View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9435_3 (Length: 441)
Name: NF9435_3
Description: NF9435
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9435_3 |
 | |
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| [»] scaffold0208 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Original strand, 6199320 - 6199698
Alignment:
| Q |
17 |
atgaatcatataaattgaattgattgtggttttgtatctatacacgtaggccatcttttgtttgacatcatcattggctattttatgttattaaagtgat |
116 |
Q |
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|
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| T |
6199320 |
atgaatcatataaattgaattgattgtggttttgtatctatacacgtatgccatcttttgttttacatcatcattggctattttatgttattaaagtgtt |
6199419 |
T |
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| Q |
117 |
tagctaatggatacatatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtgtgttattgtttgaacttgattatattgtagataata |
216 |
Q |
| |
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|
|
| T |
6199420 |
tagctaatggatacatatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatatagagtgtgttattgtttgaacttgattatattgtagataata |
6199519 |
T |
|
| Q |
217 |
tgcattacatgaagtcctattatagtatataaatatatgctttatgtagatggctgatcataactaattactttaagaataatgtgtttcaatcttataa |
316 |
Q |
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| T |
6199520 |
tgccttacatgaattcctattatag--tataaatatatgctttatgtagatggctgatcataactaactactttgagaataatgtgtttcaatcttataa |
6199617 |
T |
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| Q |
317 |
atacgaatgttgcatcc--tatggtcaatcgatcatggatttagctttacagcttttcaatttaactagtaatatatgttg |
395 |
Q |
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| T |
6199618 |
atatgaatgttgcatcctatatggtcaatcgatcatggatttagctttacaacttttcaatttaactagtaatatatgttg |
6199698 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 280
Target Start/End: Original strand, 9067032 - 9067297
Alignment:
| Q |
17 |
atgaatcatataaattgaattgattgtggttttgtatctatacacgtaggccatcttttgtttgacatcatcattggctattttatgttattaaagtgat |
116 |
Q |
| |
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| T |
9067032 |
atgaatcatataaattgaattgattgtggttttgtatctatacacgtatgccatcttttgttttacatcatcattggctattttatgttattaaagtgat |
9067131 |
T |
|
| Q |
117 |
tagctaatggata----catatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtgtgttattgtttgaacttgattatattgtagat |
212 |
Q |
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| T |
9067132 |
tagctaatggatacatgcatatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtgtgttattgtttgaacttgattatattgtacat |
9067231 |
T |
|
| Q |
213 |
aatatgcattacatgaagtcctattatagtatataaatatatgctttatgtagatggctgatcataac |
280 |
Q |
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|
|
| T |
9067232 |
aatatgccttacatgaattcctattatag--tataaatatatgctttatgtagatggctgatcataac |
9067297 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0208 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: scaffold0208
Description:
Target: scaffold0208; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 970 - 600
Alignment:
| Q |
17 |
atgaatcatataaattgaattgattgtggttttgtatctatacacgtaggccatcttttgtttgacatcatcattggctattttatgttattaaagtgat |
116 |
Q |
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|
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| T |
970 |
atgaatcatataaattgaattgattgtggttttttatctatacacgtatgtcatcttttgttttacatcatcattggctatttt---ttattaaagtgat |
874 |
T |
|
| Q |
117 |
tagctaatggatacatatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtgtgttattgtttgaacttgattatattgtagataata |
216 |
Q |
| |
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|
|
| T |
873 |
tagctaatggatacatatattgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatata--gtgttttattgtttgaacttgattacagtgta-ataata |
777 |
T |
|
| Q |
217 |
tgcattacatgaagtcctattatagtatataaatatatgctttatgtagatggctgatcataactaattactttaagaataatgtgtttcaatcttataa |
316 |
Q |
| |
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|
|
| T |
776 |
tgccttacatgaattcctattattgtata--aatgtatgctttatgtagatggctgatcataactaattactttgataataatgtgtttcaatcttataa |
679 |
T |
|
| Q |
317 |
atacgaatgttgcatcctatggtcaatcgatcatggatttagctttacagcttttcaatttaactagtaatatatgttg |
395 |
Q |
| |
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|
|
| T |
678 |
ttatgtatattgcatcctgtggtcaatcgagtacagatttagctttacagcttttcaatttaactagtaatatatgttg |
600 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 26907905 - 26907540
Alignment:
| Q |
17 |
atgaatcatataaattgaattgattgtggttttgtatctatacacgtaggccatcttttgtttgacatcatcattggctattttatgttattaaagtgat |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
26907905 |
atgaatcatataaattgaattgattgtggttttgtatctatacacgtatgtcatcttttgttttacatcatcattggctatttt---ttattaaagtgat |
26907809 |
T |
|
| Q |
117 |
tagctaatggatacatatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtgtgttattgtttgaacttgattatattgtagataata |
216 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | || |||||||| |
|
|
| T |
26907808 |
tagctaatggatacgtatattgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaag--------tgtttgaatttgattacaatgaagataata |
26907717 |
T |
|
| Q |
217 |
tgcattacatgaagtcctattatagtatataaatatatgctttatgtagatggctgatcataactaattactttaagaataatgtgtttcaatcttataa |
316 |
Q |
| |
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||| | ||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
26907716 |
tgcctaacatgaattcctattat--tgtataaatggatgctttatctaggtggttgatcataactaattactttgataataatgtgtttcaatcttgtaa |
26907619 |
T |
|
| Q |
317 |
atacgaatgttgcatcctatggtcaatcgatcatggatttagctttacagcttttcaatttaactagtaatatatgttg |
395 |
Q |
| |
|
|| | || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26907618 |
ttatgtatattgcatcctatggtcaatcgattatggatttagctttacagcttttcaatttaactagtaatatatgttg |
26907540 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 66 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 17535894 - 17535563
Alignment:
| Q |
66 |
gccatcttttgtttgacatcatcattggctattttatgttattaaagtgattagctaatggatacatatactgtata-------ttcatgttatgatcat |
158 |
Q |
| |
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||||||||||| || || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
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|
| T |
17535894 |
gccatcttttgctttacgtcatcattggctattttat---attaaagtgattagctaatggatacatatactgtatactcaatattcatgttatgatcat |
17535798 |
T |
|
| Q |
159 |
aatcgataaataatataaagtgtgttattgtttgaacttgattatattgtagataatatgcattacatgaagtcctattatagtatataaatatatgctt |
258 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
17535797 |
aatcgataaataatataaagtgttttattgtttgaacttgattacaatgtagataatatgccttacatgaattcctattatagtata--aatatatgctt |
17535700 |
T |
|
| Q |
259 |
tatgtagatggctgatcataactaattactttaagaataatgtgtttcaatcttataaatacgaatgttgcatcctatggtcaatcgatcatggatttag |
358 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| || | || ||| |||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
17535699 |
tatgtagatggctggtcataactaattactttgataataatgtgtttcattcttataattatgtatattgaatcctatggtcaatcgattatggatttag |
17535600 |
T |
|
| Q |
359 |
ctttacagcttttcaatttaactagtaatatatgttg |
395 |
Q |
| |
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||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
17535599 |
ctttacaacttttcaatttaactagtaatatatgttg |
17535563 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 60
Target Start/End: Original strand, 17008451 - 17008494
Alignment:
| Q |
17 |
atgaatcatataaattgaattgattgtggttttgtatctataca |
60 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17008451 |
atgaatcatataaattgaattgattgtggttttgtatctataca |
17008494 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 17540499 - 17540456
Alignment:
| Q |
17 |
atgaatcatataaattgaattgattgtggttttgtatctataca |
60 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17540499 |
atgaatcatataaattgaattgattgtggttttgtatctataca |
17540456 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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