View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9460_low_14 (Length: 422)
Name: NF9460_low_14
Description: NF9460
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9460_low_14 |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 35 - 417
Target Start/End: Original strand, 45633051 - 45633433
Alignment:
| Q |
35 |
gtggaaggcatgaattatgtaagcaaaatggatatctttgaattttgtatgattgatgattatatttatcattttgaacgatgttgaactcttgggtctc |
134 |
Q |
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| T |
45633051 |
gtggaaggcatgaattatgtaagcaaaatggatatctttgaattttgtatgattgatgattatatttatcattttgaacgatgttgaactcttgggtctc |
45633150 |
T |
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| Q |
135 |
attcctcatataggatagagattttagttttgcagtaatcttcaataccatagagattttatcaagatatatttgttttcatcattctcgacgtcatata |
234 |
Q |
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| T |
45633151 |
attcctcatataggatagagattttagttttgcagtaatcttcaataccatcgagattttgtcaagagatatttattttcatcattctcgatgtcatata |
45633250 |
T |
|
| Q |
235 |
ccacactatttttctaatatgtannnnnnngaaaataatctttttatgatatgttaaacaacatatttatgtctttcaagacaaaatatttaactggtga |
334 |
Q |
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| T |
45633251 |
ccacactatttttctgatatgtatttttttgaacataacttttttatgatatgttaaacaacatatttatgtcttgcaagacaaaatatttaactggtga |
45633350 |
T |
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| Q |
335 |
gtcatcataattatactatgtgtgaataattatcttctcaataggcaggaatggaaaaaatatcttccaccaaaactccaaac |
417 |
Q |
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| T |
45633351 |
gtcatcataattatactatgtgtgaataattatcttctcaataggcaggaatggaaaaaatatcttccaccaaaacttcaaac |
45633433 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 33 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 53158937 - 53158553
Alignment:
| Q |
33 |
acgtggaaggcatgaattatgtaagcaaaatggatatctttgaattttgtatgattgatgattatatttatcattttgaacgatgttgaactcttgggtc |
132 |
Q |
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|
| T |
53158937 |
acgtggaaggcatgaattatgtaagcaaaatggatatctttgaattttgtatgattgatgattatatttatcattttgaacgatgttgaactcttgggtc |
53158838 |
T |
|
| Q |
133 |
tcattcctcatataggatagagattttagttttgcagtaatcttcaataccatagagattttatcaagatatatttgttttcatcattctcgacgtcata |
232 |
Q |
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| T |
53158837 |
tcattcctcatataggatagagattttagttttgcagtaatcttcaataccatcgagattttgtcaagagatatttattttcatcattctcgacgtcata |
53158738 |
T |
|
| Q |
233 |
taccacactatttttctaatatgtannnnnnngaaaataatctttttatgatatgttaaacaacatatttatgtctttcaagacaaaatatttaactggt |
332 |
Q |
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| T |
53158737 |
taccacactatttttctgatatgtatttttttgaacgtaacttttttatgatatgttaaacaacatatttatgtcttgcaagacaaaatatttaactggt |
53158638 |
T |
|
| Q |
333 |
gagtcatcataattatactatgtgtgaataattatcttctcaataggcaggaatggaaaaaatatcttccaccaaaactccaaac |
417 |
Q |
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|
| T |
53158637 |
gagtcatcataattatactatgtgttaataattatcttctcaatatgcaggaatggaaaaaatatcttccaccaaaacttcaaac |
53158553 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 33 - 417
Target Start/End: Original strand, 7369370 - 7369754
Alignment:
| Q |
33 |
acgtggaaggcatgaattatgtaagcaaaatggatatctttgaattttgtatgattgatgattatatttatcattttgaacgatgttgaactcttgggtc |
132 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
7369370 |
acgtggaaggcatgaattatgtaagtaaaatggatatctttgaattttgtatgattgatgattatatttatcactttgaacgatgttgaactcttgggtc |
7369469 |
T |
|
| Q |
133 |
tcattcctcatataggatagagattttagttttgcagtaatcttcaataccatagagattttatcaagatatatttgttttcatcattctcgacgtcata |
232 |
Q |
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| T |
7369470 |
tcattcctcatataggatagagattttagttttgcagtaatcttcaataccatcaagattttgtcaagagatatttattttcatcattctcgacgtcata |
7369569 |
T |
|
| Q |
233 |
taccacactatttttctaatatgtannnnnnngaaaataatctttttatgatatgttaaacaacatatttatgtctttcaagacaaaatatttaactggt |
332 |
Q |
| |
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|
| T |
7369570 |
taccacactatttttctgatatgtatttttttgaacataacctttttatgatatgttaaacaacatatttatgtcttgcaagacaaaatatttaactgat |
7369669 |
T |
|
| Q |
333 |
gagtcatcataattatactatgtgtgaataattatcttctcaataggcaggaatggaaaaaatatcttccaccaaaactccaaac |
417 |
Q |
| |
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|
|
| T |
7369670 |
gagtcatcataattatactatgtgtgaataattatcttctcaataggcatgaatggaaaaaatatcttccaccaaaacttcaaac |
7369754 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 82 - 417
Target Start/End: Original strand, 39906881 - 39907216
Alignment:
| Q |
82 |
tatgattgatgattatatttatcattttgaacgatgttgaactcttggg-tctcattcctcatataggatagagattttagttttgcagtaatcttcaat |
180 |
Q |
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||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |
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| T |
39906881 |
tatgattgatgattatatttatcgttttgaacgatcttcaactcttggggtctcattcaccatataggatagacattttagttttgcagcaatcttcaat |
39906980 |
T |
|
| Q |
181 |
accatagagattttatcaagatatattt-gttttcatcattctcgacgtcatataccacactatttttctaatatgtannnnnnngaaaataatcttttt |
279 |
Q |
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| T |
39906981 |
accatcaagattttgtcaagagatgtttagtttccatcattctcgacgtcatataccacactatttttctgatgtgtatttttttgaacataacattttt |
39907080 |
T |
|
| Q |
280 |
atgatatgttaaacaacatatttatgtctttcaagacaaaatatttaactggtgagtcatcataattatactatgtgtgaataattatcttctcaatagg |
379 |
Q |
| |
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| T |
39907081 |
atgatatgttaaacaacata--tatgtcttgcaagaaaaaatatttaactggcgagtcatcaaaattataccacgtgtgaataattatcttctcaatagg |
39907178 |
T |
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| Q |
380 |
caggaatggaaaaaatatcttccaccaaaactccaaac |
417 |
Q |
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| T |
39907179 |
cagaaatggaaaaaatatctttcaccaaaacttcaaac |
39907216 |
T |
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