View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9427_low_26 (Length: 324)

Name: NF9427_low_26
Description: NF9427
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9427_low_26
NF9427_low_26
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (19-314)||(24150181-24150476)
chr3 (19-314)||(26005207-26005502)
chr3 (19-314)||(19551511-19551806)
chr3 (19-314)||(26292917-26293212)
chr3 (19-315)||(36054365-36054662)
chr3 (19-314)||(30589282-30589577)
chr3 (19-313)||(38629165-38629454)
chr3 (19-315)||(35731308-35731607)
chr3 (20-308)||(50899779-50900073)
chr3 (118-314)||(23753989-23754185)
chr3 (19-195)||(26556415-26556591)
chr3 (118-314)||(23697413-23697609)
chr3 (118-314)||(23715869-23716065)
chr3 (118-314)||(23734325-23734521)
chr3 (19-163)||(2125052-2125196)
chr3 (19-83)||(23754180-23754244)
chr3 (19-83)||(23697604-23697668)
chr3 (19-83)||(23716060-23716124)
chr3 (19-83)||(23734516-23734580)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (19-314)||(43489326-43489620)
chr8 (19-314)||(29259623-29259918)
chr8 (19-314)||(41386214-41386510)
chr8 (19-314)||(10795719-10796014)
chr8 (20-314)||(4655514-4655807)
chr8 (19-314)||(7148481-7148776)
chr8 (19-314)||(43604716-43605011)
chr8 (19-314)||(40264628-40264924)
chr8 (19-313)||(2113237-2113529)
chr8 (24-308)||(9457958-9458242)
chr8 (19-299)||(41964936-41965217)
chr8 (37-315)||(42275400-42275678)
chr8 (276-314)||(41965406-41965444)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (19-314)||(47913678-47913973)
chr7 (19-315)||(27418003-27418300)
chr7 (19-314)||(47912680-47912975)
chr7 (19-314)||(35089452-35089747)
chr7 (19-314)||(43057023-43057318)
chr7 (19-314)||(33474929-33475226)
chr7 (19-314)||(152298-152594)
chr7 (19-308)||(30111239-30111524)
chr7 (19-314)||(12252782-12253060)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (19-314)||(8583356-8583651)
chr4 (19-314)||(42217792-42218087)
chr4 (19-314)||(3435321-3435616)
chr4 (19-314)||(42315314-42315610)
chr4 (52-314)||(7820491-7820753)
chr4 (19-199)||(56398552-56398740)
chr4 (73-174)||(44930371-44930472)
chr4 (191-314)||(56397850-56397973)
chr4 (52-155)||(7808724-7808827)
chr4 (253-314)||(44930321-44930382)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (19-314)||(45318908-45319203)
chr1 (19-314)||(52705832-52706127)
chr1 (19-314)||(26882171-26882466)
chr1 (19-314)||(45535198-45535497)
chr1 (19-134)||(14389005-14389120)
chr1 (29-176)||(39758447-39758602)
chr1 (29-176)||(39763801-39763956)
chr1 (265-308)||(39758389-39758432)
chr1 (265-308)||(39763743-39763786)
chr1 (129-164)||(14387660-14387695)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (19-314)||(81130-81425)
[»] scaffold0153 (1 HSPs)
scaffold0153 (19-314)||(34162-34457)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (20-314)||(3109705-3109998)
chr6 (19-308)||(29865098-29865387)
chr6 (19-315)||(6476100-6476370)
[»] scaffold0237 (1 HSPs)
scaffold0237 (19-308)||(20793-21082)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (19-299)||(42626757-42627037)
chr2 (19-290)||(21736019-21736290)
chr2 (19-314)||(7487498-7487798)
chr2 (20-244)||(6288902-6289126)
chr2 (19-314)||(45547375-45547647)
chr2 (157-314)||(29941392-29941549)
chr2 (63-280)||(35172018-35172220)
chr2 (19-92)||(29941549-29941622)
chr2 (19-66)||(35171785-35171832)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (19-306)||(13950146-13950431)
chr5 (19-314)||(3603820-3604112)
chr5 (130-314)||(40411036-40411220)
chr5 (19-140)||(11633040-11633161)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 24150181 - 24150476
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24150181 gattgatcttaaaatttttggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 24150280  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24150281 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttataataatttgatatatagatagatggtaaat 24150380  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||| |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24150381 taaccacaagattatacagtacattcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 24150476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 26005207 - 26005502
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26005207 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaaccaaaaattaagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 26005306  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26005307 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 26005406  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||        ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26005407 taaccacaagattatacggtacattcttttttttaattaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 26005502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 19551511 - 19551806
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19551511 gattgatcttaaaaattctgaacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattcaaaaatgca 19551610  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19551611 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataatactaatgaacgtaaagttttaatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 19551710  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||| |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19551711 taaccacaagattatacagtacattcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 19551806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 26292917 - 26293212
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26292917 gattgatcttaaaaattctggacatatgctatcaaaataaatacacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 26293016  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26293017 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagtcgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 26293116  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||        ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26293117 taaccacaagattatacagtatgttcctttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtggaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 26293212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 315
Target Start/End: Original strand, 36054365 - 36054662
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36054365 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 36054464  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36054465 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacaaaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 36054564  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttc-nnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataat 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36054565 taaccacaagattatacagtacgttctttttttttaatgaacgtaaaaattatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataat 36054662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 30589577 - 30589282
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30589577 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 30589478  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30589477 tgttacaagtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataatatcaatgaatgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 30589378  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||        ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30589377 taaccacaagattatacggtacattcttttttttaattaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 30589282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 19 - 313
Target Start/End: Original strand, 38629165 - 38629454
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38629165 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 38629264  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    ||||||| |||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38629265 tgttacatgtagaaaaatgca-----aaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 38629359  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaata 313  Q
    |||||||||||||||||||||| |||        ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38629360 taaccacaagattatacagtacattcttttttttaatgaacgtaaaaattatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaata 38629454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 35731607 - 35731308
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35731607 gattgatcttaaaaattctggacatataatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 35731508  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgata-tataggtagatggtaaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35731507 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttataataatttgatattataggtagatggtaaa 35731408  T
Q  218 ttaaccacaagattatacagtacgttc--nnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataat 315  Q
    |||||||||| |||||||| ||  |||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  35731407 ttaaccacaaaattatacaataaattcttttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcaacaataat 35731308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 20 - 308
Target Start/End: Original strand, 50899779 - 50900073
Alignment:
Q  20 attgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcat 119  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50899779 attgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcat 50899878  T
Q  120 gttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaatt 219  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  50899879 gttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattattatacctattaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatgataaatt 50899978  T
Q  220 aaccacaagattatacagtac------gttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcga 308  Q
    |||||||||||||||||||||       ||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50899979 aaccacaagattatacagtacattattatttttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcga 50900073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 118 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 23754185 - 23753989
Alignment:
Q  118 atgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23754185 atgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttacaataatttgatatataggtagatggtaaa 23754086  T
Q  218 ttaaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23754085 ttaaccacaagattatacagtacgttcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaaaaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 23753989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 26556591 - 26556415
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26556591 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 26556492  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatt 195  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  26556491 tgttataggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataatatcaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatt 26556415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 118 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 23697609 - 23697413
Alignment:
Q  118 atgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23697609 atgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataatactaatgaacgtaaaattgtgatttttataataatttgatatataggtagatgataaa 23697510  T
Q  218 ttaaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  23697509 ttaaccacaatattatacagtacgttcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgattttgacaataa 23697413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 118 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 23716065 - 23715869
Alignment:
Q  118 atgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23716065 atgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataatactaatgaacgtaaaattgtgatttttataataatttgatatataggtagatgataaa 23715966  T
Q  218 ttaaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  23715965 ttaaccacaatattatacagtacgttcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgattttgacaataa 23715869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 118 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 23734521 - 23734325
Alignment:
Q  118 atgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23734521 atgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataatactaatgaacgtaaaattgtgatttttataataatttgatatataggtagatgataaa 23734422  T
Q  218 ttaaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  23734421 ttaaccacaatattatacagtacgttcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgattttgacaataa 23734325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 163
Target Start/End: Original strand, 2125052 - 2125196
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2125052 gattgatcttaaaaattctggacatatgatataaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattaaaaaatgca 2125151  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataatacca 163  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2125152 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataatacca 2125196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 23754244 - 23754180
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgtta 83  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||    
T  23754244 gattgatcttaaaaattatgaacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataaattatgtta 23754180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 23697668 - 23697604
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgtta 83  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||    
T  23697668 gattgatcttaaaaattctgaacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataaattatgtta 23697604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 23716124 - 23716060
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgtta 83  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||    
T  23716124 gattgatcttaaaaattctgaacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataaattatgtta 23716060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 23734580 - 23734516
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgtta 83  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||    
T  23734580 gattgatcttaaaaattctgaacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataaattatgtta 23734516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 43489620 - 43489326
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43489620 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 43489521  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43489520 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaaagaacgtaaagttttgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 43489421  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||| |||        |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43489420 taaccacaagattatacagtacattcttttttttaatgaacgtaaaag-tatgttaagaaaagtgcaagttagaggtatgatgatttcgagaataa 43489326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 29259623 - 29259918
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29259623 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 29259722  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29259723 tgttacatgtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaataaacgtaaagttgtgatttttatgataatttgatatataggtagatggtaaat 29259822  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||| |||        ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29259823 taaccacaagattatacagtacattcttttttttaattaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 29259918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 41386214 - 41386510
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattg-aaaaatgc 117  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41386214 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattggaaaaatgc 41386313  T
Q  118 atgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41386314 atgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaa 41386413  T
Q  218 ttaaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41386414 ttaaccacaagattattcagtacattcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaaatgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 41386510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 10795719 - 10796014
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10795719 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttaagttaatttattgattataataatttgattgaaaaatgca 10795818  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10795819 tgtaacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatgataaat 10795918  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||        |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  10795919 taaccacaagattatacagtacgttcttttttttaatgaaagtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgataatttcgacaataa 10796014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 20 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 4655807 - 4655514
Alignment:
Q  20 attgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcat 119  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4655807 attgatcttaaaaattctagacatatgatatcaaaacaaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataaattgattgaaaaatgcat 4655708  T
Q  120 gttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaatt 219  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4655707 gttacaggta-aaaaatgcaagtagaaaaattattataattccaatgaacgtaaagttttgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaatt 4655609  T
Q  220 aaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    ||||||||||||||||||||| |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4655608 aaccacaagattatacagtacattcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 4655514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 7148776 - 7148481
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7148776 gattgatcttaaaaattttggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattaattataataatttgattgaaaaatgca 7148677  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7148676 tgttacatgtagagaaatgcaagtagaaaaattattataataccaattaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 7148577  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  7148576 taaccacaagattatccagtacattcttttttttaatgaacgtaaaaattatgttaagaaaagtgcaaggtagaggcatgatgatttcgacaataa 7148481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 43604716 - 43605011
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43604716 gattgatcttaaaaattctggacatataatatcaaaataaatagatctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 43604815  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43604816 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 43604915  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||        |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  43604916 taaccacaagattatacaatatattcttttttttaatgaatgtacaagttatgttaagaaaagtgcaagttagatgcatgatgatttcgacaataa 43605011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 40264628 - 40264924
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40264628 gattaatcttaaaaatcatggacatatgatatcaaaataaatagatctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 40264727  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40264728 tgttacatctagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 40264827  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttc-nnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||| |||         ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  40264828 taaccacaagattatacagtacattctttttttttaatgaacgtaaaagtcatgttaagaaaagtgcaagttagaggaatgatgatttcgacaataa 40264924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 19 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 2113529 - 2113237
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2113529 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttattttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 2113430  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  2113429 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataatatcaatg-acgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaa- 2113332  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaata 313  Q
    |||||||| |||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  2113331 taaccacaggattatacagtacgttcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagatgcatggtgatttcgacaata 2113237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 24 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 9458242 - 9457958
Alignment:
Q  24 atcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcatgtta 123  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||     
T  9458242 atcttaaaaatcatggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattattataatttaattgaaaaatgcatgttg 9458143  T
Q  124 caggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaattaacc 223  Q
    ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||||||    
T  9458142 catttagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgaaaaaaaggtagatggtaaattaacc 9458043  T
Q  224 acaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcga 308  Q
    ||||||||||||||||| |||        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9458042 acaagattatacagtacattcttttttttattgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcga 9457958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 19 - 299
Target Start/End: Original strand, 41964936 - 41965217
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaa-taaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgc 117  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41964936 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaaataaatagacctaaaaataagttatgttggtttattgattataataatttgattgaaaaatgc 41965035  T
Q  118 atgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaa 217  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41965036 atgttacatgtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtaaatggtaaa 41965135  T
Q  218 ttaaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatga 299  Q
    |||||||||| ||||| |||||| |||        ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  41965136 ttaaccacaaaattattcagtacattcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgtaagttagaggtatga 41965217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 37 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 42275678 - 42275400
Alignment:
Q  37 tggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcatgttacaggtagaaaaat 136  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42275678 tggacatataatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcatgttaaaggtagaaaaat 42275579  T
Q  137 gcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaattaaccacaagattataca 236  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42275578 gcaagtagaaaaattattataatatcaatgaacgtaaagttgtgatttttat-ataatttgatatataggtagatggtaaattaaccacaagattataca 42275480  T
Q  237 gtacgt--tcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataat 315  Q
    ||||||  |         ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42275479 gtacgttattttttttttaat-aacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataat 42275400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 276 - 314
Target Start/End: Original strand, 41965406 - 41965444
Alignment:
Q  276 gaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41965406 gaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 41965444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 47913678 - 47913973
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47913678 gattgatcttaaaaattctggacatataatatcaaaataaatagacctaaaaataagctatgttaatttattgattataataatttgattgaaaaatgca 47913777  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47913778 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 47913877  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47913878 taaccacaagattatacagtacgttcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 47913973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 19 - 315
Target Start/End: Original strand, 27418003 - 27418300
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27418003 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 27418102  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27418103 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacaaaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 27418202  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttc-nnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataat 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27418203 taaccacaagattatacagtacgttctttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataat 27418300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 47912975 - 47912680
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47912975 gattgatcttaaaaattctggacatataatatcaaaataaatagacctaaaaataagctatgttaatttattgattataataatttgattgaaaaatgca 47912876  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47912875 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 47912776  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||| |||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47912775 taaccacaagattatatagtacgttcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 47912680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 35089452 - 35089747
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35089452 gattaatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttaatttattgattataataatttgattgaaaaatgca 35089551  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35089552 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccgatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 35089651  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35089652 taaccacaagattatacaatacattcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaaatgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 35089747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 43057023 - 43057318
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43057023 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttaatttattgattataataatttgattgaaaaatgca 43057122  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43057123 tgttacatgtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatatagatagatggtaaat 43057222  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||| |||        ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43057223 taaccacaagattatacagtacattcttttttttaatgaacgtaaaaattatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 43057318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 33475226 - 33474929
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33475226 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatccaaataaatagacctaaaaataagttatgatagtttattgattataataatttgattgaaatatgca 33475127  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33475126 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacataaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 33475027  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttc--nnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||||| |||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33475026 taaccacaagattatacagttcgttcttttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 33474929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 152594 - 152298
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  152594 gattaatcttaaaaatcatggacatatgatatcaaaataaatagatctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 152495  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  152494 tgttacatctagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 152395  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttc-nnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||| |||         ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  152394 taaccacaagattatacagtacattctttttttttaatgaacgtaaaagtcatgttaagaaaagtgcaagttagaggaatgatgatttcgacaataa 152298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 19 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 30111524 - 30111239
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30111524 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaatta-----tgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 30111430  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30111429 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacaaaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 30111330  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttc-nnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcga 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30111329 taaccacaagattatacagtacgttctttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcga 30111239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 12252782 - 12253060
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12252782 gattgatcttaaaaattctgaacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 12252881  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||              ||| |||||||||||||||||   ||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12252882 tgtta--------------caagtagaaaaattattataa---caatgaacgtaaaattgtgatttttataataatttgatatataggtatatggtaaat 12252964  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||        ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||    
T  12252965 taaccacaagattatacagtacgttcttttttttaatgaacataaaagttatgttaagaaaagtgtaagttagaggcatgatgattttgacaataa 12253060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 8583356 - 8583651
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8583356 gattgatcttaaaaattctagacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 8583455  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8583456 tgttacatgtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 8583555  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||| |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8583556 taaccacaagattatacagtacattcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 8583651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 42217792 - 42218087
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217792 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaatgaatagacttaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 42217891  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217892 tgttacatgtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 42217991  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||| |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42217992 taaccacaagattatacagtacattctttttttaaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 42218087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 3435321 - 3435616
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3435321 gattgatcttaaaaatcctgaacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 3435420  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3435421 tgttacatgtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataatagcaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 3435520  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||| |||        ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3435521 taaccacaagattatacagtacattcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgtaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 3435616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 42315610 - 42315314
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42315610 gattgatcttaaaaattctcaacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 42315511  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42315510 tgttacatgtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 42315411  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttc-nnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||| |||||||         | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42315410 taaccacaagattatacaatacgttctttttttttattgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 42315314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 52 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 7820753 - 7820491
Alignment:
Q  52 aaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcatgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaatt 151  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7820753 aaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcatgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaatt 7820654  T
Q  152 attataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaattaaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnn 251  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||           
T  7820653 attataataccaatgaacttaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaattaaccacaagattatacagtactttcttttttt 7820554  T
Q  252 naatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7820553 taatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 7820491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 56398740 - 56398552
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttga-ttgaaaaatg- 116  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  56398740 gattgatcttaaaaattcaggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttacgttagtttattgattataataatttgatttgaaaaatgc 56398641  T
Q  117 ------catgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgat 199  Q
          |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  56398640 atgttacatgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataatatcaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgat 56398552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 73 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 44930472 - 44930371
Alignment:
Q  73 aagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcatgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgta 172  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44930472 aagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcatgttataagtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataatatcaatgaacgta 44930373  T
Q  173 aa 174  Q
    ||    
T  44930372 aa 44930371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 191 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 56397973 - 56397850
Alignment:
Q  191 taatttgatatataggtagatggtaaattaaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagtta 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||        ||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||    
T  56397973 taatttgatatataggtagatggtaaattaaccacaacattatacagtacgttcttttttttaatgaacgtaaaaattatattaagaaaagtgcaaatta 56397874  T
Q  291 gaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  56397873 gaggcatgatgatttcgacaataa 56397850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 52 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 7808827 - 7808724
Alignment:
Q  52 aaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcatgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaatt 151  Q
    |||||||||| ||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  7808827 aaaataaatagacctaaaaataagtgacgttactttattgattataataatttgattgacaaatgcatgttacaagtagaaaaatgcaagtagaaaaatt 7808728  T
Q  152 atta 155  Q
    ||||    
T  7808727 atta 7808724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 253 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 44930382 - 44930321
Alignment:
Q  253 aatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44930382 aatgaacgtaaaagttatattaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 44930321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 45319203 - 45318908
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45319203 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatacacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 45319104  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45319103 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataatatcaatgaatgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 45319004  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45319003 taaccacaagattatacggtacattcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 45318908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 52706127 - 52705832
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52706127 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 52706028  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  52706027 tgttataggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataatatcaatgaacgtaaagttgtgatttttataataattagatatataggtagatggtaaat 52705928  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  52705927 taaccacaagattatacggtacattcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 52705832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 26882171 - 26882466
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26882171 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttcttgattataataatttgattgaaaaatgca 26882270  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  26882271 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattatcataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataacaatttgatatataggtagatggtaaat 26882370  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||| ||||||||||| |||  ||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26882371 taaccataagattatacaatacagtcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 26882466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 45535497 - 45535198
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45535497 gattgatcttaaaaattctagacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttaatttattgattataataatttgattgaaaaatgca 45535398  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  45535397 tgttacaggtggaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtagagttgtgatttttataataatttgatatataagtagatgataaat 45535298  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttc----nnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||| |||||||||||||||||||            |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45535297 taaccataagattatacagtacgttcttttttttttttaatgaacgtaaatgttatgttaagaaaagtacaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 45535198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 19 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 14389120 - 14389005
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14389120 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 14389021  T
Q  119 tgttacaggtagaaaa 134  Q
    ||||||||||||||||    
T  14389020 tgttacaggtagaaaa 14389005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 29 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 39758602 - 39758447
Alignment:
Q  29 aaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaaccta----aaaataagttttgtta-gtttattgattataataatttgattgaaaaatgcatg--- 120  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |     |||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||       
T  39758602 aaaaattatgggcatatgatatcaaaataaatagacatgcattaaaataagttatgttaagtctattcattataataatttgattgaaaaatgcatgtta 39758503  T
Q  121 ttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagt 176  Q
    ||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  39758502 ttataggaagaaaaaagcaagtagaaaaattattataatgtcaatgaacataaagt 39758447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 29 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 39763956 - 39763801
Alignment:
Q  29 aaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaaccta----aaaataagttttgtta-gtttattgattataataatttgattgaaaaatgcatg--- 120  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |     |||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||       
T  39763956 aaaaattatgggcatatgatatcaaaataaatagacatgcattaaaataagttatgttaagtctattcattataataatttgattgaaaaatgcatgtta 39763857  T
Q  121 ttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagt 176  Q
    ||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  39763856 ttataggaagaaaaaagcaagtagaaaaattattataatgtcaatgaacataaagt 39763801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 265 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 39758432 - 39758389
Alignment:
Q  265 agttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcga 308  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39758432 agttctgttaagaaaagtgcaagtcagaggcatgatgatttcga 39758389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 265 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 39763786 - 39763743
Alignment:
Q  265 agttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcga 308  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39763786 agttctgttaagaaaagtgcaagtcagaggcatgatgatttcga 39763743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 129 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 14387695 - 14387660
Alignment:
Q  129 agaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaa 164  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14387695 agaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaa 14387660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 81130 - 81425
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  81130 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataaattatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 81229  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  81230 tgttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataatatcaatgaacgtaaagttatgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 81329  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||| |||||||||||| |||| |||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  81330 taacaacaagattatacggtacattcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgattttgacaataa 81425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0153 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: scaffold0153
Description:

Target: scaffold0153; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 34162 - 34457
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34162 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataaattatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 34261  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34262 tgttactggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataatatcaatgaacgtaaagttatgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 34361  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||| |||||||||||| |||| |||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  34362 taacaacaagattatacggtacattcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgattttgacaataa 34457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 20 - 314
Target Start/End: Original strand, 3109705 - 3109998
Alignment:
Q  20 attgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcat 119  Q
    |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3109705 attgattttaaaaattctggatatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcat 3109804  T
Q  120 gttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaatt 219  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3109805 gttacaggtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaatt 3109904  T
Q  220 aaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||        |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  3109905 aaccacaagattatatagtagattcttttttttaatg-acgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagtcagaggcatgatgatttcgacaataa 3109998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 308
Target Start/End: Original strand, 29865098 - 29865387
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29865098 gattgatcttaaaaatcatggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattattataatttgattgaaaaatgca 29865197  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||| ||  |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29865198 tgttgcatttagaaaaatgcaagcagaaaaattattataataccaatgaacgaaaagttgtgatttttataataatttgatatacaggtagatggtaaat 29865297  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcga 308  Q
    |||||||||||||||||||||| |||        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29865298 taaccacaagattatacagtacattcttttttttattgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcga 29865387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 315
Target Start/End: Original strand, 6476100 - 6476370
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  6476100 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaat--- 6476196  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
                      |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6476197 ------------------gcaagtagaaaaattattataatatcaatgaacgtaaagttgtgatttttataataattttatatataggtagatggtaaat 6476278  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataat 315  Q
    ||||||||||||||||    ||||||        ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  6476279 taaccacaagattata----acgttcttttttttaat-aacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttataggcatgatgatttcgacaataat 6476370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 308
Target Start/End: Original strand, 20793 - 21082
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20793 gattgatcttaaaaatcatggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattattataatttgattgaaaaatgca 20892  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||| ||  |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20893 tgttgcatttagaaaaatgcaagcagaaaaattattataataccaatgaacgaaaagttgtgatttttataataatttgatatacaggtagatggtaaat 20992  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcga 308  Q
    |||||||||||||||||||||| |||        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20993 taaccacaagattatacagtacattcttttttttattgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcga 21082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 299
Target Start/End: Original strand, 42626757 - 42627037
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42626757 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagaattaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 42626856  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42626857 tgttacatgtagaaaaatgcaagtagaaaaattattatgataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatatagatagatggtaaat 42626956  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatga 299  Q
    |||||||||||||||||||||| |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42626957 taaccacaagattatacagtacattcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggtatga 42627037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 290
Target Start/End: Original strand, 21736019 - 21736290
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21736019 gattgagcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 21736118  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21736119 tgttacaggtagaaaaatacaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatgataaat 21736218  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagtta 290  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||        || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21736219 taaccacaaaattatacaatacgttcttttttttaacgaacgtaaaagttatgttaagaaaaatgcaagtta 21736290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 7487498 - 7487798
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7487498 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 7487597  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
     ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  7487598 ggttacagtttgaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataagtagatgataaat 7487697  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttc-----nnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaata 313  Q
    |||||| |||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  7487698 taaccataagattatacagtacgttctttttttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaggtgcaagtaagaggcatgataatttcgacaata 7487797  T
Q  314 a 314  Q
    |    
T  7487798 a 7487798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 20 - 244
Target Start/End: Original strand, 6288902 - 6289126
Alignment:
Q  20 attgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcat 119  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6288902 attgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcat 6289001  T
Q  120 gttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaatt 219  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  6289002 gttacatgtagaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaaagaacgtaaagttgtgatttttataataatttgacatataggtagatggtaagtt 6289101  T
Q  220 aaccacaagattatacagtacgttc 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  6289102 aaccacaagattatacagtacgttc 6289126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 45547647 - 45547375
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  45547647 gattgatcttaaaaattcttgacatatgatatcaaaataaatagaccaaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaa------- 45547555  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
                  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45547554 --------------aaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 45547469  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||| ||         ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45547468 taaccacaagattatacagtacatt--tttttttaatgaacgtaaaaattatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 45547375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 157 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 29941549 - 29941392
Alignment:
Q  157 aataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaattaaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatg 256  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||        ||||    
T  29941549 aataccaatgaacgtaaaattttgatttttataataatttgatatataggtagattgtaaattaaccacaagattatacagtacattcttttttttaatg 29941450  T
Q  257 aacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29941449 aacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 29941392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 63 - 280
Target Start/End: Original strand, 35172018 - 35172220
Alignment:
Q  63 acctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcatgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataatacc 162  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||              |||||||||||||||||    
T  35172018 acctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgcatgttacaagtaga--------------aaaattattataatacc 35172103  T
Q  163 aatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaattaaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgta 262  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||        ||||||||||    
T  35172104 aatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatgataaattaatcacaagattatacaatacgttc-tttttttaatgaacgta 35172202  T
Q  263 aaagttatgttaagaaaa 280  Q
    ||||||||||||||||||    
T  35172203 aaagttatgttaagaaaa 35172220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 29941622 - 29941549
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattga 92  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29941622 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattga 29941549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 66
Target Start/End: Original strand, 35171785 - 35171832
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacct 66  Q
    |||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35171785 gattaatcttaaaatttctggacatatgatatcaaaataaatagacct 35171832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 306
Target Start/End: Original strand, 13950146 - 13950431
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13950146 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaa-taagttacgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 13950244  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaat 218  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13950245 tgttacaggtagaaaaatacaagtagaaaaattattataataccaataaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaat 13950344  T
Q  219 taaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttc 306  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||         |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13950345 taaccacaagattatacaatacatt-ttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaaatgcaagttagaggcatgatgatttc 13950431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 3603820 - 3604112
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaa-ttatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgc 117  Q
    ||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3603820 gattgatcttaaaaaattctagacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgatttaaaaatgc 3603919  T
Q  118 atgttacaggtagaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaa 217  Q
    ||||||||||              ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3603920 atgttacagg--------------tagaaaaattattataatatcaatgaacgtaaaattttgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaa 3604005  T
Q  218 ttaaccacaagattatacagtacgttcnnnnnnnna----------atgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcg 307  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||        |          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3604006 ttaaccataagattatacaatacgttcttttttttaatgaacttttatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcg 3604105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 130 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 40411220 - 40411036
Alignment:
Q  130 gaaaaatgcaaatagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttttgatttttatcataatttgatatataggtagatggtaaattaaccacaaga 229  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40411220 gaaaaatgcaagtagaaaaattattataataccaatgaacgtaaagttgtgatttttataataatttgatatataggtagatggtaaattaaccacaaga 40411121  T
Q  230 ttatacagtacgttcnnnnnnnnaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgagaataa 314  Q
    ||||||||||| |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40411120 ttatacagtacattcttttttttaatgaacgtaaaagttatgttaagaaaagtgcaagttagaggcatgatgatttcgacaataa 40411036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 140
Target Start/End: Original strand, 11633040 - 11633161
Alignment:
Q  19 gattgatcttaaaaattatggacatatgatatcaaaataaataaacctaaaaataagttttgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11633040 gattgatcttaaaaattctggacatatgatatcaaaataaatagacctaaaaataagttatgttagtttattgattataataatttgattgaaaaatgca 11633139  T
Q  119 tgttacaggtagaaaaatgcaa 140  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  11633140 tgttacatgtagaaaaatgcaa 11633161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University