View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9472_low_13 (Length: 348)

Name: NF9472_low_13
Description: NF9472
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9472_low_13
NF9472_low_13
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (12-348)||(51111916-51112252)
chr4 (61-269)||(51112115-51112344)
chr4 (115-308)||(51112217-51112410)
chr4 (38-117)||(51112234-51112313)
chr4 (131-221)||(51111890-51111980)
chr4 (251-306)||(51112438-51112493)
chr4 (55-116)||(51111875-51111936)
chr4 (168-347)||(51112331-51112522)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 51112252 - 51111916
Alignment:
Q  12 agcagagaagaccaaagattatggaagtgatgctgcacagaaggccaaagatgcagcatacaagactaaagactatgctggtgatgctgctgagaagacc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  51112252 agcagagaagaccaaagattatggaagtgatgctgcacagaaggcaaaagatgcagcatacaagactaaagactatgctggtgatgctgccgagaagacc 51112153  T
Q  112 aaagatgcagcacacaagaccaaagattatgcgggtgatgctacagaaaagacaagagaatatgccaatgctgcagcatacaagtctaaagactatgcag 211  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51112152 aaagatgcagcatacaagaccaaagattatgcgggtgatgctacagaaaagacaagagaatatgccaatgctgcagcatacaagtctaaagactatgcag 51112053  T
Q  212 gtgatgctgcagagaagaccaaagatgcagcatataagaccaaagactatgctggtgaagctgcacaaaaagccaaagattatgcaggtgatgctgctca 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51112052 gtgatgctgcagagaagaccaaagatgcagcatataagaccaaagactatgctggtgaagctgcacaaaaagccaaagattatgcaggtgatgctgctca 51111953  T
Q  312 caatactagagagtatgccaatgatgcagcatacaaa 348  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51111952 caatactagagagtatgccaatgatgcagcatacaaa 51111916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 61 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 51112344 - 51112115
Alignment:
Q  61 gatgcagcatacaagactaaagactatgctggtgatgctgctgagaagaccaaagatgcagcacacaagaccaaagattatgcgggtgatgctacagaaa 160  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |    
T  51112344 gatgcagcatacaagtctaaagagtatgctggtgatgctgcacagatggccaaagatgcagcatacaagaccaaagattatgcaggtgatgcagcagaga 51112245  T
Q  161 agacaagagaatatgcca---atgctgca------------------gcatacaagtctaaagactatgcaggtgatgctgcagagaagaccaaagatgc 239  Q
    |||| | ||| ||||  |   ||||||||                  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  51112244 agaccaaagattatggaagtgatgctgcacagaaggcaaaagatgcagcatacaagactaaagactatgctggtgatgctgccgagaagaccaaagatgc 51112145  T
Q  240 agcatataagaccaaagactatgctggtga 269  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  51112144 agcatacaagaccaaagattatgcgggtga 51112115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 115 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 51112410 - 51112217
Alignment:
Q  115 gatgcagcacacaagaccaaagattatgcgggtgatgctacagaaaagacaagagaatatgccaatgctgcagcatacaagtctaaagactatgcaggtg 214  Q
    ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||| ||||||  | ||||  | ||| ||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  51112410 gatgctgcacagaaaaccaaagactatgctggtggtgctactcagaagagcaaagagtatgcaactgatgcagcatacaagtctaaagagtatgctggtg 51112311  T
Q  215 atgctgcagagaagaccaaagatgcagcatataagaccaaagactatgctggtgaagctgcacaaaaagccaaagattatgcaggtgatgctgc 308  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||| | ||  |||||||||||| | ||||||||||    
T  51112310 atgctgcacagatggccaaagatgcagcatacaagaccaaagattatgcaggtgatgcagcagagaagaccaaagattatggaagtgatgctgc 51112217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 38 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 51112313 - 51112234
Alignment:
Q  38 gtgatgctgcacagaaggccaaagatgcagcatacaagactaaagactatgctggtgatgctgctgagaagaccaaagat 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  51112313 gtgatgctgcacagatggccaaagatgcagcatacaagaccaaagattatgcaggtgatgcagcagagaagaccaaagat 51112234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 131 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 51111980 - 51111890
Alignment:
Q  131 ccaaagattatgcgggtgatgctacagaaaagacaagagaatatgccaatgctgcagcatacaagtctaaagactatgcaggtgatgctgc 221  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |  | || || ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  51111980 ccaaagattatgcaggtgatgctgctcacaatactagagagtatgccaatgatgcagcatacaaatctaaagactatgcaggtgatgctgc 51111890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 251 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 51112493 - 51112438
Alignment:
Q  251 ccaaagactatgctggtgaagctgcacaaaaagccaaagattatgcaggtgatgct 306  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  51112493 ccaaagagtatgcaggtgatgctgcacaaaaaaccaaagagtatgcaggtgatgct 51112438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 55 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 51111936 - 51111875
Alignment:
Q  55 gccaaagatgcagcatacaagactaaagactatgctggtgatgctgctgagaagaccaaaga 116  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| | || ||||||||    
T  51111936 gccaatgatgcagcatacaaatctaaagactatgcaggtgatgctgctcaaaaaaccaaaga 51111875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 168 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 51112522 - 51112331
Alignment:
Q  168 agaatatgccaatgctgcagcatacaagtctaaagactatgcaggtgatgctgcagagaagaccaaaga---tgcag---------catataagaccaaa 255  Q
    ||||||||||| || ||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||   |||||         || | |||||||||    
T  51112522 agaatatgccactggtgcagcgcacaagtccaaagagtatgcaggtgatgctgcacaaaaaaccaaagagtatgcaggtgatgctacagagaagaccaaa 51112423  T
Q  256 gactatgctggtgaagctgcacaaaaagccaaagattatgcaggtgatgctgctcacaatactagagagtatgccaatgatgcagcatacaa 347  Q
    || ||||| || || |||||||| ||| ||||||| ||||| |||| |||| |||| || |  | ||||||||| | |||||||||||||||    
T  51112422 gagtatgcaggcgatgctgcacagaaaaccaaagactatgctggtggtgctactcagaagagcaaagagtatgcaactgatgcagcatacaa 51112331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University