View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9404_low_10 (Length: 312)

Name: NF9404_low_10
Description: NF9404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9404_low_10
NF9404_low_10
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (1-312)||(23266349-23266660)
chr6 (5-302)||(23251828-23252125)
chr6 (5-302)||(23247416-23247713)
chr6 (2-305)||(23257801-23258104)
chr6 (2-291)||(23586957-23587246)
chr6 (5-302)||(23283477-23283774)
chr6 (2-219)||(23391342-23391559)
chr6 (2-201)||(23583164-23583362)
chr6 (5-222)||(23289870-23290087)
chr6 (2-291)||(23633991-23634280)
chr6 (1-203)||(23506899-23507101)
chr6 (2-222)||(23594092-23594312)
chr6 (159-222)||(23506718-23506781)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (95-153)||(3996385-3996443)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (95-156)||(41521739-41521800)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 23266660 - 23266349
Alignment:
Q  1 attcaaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggagcccaacacgaagactagaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23266660 attcaaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacacgaagactagaatt 23266561  T
Q  101 tggctaggaacttttccaacagctgatatggcagcccgagcccatgatgttgctgcgatggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaattttgcagact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23266560 tggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgctgcgatggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaattttgcagatt 23266461  T
Q  201 cggtgtggcggcttcctattccagcaacttcctcaataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgccgaagcttttagaccagacaatactataat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23266460 cggtgtggcggcttcctattccagcaacttcctcaataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgccgaagcttttagaccagacaatactataat 23266361  T
Q  301 gattaccaacat 312  Q
    ||||||||||||    
T  23266360 gattaccaacat 23266349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 5 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 23252125 - 23251828
Alignment:
Q  5 aaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggagcccaacacgaagactagaatttggc 104  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||    
T  23252125 aaggaaactcgtcaccctgtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaatgagggagccgaacacaaagaataggatttggc 23252026  T
Q  105 taggaacttttccaacagctgatatggcagcccgagcccatgatgttgctgcgatggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaattttgcagactcggt 204  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23252025 taggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgccgcgatagcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggt 23251926  T
Q  205 gtggcggcttcctattccagcaacttcctcaataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgccgaagcttttagaccagacaatactataatga 302  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23251925 gtggcgccttcctattccagcaacttccgcgataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgccgaagcttttagaccagacaatactttaatga 23251828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 5 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 23247713 - 23247416
Alignment:
Q  5 aaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggagcccaacacgaagactagaatttggc 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||    
T  23247713 aaggaaactcgccacccggtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaatgagggagccgaacacaaagaataggatttggc 23247614  T
Q  105 taggaacttttccaacagctgatatggcagcccgagcccatgatgttgctgcgatggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaattttgcagactcggt 204  Q
    | ||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  23247613 tgggaacttttccaacaccggagatggctgcccgagcccacgatgttgctgcaatggcattgaggggccgctatgcctgtctcaatttctcagactcggt 23247514  T
Q  205 gtggcggcttcctattccagcaacttcctcaataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgccgaagcttttagaccagacaatactataatga 302  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23247513 gtggcgccttcctattccagcaacttccgcaataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagcggccgaagcttttagaccagacaatactttaatga 23247416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 2 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 23258104 - 23257801
Alignment:
Q  2 ttcaaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggagcccaacacgaagactagaattt 101  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||    
T  23258104 ttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggattt 23258005  T
Q  102 ggctaggaacttttccaacagctgatatggcagcccgagcccatgatgttgctgcgatggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaattttgcagactc 201  Q
    |||| || |||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23258004 ggctggggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgccgcaatggcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactc 23257905  T
Q  202 ggtgtggcggcttcctattccagcaacttcctcaataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgccgaagcttttagaccagacaatactataatg 301  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| |  |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  23257904 ggtgtggcgccttcctattccagcaacttccgcgataaaagatattcaaaaggcggctgctgaagctgccgaagcttttagaccagacaagactttaatg 23257805  T
Q  302 atta 305  Q
    ||||    
T  23257804 atta 23257801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 2 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 23587246 - 23586957
Alignment:
Q  2 ttcaaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggagcccaacacgaagactagaattt 101  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||    
T  23587246 ttcaaggaaactcgccacccagtctatagaggagtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggagcctaacaagaagactaagattt 23587147  T
Q  102 ggctaggaacttttccaacagctgatatggcagcccgagcccatgatgttgctgcgatggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaattttgcagactc 201  Q
    ||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  23587146 ggctagggacttttccaactgccgagatggcagcccgtgcccacgatgttgctgcaatggcattgaggggccgctacgcttgtctcaactttgcagactc 23587047  T
Q  202 ggtgtggcggcttcctattccagcaacttcctcaa-taaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgccgaagcttttagaccagacaa 291  Q
     | ||||||||| || |  || ||||| | |||||  ||| ||||| |||||||| |||||| | |||||||| ||||| |||||||||||    
T  23587046 agcgtggcggctccccaaacctgcaac-tactcaagcaaaggatatacaaaaggctgctacagaggccgccgaggctttcagaccagacaa 23586957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 5 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 23283774 - 23283477
Alignment:
Q  5 aaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggagcccaacacgaagactagaatttggc 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||    
T  23283774 aaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaaagactaggatttggc 23283675  T
Q  105 taggaacttttccaacagctgatatggcagcccgagcccatgatgttgctgcgatggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaattttgcagactcggt 204  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || || ||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  23283674 tagggacttttccaacggctgagatggctgcacgagcacacgacgttgcagccatggcattaaggggccgctatgcctgtctcaactttgcagactcggt 23283575  T
Q  205 gtggcggcttcctattccagcaacttcctcaataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgccgaagcttttagaccagacaatactataatga 302  Q
    |||| ||||||||||||| ||  |  |   |  |||||| ||||||| ||||||| || |||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  23283574 gtggaggcttcctattcctgcctccgctgaagcaaaagacattcaaagggcagctgcagaagccgccgaggctttcagaccagacaagactttaatga 23283477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 23391559 - 23391342
Alignment:
Q  2 ttcaaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggagcccaacacgaagactagaattt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || | |||||||| |||||    
T  23391559 ttcaaggagactcgccacccggtatataggggtgtgaggaaaagaaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaaccaaataagaagactaaaattt 23391460  T
Q  102 ggctaggaacttttccaacagctgatatggcagcccgagcccatgatgttgctgcgatggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaattttgcagactc 201  Q
    ||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23391459 ggctaggcacttttccaactgcggagatggcagcccgagcacatgatgttgccgcaatggcattgaggggccgctacgcctgtctcaactttgcagactc 23391360  T
Q  202 ggtgtggcggcttcctat 219  Q
     | ||||||||| |||||    
T  23391359 cgcgtggcggctccctat 23391342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 2 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 23583362 - 23583164
Alignment:
Q  2 ttcaaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggagcccaacacgaagactagaattt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||  ||||    
T  23583362 ttcaaggagactcgccacccggtctataggggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgaggaagcctaacaagaagactaagattt 23583263  T
Q  102 ggctaggaacttttccaacagctgatatggcagcccgagcccatgatgttgctgcgatggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaattttgcagactc 201  Q
    ||||||| ||||||||||| || || |||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23583262 ggctagggacttttccaactgcggagatggcaacccgtgcccacgatgttgctgcaatggcattga-gggccgctacgcctgtctcaactttgcagactc 23583164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 23290087 - 23289870
Alignment:
Q  5 aaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggagcccaacacgaagactagaatttggc 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || | ||||||||| |||||||    
T  23290087 aaggagactcgccacccggtgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaaccaaataagaagactaggatttggc 23289988  T
Q  105 taggaacttttccaacagctgatatggcagcccgagcccatgatgttgctgcgatggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaattttgcagactcggt 204  Q
    |||| |||||| ||||||| || ||||| ||||| || || || ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  23289987 tagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcagcaattgcattgaggggccgctacgcctgtctcaactttgcagactcggc 23289888  T
Q  205 gtggcggcttcctattcc 222  Q
    ||||  ||||||||||||    
T  23289887 gtggaagcttcctattcc 23289870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 2 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 23634280 - 23633991
Alignment:
Q  2 ttcaaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggagcccaacacgaagactagaattt 101  Q
    |||||||| || |||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||    
T  23634280 ttcaaggagacacgccacccggtgtacaggggtgtgaggaggaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggagcctaacaagaagactaagattt 23634181  T
Q  102 ggctaggaacttttccaacagctgatatggcagcccgagcccatgatgttgctgcgatggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaattttgcagactc 201  Q
    ||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||| |||||||| || ||  ||||||| || |||||| |||||||||| |||||||| |||||    
T  23634180 ggctagggacttttccaacggccgagatggcagcacgagcacatgatgtcgcggcattggcattaagaggtcgcaacgcctgtcttaattttgctgactc 23634081  T
Q  202 ggtgtggcggcttcctattccagcaacttcctcaataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgccgaagcttttagaccagacaa 291  Q
     |  | ||||||||||||||| || ||| |    | || |||||| |||||| | ||| || |||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  23634080 tgcctcgcggcttcctattcctgccactacagagacaagagatatacaaaagacggctgcagaagctgccgaggctttcagaccagacaa 23633991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 23507101 - 23506899
Alignment:
Q  1 attcaaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggagcccaacacgaagactagaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||| ||||||||||||| |||||||| ||  |||| ||||  ||||| |  |||    
T  23507101 attcaaggaaactcgccacccggtgtataggggtgtgaggagtaggaacctagataaatgggtgtgtgaaataagacagcctaacaaaaagaccaagatt 23507002  T
Q  101 tggctaggaacttttccaacagctgatatggcagcccgagcccatgatgttgctgcgatggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaattttgcagact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||  |||| ||||  ||| || ||||||||||||| ||||||||||    
T  23507001 tggctaggaacttttccaacagccgagatggcagctcgggcccatgatgttgcggcactggcgttgaaaggtggcgacgcctgtctcaactttgcagact 23506902  T
Q  201 cgg 203  Q
    |||    
T  23506901 cgg 23506899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 23594312 - 23594092
Alignment:
Q  2 ttcaaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggagcccaacacgaagactagaattt 101  Q
    |||||||  ||| |||||||| | ||||| ||||| ||||  ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||| || |||||  || |    
T  23594312 ttcaaggtgacttgccacccgatctataggggtgtgaggagtaggaatttaggtaaatgggtgtgtgaaatgagggagcctaacaagatgactaagatat 23594213  T
Q  102 ggctaggaacttttccaacagctgatatggcagcccgagcccatgatgttgctgcgatggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaattttgcagactc 201  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| |||| ||| |||||||||||||| ||  |  |||||||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  23594212 ggctaggaacttttccaatggctgagatggaagcacgagcccatgatgtcgcgacattggcattgagaggttgttacgcttgtctcaactttgcagactc 23594113  T
Q  202 ggtgtggcggcttcctattcc 222  Q
     |  |||||||| | ||||||    
T  23594112 tgcatggcggctccttattcc 23594092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 159 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 23506781 - 23506718
Alignment:
Q  159 tggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcggcttcctattcc 222  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  23506781 tggcattaagaggtcgcaacgcctgtctcaactttgcagactcggcctcgcggcttcctattcc 23506718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 95 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 3996443 - 3996385
Alignment:
Q  95 agaatttggctaggaacttttccaacagctgatatggcagcccgagcccatgatgttgc 153  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| | || |||||||| ||||||||||| |||||    
T  3996443 agaatttggctaggcacttatccaacacccgagatggcagctcgagcccatgacgttgc 3996385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 156
Target Start/End: Original strand, 41521739 - 41521800
Alignment:
Q  95 agaatttggctaggaacttttccaacagctgatatggcagcccgagcccatgatgttgctgc 156  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||  |||| |||||||| |||||    
T  41521739 agaatttggctcggaacttttccaactcctgatatggctgctagagctcatgatgtggctgc 41521800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University