View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9411_low_15 (Length: 315)

Name: NF9411_low_15
Description: NF9411
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9411_low_15
NF9411_low_15
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (8-297)||(7193107-7193396)
chr5 (17-272)||(10588273-10588528)
chr5 (22-276)||(10659924-10660178)
chr5 (17-272)||(10652045-10652300)
chr5 (70-273)||(10740541-10740744)
chr5 (23-273)||(10762975-10763225)
chr5 (70-271)||(19605709-19605910)
chr5 (70-273)||(10611874-10612077)
chr5 (23-273)||(10559019-10559269)
chr5 (19-273)||(10604865-10605119)
chr5 (17-273)||(9836170-9836426)
chr5 (70-277)||(10716778-10716985)
chr5 (70-203)||(10565191-10565324)
chr5 (70-197)||(10746933-10747060)
chr5 (70-197)||(11048575-11048702)
chr5 (70-196)||(10216668-10216794)
chr5 (70-266)||(10581167-10581356)
chr5 (80-196)||(9825258-9825374)
chr5 (224-273)||(10746869-10746918)
chr5 (224-271)||(11048513-11048560)
chr5 (221-273)||(9825392-9825444)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (70-196)||(7457-7583)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (70-196)||(12899734-12899860)
chr6 (74-196)||(12932447-12932569)
chr6 (70-196)||(12948808-12948934)
chr6 (70-196)||(12907354-12907480)
chr6 (70-196)||(12958242-12958368)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (74-196)||(17923322-17923444)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (108-192)||(39875815-39875899)
chr1 (108-192)||(39883938-39884022)
chr1 (108-192)||(39890892-39890976)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (87-190)||(28605804-28605907)
chr8 (104-272)||(27723899-27724067)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (74-185)||(31467092-31467203)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 8 - 297
Target Start/End: Original strand, 7193107 - 7193396
Alignment:
Q  8 gagaagcagagaacgttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatca 107  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7193107 gagaatcaaagaacgttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatca 7193206  T
Q  108 ttcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacga 207  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7193207 ttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacga 7193306  T
Q  208 cacctctcatcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtatttttatagactcttaaatcacttg 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7193307 cacctctcatcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtatttttacagactcttaaatcacttg 7193396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 10588528 - 10588273
Alignment:
Q  17 agaacgttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtg 116  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| |||||| || | |||||||| | || | ||||||| ||||||| ||||||||||||   | || |||||||||    
T  10588528 agaacgttggaccttgttcatagattaaatatcactatcgatattgcttctgcactacattatcttcatcatgaatgtgagcaggtggtccttcattgtg 10588429  T
Q  117 atttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctca 216  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  10588428 atataaagccaagcaacgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgaagacacatctca 10588329  T
Q  217 tcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggta 272  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10588328 tcaggaaactagtacaattggaattaaagggactgttggctatgctcctccaggta 10588273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 22 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 10660178 - 10659924
Alignment:
Q  22 gttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgattta 121  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||  |||||| |||||   ||||||||||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||||||| ||    
T  10660178 gttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgctagtgtattacattaccttcatcacgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatcta 10660079  T
Q  122 aagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgag 221  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||    |    
T  10660078 aagccaagtaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagccattgacgatacctctcacaagg 10659979  T
Q  222 aaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtatttt 276  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10659978 aatttagtacaattggaattaaagggactgttggctatgctcctccaggtatttt 10659924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 10652300 - 10652045
Alignment:
Q  17 agaacgttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtg 116  Q
    |||| |||||||||||||||| || ||||||||  |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||    
T  10652300 agaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtg 10652201  T
Q  117 atttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctca 216  Q
    || |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||| |    
T  10652200 atctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagccattgacaatacctctaa 10652101  T
Q  217 tcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggta 272  Q
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10652100 caaggaaactagtacaattggaattaaagggactgttggctatgctcctccaggta 10652045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 70 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 10740744 - 10740541
Alignment:
Q  70 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 169  Q
    ||||||||| ||||| |  |||||||| |||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10740744 attacattatcttcaccaagaatgtgaacaattggtccttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagt 10740645  T
Q  170 gattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccag 269  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||    |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  10740644 gattttggcatagcaagacttgtctcagccattgacgatacctctcacaaggaaactagtacaattggaataaaaggaactgttggctatgctcctccag 10740545  T
Q  270 gtat 273  Q
    ||||    
T  10740544 gtat 10740541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 23 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 10763225 - 10762975
Alignment:
Q  23 ttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaa 122  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  | ||||| |||| | || ||||||||| |||||||  ||||||||||||| | || ||||||||||| |||    
T  10763225 ttggatcttgatcaaagactgaatatcattattgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattggtccttcattgtgatctaa 10763126  T
Q  123 agccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgaga 222  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||   ||  ||||     ||||||| |   ||    
T  10763125 agccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggaatagcaagactagttcaagccattgcttgtacctctcttaagga 10763026  T
Q  223 aactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtat 273  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  10763025 aactagtacaactggaataaaaggaactgttggctatgctcctccaggtat 10762975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 70 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 19605910 - 19605709
Alignment:
Q  70 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 169  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||| |||||||||    
T  19605910 attacattaccttcatcatgaatgtgagcaattggtccttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttattgacgacgatatcgttgcacatgtgagt 19605811  T
Q  170 gattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccag 269  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||   |  |||| | | ||||  || ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  19605810 gattttggcatagcaagacttgtatcttctgctgacaataactcttgtcaagaaactagcacaattggaataaaagggaccattggctatgctcctccag 19605711  T
Q  270 gt 271  Q
    ||    
T  19605710 gt 19605709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 70 - 273
Target Start/End: Original strand, 10611874 - 10612077
Alignment:
Q  70 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 169  Q
    ||||||||| ||||||  |||||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  10611874 attacattatcttcataatgaatgtgagcaattggtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtcctacttgatgatgatatggttgcacatgtgagt 10611973  T
Q  170 gattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgagaa-actagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctcca 268  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  ||||  |   ||||||||  |||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10611974 gattttggcatagcaagacttgtctcggccattggtggttcctctcat-aagaatactaagacaattggaattaaagggactgttggctatgctcctcca 10612072  T
Q  269 ggtat 273  Q
    |||||    
T  10612073 ggtat 10612077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 23 - 273
Target Start/End: Original strand, 10559019 - 10559269
Alignment:
Q  23 ttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaa 122  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||||||  | ||||| |||| | || ||||||||| |||||||  ||||||||||||| | || ||||||||||| |||    
T  10559019 ttggatcttaatcaaagactgaatatcattattgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattggtccttcattgtgatctaa 10559118  T
Q  123 agccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgaga 222  Q
    ||||||||||||||||| |||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |   ||||  |  |||| |   ||    
T  10559119 agccaagcaatgtccttattgatgaagacaatgttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagactcgtctcatctgcggacggtatatctcctaagga 10559218  T
Q  223 aactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtat 273  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10559219 aactagcacaattggaataaaagggactgttggctatgctcctccaggtat 10559269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 273
Target Start/End: Original strand, 10604865 - 10605119
Alignment:
Q  19 aacgttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgat 118  Q
    |||||||||||||| | ||||||| || |||  | ||||| |||| | || ||| ||||| |||||||  |||||||||||||   ||||||||||||||    
T  10604865 aacgttggaccttggtaaaagatttaacatcatttttgatgttgcttctgcattgcattatcttcatcaagaatgtgagcaattagtcattcattgtgat 10604964  T
Q  119 ttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatc 218  Q
     ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    ||||  |  |||||||||     
T  10604965 ctaaagccaagcaatgtcctacttgatgatgatatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagactggtctcgtccattggtggtacctctcata 10605064  T
Q  219 gagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtat 273  Q
     | | |||||||||||||| || ||||| ||| |||| |||||||||||||||||    
T  10605065 taaatactagtacaattgggataaaaggaactgttggatatgctcctccaggtat 10605119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 9836426 - 9836170
Alignment:
Q  17 agaacgttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtg 116  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||| | |||||| |  |||||||||| | || ||||||||| ||||||  |||||||||||||  | ||||||||||||    
T  9836426 agaacattgaaccttgttcaaagactaaatatctccattgatattgcttctgcattacattatcttcattgtgaatgtgagcaagtggtcattcattgtg 9836327  T
Q  117 atttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctca 216  Q
    || | |||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||  ||||||||    
T  9836326 atatcaagccaagcaacatccttctcgatgataacatggttgctcacgtgagtgattttggcatagcaagacttatctcagccattgacggtacctctca 9836227  T
Q  217 tcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtat 273  Q
    |   ||||||||||||| |  |||   |||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9836226 taaggaaactagtacaactacaatatcagggaccattggctatgctcccccaggtat 9836170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 70 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 10716985 - 10716778
Alignment:
Q  70 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 169  Q
    ||||||||| ||||| |  |||||||| ||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  10716985 attacattatcttcaccaagaatgtgaacaattaatcattcattgtgatcttaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgact 10716886  T
Q  170 gattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccag 269  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |   |||||| ||   || || |||||| ||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||    
T  10716885 gattttggcatagcaaaacttgtctcggatattggcattacctctgataaggataccagtacagttggaataaaagggagcattggctatgctcccccag 10716786  T
Q  270 gtattttt 277  Q
    ||||||||    
T  10716785 gtattttt 10716778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 70 - 203
Target Start/End: Original strand, 10565191 - 10565324
Alignment:
Q  70 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 169  Q
    ||||||||| ||||||   ||||||||  ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10565191 attacattatcttcatagagaatgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 10565290  T
Q  170 gattttggcatagcaagacttgtctcagttattg 203  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  10565291 gattttggcatagcaagactcgtctcagctattg 10565324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 70 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 10747060 - 10746933
Alignment:
Q  70 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 169  Q
    ||||||||| ||||| |  |||||||||||||   ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  10747060 attacattatcttcaccaagaatgtgagcaattagtcattcactgtgatctcaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgact 10746961  T
Q  170 gattttggcatagcaagacttgtctcag 197  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
T  10746960 gattttggcatagcaaaacttgtctcag 10746933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 70 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 11048702 - 11048575
Alignment:
Q  70 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 169  Q
    ||||||||| || ||||  ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  11048702 attacattatctgcatcaagaatgtgagcaattgattattcattgtgatctaaagccaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcatgtgagt 11048603  T
Q  170 gattttggcatagcaagacttgtctcag 197  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  11048602 gattttggcattgcaaaacttgtctcag 11048575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 70 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 10216794 - 10216668
Alignment:
Q  70 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 169  Q
    ||||||||| || ||||  ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  10216794 attacattatctgcatcaagaatgtgagcaattgattattcattgtgatctaaagccaagcaatgttcttctgaatgatgacatggttgctcatgtgagt 10216695  T
Q  170 gattttggcatagcaagacttgtctca 196  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||    
T  10216694 gattttggcatagcaacatttgtctca 10216668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 70 - 266
Target Start/End: Original strand, 10581167 - 10581356
Alignment:
Q  70 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 169  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||| | || ||| ||||||| ||||||||||||     |||||||| |||||||||||    |||||||||    
T  10581167 attacattatcttcatcgagaatgtgagcaattggtccttcgttgtgatctaaagccaagcaca---cttcttgatgatgacatggt----catgtgagt 10581259  T
Q  170 gattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgagaa-actagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctc 266  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||  |||   |  ||| |||||  |||| |||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  10581260 gattttggcacagcaagacttgtctcagccatttgtggtaccactcat-aagaatactagtacaactggaataaaaggaacaattggctatgctcctc 10581356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 80 - 196
Target Start/End: Original strand, 9825258 - 9825374
Alignment:
Q  80 cttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggca 179  Q
    ||||||| ||| ||||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||| || || || ||| |||| | ||||||||||||||    
T  9825258 cttcatcgtgattgtgagcaattaatccttcattgtgatataaagccaagtaatatccttgttgatgaagatattgtttctcaggcgagtgattttggca 9825357  T
Q  180 tagcaagacttgtctca 196  Q
    | |||||||||||||||    
T  9825358 ttgcaagacttgtctca 9825374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 224 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 10746918 - 10746869
Alignment:
Q  224 actagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtat 273  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  10746918 actagtacaattggaataaaaggaactgttggctatgctcctccaggtat 10746869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 224 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 11048560 - 11048513
Alignment:
Q  224 actagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggt 271  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  11048560 actagtacaattggaataaaaggaaccattggctacgctcctccaggt 11048513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 221 - 273
Target Start/End: Original strand, 9825392 - 9825444
Alignment:
Q  221 gaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtat 273  Q
    |||||||| ||||||||| | ||||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  9825392 gaaactagcacaattggactaaaagggactgttggatatgctcctccatgtat 9825444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 91; Significance: 4e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 70 - 196
Target Start/End: Original strand, 7457 - 7583
Alignment:
Q  70 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 169  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||||||||  ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7457 attacattaacttcatcgagaatgtgagcaattaatacttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagt 7556  T
Q  170 gattttggcatagcaagacttgtctca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  7557 gattttggcatagcaagacttgtctca 7583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 91; Significance: 4e-44; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 70 - 196
Target Start/End: Original strand, 12899734 - 12899860
Alignment:
Q  70 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 169  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||||||||   || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12899734 attacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtctttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagt 12899833  T
Q  170 gattttggcatagcaagacttgtctca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  12899834 gattttggcatagcaagacttgtctca 12899860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 74 - 196
Target Start/End: Original strand, 12932447 - 12932569
Alignment:
Q  74 cattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgatt 173  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |  ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12932447 cattaccttcatcgagaatgtgagcagttaatccttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgatt 12932546  T
Q  174 ttggcatagcaagacttgtctca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  12932547 ttggcatagcaagacttgtctca 12932569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 70 - 196
Target Start/End: Original strand, 12948808 - 12948934
Alignment:
Q  70 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 169  Q
    ||||||||| |||||||   ||||||||||||   || ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12948808 attacattatcttcatcgataatgtgagcaattagtccttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagt 12948907  T
Q  170 gattttggcatagcaagacttgtctca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  12948908 gattttggcatagcaagacttgtctca 12948934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 70 - 196
Target Start/End: Original strand, 12907354 - 12907480
Alignment:
Q  70 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 169  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||| |  ||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  12907354 attacattatcttcatcgagaatgtgagcagttaatcctccattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatttgagt 12907453  T
Q  170 gattttggcatagcaagacttgtctca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  12907454 gattttggcatagcaagacttgtctca 12907480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 70 - 196
Target Start/End: Original strand, 12958242 - 12958368
Alignment:
Q  70 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 169  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||| |  ||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  12958242 attacattatcttcatcgagaatgtgagcagttaatccttcactgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgatggtgacatggttgctcatgtgagt 12958341  T
Q  170 gattttggcatagcaagacttgtctca 196  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12958342 gattttggaatagcaagacttgtctca 12958368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 74 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 17923444 - 17923322
Alignment:
Q  74 cattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgatt 173  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |  ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17923444 cattaccttcatcgagaatgtgagcagttaatccttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgatt 17923345  T
Q  174 ttggcatagcaagacttgtctca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  17923344 ttggcatagcaagacttgtctca 17923322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 108 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 39875899 - 39875815
Alignment:
Q  108 ttcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgt 192  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  39875899 ttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcttagccagacttgt 39875815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 108 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 39884022 - 39883938
Alignment:
Q  108 ttcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgt 192  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  39884022 ttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcttagccagacttgt 39883938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 108 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 39890976 - 39890892
Alignment:
Q  108 ttcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgt 192  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  39890976 ttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgaagatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcttagccagacttgt 39890892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 87 - 190
Target Start/End: Original strand, 28605804 - 28605907
Alignment:
Q  87 ttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaag 186  Q
    |||||| ||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||    
T  28605804 ttgaatctgagcatccaatcattcattgtgatttaaagccaagcaatattcttcttcataatgacatggttgctcatgtgagtgattttggacaagcaag 28605903  T
Q  187 actt 190  Q
    ||||    
T  28605904 actt 28605907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 104 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 27724067 - 27723899
Alignment:
Q  104 atcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattg 203  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  ||  | ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||| ||||||||  |   |      
T  27724067 atcatccattgtgatttaaaaccaaataacattcttcttgacaatgacatggttgctcgtgttagtgattttggactagcaaaacttgtctgtgccgtca 27723968  T
Q  204 acgacacctctcatcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggta 272  Q
    | | || |||  ||| | | ||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||    
T  27723967 atggcatctccgatctacagactagcacaattggaattaagggaactattggatatgctcctccaggta 27723899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 74 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 31467203 - 31467092
Alignment:
Q  74 cattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgatt 173  Q
    ||||| ||||||| ||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||   ||||| ||||||||||||||||    
T  31467203 cattatcttcatcatgaatgtcagcaacctgtcattcattgtgatttaaagcctagcaacgttcttcttgatgattctatggtagctcatgtgagtgatt 31467104  T
Q  174 ttggcatagcaa 185  Q
    ||||||||||||    
T  31467103 ttggcatagcaa 31467092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University