View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9411_low_1 (Length: 741)

Name: NF9411_low_1
Description: NF9411
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9411_low_1
NF9411_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (11-680)||(37633029-37633665)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 37633665 - 37633029
Alignment:
Q  11 cacagagatatccatatataagatacagaaacaattgaaattgatttgaaaatgataaaattaacatgtgctatgatcgggtgacgtctccatgccatag 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37633665 cacagagatatccatatataagatacagaaacaattgaaattgaattgaaaatgataaaattaacatgtgctatgatcgggtgacgtctccatgccatag 37633566  T
Q  111 cctcaaaatctaagaaactctgtctcaggctgtggttgaaaacgtcatagctagctagccaaagagatgtggtggtatataaatgttcactgacgggtga 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||  ||||    
T  37633565 cctcaaaatctaagaaactctgtctcaggctgtggttgaaaacgtcatagctagctagccaaaga----------------aatgttcactgactagtga 37633482  T
Q  211 gccaagataaactactagtggcactattatatacaatgctgaatatgttgcagaaagggcacgtgaaatatgtcatttgacaaca---tagaagaagcct 307  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||     || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||    
T  37633481 gccaagatta-ctactagtggcactat-----accatgctgaatatgttgcagaaagggcacgtgaaatgtgtcatttgacaacaacatagaagaagcct 37633388  T
Q  308 acttcatgtataggataggaaatcataaaacttagtaacaaactaactataatgatgataataatgcatgaaataaaatacaacaaattatcacgttatt 407  Q
    |||||||||||||||     ||||||||||| |||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37633387 acttcatgtatagga-----aatcataaaacatagtaacaaactaactataat---------aatgcatgaaataaaatacaacaaattatcacgttatt 37633302  T
Q  408 aacctctaatattttcttttatctatttttctttaaagtgtatacacatatgaatgtatatcaaacatttaccaataaaataatgttaaaaggtagcata 507  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37633301 aacctataatattttcttttatctatttttctttaaagtgtatacacatatgaatgtatatcaaacatttaccaataaaataatgttaaaaggtagcgta 37633202  T
Q  508 ttataacttcatgcacgtgattcttacgtcttcttggatccttcttcaatcacgttgtgtgatgtggtgctctgatttctttaccttctcccacccaatc 607  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37633201 atataacttcatgcacgtgattcttacgtcttcttggatccttcttcaatcacgttgtgtgatgtggtgctctgatttctttaccttctcccacccaatc 37633102  T
Q  608 ttgtcccttgttcgcatgtaattggcaaatctagctatgttctttaataattaagttgcatatacgtgatagc 680  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37633101 ttgtcccttgttcgtatgtaattggcaaatctagctatgttctttaataattaagttgcatatacgtgatagc 37633029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University