View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9406_low_32 (Length: 250)

Name: NF9406_low_32
Description: NF9406
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9406_low_32
NF9406_low_32
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (1-237)||(4629800-4630036)
chr7 (1-237)||(4665826-4666062)
chr7 (4-236)||(4660693-4660928)
chr7 (1-237)||(4652411-4652647)
chr7 (1-237)||(4642595-4642831)
chr7 (1-237)||(4635748-4635984)
chr7 (1-237)||(4671531-4671767)
chr7 (1-233)||(4784824-4785056)
chr7 (1-233)||(4817253-4817485)
chr7 (1-237)||(4698179-4698415)
chr7 (1-236)||(4862781-4863016)
chr7 (1-237)||(4713055-4713291)
chr7 (1-151)||(4847010-4847160)
chr7 (130-182)||(4676951-4677003)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-237)||(18926740-18926964)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 4630036 - 4629800
Alignment:
Q  1 cgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgacta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4630036 cgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgacta 4629937  T
Q  101 cccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4629936 cccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttgg 4629837  T
Q  201 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacct 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4629836 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacct 4629800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 4666062 - 4665826
Alignment:
Q  1 cgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgacta 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| | || |||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||    
T  4666062 cgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgaaaaatggatggcaaaggtttccgactttgggttatccaaggtgggaccgacagggatatcaacta 4665963  T
Q  101 cccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  4665962 cccatgtcagcacgatggtgaaggggagcctcggatatttggatcccgaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcgttcgg 4665863  T
Q  201 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacct 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4665862 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacct 4665826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 4 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 4660928 - 4660693
Alignment:
Q  4 gacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgactaccc 103  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |    
T  4660928 gacgtaaagagcaccaacatattgttggatcacaaatgggtagctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggaccgacagggatatcgactactc 4660829  T
Q  104 at---gtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttgg 200  Q
    ||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  4660828 atcacgtcagcacaatggtgaaggggagccttgggtatttggatccccaatactatatgctccaaaggttaactctaaaatctgaagtgtactcgttcgg 4660729  T
Q  201 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacc 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4660728 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacc 4660693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 4652647 - 4652411
Alignment:
Q  1 cgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgacta 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| ||| | ||  | || |    
T  4652647 cgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaaggatgtctacaa 4652548  T
Q  101 cccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttgg 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||    
T  4652547 cccatgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcgg 4652448  T
Q  201 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacct 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652447 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacct 4652411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 4642831 - 4642595
Alignment:
Q  1 cgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgacta 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  4642831 cgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgaaaaatggatagctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggacctacagggatatcgacta 4642732  T
Q  101 cccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttgg 200  Q
    ||||  ||||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||    
T  4642731 cccacatcagcacaatggtgaaaggaagccttgggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcgttcgg 4642632  T
Q  201 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacct 237  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  4642631 tgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacct 4642595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 4635984 - 4635748
Alignment:
Q  1 cgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgacta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  4635984 cgtgacgtaaagagcaccaacatattgttggatgagaaatggatagctaaggtttctgattttgggttatcaaaggtgggaccgacaggtatatcgacta 4635885  T
Q  101 cccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttgg 200  Q
    |||| |||||||| || || ||||| ||| | || ||||| ||||| || ||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || ||    
T  4635884 cccacgtcagcacaattgttaagggaagcttggggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggcttactcttaaatcagacgtgtactcattcgg 4635785  T
Q  201 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacct 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4635784 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacct 4635748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 4671767 - 4671531
Alignment:
Q  1 cgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgacta 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||    
T  4671767 cgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatggatagctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggacccacggggataacaacta 4671668  T
Q  101 cccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttgg 200  Q
    |||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||    
T  4671667 cccacgtcagcacaatggtgaaaggaagccttgggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcattcgg 4671568  T
Q  201 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacct 237  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  4671567 tgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacct 4671531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 4784824 - 4785056
Alignment:
Q  1 cgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgacta 100  Q
    |||||||| ||||| || |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||  |||  |    
T  4784824 cgtgacgtgaagagtacaaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgattttgggttatcaaaagtgggacctacagggatgtcgatga 4784923  T
Q  101 cccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttgg 200  Q
    ||||||||||||| |||||||| || || || || ||||||||||| |||||||| ||||  |||||| | |||||||| ||||| |||||||| || ||    
T  4784924 cccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcgg 4785023  T
Q  201 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 233  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4785024 tgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacc 4785056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 4817253 - 4817485
Alignment:
Q  1 cgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgacta 100  Q
    ||||| || ||||| || |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||  |||  |    
T  4817253 cgtgatgtgaagagtacaaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgattttgggttatcaaaagtgggacctacagggatgtcgatga 4817352  T
Q  101 cccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttgg 200  Q
    ||||||||||||| |||||||| || || || || ||||||||||| |||||||| ||||  |||||  | |||||||| ||||| |||||||| || ||    
T  4817353 cccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaagattgactctaaagtctgatgtgtactctttcgg 4817452  T
Q  201 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 233  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4817453 tgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacc 4817485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 4698179 - 4698415
Alignment:
Q  1 cgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgacta 100  Q
    ||||| || ||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||  |||  |    
T  4698179 cgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatga 4698278  T
Q  101 cccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttgg 200  Q
    |||| |||||||| | ||||||||| || || || ||||| ||||||||||||||  | |  |||||| | || ||||| || ||||||||||| |||||    
T  4698279 cccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactcttttgg 4698378  T
Q  201 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacct 237  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  4698379 tgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacct 4698415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 4863016 - 4862781
Alignment:
Q  1 cgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgacta 100  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||  | |  |    
T  4863016 cgtgacgtgaagagtaccaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtgtctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtctatca 4862917  T
Q  101 cccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttgg 200  Q
    | || ||||||||  |||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||  | |  |||||| | ||||||||||| |||||||| || || ||    
T  4862916 ctcacgtcagcaccgtggtgaagggtagtcttggatatttagatccagaatactaccttcgtcaaaggttgactctaaaatccgacgtgtattctttcgg 4862817  T
Q  201 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacc 236  Q
    ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4862816 tgttgtccttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacc 4862781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 4713055 - 4713291
Alignment:
Q  1 cgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgacta 100  Q
    |||||||| ||||| || || ||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||| | |  |    
T  4713055 cgtgacgttaagagtacaaatatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgatttcggtttatcaaaagtgggaccaacagggatatcaatga 4713154  T
Q  101 cccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttgg 200  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| ||  | |||||||||||||| || | |||  | |   | | | | ||||| || |||||||||||||| || ||    
T  4713155 ctcatgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattcgg 4713254  T
Q  201 tgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacct 237  Q
     || ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4713255 agttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacct 4713291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Original strand, 4847010 - 4847160
Alignment:
Q  1 cgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgacta 100  Q
    |||||||| ||||| || |||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || ||| | |  |    
T  4847010 cgtgacgttaagagtacaaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaaccgggatatcaatga 4847109  T
Q  101 cccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaat 151  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||| ||  | |||||||||||||| ||||    
T  4847110 ctcatgtaagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagaat 4847160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 130 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 4677003 - 4676951
Alignment:
Q  130 cttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatc 182  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  4677003 cttgggtatttggatcctgaatattacatgctccaaaggctaactctaaaatc 4676951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 237
Target Start/End: Original strand, 18926740 - 18926964
Alignment:
Q  13 agcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgactacccatgtcagca 112  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || ||| | ||||||||||||||||    
T  18926740 agcaccaacatattattggatgagaaatgggtggctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggaccaacggggatatcaactacccatgtcagca 18926839  T
Q  113 cgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttggtgtggtgcttct 212  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  18926840 caatggtgaaggggagtcttgggtatttagatcctgagtactatatgctccaaaggcttaccctaaaatctgacgtgtactcattcggtgtggtgcttct 18926939  T
Q  213 tgaggtgttgtgtgctagaccacct 237  Q
    |||||| |||||||| || ||||||    
T  18926940 tgaggtattgtgtgcaaggccacct 18926964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University