |||| |  | ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||  || || || || |||||    
T  9200449 atgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctaggctgttgtctagagacagaagttccttcattagtgtacgaatttgt 9200350  T
Q  201 tagcaatggtactctttctgaatttattca---cacaaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgag 297  Q
    |||||| ||||| ||||  || || || ||   ||| |||| ||| || ||| ||||||| ||||| || ||| | | |||||| || |||  |||||      
T  9200349 tagcaacggtacacttttcgatttcatacaaagcactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacacgtttaaggatagcagcggagacagctgga 9200250  T
Q  298 gctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgt 397  Q
    ||| | |||||||||||||||  ||| ||||  || || ||||| |||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  |   ||||||| ||||| |    
T  9200249 gctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccacagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacaccgcaaaagttt 9200150  T
Q  398 cagattttggagcttcaagattggttccacttgat 432  Q
    | || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9200149 ctgactttggagcttccagattggttccacttgat 9200115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 97 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 9156148 - 9155810
Alignment:
Q  97 attaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagt 196  Q
    ||||||||||| | |||  | || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||  ||||||||||| |    
T  9156148 attaatgaggtagttgtcctatcccaaataaatcacagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttagagacagaagttccttccttggtttatgaat 9156049  T
Q  197 ttgttagcaatggtactctttctgaatttattca---cacaaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagaggtagc 293  Q
    | |||||||||||||| |||| ||| || || ||    || |||| ||| || ||  ||||||| ||||| || ||| | |||||||| ||||||  |||    
T  9156048 tcgttagcaatggtacactttttgatttcatacatagtactaaagataaaacaaacaatccaacatggaaaacccgtttaaagatagcagcagagacagc 9155949  T
Q  294 tgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaa 393  Q
     |  ||| | || ||||||||||||| ||| |||| ||| || ||||||||||||||||| |||   ||||||||||| ||||  |   |||| || |||    
T  9155948 cggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaataccgattatccatagagatgtcaaaagtaccaacattctcttggatgacaattacacagcgaaa 9155849  T
Q  394 gtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgat 432  Q
    || || |||||||||||||| || || ||||||||||||    
T  9155848 gtttccgattttggagcttcgaggttagttccacttgat 9155810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 82 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 9162075 - 9161722
Alignment:
Q  82 caaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctt 181  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| | |||| | || ||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||    
T  9162075 caaattgagcagttcattaacgaggtagttgttctgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttagagacagaagttcctt 9161976  T
Q  182 tgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttat---tcacacaaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagat 278  Q
     |||||| ||||| || |||||||||||||| ||||  || || ||   | | || |||| |||  | ||  ||||||| ||||| || ||| | |||||    
T  9161975 cgttggtgtatgaattcgttagcaatggtacacttttcgatttcatacataatactaaagataaagcaaacaatccaacatggaaaacacgtttaaagat 9161876  T
Q  279 agccgcagaggtagctgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatgga 378  Q
    ||| ||||||  ||| |  ||| | || ||| ||||||||| ||| |||| ||| || |||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||      
T  9161875 agcagcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttagatgac 9161776  T
Q  379 accaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgat 432  Q
    |   |||  || ||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  9161775 aattacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgat 9161722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 42 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 9219024 - 9218631
Alignment:
Q  42 aattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtg 141  Q
    |||||| ||| |||||||||| |||| |||||||  ||  || || || ||||||||||||||||| | |||| | || ||||||||||| ||||| ||     
T  9219024 aattgtcgctgtcaaaaagtccaaaataatagacgcaaatcagatcgagcaattcattaatgaggtagttgttctgtcccaaataaatcataggaacgtt 9218925  T
Q  142 gtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttattcaca---caaaag 238  Q
    |||||||| |||||||||||| | || ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| || || |||| ||| || || || |     ||||    
T  9218924 gtcaaacttttagggtgttgtttggagacagaagttccttcgttggtgtatgaatttgttagcaacggaacactttttgatttcatacaaaattgtaaag 9218825  T
Q  239 gtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcat 338  Q
     |||  | ||  ||||| | ||||| || ||| | | |||||| ||||||  |||||  ||| | |||||||||||||||  ||| ||||  || || ||    
T  9218824 ataaagcaaacaatccagcatggaaaacacgtttaaggatagcagcagagacagctggtgctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattat 9218725  T
Q  339 ccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgat 432  Q
    |||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  |   |||| || ||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||    
T  9218724 ccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgat 9218631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 34 - 217
Target Start/End: Original strand, 9118329 - 9118512
Alignment:
Q  34 gataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcaca 133  Q
    ||||| ||||| || ||| |||||||||| | || |||||||  ||  ||||| || ||||||||||||||||| | | || | || ||||||||||| |    
T  9118329 gataacagaatcgtggctgtcaaaaagtccagaataatagacgcaaatcaaatcgagcaattcattaatgaggtagttattctgtcccaaataaatcata 9118428  T
Q  134 ggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactcttt 217  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||| ||||| || |||||| | ||||| ||||    
T  9118429 ggaatgttgtcaaacttttagggtgttgtttagagacagaagttccttccttggtctatgaattcgttagccacggtacacttt 9118512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 304 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 9229644 - 9229516
Alignment:
Q  304 tcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagatt 403  Q
    |||||||||||||||| ||| ||   ||| || ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||  |   |||| || |||||||| ||||    
T  9229644 tcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtgtctgatt 9229545  T
Q  404 ttggagcttcaagattggttccacttgat 432  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9229544 ttggtgcttcaagattggttccacttgat 9229516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 91 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 9229860 - 9229734
Alignment:
Q  91 caattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggttt 190  Q
    |||||||| |||||||||| |||| | || ||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| | || ||| ||||||||||  | ||||    
T  9229860 caattcataaatgaggtggttgttttgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagttt 9229761  T
Q  191 atgagtttgttagcaatggtactcttt 217  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  9229760 atgaatttattagcaatggtacccttt 9229734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 307 - 432
Target Start/End: Original strand, 9118605 - 9118730
Alignment:
Q  307 tatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttg 406  Q
    ||||||||||||| ||| |||   || || |||||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  |   |||| || ||||| || ||||| |    
T  9118605 tatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtttccgatttcg 9118704  T
Q  407 gagcttcaagattggttccacttgat 432  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||    
T  9118705 gagcttccaaattggttccacttgat 9118730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 155
Target Start/End: Original strand, 37567655 - 37567809
Alignment:
Q  1 ggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaacaattcatta 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  37567655 ggttttggtacagttttcaaagggaaactagatgataatagaactgttgctatcaaaaaatccaaaacaatagatgaaagccaaaatgaacaattcatta 37567754  T
Q  101 atgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagg 155  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37567755 atgaggtggacattgtctctcaaataaatcataggaatgtggtcaaactcttagg 37567809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 150 - 277
Target Start/End: Original strand, 37572119 - 37572246
Alignment:
Q  150 cttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttattcacacaaaaggtaagacgaat 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||    
T  37572119 cttagggtgttgtctagaaacagaagttcctcggttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttatacacacacaaggtaagatgaat 37572218  T
Q  250 gatccaacttggaagactcgtcttaaga 277  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||    
T  37572219 gatccaacttagaaaactcgtcttaaga 37572246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 130 - 174
Target Start/End: Original strand, 30105892 - 30105936
Alignment:
Q  130 cacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaa 174  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  30105892 cacaggaatattgtcaaactcttaggctgttgtcttgaaacagaa 30105936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 133 - 212
Target Start/End: Original strand, 40597787 - 40597866
Alignment:
Q  133 aggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtac 212  Q
    ||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||||||||||||| ||| | |||||||| ||| ||  |||||||||    
T  40597787 aggaatgtggtaaaacttgtaggttgttgtttagaaacagaagttccattgcttgtttatgaatttattcccaatggtac 40597866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University