View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF9404_low_24 (Length: 203)
Name: NF9404_low_24
Description: NF9404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9404_low_24 |
 | |
|
| [»] scaffold0525 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0586 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 172; Significance: 1e-92; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Original strand, 55292322 - 55292493
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
55292322 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
55292421 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgat |
185 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
55292422 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgat |
55292493 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 10554638 - 10554467
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
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| T |
10554638 |
cagagaggatgtttataatgtttattgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
10554539 |
T |
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| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgat |
185 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10554538 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgat |
10554467 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 54973589 - 54973417
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
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|
|
| T |
54973589 |
cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc |
54973490 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttg-attgaatatgat |
185 |
Q |
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||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
54973489 |
gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgat |
54973417 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 54976199 - 54976027
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
54976199 |
cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc |
54976100 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttg-attgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
54976099 |
gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgat |
54976027 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 54978809 - 54978637
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
54978809 |
cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc |
54978710 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttg-attgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
54978709 |
gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgat |
54978637 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 17 - 180
Target Start/End: Original strand, 15686021 - 15686184
Alignment:
| Q |
17 |
agaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgtt |
116 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15686021 |
agaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggatatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgtt |
15686120 |
T |
|
| Q |
117 |
gtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaat |
180 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15686121 |
gtatatgatggttattattgctgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaat |
15686184 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 8523135 - 8522963
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8523135 |
cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc |
8523036 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttg-attgaatatgat |
185 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
8523035 |
gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgat |
8522963 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Original strand, 16278008 - 16278179
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
16278008 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgtttatatgagtcctactt |
16278107 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgat |
185 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16278108 |
gttgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttgttgattgaatatgat |
16278179 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Original strand, 53387620 - 53387789
Alignment:
| Q |
16 |
gagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt |
115 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
53387620 |
gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt |
53387719 |
T |
|
| Q |
116 |
tgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
53387720 |
tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgat |
53387789 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 41791875 - 41791703
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41791875 |
cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc |
41791776 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttg-attgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
41791775 |
gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgat |
41791703 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 14698919 - 14698749
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14698919 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
14698821 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgat |
185 |
Q |
| |
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||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14698820 |
gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgat |
14698749 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 4171227 - 4171057
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4171227 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaaaatgttgatatgagtcctactt |
4171129 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4171128 |
gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgat |
4171057 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 77 - 160
Target Start/End: Original strand, 21189768 - 21189851
Alignment:
| Q |
77 |
ttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta |
160 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || || |||||||||||||| |
|
|
| T |
21189768 |
ttatatgttatgaaagatgttgatatcagttatacttgttgtatatgatgattattattgttggtgacttgctgcttattatta |
21189851 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 31506368 - 31506197
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31506368 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctactt |
31506269 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31506268 |
gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgat |
31506197 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 31503801 - 31503631
Alignment:
| Q |
15 |
agagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttg |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31503801 |
agagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttg |
31503702 |
T |
|
| Q |
115 |
ttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31503701 |
ttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgat |
31503631 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Original strand, 21241573 - 21241745
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21241573 |
cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc |
21241672 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttg-attgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
21241673 |
gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgat |
21241745 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Original strand, 20591005 - 20591174
Alignment:
| Q |
16 |
gagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt |
115 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20591005 |
gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagattttgatatgagtcctacttgt |
20591104 |
T |
|
| Q |
116 |
tgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20591105 |
tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgat |
20591174 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 21239026 - 21239195
Alignment:
| Q |
17 |
agaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgtt |
116 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
21239026 |
agaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgtt |
21239125 |
T |
|
| Q |
117 |
gtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttg-attgaatatgat |
185 |
Q |
| |
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|
| T |
21239126 |
gtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgat |
21239195 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 24504906 - 24504734
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24504906 |
cagagaggatgtttgtaatgtttaatgatgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc |
24504807 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttg-attgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
24504806 |
gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgat |
24504734 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Original strand, 17505687 - 17505856
Alignment:
| Q |
16 |
gagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt |
115 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17505687 |
gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt |
17505786 |
T |
|
| Q |
116 |
tgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgat |
185 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17505787 |
tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgat |
17505856 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 17547527 - 17547358
Alignment:
| Q |
16 |
gagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt |
115 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17547527 |
gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt |
17547428 |
T |
|
| Q |
116 |
tgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17547427 |
tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgat |
17547358 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 16006621 - 16006449
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16006621 |
cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagataattatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc |
16006522 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttg-attgaatatgat |
185 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
16006521 |
gttgtatatgatggttattattgttgtagtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgat |
16006449 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Original strand, 21743203 - 21743373
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21743203 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
21743301 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21743302 |
gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgat |
21743373 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 14 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 8776563 - 8776410
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
8776563 |
cagaaaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttaatatgagtcctactc |
8776464 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttg |
167 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8776463 |
gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttg |
8776410 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Original strand, 45134823 - 45134995
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45134823 |
cagaaaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc |
45134922 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttg-attgaatatgat |
185 |
Q |
| |
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|
|
| T |
45134923 |
gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgat |
45134995 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Original strand, 6608172 - 6608342
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
6608172 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaac-gaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
6608270 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6608271 |
gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttgttgattgaatatgat |
6608342 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 14 - 167
Target Start/End: Original strand, 7300980 - 7301133
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7300980 |
cagagaggacgtttgtaatgtttaatgacatcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc |
7301079 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttg |
167 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
7301080 |
gttgtatatgatggttattatggtcgttgtctcgctgcttgttattatatgttg |
7301133 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Original strand, 21415144 - 21415294
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
21415144 |
cagagaggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagttaataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatactt |
21415243 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatg |
164 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21415244 |
gttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattattatatg |
21415294 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 26496089 - 26495917
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26496089 |
cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgtaagatgttgatatgagtcctactc |
26495990 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttg-attgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
26495989 |
gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgat |
26495917 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Original strand, 29325138 - 29325310
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29325138 |
cagagaggatgtctgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc |
29325237 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttg-attgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
29325238 |
gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgat |
29325310 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 53 - 126
Target Start/End: Original strand, 27869316 - 27869390
Alignment:
| Q |
53 |
gttgatgaa-caaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatg |
126 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| | ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27869316 |
gttgatgaatcaaaagtggaaataattatatatcatgaaagatgttgatatgagttacacttgttgtatatgatg |
27869390 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0525 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0525
Description:
Target: scaffold0525; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 9374 - 9202
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9374 |
cagagaggatgttggtaaggtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc |
9275 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttg-attgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
9274 |
gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattgttatatgttgttgttgaattgaatatgat |
9202 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 114; Significance: 5e-58; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 20579668 - 20579494
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
20579668 |
cagagaggatgtttgtagtgtttaatgacgtcgacttaggtcgatgaacaaatgaggagatagttatatgttatgaaagatgttgatatgagtcctactc |
20579569 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgc---ttattattatatgttgctgttg-attgaatatgat |
185 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
20579568 |
gttgtatatgatggttattattgttg-tgtctcgctacttattattattatatgttgttgttgaattgaatatgat |
20579494 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0586 (Bit Score: 99; Significance: 5e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0586
Description:
Target: scaffold0586; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 2057 - 1911
Alignment:
| Q |
14 |
cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt |
113 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
2057 |
cagagaggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagttaataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatactt |
1958 |
T |
|
| Q |
114 |
gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta |
160 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||| |
|
|
| T |
1957 |
gttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattatta |
1911 |
T |
|
Back To:
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