View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9475_low_7 (Length: 320)

Name: NF9475_low_7
Description: NF9475
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9475_low_7
NF9475_low_7
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-314)||(31220296-31220609)
chr1 (1-314)||(31214541-31214854)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-314)||(47894693-47895006)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 31220609 - 31220296
Alignment:
Q  1 tgttttcatttaaccattcatcttgtttttaactgtttatactgctacgaggttgctcatgcatattcatgatgattcataccgaggcaaatttcatata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31220609 tgttttcatttaaccattcatcttgtttttaactgtttatactgctacgaggttgctcatgcatattcatgatgattcataccgaggcaaatttcatata 31220510  T
Q  101 agcaacagacatgggattgaaaggacttatgatggacatgtgattgaaaggacttatgatgggtttcaggctcatctatcaacttgtcttgcagtcgaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31220509 agcaacagacatgggattgaaaggacttatgatggacatgtcattgaaaggacttatgatgggtttcaggctcatctatcaacttgtcatgcagtcgaag 31220410  T
Q  201 ttattaattttgtgtccagttttccagagattattacattagatgaacttcctccatcgagtatctggccgtctcaatttagagctcaagtaaccaagga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31220409 ttattaattttgtgtccagttttccagagattattacattagatgaactgcctcgatcgagtatctggccgtctcaatttagagctcaagtaaccaagga 31220310  T
Q  301 agatattggtctct 314  Q
    ||||||||||||||    
T  31220309 agatattggtctct 31220296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 31214854 - 31214541
Alignment:
Q  1 tgttttcatttaaccattcatcttgtttttaactgtttatactgctacgaggttgctcatgcatattcatgatgattcataccgaggcaaatttcatata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31214854 tgttttcatttaaccattcatcttgtttttaactgtttatactgctacgaggttgctcatgcatattcatgatgattcataccgaggcaaatttcatata 31214755  T
Q  101 agcaacagacatgggattgaaaggacttatgatggacatgtgattgaaaggacttatgatgggtttcaggctcatctatcaacttgtcttgcagtcgaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31214754 agcaacagacatgggattgaaaggacttatgatggacatgttattgaaaggacttatgatgggtttcaggctcatctatcaacttgtcatgcagtcgaag 31214655  T
Q  201 ttattaattttgtgtccagttttccagagattattacattagatgaacttcctccatcgagtatctggccgtctcaatttagagctcaagtaaccaagga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31214654 ttattaattttgtgtccagttttccagagattattacattagatgaactgcctcgatctagtatctggccgtctcaatttagagctcaagtaaccaagga 31214555  T
Q  301 agatattggtctct 314  Q
    ||||||||||||||    
T  31214554 agatattggtctct 31214541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 314
Target Start/End: Original strand, 47894693 - 47895006
Alignment:
Q  1 tgttttcatttaaccattcatcttgtttttaactgtttatactgctacgaggttgctcatgcatattcatgatgattcataccgaggcaaatttcatata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47894693 tgttttcatttaaccattcatcttgtttttaactgtttatactgctacgaggttgctcatgcatattcatgatgattcataccgaggcaaatttcatata 47894792  T
Q  101 agcaacagacatgggattgaaaggacttatgatggacatgtgattgaaaggacttatgatgggtttcaggctcatctatcaacttgtcttgcagtcgaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47894793 agcaacagacatgggattgaaaggacttatgatggacatgtaattgaaaggacttatgatgggtttcaggctcatctatcaacttgtcatgcagtcgaag 47894892  T
Q  201 ttattaattttgtgtccagttttccagagattattacattagatgaacttcctccatcgagtatctggccgtctcaatttagagctcaagtaaccaagga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47894893 ttattaattttgtgtccagttttccagagattattacattagatgaactgcctcgatcaagtatctggccgtctcaatttagagctcaagtaaccaagga 47894992  T
Q  301 agatattggtctct 314  Q
    ||||||||||||||    
T  47894993 agatattggtctct 47895006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University