View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9448_low_13 (Length: 359)

Name: NF9448_low_13
Description: NF9448
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9448_low_13
NF9448_low_13
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (1-328)||(4783783-4784110)
chr7 (1-328)||(4816212-4816539)
chr7 (9-328)||(4636691-4637004)
chr7 (23-328)||(4666777-4667085)
chr7 (31-301)||(4643521-4643791)
chr7 (21-307)||(4863762-4864048)
chr7 (36-328)||(4630782-4631074)
chr7 (31-295)||(4672526-4672790)
chr7 (89-342)||(4662899-4663152)
chr7 (33-328)||(4653372-4653667)
chr7 (23-342)||(4845949-4846268)
chr7 (29-320)||(4697146-4697437)
chr7 (29-342)||(4712009-4712322)
chr7 (216-282)||(4647561-4647625)
chr7 (26-85)||(4647378-4647437)
chr7 (19-71)||(4661636-4661688)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (29-342)||(18925676-18925989)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 4784110 - 4783783
Alignment:
Q  1 gatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggc 100  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784110 gatataccgtaggcataggttttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggc 4784011  T
Q  101 ataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttcta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  4784010 ataatccttatgaacaggaaccaaaggagcaccactccaccttatcacatcagcagcatgttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaaaattcta 4783911  T
Q  201 tcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  4783910 tcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaat 4783811  T
Q  301 cctctgtctcatccattccataacttct 328  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||    
T  4783810 cctctgtctcatacattccataacttct 4783783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 4816539 - 4816212
Alignment:
Q  1 gatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggc 100  Q
    |||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4816539 gatataccgaaggcataggttttggtaatcgatgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccatgagaacccatagtcacggc 4816440  T
Q  101 ataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttcta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  4816439 ataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccatatcacatcagcaaaaagttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaaaattcta 4816340  T
Q  201 tcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  4816339 tcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaat 4816240  T
Q  301 cctctgtctcatccattccataacttct 328  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||    
T  4816239 cctctgtctcatacattccataacttct 4816212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 9 - 328
Target Start/End: Original strand, 4636691 - 4637004
Alignment:
Q  9 gtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatcct 108  Q
    |||||||| | || |||||||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| ||   || |      ||||||  ||  |||||||||    
T  4636691 gtaggcatgggttgtggtaatcgttgaagcttgattgaaagataaactctttcaatttgagagattaatccct------ccatagaaacaacataatcct 4636784  T
Q  109 tatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatc 208  Q
    ||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||| ||  ||  |||| ||||| | | ||||||||| ||||||||   ||||||||| |     
T  4636785 tatgaacaggaaccatacgagcaccactccaccctatcacatccgccttttcttcaaccaaagtgttatctatgaatatctgaaagactctatcaccttt 4636884  T
Q  209 ctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtc 308  Q
     |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||    
T  4636885 atagttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattataatcctttgtc 4636984  T
Q  309 tcatccattccataacttct 328  Q
    |||| |||||| ||||||||    
T  4636985 tcatacattccgtaacttct 4637004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 328
Target Start/End: Original strand, 4666777 - 4667085
Alignment:
Q  23 tggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaaca 122  Q
    ||||| |||||| ||||| || |||||||||||| |||||||||||  ||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  4666777 tggtactcgttgaagcttaattgaaagattaactctttcaatttgacggctccctccttgagaatccatagtcaaggcataatccttatgaacaggaacc 4666876  T
Q  123 aaaggagcaccactccacctt---atcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatat 219  Q
    | | || ||||||| | ||     | ||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||   |||||||||    |  |||||||    
T  4666877 atacgaacaccactactccaataaagcacgtcagcccttggttcagccataatatcatctataaaaatctgaaaaactctatcacctggattcttgatat 4666976  T
Q  220 gccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattcc 319  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||| || ||||| |||| |||| |  ||||||||||    
T  4666977 gccaatcaaactcacaaaaatgcaaccttaccatataagtaaaaatagaatcaactttaaaattccatgtcacattataattctctttggcatccattcc 4667076  T
Q  320 ataacttct 328  Q
    |||||||||    
T  4667077 ataacttct 4667085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 31 - 301
Target Start/End: Original strand, 4643521 - 4643791
Alignment:
Q  31 gttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagc 130  Q
    |||| |||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||  ||||| |  |||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  4643521 gttgaagcttgattgaaagattagctctttcaagttgagagcttccttcttgatagtccatagacattgcataatccttatgaacaggaaccaaacgagc 4643620  T
Q  131 accactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaac 230  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||  ||  |||| ||||| | | ||||||||| ||||||||   ||||||||| |  | | | |||| |  |||||||    
T  4643621 accactccaccctatcacatccgccttttcttcaaccaaagtgttatctatgaatatctgaaagactctatcacctttatttgttatatccggatcaaac 4643720  T
Q  231 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatc 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4643721 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacctcaaaattccaagttacattgaaatc 4643791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 21 - 307
Target Start/End: Original strand, 4863762 - 4864048
Alignment:
Q  21 tttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaa 120  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||    |||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  4863762 tttggtaattgttgtaacttgagcgaaaggttaactctttcaatttgagagcttccttcttcagagtttatagacacagtataatccttatgaacaggaa 4863861  T
Q  121 caaaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatg 220  Q
    | | | ||| ||| ||||||| ||||||||||||  ||   ||||||| ||||| | ||||||||||||||||   ||||||||| |  | | | ||||     
T  4863862 ccatacgagaaccgctccaccgtatcacatcagcgttttcctcagccatactattaactatgaaaatctgaaaggctctatcacctttatttgttatatt 4863961  T
Q  221 ccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgt 307  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4863962 cggatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaattagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgt 4864048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 36 - 328
Target Start/End: Original strand, 4630782 - 4631074
Alignment:
Q  36 agcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccac 135  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||   ||||  |||  ||||||||||||||  |||||| | | |||||||||    
T  4630782 agcttgattgaaagattaactctttcaatttgagagcttccttcttgagagtacataagcacaacataatccttatgagtaggaaccatacgagcaccac 4630881  T
Q  136 tccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcaca 235  Q
    |||||||||||||||||||  ||   ||||| | | | | | ||||||||||||||||   ||||||||| |  | | | ||   |   |||||||||||    
T  4630882 tccaccttatcacatcagctttttcctcagctagaatgttagctatgaaaatctgaaagactctatcaccttgatctcttatcgtcatttcaaactcaca 4630981  T
Q  236 aaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttct 328  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||    
T  4630982 aaaatgtaatcttaccatataagtaaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatcctttgttgcatccattccataacttct 4631074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 31 - 295
Target Start/End: Original strand, 4672526 - 4672790
Alignment:
Q  31 gttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagc 130  Q
    |||| ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||   |||||| || ||||||||||||||||||||||| | | ||||    
T  4672526 gttgaagcttaatagaaagattaactctttcaatttgagagcttccttcttgagagtacatagtgacagcataatccttatgaacaggaaccatacgagc 4672625  T
Q  131 accactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaac 230  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||   ||||||| | | | | |||| |||||||||||   |||||||||    |   ||||| |||  ||||||    
T  4672626 accactccaacttataacatcagctctttcctcagccagagtgttagctataaaaatctgaaaggctctatcacctgtattaatgataagcctgtcaaac 4672725  T
Q  231 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacatt 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4672726 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacatt 4672790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 89 - 342
Target Start/End: Original strand, 4662899 - 4663152
Alignment:
Q  89 catagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatc 188  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||| | | || ||  |||||||||||||||||| ||   |  |||| | ||| |||||||||| ||||||    
T  4662899 catagtcacaccataatccttatgaacaggaaccatacgaccattactccaccttatcacatcggctaattcttcaactaaattatcatctataaaaatc 4662998  T
Q  189 tgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaag 288  Q
    |||||  |||||||||| |  | | |||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4662999 tgaaacattctatcacctttatttatgatattcggatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatgtatgtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaag 4663098  T
Q  289 ttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtata 342  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| | |||||||| |||| || || |||||||    
T  4663099 ttacattataatcctctgtcacatactttccataatttcttgcagttaagtata 4663152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 33 - 328
Target Start/End: Original strand, 4653372 - 4653667
Alignment:
Q  33 tgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcac 132  Q
    ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| ||||||  ||| |||   |||||||||  |||||||||||||||||||||  ||| |||||     
T  4653372 tgtagcttgattgtaagattaactctttcaatttgagtgcttccttcttcagagtgcatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcaaacgagcat 4653471  T
Q  133 cactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactc 232  Q
      |||||    |||||||||||| |||||||||||||   ||||| ||| || ||||| ||   ||||||||| |  |  |||||| |||||||||| ||    
T  4653472 tgctccatgaaatcacatcagcatttggttcagccaagaaatcatgtataaatatctggaaaactctatcacctttatccttgatacgccaatcaaattc 4653571  T
Q  233 acaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttct 328  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |  || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  4653572 acaaaaatgtaacctgaccatataagtaaatgttgagtcaacttcgaaattccaagttacattgtaatcctctgtgacattcattccataacttct 4653667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 23 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 4846268 - 4845949
Alignment:
Q  23 tggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaaca 122  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||   ||||||    ||  |||| ||||||||||||||||||||||      
T  4846268 tggtaatcgttgaagcttgattgaaagattaactctttcaatttcagagcttccattttgagagtagattttcacagcataatccttatgaacaggaatc 4846169  T
Q  123 aaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgcc 222  Q
    |    | ||||||||||    ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||  || || ||||||||   ||||||||| |  |  ||| || ||     
T  4846168 atgttaccaccactccaaaaaatcacatcagcatatagttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttggtaagca 4846069  T
Q  223 aatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccata 322  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||||    
T  4846068 gatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaacttcgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatactttccata 4845969  T
Q  323 acttctagcggtcaagtata 342  Q
    |||||| || || |||||||    
T  4845968 acttcttgcagttaagtata 4845949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 29 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 4697437 - 4697146
Alignment:
Q  29 tcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaagga 128  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||||   ||||| ||| |||||||| |||||||||||||| | ||||    
T  4697437 tcgttgtagcttgattgaaagattaagtctttcaatttgagagcttccttcttgagagtgcatagacacagcataatctttatgaacaggaaccatagga 4697338  T
Q  129 gcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaa 228  Q
    | |  ||||||    |||||||||||  ||   || |||||| ||| | ||||||| || |||||   |||||||||    | ||||||||||  |||||    
T  4697337 gtagtactccaagaaatcacatcagcgtttatctccgccaaagtattagctatgaatatttgaaagactctatcacctatatttttgatatgctgatcaa 4697238  T
Q  229 actcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattcca 320  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |  |||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  4697237 actcacaaaaatgcaaccttaccatataagtaaaaccaacatcaacttcgaaattccaagttacattgaaatcctctgtctcatccaatcca 4697146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 29 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 4712322 - 4712009
Alignment:
Q  29 tcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaagga 128  Q
    |||||| ||||| || ||||| |||||| ||||||||| |||||||||   ||||||   |||  |||| ||||||||||||||||||||||  |    |    
T  4712322 tcgttgaagcttaattgaaaggttaactctttcaatttcagagcttccattttgagagtacattttcacagcataatccttatgaacaggaatcatgtta 4712223  T
Q  129 gcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaa 228  Q
     ||||||||||    |||||||||||   | ||||||||||| ||||||  || || ||||||||   ||||||||| |  |  |||||| ||  |||||    
T  4712222 ccaccactccagtaaatcacatcagcgtattgttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaa 4712123  T
Q  229 actcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttct 328  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4712122 actcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttct 4712023  T
Q  329 agcggtcaagtata 342  Q
     || || |||||||    
T  4712022 tgcagtaaagtata 4712009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 216 - 282
Target Start/End: Original strand, 4647561 - 4647625
Alignment:
Q  216 atatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaat 282  Q
    ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  4647561 atatgtcaatcaaactcacaaaa--gtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacttcaaaat 4647625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 26 - 85
Target Start/End: Original strand, 4647378 - 4647437
Alignment:
Q  26 taatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgaga 85  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||| ||||||||    
T  4647378 taatcgttgaagcttgattgaaagattaactctttcaatttgattccttcctccttgaga 4647437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 71
Target Start/End: Original strand, 4661636 - 4661688
Alignment:
Q  19 attttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagag 71  Q
    |||||| |||| |||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||    
T  4661636 attttgataatggttgaagcttgattgaaagatcaactctttcaatttgagag 4661688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 29 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 18925989 - 18925676
Alignment:
Q  29 tcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaagga 128  Q
    |||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||| ||||||||  || ||||   |||||||||  |||||||||||||||||||||| | | ||    
T  18925989 tcgttgtagctttattgaaagattaactcttttaatttgcgagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaaccatacga 18925890  T
Q  129 gcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaa 228  Q
    |||||||||||    |||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||||||   ||||||||| |  |  || |||||||||||||    
T  18925889 gcaccactccaatgaatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaa 18925790  T
Q  229 actcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttct 328  Q
    |||| |||||||| || ||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  18925789 actcgcaaaaatgcaatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaattccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttct 18925690  T
Q  329 agcggtcaagtata 342  Q
     || || |||||||    
T  18925689 tgcagttaagtata 18925676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University