View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9447_low_3 (Length: 716)

Name: NF9447_low_3
Description: NF9447
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9447_low_3
NF9447_low_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (22-708)||(38325638-38326322)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 644; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 644; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 708
Target Start/End: Original strand, 38325638 - 38326322
Alignment:
Q  22 cgaacaatgagcattcataaataaataaaaaatctttgcgtgtgctgatttctgcatttgggcgctaagctgtggcgatcatcaatgagttctttcaatt 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38325638 cgaacaatgagcattcataaataaataaaaaatctttgcgtgtgctgatttctgcatttgggcgctaagctgtggcgatcatcaatgagttctttcaatt 38325737  T
Q  122 gagctgagcatattggccggctggtcgttgttgctgccgagcactcattattatgttcgaaattcctgctcttgtgcacacaaaaaacttatgatgttgg 221  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38325738 gagctgagcatattagccggctggtcgttgttgctgccgagcactcattattatgttcgaaattcctgctcttgtgcacacaaaaaatttatgatgttgg 38325837  T
Q  222 gtggaggctctcataagtggttttattcgcaacagttagagagagattttatcaattgatcataaattcctgcttctattgctcctcctatcataacgct 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  38325838 gtggaggctctcataagtggttttattcgcaacagttagagagagattttatcaattgatcataaattcctgcttctattgctcctactatcataacact 38325937  T
Q  322 ggatgctatttttgctatagtgcatgaagatatggttggtctagactttctaaggaatattgcaccttcactttggcaactgaaagtgtttggagagaga 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38325938 ggatgctatttttgctatagtgcatgaagatatggttggtctaaactttctaaggaatattgcaccttcactttggcaactgaaagtgtttggagagaga 38326037  T
Q  422 tagatacagctttgaatgtgactggaaaaacaagagtttttctaactgaatcaaattgaataggatcgaataaagagctttttaatgtgaatgactttag 521  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38326038 tagatacaactttgaatgtgactggaaaaacaagagtttttctaactgaatcaaattgaataggatcgaatcaagagctttttaatgtgaatgactttag 38326137  T
Q  522 aagtcctcccttaacctcataaattgataattgtagtatacacaactgaagcgtttagttttagggattgactaaactaaactaaacacagaactatata 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38326138 aagtcctcccttaacctcataaattgataattgtagtatacacaactgaagcgtttagttttagggattgactaaactaaactaaacacagaactatata 38326237  T
Q  622 atctctttcatattatatatgcataatgtatcatctagattatacaaggataatcagcagtagcacacattgtatcattgaacacca 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  38326238 atctctttcatattatatatgcataatgtatcatctatattatacaaggataatcagcagtag--cacattgtatcattgaacacca 38326322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University