View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9401_low_7 (Length: 604)

Name: NF9401_low_7
Description: NF9401
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9401_low_7
NF9401_low_7
[»] chr4 (25 HSPs)
chr4 (24-555)||(5894392-5894928)
chr4 (19-555)||(3749423-3749976)
chr4 (297-555)||(5885826-5886083)
chr4 (19-285)||(5559767-5560033)
chr4 (19-505)||(5613627-5614115)
chr4 (297-555)||(5847611-5847868)
chr4 (19-285)||(5885494-5885760)
chr4 (357-555)||(5565271-5565468)
chr4 (24-285)||(5858822-5859083)
chr4 (306-555)||(5553680-5553928)
chr4 (77-277)||(5582568-5582768)
chr4 (294-559)||(5582806-5583070)
chr4 (24-285)||(5538448-5538709)
chr4 (355-555)||(5858535-5858734)
chr4 (91-285)||(5570372-5570566)
chr4 (306-555)||(5852494-5852742)
chr4 (332-559)||(5570637-5570863)
chr4 (357-555)||(5605589-5605786)
chr4 (19-165)||(5847402-5847548)
chr4 (36-284)||(5553968-5554216)
chr4 (390-453)||(251992-252055)
chr4 (24-146)||(5852194-5852316)
chr4 (91-155)||(251823-251887)
chr4 (484-559)||(5538925-5539000)
chr4 (246-278)||(5352533-5352565)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (19-284)||(1486008-1486273)
chr8 (387-555)||(1485725-1485892)
[»] scaffold0454 (2 HSPs)
scaffold0454 (19-284)||(1191-1458)
scaffold0454 (387-555)||(907-1074)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 25)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 24 - 555
Target Start/End: Original strand, 5894392 - 5894928
Alignment:
Q  24 tgtgacaatgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggatttaactattcaagtagtcttttcagtcttcaacatctcc 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| | |||||||     
T  5894392 tgtgacaatgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggatttaacgattcaagcagtcttttcaatctcctacatctca 5894491  T
Q  124 aaaatctgaacttggctaataacaatttcaattcttccattccatcaggattcggcaagttgaagaaattgacttatctgaatatgtcagaggctagctt 223  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  5894492 aaaaactgaacttggcttataacaatttcaattctctaattccatcaggattcagcaaattggagaagttgacttatctgaatttgtcaaaggctagctt 5894591  T
Q  224 tgtggggcagattccaattgagatttctcatcttacaaggttggttactcttgatatctcttgccaaaatct------gaaacttaaaaacccaaatctg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||   |     |      ||||| ||| | ||||||| |     
T  5894592 tgtggggcagattccaattgagatttcacaacttacaaggttggttactcttgatctctcttttgatgtcgttcgcacgaaacctaatatcccaaattta 5894691  T
Q  318 caaaagcttatcccaaatctcaccaatattaggaaactgtatctagatagtataagcataacatctctgggacatgaatggagcaatgctttgttgctgc 417  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| | |       
T  5894692 caaaagtttatccaaaatctcaccaatattaggcaactgtatctagatggtataactataacatctcagagacataaatggagcaatgctttgatacctt 5894791  T
Q  418 tgtgtgacttgcaagagttgagcatgtcaaactgtggtctatcaggaccacttgattcttcccctttcaaaactagagaacctatcagtcattattcttg 517  Q
    || ||||| | ||||| ||||||||||| || |||| | | |||||| | |||||||||| |||| |||| |||| ||||||| |||||||||||||||     
T  5894792 tgcgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattctt-ccctatcaagactacagaacctgtcagtcattattcttt 5894890  T
Q  518 gtgacaacaatttttcatccccagtgccacaaacattt 555  Q
     |   ||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  5894891 atcgaaacaatttttcatcctcattgccagaaacattt 5894928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 3749976 - 3749423
Alignment:
Q  19 ttacatgtgacaatgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggatttaactattcaagtagtcttttcagtcttcaaca 118  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3749976 ttacatgcaacaatgatggacatgttatcggccttgatctgagtgacgaaaagatcgatggtggatttaacgattcaagtagtcttttcagtcttcaaca 3749877  T
Q  119 tctccaaaatctgaacttggctaataacaatttcaattcttccattccatcaggattcggcaagttgaagaaattgacttatctgaatatgtcagaggct 218  Q
    |||||||||  | ||||||||  | ||| |||||||||||  |||||||||| |||||  ||||||| | || ||||| ||||||||| ||||| | |||    
T  3749876 tctccaaaaattaaacttggcatacaaccatttcaattctcacattccatcaagattcatcaagttggataagttgacatatctgaatttgtcacaagct 3749777  T
Q  219 agctttgtggggcagattccaattgagatttctcatcttacaaggttggttactcttgatatct-----cttg-----ccaa-aat-------ctgaaac 300  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| |||     ||||     |||| |||       || ||||    
T  3749776 agctttgtagggcagattccgattgagatttcgcagcttacaaggttggttattcttgatctctctgtacttgaatacccaacaataataccacttaaac 3749677  T
Q  301 ttaaaaacccaaatctgcaaaagcttatcccaaatctcaccaatattaggaaactgtatctagatagtataagcataacatctctgggacatgaatggag 400  Q
    | ||||| ||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||| ||||||||||  |||||||||| |||    
T  3749676 tcaaaaatccaaatctgaaaaatcttgtccaaaatctcaccaatattaggcaactatatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgag 3749577  T
Q  401 caatgctttgttgctgctgtgtgacttgcaagagttgagcatgtcaaactgtggtctatcaggaccacttgattcttcccctttcaaaactagagaacct 500  Q
    |||||||||||||| | || ||||||||||||| |||||||||||  |||||| | |||||||||| |||||||||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  3749576 caatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaagaattgagcatgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattctt-ccctaacaagactagagaacct 3749478  T
Q  501 atcagtcattattcttggtgacaacaatttttcatccccagtgccacaaacattt 555  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  3749477 atcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagtgccgaaaacattt 3749423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 297 - 555
Target Start/End: Original strand, 5885826 - 5886083
Alignment:
Q  297 aaacttaaaaacccaaatctgcaaaagcttatcccaaatctcaccaatattaggaaactgtatctagatagtataagcataacatctctgggacatgaat 396  Q
    |||||||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||    
T  5885826 aaacttaaaatctcaaatctacaaaagcttatccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaat 5885925  T
Q  397 ggagcaatgctttgttgctgctgtgtgacttgcaagagttgagcatgtcaaactgtggtctatcaggaccacttgattcttcccctttcaaaactagaga 496  Q
    |||| ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  5885926 ggagtaatgctttgttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcct-ccctttcaaaactagaga 5886024  T
Q  497 acctatcagtcattattcttggtgacaacaatttttcatccccagtgccacaaacattt 555  Q
    ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5886025 acctatcggtcattattcttggcgagaacaatttttcatccccagtgccacaaacattt 5886083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 19 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 5560033 - 5559767
Alignment:
Q  19 ttacatgtgacaatgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggatttaactattcaagtagtcttttcagtcttcaaca 118  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||||    
T  5560033 ttacatgtgacattgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggatttaacgattcaagcagtcttttcagtttgcaaca 5559934  T
Q  119 tctccaaaatctgaacttggctaataacaatttcaattcttccattccatcaggattcggcaagttgaagaaattgacttatctgaatatgtcagaggct 218  Q
     ||||| || ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||| | |||    
T  5559933 cctccagaaactgaatttggctgataactatttcaattcttccattccatcaggattcaacaagttggagaagttgacatatctgaatttgtcatatgct 5559834  T
Q  219 agctttgtggggcagattccaattgagatttctcatcttacaaggttggttactcttgatatctctt 285  Q
    |||||||||||||| |||||  | ||||||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  5559833 agctttgtggggcaaattcctgtagagatttctcagctcaaaaggttggttactcttgatctctctt 5559767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 5614115 - 5613627
Alignment:
Q  19 ttacatgtgacaatgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggatttaactattcaagtagtcttttcagtcttcaaca 118  Q
    |||| |||||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||| |||  |||   ||||||| || |  | |||||||||||||||| ||| | |||    
T  5614115 ttacttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctgagtgaagaatctatttctggtggaattgaagaatcaagtagtcttttcaatctcctaca 5614016  T
Q  119 tctccaaaatctgaacttggctaataacaatttcaattcttccattccatcaggattcggcaagttgaagaaattgacttatctgaatatgtcagaggct 218  Q
    |||| | || |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||||  ||| || ||||||||  || ||||| |   |    
T  5614015 tctcaagaaactgaacttggctaataattatttaaattcttccattccatcagcattcaacaagttggtgaagttaacttatcttgatttgtcatataat 5613916  T
Q  219 agctttgtggggcagattccaattgagatttctcatcttacaaggttggttactcttgatatctcttgccaaaatctg----aaacttaaaaacccaaat 314  Q
       |||||||||||||||||||| |||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||| |  |  ||      |||| ||||| |||||||    
T  5613915 gaatttgtggggcagattccaatagagatttcccagctcacgaggttggttactcttgatctctctt-cttatgtcgacacaaaacctaaaatcccaaat 5613817  T
Q  315 ctgcaaaagcttatcccaaatctcaccaatattaggaaactgtatctagatagtataagcataacatctctgggacatgaatggagcaatgctttgttgc 414  Q
     | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5613816 ttacaaaagcttatccaaaatctcaccaatatgaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctcagggacatgaatggatcaatgctttgttgc 5613717  T
Q  415 tgctgtgtgacttgcaagagttgagcatgtcaaactgtggtctatcaggaccacttgattcttcccctttcaaaactagagaacctatcag 505  Q
       || | ||| | |||||  |||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5613716 ctttgagcgacctacaagaactgagcatgtctaactgtaatctatcaggacctcttgattctt-ccctttcaaaactagagaacctatcag 5613627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 297 - 555
Target Start/End: Original strand, 5847611 - 5847868
Alignment:
Q  297 aaacttaaaaacccaaatctgcaaaagcttatcccaaatctcaccaatattaggaaactgtatctagatagtataagcataacatctctgggacatgaat 396  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  5847611 aaacctaaaatcccaaatctacaaaagtttatccaaaatctcaccaatattaggcaaatgtatctagatggtataagtataacatctcggggacatgaat 5847710  T
Q  397 ggagcaatgctttgttgctgctgtgtgacttgcaagagttgagcatgtcaaactgtggtctatcaggaccacttgattcttcccctttcaaaactagaga 496  Q
    ||||||||||||||||||   || ||||| ||||| |||||||||||||  | |||| |||||||||||| |||||||||| ||||  ||| ||||||||    
T  5847711 ggagcaatgctttgttgcctttgcgtgacctgcaaaagttgagcatgtctgattgtgatctatcaggaccccttgattctt-ccctaacaagactagaga 5847809  T
Q  497 acctatcagtcattattcttggtgacaacaatttttcatccccagtgccacaaacattt 555  Q
    ||||  | |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5847810 acctgacggtcattgttcttggtgagaacaacttttcatccccagtgccacaaacattt 5847868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 19 - 285
Target Start/End: Original strand, 5885494 - 5885760
Alignment:
Q  19 ttacatgtgacaatgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggatttaactattcaagtagtcttttcagtcttcaaca 118  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||  |||  |||   |||||||||| || | ||||||||||||||||||||    ||    
T  5885494 ttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctgagtggagaatctatttttggtggatttgacgaatcaagtagtcttttcagtctcttgca 5885593  T
Q  119 tctccaaaatctgaacttggctaataacaatttcaattcttccattccatcaggattcggcaagttgaagaaattgacttatctgaatatgtcagaggct 218  Q
    |||| | || |||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||  |||  ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| |||    
T  5885594 tctcaagaaactgaacttggctgataattatttaaattcttccattccatcagctttcaacaagttggagaagttgacttatctgaatttgtcagatgct 5885693  T
Q  219 agctttgtggggcagattccaattgagatttctcatcttacaaggttggttactcttgatatctctt 285  Q
     | |||  |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5885694 ggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttacaaggttggttactcttgatatctctt 5885760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 357 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 5565468 - 5565271
Alignment:
Q  357 tatctagatagtataagcataacatctctgggacatgaatggagcaatgctttgttgctgctgtgtgacttgcaagagttgagcatgtcaaactgtggtc 456  Q
    ||||||||| ||||||| ||| ||||||  ||| |||||||||||| |  |||||||| | |  ||||| | ||||| ||  ||||||||| ||||||||    
T  5565468 tatctagatggtataagtataccatctcaaggatatgaatggagcagtcttttgttgccgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtc 5565369  T
Q  457 tatcaggaccacttgattcttcccctttcaaaactagagaacctatcagtcattattcttggtgacaacaatttttcatccccagtgccacaaacattt 555  Q
    | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5565368 tttcaggaccccttgattcttccc-tttcaaaactagagaacctatcagtcattattcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacattt 5565271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 5859083 - 5858822
Alignment:
Q  24 tgtgacaatgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggatttaactattcaagtagtcttttcagtcttcaacatctcc 123  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| | ||||  ||| ||||| ||||||||||| |  || |||| ||||| ||  |||| ||||||||||    
T  5859083 tgtgacagtgaaggacatgttattggccttgacttgagtgcagaatatatctatggtggatttgaaaatacaagcagtctatttggtctccaacatctcc 5858984  T
Q  124 aaaatctgaacttggctaataacaatttcaattcttccattccatcaggattcggcaagttgaagaaattgacttatctgaatatgtcagaggctagctt 223  Q
    ||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| || |||| ||||| ||||||||| |  |||| ||||| ||    
T  5858983 aaaaagtgaacttggcttttaacaatttcaattcttccattccatcagcattcaacaagctggagaagttgacatatctgaatcttacagatgctagatt 5858884  T
Q  224 tgtggggcagattccaattgagatttctcatcttacaaggttggttactcttgatatctctt 285  Q
    |   ||| |||||||||| || ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5858883 tcacgggaagattccaatagaaatttcccagcttataaggttggttactcttgatatctctt 5858822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 306 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 5553928 - 5553680
Alignment:
Q  306 aacccaaatctgcaaaagcttatcccaaatctcaccaatattaggaaactgtatctagatagtataagcataacatctctgggacatgaatggagcaatg 405  Q
    |||| |||||| |||||| || ||| |||||| ||||| |||||| |||||||| ||||  ||||||   ||||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  5553928 aaccaaaatctacaaaagtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatg 5553829  T
Q  406 ctttgttgctgctgtgtgacttgcaagagttgagcatgtcaaactgtggtctatcaggaccacttgattcttcccctttcaaaactagagaacctatcag 505  Q
    ||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||  ||||||| |||| |||| ||||| ||||||| |||| ||||||||| | |||||||| |    
T  5553828 ctttgttgccgctgtgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattctt-ccctatcaaaactaaaaaacctatcgg 5553730  T
Q  506 tcattattcttggtgacaacaatttttcatccccagtgccacaaacattt 555  Q
    |||||||||||| |   ||||||||||| ||||| || ||| ||||||||    
T  5553729 tcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacattt 5553680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 77 - 277
Target Start/End: Original strand, 5582568 - 5582768
Alignment:
Q  77 tggtggatttaactattcaagtagtcttttcagtcttcaacatctccaaaatctgaacttggctaataacaatttcaattcttccattccatcaggattc 176  Q
    |||||||||| |  || |||| |||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  5582568 tggtggatttgataatgcaagcagtctttttagtcttcaacatcttcaaaaattgaacttggctgctaacaatttcaattctgtcattccatcaggattc 5582667  T
Q  177 ggcaagttgaagaaattgacttatctgaatatgtcagaggctagctttgtggggcagattccaattgagatttctcatcttacaaggttggttactcttg 276  Q
      |||||||  ||  |||| |||| ||||| ||||| | |||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5582668 aacaagttggtgatgttgagttatttgaatttgtcatatgctaactttgtggggcaaattcctatagagatttctcagcttacaaggttggttactcttg 5582767  T
Q  277 a 277  Q
    |    
T  5582768 a 5582768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 294 - 559
Target Start/End: Original strand, 5582806 - 5583070
Alignment:
Q  294 ctgaaacttaaaaacccaaatctgcaaaagcttatcccaaatctcaccaatattaggaaactgtatctagatagtataagcataacatctctgggacatg 393  Q
    ||||||||| | || |||||||| || ||  || ||| |||||| |||| | ||||||| |||||||||||| || |||| |||| | ||| |||||| |    
T  5582806 ctgaaacttgagaaaccaaatctacagaaatttgtccaaaatctgaccagtcttaggaagctgtatctagatggtgtaagtataaaagctcagggacaag 5582905  T
Q  394 aatggagcaatgctttgttgctgctgtgtgacttgcaagagttgagcatgtcaaactgtggtctatcaggaccacttgattcttcccctttcaaaactag 493  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||  | || | ||||  ||||| |||||  | |||| ||||||||| || ||||||||||||| |  ||| ||||     
T  5582906 aatggaggaatgctttgttgcccctgcctaacctccaagtattgagtatgtcttattgtgatctatcaggtccccttgattcttccc-taacaagactaa 5583004  T
Q  494 agaacctatcagtcattattcttggtgacaacaatttttcatccccagtgccacaaacattttcca 559  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5583005 agaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatccccagtgccacaaacattttcca 5583070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 24 - 285
Target Start/End: Original strand, 5538448 - 5538709
Alignment:
Q  24 tgtgacaatgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggatttaactattcaagtagtcttttcagtcttcaacatctcc 123  Q
    |||||||||  ||||  ||||||||| ||||| || ||||| |||   |||  |||||||||| |  || ||||||||||||| ||||||||| |||| |    
T  5538448 tgtgacaataggggatttgttattggtcttgatctgagtgaagaatcaatcactggtggatttgataatacaagtagtctttttagtcttcaaaatcttc 5538547  T
Q  124 aaaatctgaacttggctaataacaatttcaattcttccattccatcaggattcggcaagttgaagaaattgacttatctgaatatgtcagaggctagctt 223  Q
    | ||  |||||||||||  ||||||||||| |||| | |||||| ||||||||  |||||||  ||  |||| |||||||||| ||||| | |||| |||    
T  5538548 agaaattgaacttggctgctaacaatttcagttctgctattccaccaggattcaacaagttggtgatgttgagttatctgaatttgtcatatgctaactt 5538647  T
Q  224 tgtggggcagattccaattgagatttctcatcttacaaggttggttactcttgatatctctt 285  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  5538648 tgtggggcagattcctttagagatttctcagcttacaaggttggtaactctagatatctctt 5538709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 355 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 5858734 - 5858535
Alignment:
Q  355 tgtatctagatagtataagcataacatctctgggacatgaatggagcaatgctttgttgctgctgtgtgacttgcaagagttgagcatgtcaaactgtgg 454  Q
    |||||||||||||| |||| ||| || ||  |||||||||||||| |||||||||||||| | || |  || | ||||| |||||||||||   ||||||    
T  5858734 tgtatctagatagtgtaagtatatcagctaagggacatgaatggatcaatgctttgttgccgttgcgaaacctacaagaattgagcatgtcttcctgtgg 5858635  T
Q  455 tctatcaggaccacttgattcttcccctttcaaaactagagaacctatcagtcattattcttggtgacaacaatttttcatccccagtgccacaaacatt 554  Q
    ||||| ||| || ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| ||  |||||||    
T  5858634 tctattaggtccccttgattcttccc-taacaaaactagagaacctatcagtcattattcttgatgagaactatttttcatccccagttcctgaaacatt 5858536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 91 - 285
Target Start/End: Original strand, 5570372 - 5570566
Alignment:
Q  91 attcaagtagtcttttcagtcttcaacatctccaaaatctgaacttggctaataacaatttcaattcttccattccatcaggattcggcaagttgaagaa 190  Q
    |||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||  ||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||   ||| |||  ||     
T  5570372 attcaagtagtctttttagtctccatcatcttcaaaaattgaacttggctgataacaatttcaattctgttattccatcaggatttaacaaattggtgat 5570471  T
Q  191 attgacttatctgaatatgtcagaggctagctttgtggggcagattccaattgagatttctcatcttacaaggttggttactcttgatatctctt 285  Q
     |||| |||||||||| | ||| | |||| |||||||||||| ||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5570472 gttgaattatctgaatttatcatatgctaactttgtggggcatatttctatagagatttctcagcttacaaggttggttactcttgatctctctt 5570566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 306 - 555
Target Start/End: Original strand, 5852494 - 5852742
Alignment:
Q  306 aacccaaatctgcaaaagcttatcccaaatctcaccaatattaggaaactgtatctagatagtataagcataacatctctgggacatgaatggagcaatg 405  Q
    |||| |||||| |||||| || ||| |||||| ||||| |||||| |||||||||||||   |||||   ||||||||  ||| || |||||||||||||    
T  5852494 aaccaaaatctacaaaagtttgtccaaaatctgaccaagattaggcaactgtatctagaagatataactctaacatctgaggggcaggaatggagcaatg 5852593  T
Q  406 ctttgttgctgctgtgtgacttgcaagagttgagcatgtcaaactgtggtctatcaggaccacttgattcttcccctttcaaaactagagaacctatcag 505  Q
    |||||||||  ||| ||||  | |||  ||||||| |||  || |||| |||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||  |||||||||||    
T  5852594 ctttgttgccactgcgtgaactacaaatgttgagcttgtataaatgtgatctagcagggccacttgattcttccc-tatcaaaactaaggaacctatcag 5852692  T
Q  506 tcattattcttggtgacaacaatttttcatccccagtgccacaaacattt 555  Q
    |||||||||||| |   ||||||||||| ||||| || ||| ||||||||    
T  5852693 tcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacattt 5852742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 332 - 559
Target Start/End: Original strand, 5570637 - 5570863
Alignment:
Q  332 aaatctcaccaatattaggaaactgtatctagatagtataagcataacatctctgggacatgaatggagcaatgctttgttgctgctgtgtgacttgcaa 431  Q
    |||||| |||| | ||||||| |||||||||||| || ||||  ||| | ||| |||||| ||||||||  |||||||||| | |||| || || | |||    
T  5570637 aaatctgaccagtcttaggaagctgtatctagatggtgtaagtttaaaagctcagggacaagaatggagtgatgctttgtttccgctgcgtaacctccaa 5570736  T
Q  432 gagttgagcatgtcaaactgtggtctatcaggaccacttgattcttcccctttcaaaactagagaacctatcagtcattattcttggtgacaacaatttt 531  Q
    |  ||||| |||||  | |||| |||||||||||| |||  |||||||| |  ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||| ||||     
T  5570737 gtattgagtatgtcttattgtgatctatcaggacccctttcttcttccc-taacaagactaaagaacctatcagtcattattcttgatgggaactatttc 5570835  T
Q  532 tcatccccagtgccacaaacattttcca 559  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  5570836 tcatccctagtgccagaaacattttcca 5570863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 357 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 5605786 - 5605589
Alignment:
Q  357 tatctagatagtataagcataacatctctgggacatgaatggagcaatgctttgttgctgctgtgtgacttgcaagagttgagcatgtcaaactgtggtc 456  Q
    ||||||||| ||||||| ||| || |||  ||| |||||||||||| |  |||||||| |||  ||||| | ||||| ||  | |||||| ||||||||     
T  5605786 tatctagatggtataagtataccagctcaaggatatgaatggagcagtcttttgttgccgctccgtgacctacaagaattaggtatgtcagactgtggtt 5605687  T
Q  457 tatcaggaccacttgattcttcccctttcaaaactagagaacctatcagtcattattcttggtgacaacaatttttcatccccagtgccacaaacattt 555  Q
    | |||||||| ||||||||||||| |  |||   |||||||| |||| |||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5605686 tttcaggaccccttgattcttccc-tagcaaggttagagaacttatctgtcattcttcttgatgggaacaatttttcatccccagtgccagaaacattt 5605589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 19 - 165
Target Start/End: Original strand, 5847402 - 5847548
Alignment:
Q  19 ttacatgtgacaatgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggatttaactattcaagtagtcttttcagtcttcaaca 118  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||  |||    |||||||||||| | ||||||| |||||||| ||| | |||    
T  5847402 ttacctgtgacaatgagggatatgttattggccttgacctgagtgaagaatctatttcaggtggatttaacgaatcaagtattcttttcaatctcctaca 5847501  T
Q  119 tctccaaaatctgaacttggctaataacaatttcaattcttccattc 165  Q
    |||| |  | |||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||    
T  5847502 tctcaaggaactgaacttggctcataattatttaaattcttccattc 5847548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 36 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 5554216 - 5553968
Alignment:
Q  36 ggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggatttaactattcaagtagtcttttcagtcttcaacatctccaaaatctgaact 135  Q
    ||||| || |||||||| ||| | ||||| ||| ||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||  | |||||||| || ||||| |    
T  5554216 ggacaagtgattggcctcgacttaagtgaagaacatatccatggtggatttgatagttcaagtagtcttttcagtctcgatcatctccagaaactgaatt 5554117  T
Q  136 tggctaataacaatttcaattcttccattccatcaggattcggcaagttgaagaaattgacttatctgaatatgtcagaggctagctttgtggggcagat 235  Q
    ||||| |||||   ||| |  ||| ||||||||||||||||  ||| |||  ||  |||| |||||| ||| | ||| | || ||||||  |||  ||||    
T  5554116 tggcttataacttgttcgaaactttcattccatcaggattcaacaaattggtgatgttgaattatcttaatttttcacacgcaagctttcagggtgagat 5554017  T
Q  236 tccaattgagatttctcatcttacaaggttggttactcttgatatctct 284  Q
    ||| || || ||||| || |||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  5554016 tcctatagatatttcacagcttacaaatttgattactcttgatatctct 5553968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 390 - 453
Target Start/End: Original strand, 251992 - 252055
Alignment:
Q  390 catgaatggagcaatgctttgttgctgctgtgtgacttgcaagagttgagcatgtcaaactgtg 453  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||    
T  251992 catgaatggggcaatgctttgttgccgctgtgtgatctgcaagagttgagcatgtctaactgtg 252055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 24 - 146
Target Start/End: Original strand, 5852194 - 5852316
Alignment:
Q  24 tgtgacaatgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggatttaactattcaagtagtcttttcagtcttcaacatctcc 123  Q
    ||||||| ||| ||||| || |||||||||||| | ||||| |||||||||  || ||| ||| |  ||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  5852194 tgtgacagtgaaggacaagtgattggccttgacttgagtgaagaagatatctctgatggttttgataattcaagtagtcttttcagtctcgaacatctcc 5852293  T
Q  124 aaaatctgaacttggctaataac 146  Q
    | || ||||| |||||| |||||    
T  5852294 agaaactgaatttggcttataac 5852316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 91 - 155
Target Start/End: Original strand, 251823 - 251887
Alignment:
Q  91 attcaagtagtcttttcagtcttcaacatctccaaaatctgaacttggctaataacaatttcaat 155  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||    
T  251823 attcaagtagtcttttctgtctccaacatctccaaaaactgaatttggctgctaacaatttcaat 251887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 484 - 559
Target Start/End: Original strand, 5538925 - 5539000
Alignment:
Q  484 tcaaaactagagaacctatcagtcattattcttggtgacaacaatttttcatccccagtgccacaaacattttcca 559  Q
    |||| ||||||||| |||||  |||||||||| | ||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||    
T  5538925 tcaagactagagaatctatcgatcattattctcgatggaaacaatttttcttccccagtgcctgaaacattttcca 5539000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 246 - 278
Target Start/End: Original strand, 5352533 - 5352565
Alignment:
Q  246 atttctcatcttacaaggttggttactcttgat 278  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5352533 atttctcaccttacaaggttggttactcttgat 5352565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 86; Significance: 8e-41; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 1486273 - 1486008
Alignment:
Q  19 ttacatgtgacaatgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggatttaactattcaagtagtcttttcagtcttcaaca 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||   |||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  1486273 ttacttgtgacaatgagggacatgttattgaccttgaccttagtgaagaatcaatcactggtggatttaacaattcaagtagtctttttagtctccaaca 1486174  T
Q  119 tctccaaaatctgaacttggctaataacaatttcaattcttccattccatcaggattcggcaagttgaagaaattgacttatctgaatatgtcagaggct 218  Q
    |||| | |  || ||||| ||| | ||||  |||||||||  ||| ||||||||||||  ||| |||  ||  |||| |||| ||||| ||||| | |||    
T  1486173 tctcgagagactcaacttagctgaaaacagattcaattctctcatcccatcaggattcaacaaattggtgatgttgaattatttgaatttgtcacatgct 1486074  T
Q  219 agctttgtggggcagattccaattgagatttctcatcttacaaggttggttactcttgatatctct 284  Q
    |||||||| ||| ||||||| || |||||||| || |||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  1486073 agctttgtaggggagattcctatagagatttcacaacttacaaatttggttactcttgatttctct 1486008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 387 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 1485892 - 1485725
Alignment:
Q  387 ggacatgaatggagcaatgctttgttgctgctgtgtgacttgcaagagttgagcatgtcaaactgtggtctatcaggaccacttgattcttcccctttca 486  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||  |||||| ||||||||||   || ||| |||||||||||||  ||||||| | ||||||||    
T  1485892 ggacatgaatggagcaatgccttgttgccgctgcgtgagctgcaagtgttgagcatgagcaattgtagtctatcaggacccgttgattcct-ccctttca 1485794  T
Q  487 aaactagagaacctatcagtcattattcttggtgacaacaatttttcatccccagtgccacaaacattt 555  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||||||| | | |||||| ||||||| ||| | ||| ||||||||    
T  1485793 aaactagagaacctaaccatcattattcttgataagaacaatctttcatcgccaattccagaaacattt 1485725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 2)
Name: scaffold0454
Description:

Target: scaffold0454; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 1458 - 1191
Alignment:
Q  19 ttacatgtgacaatgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggatttaactattcaagtagtc-ttttcagtcttcaac 117  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||   |||  ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||    
T  1458 ttacttgtgacaatgagggacatgttattgaccttgaccttagtgaagaatcaatcactggtggatttaacaattcaagtagtcttttttagtctccaac 1359  T
Q  118 atctccaaaatctgaacttggctaataacaatttcaattcttccattccatcaggattcggcaagttgaagaaattg-acttatctgaatatgtcagagg 216  Q
    ||||| | |  || ||||| ||| | ||||  |||||||||  ||| ||||||||||||  ||| |||  ||  ||| | |||| ||||| ||||| | |    
T  1358 atctcgagagactcaacttagctgaaaacagattcaattctctcatcccatcaggattcaacaaattggtgatgttgaatttatttgaatttgtcacatg 1259  T
Q  217 ctagctttgtggggcagattccaattgagatttctcatcttacaaggttggttactcttgatatctct 284  Q
    |||||||||| ||| ||||||| || |||||||| || |||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  1258 ctagctttgtaggggagattcctatagagatttcacaacttacaaatttggttactcttgatttctct 1191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 387 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 1074 - 907
Alignment:
Q  387 ggacatgaatggagcaatgctttgttgctgctgtgtgacttgcaagagttgagcatgtcaaactgtggtctatcaggaccacttgattcttcccctttca 486  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||  |||||| ||||||||||   || ||| |||||||||||||  ||||||| | ||||||||    
T  1074 ggacatgaatggagcaatgccttgttgccgctgcgtgagctgcaagtgttgagcatgagcaattgtagtctatcaggacccgttgattcct-ccctttca 976  T
Q  487 aaactagagaacctatcagtcattattcttggtgacaacaatttttcatccccagtgccacaaacattt 555  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||||||| | | |||||| ||||||| ||| | ||| ||||||||    
T  975 aaactagagaacctaaccatcattattcttgataagaacaatctttcatcgccaattccagaaacattt 907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University