View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF9413_low_8 (Length: 394)
Name: NF9413_low_8
Description: NF9413
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9413_low_8 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 74 - 380
Target Start/End: Original strand, 33062935 - 33063238
Alignment:
| Q |
74 |
aacacggaacttccaactatcaaacttataagtttcagcgcatgttttagatactgctgaaatcccaataaacattgggccaccatggtccagcatataa |
173 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33062935 |
aacacggaacttccaactatcaaacttataagtttcagcgcatgttttagatactgctgaaattccaataaacattgggccaccatggtccagcatataa |
33063034 |
T |
|
| Q |
174 |
gctcctaaatcaacagaatgattaaacactaatgatgggaacttgtagttgtcaacaacatccttgacaaacactaacagattttgtttatctcctttat |
273 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
33063035 |
gctcctaaatcaacagaatgattaagcactaatgatgggaacttgtagttgt---caacatccttgacaaacactaacagattttgttcatctcctttat |
33063131 |
T |
|
| Q |
274 |
acactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaatccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgt |
373 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33063132 |
acactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaatccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgt |
33063231 |
T |
|
| Q |
374 |
gtctgtg |
380 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
33063232 |
gtctgtg |
33063238 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 74 - 380
Target Start/End: Original strand, 33065116 - 33065419
Alignment:
| Q |
74 |
aacacggaacttccaactatcaaacttataagtttcagcgcatgttttagatactgctgaaatcccaataaacattgggccaccatggtccagcatataa |
173 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33065116 |
aacacggaacttccaactatcaaacttataagtttcagcgcatgttttagatactgctgaaattccaataaacattgggccaccatggtccagcatataa |
33065215 |
T |
|
| Q |
174 |
gctcctaaatcaacagaatgattaaacactaatgatgggaacttgtagttgtcaacaacatccttgacaaacactaacagattttgtttatctcctttat |
273 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
33065216 |
gctcctaaatcaacagaatgattaagcactaatgatgggaacttgtagttgt---caacatccttgacaaacactaacagattttgttcatctcctttat |
33065312 |
T |
|
| Q |
274 |
acactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaatccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgt |
373 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33065313 |
acactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaatccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgt |
33065412 |
T |
|
| Q |
374 |
gtctgtg |
380 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
33065413 |
gtctgtg |
33065419 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 74 - 380
Target Start/End: Original strand, 33066190 - 33066493
Alignment:
| Q |
74 |
aacacggaacttccaactatcaaacttataagtttcagcgcatgttttagatactgctgaaatcccaataaacattgggccaccatggtccagcatataa |
173 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33066190 |
aacacggaacttccaactatcaaacttataagtttcagcgcatgttttagatactgctgaaattccaataaacattgggccaccatggtccagcatataa |
33066289 |
T |
|
| Q |
174 |
gctcctaaatcaacagaatgattaaacactaatgatgggaacttgtagttgtcaacaacatccttgacaaacactaacagattttgtttatctcctttat |
273 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
33066290 |
gctcctaaatcaacagaatgattaagcactaatgatgggaacttgtagttgt---caacatccttgacaaacactaacagattttgttcatctcctttat |
33066386 |
T |
|
| Q |
274 |
acactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaatccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgt |
373 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33066387 |
acactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaatccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgt |
33066486 |
T |
|
| Q |
374 |
gtctgtg |
380 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
33066487 |
gtctgtg |
33066493 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 74 - 380
Target Start/End: Original strand, 33068328 - 33068631
Alignment:
| Q |
74 |
aacacggaacttccaactatcaaacttataagtttcagcgcatgttttagatactgctgaaatcccaataaacattgggccaccatggtccagcatataa |
173 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33068328 |
aacacggaacttccaactatcaaacttataagtttcagcgcatgttttagatactgctgaaattccaataaacattgggccaccatggtccagcatataa |
33068427 |
T |
|
| Q |
174 |
gctcctaaatcaacagaatgattaaacactaatgatgggaacttgtagttgtcaacaacatccttgacaaacactaacagattttgtttatctcctttat |
273 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
33068428 |
gctcctaaatcaacagaatgattaagcactaatgatgggaacttgtagttgt---caacatccttgacaaacactaacagattttgttcatctcctttat |
33068524 |
T |
|
| Q |
274 |
acactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaatccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgt |
373 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33068525 |
acactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaatccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgt |
33068624 |
T |
|
| Q |
374 |
gtctgtg |
380 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
33068625 |
gtctgtg |
33068631 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 74 - 380
Target Start/End: Original strand, 33064030 - 33064333
Alignment:
| Q |
74 |
aacacggaacttccaactatcaaacttataagtttcagcgcatgttttagatactgctgaaatcccaataaacattgggccaccatggtccagcatataa |
173 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33064030 |
aacacggaacttccaactattaaacttataagtttcagcgcatgttttagataccgctgaaattccaataaacattgggccaccatggtccagcatataa |
33064129 |
T |
|
| Q |
174 |
gctcctaaatcaacagaatgattaaacactaatgatgggaacttgtagttgtcaacaacatccttgacaaacactaacagattttgtttatctcctttat |
273 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
33064130 |
gctcctaaatcaacagaatgattaagcactaatgatgggaacttgtagttgtcaac---atccttgacaaacactaacagattttgttcatctcctttat |
33064226 |
T |
|
| Q |
274 |
acactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaatccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgt |
373 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33064227 |
acactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaatccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgt |
33064326 |
T |
|
| Q |
374 |
gtctgtg |
380 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
33064327 |
gtctgtg |
33064333 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 74 - 380
Target Start/End: Original strand, 33067276 - 33067579
Alignment:
| Q |
74 |
aacacggaacttccaactatcaaacttataagtttcagcgcatgttttagatactgctgaaatcccaataaacattgggccaccatggtccagcatataa |
173 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
33067276 |
aacacggaacttccaactatcaaacttataagtttcagcgcatgttttagatactgctgaaattccaataaacattgggccaccatggttcagcatataa |
33067375 |
T |
|
| Q |
174 |
gctcctaaatcaacagaatgattaaacactaatgatgggaacttgtagttgtcaacaacatccttgacaaacactaacagattttgtttatctcctttat |
273 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
33067376 |
gctcctaaatcaacagaatgattaagcactaatgatggaaacttgtagttgtcaac---atccttgacaaacactaacagattttgttcatctcctttat |
33067472 |
T |
|
| Q |
274 |
acactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaatccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgt |
373 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33067473 |
acactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaatccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgt |
33067572 |
T |
|
| Q |
374 |
gtctgtg |
380 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
33067573 |
gtctgtg |
33067579 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 74 - 380
Target Start/End: Original strand, 33069414 - 33069717
Alignment:
| Q |
74 |
aacacggaacttccaactatcaaacttataagtttcagcgcatgttttagatactgctgaaatcccaataaacattgggccaccatggtccagcatataa |
173 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33069414 |
aacacggaacttccaactatcaaacttataagtttcagcgcatgttttagatactgctgaaattccaataaacattgggccaccatggtccagcatataa |
33069513 |
T |
|
| Q |
174 |
gctcctaaatcaacagaatgattaaacactaatgatgggaacttgtagttgtcaacaacatccttgacaaacactaacagattttgtttatctcctttat |
273 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
33069514 |
gctcctaaatcaacagaatgattaagcactaatgatgggaacttgtagttgt---caacatccttgataaacactaacagattttgttcatctcctttat |
33069610 |
T |
|
| Q |
274 |
acactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaatccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgt |
373 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33069611 |
acactatttgaactttgattttcttagcaatgtgaaggttgaaatccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgt |
33069710 |
T |
|
| Q |
374 |
gtctgtg |
380 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
33069711 |
gtctgtg |
33069717 |
T |
|
Back To:
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