View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9460_low_2 (Length: 739)

Name: NF9460_low_2
Description: NF9460
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9460_low_2
NF9460_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-725)||(34335458-34336163)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 635; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 635; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 725
Target Start/End: Original strand, 34335458 - 34336163
Alignment:
Q  19 gggagggactatgtaaactgagaaagatggagttccctaatggaccgtttcttaagtttgagaaagatatttcagcagttttggaatttatctaccagac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34335458 gggagggactatgtaaactgagaaagatggagttccctaatggaccgtttcttaagtttgagaaagatatttcagcagttttggaatttatctaccagac 34335557  T
Q  119 acaaatagagttagctgcatgtgagtaatttcattcttgaaatgttaggtatcacatgatacatgcaagttgtatcttaatccgaatcaaaatcgaactc 218  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34335558 gcaaatagagttagctgcatgtgagtaattccattcttgaa-tgttaggtatcacatgatacatgcaagttgtatcttaatccgaatcaaaatcgaactc 34335656  T
Q  219 aacgaacacaaatgttatatgattggttttggagaaattacannnnnnnnaacttgaatttgagcaggtagtgatgatatttgtgttgcaatggatcaat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34335657 aacgaacacaaatgttatatgattggttttggagaaattacattttttttaacttgaatttgagcaggtagtgatgatatttgtgttgcaatggatcaat 34335756  T
Q  319 cagaaagatcctaccaacttatgggagaatatgctgcagggaagcgtgtatacaatctagaacttggtcgtgatgcatcagtgtacattgtgttctgccc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34335757 cagaaagatcctaccaacttatgggagaatatgctgcagggaagcgtgtatacgatctagaacttggtcgtgatgcatcagtgtacattgtgttctgccc 34335856  T
Q  419 tcaagggtctaatggtgccactgaagctccaagggcaaagcttccaaggcttaatgctacctcagaacatcttgtagcatatgaatacaagtaaatgcat 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34335857 tcaagggtctaatggtgccactgaagctccaagggcaaagcttccaaggcttaatgctacctcagaacatcttgtagcatatgaatacaagtaaatgcat 34335956  T
Q  519 gaatttattcttcacttctattagatattacaaaatgtataaaatcgtcaaggattacatgccgggaagagtcttcttgatcaagcatcgcagaatggaa 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34335957 gaatttattcttcacttctattagatattacaaaatgtataaaatcgtcaaggattacatgccgggaagagtcttcttgatcaagcatcgcaaaatggaa 34336056  T
Q  619 tcctgaagtagtagccaccatatactaaacttttgtgttttgtaatgatctacnnnnnnnnttatatttatcaggaggattaaacttcataaatccaaac 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34336057 tcctgaagtagtagccaccatatactaaacttttgtgttttgtaatgatctacaaaaaaaattatatttatcaggaggattaaacttcataaatccaaac 34336156  T
Q  719 attttcc 725  Q
    |||||||    
T  34336157 attttcc 34336163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University