View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9420_low_12 (Length: 382)
Name: NF9420_low_12
Description: NF9420
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9420_low_12 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 368
Target Start/End: Original strand, 4970489 - 4970851
Alignment:
| Q |
1 |
catcttgatctaattcatattcatattcatatacattttgttaatttatgtttttgtgataattttcaggtacaaatatttcttgaggataattgtgcga |
100 |
Q |
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| T |
4970489 |
catcttgatctaattcatattcatattcatatacattttgttaatttatgtttttgtgataattttcaggtacaaatatttcttgaggataattgagaga |
4970588 |
T |
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| Q |
101 |
aagatatattgattagaggctacattgttatgtctttgttaaatatattgtaacaaagagataacattgtaaaaatgagggatcctgatatgatcatagg |
200 |
Q |
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| T |
4970589 |
aagatatattgattagaggctacattgctatgtctttgttaaatatattgtaacaaagagataacattgtaaaaatgagggatcctgatatgatcatagg |
4970688 |
T |
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| Q |
201 |
acctcaacaactttaatttctattgtaataatataagnnnnnnnnnncctagttagtaactttcttcagcttcatccaaggatttttgcattaaggtggc |
300 |
Q |
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| T |
4970689 |
acctcaacaactttaatttctattg---taatataag--ttttttttcctagttagtaactttcttcagcttcatccaaggattttagcattaaggtggc |
4970783 |
T |
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| Q |
301 |
attggctacacaagaaatgggaatgagatgtaacacatttggattttggtttagagtttatatttgct |
368 |
Q |
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| T |
4970784 |
attggctacacaagaaatgggaatgagatgtaacacatttggattttggtttagagtttatatttgct |
4970851 |
T |
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Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 368
Target Start/End: Original strand, 4988398 - 4988760
Alignment:
| Q |
1 |
catcttgatctaattcatattcatattcatatacattttgttaatttatgtttttgtgataattttcaggtacaaatatttcttgaggataattgtgcga |
100 |
Q |
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| T |
4988398 |
catcttgatctaattcatattcatattcatatacattttgttaatttatgtttttgtgataattttcaggtacaaatatttcttgaggataattgagaga |
4988497 |
T |
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| Q |
101 |
aagatatattgattagaggctacattgttatgtctttgttaaatatattgtaacaaagagataacattgtaaaaatgagggatcctgatatgatcatagg |
200 |
Q |
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| T |
4988498 |
aagatatattgattagaggctacattgctatgtctttgttaaatatattgtaacaaagagataacattgtaaaaatgagggatcctgatatgatcatagg |
4988597 |
T |
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| Q |
201 |
acctcaacaactttaatttctattgtaataatataagnnnnnnnnnncctagttagtaactttcttcagcttcatccaaggatttttgcattaaggtggc |
300 |
Q |
| |
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| T |
4988598 |
acctcaacaactttaatttctattg---taatataag--ttttttttcctagttagtaactttcttcagcttcatccaaggattttagcattaaggtggc |
4988692 |
T |
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| Q |
301 |
attggctacacaagaaatgggaatgagatgtaacacatttggattttggtttagagtttatatttgct |
368 |
Q |
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| T |
4988693 |
attggctacacaagaaatgggaatgagatgtaacacatttggattttggtttagagtttatatttgct |
4988760 |
T |
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