View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9478_low_4 (Length: 367)

Name: NF9478_low_4
Description: NF9478
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9478_low_4
NF9478_low_4
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (1-363)||(23350896-23351258)
chr3 (4-363)||(23452975-23453334)
chr3 (1-358)||(23477504-23477861)
chr3 (4-355)||(23401120-23401471)
chr3 (1-358)||(23497953-23498310)
chr3 (47-341)||(23462246-23462540)
chr3 (1-358)||(23446204-23446561)
chr3 (40-341)||(23471356-23471657)
chr3 (4-341)||(23438820-23439157)
chr3 (40-341)||(23382483-23382784)
chr3 (4-303)||(23467887-23468187)
chr3 (47-341)||(23403627-23403921)
[»] scaffold0201 (1 HSPs)
scaffold0201 (40-341)||(10391-10692)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (40-356)||(12897770-12898086)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 23351258 - 23350896
Alignment:
Q  1 agaaaacttacttctcttggcctaactgagtgcaaaaatcttaactttgttgggaataagttatcaaatgatcatggactggggtctgttacagaactag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23351258 agaaaacttacttctcttggcctaactgagtgcaaaaatcttaactttgttgggaataagttatcaaatgatcagggactggggtctgttacagaactag 23351159  T
Q  101 acctctctgggtgcacagaaatcaatgcactaagtctgtggtccatccttgatggcatacagtctttaaaacgactaaaattgaaagagtgttgcaactt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23351158 acctctctgggtgcacagaaatcaatgcactaagtctgtggtccatccttgatggcatacagtctttaaaacgactaaaattgaaagagtgttgcaactt 23351059  T
Q  201 agaatgtctccccgagaatatccgaaaccattcaatgctaaaacggcttgatttagatgattgcaggaaactagtgtccctagcagagcttccaccatcc 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23351058 agaatgtctccctgagaatatccgaaaccattcaatgctaaaacggcttgatttagatgattgcaggaaactagtgtccctagcagagcttccaccatcc 23350959  T
Q  301 ctgttatatttgaaagccgttaactgcaattatctggacacgaactccactcaacggttattg 363  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23350958 ctgttatatttgaaagccgttaactgcaattatctggacacgaactccactcaacggttattg 23350896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 4 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 23453334 - 23452975
Alignment:
Q  4 aaacttacttctcttggcctaactgagtgcaaaaatcttaactttgttgggaataagttatcaaatgatcatggactggggtctgttacagaactagacc 103  Q
    ||||||||||  ||||||||| ||||||| || || |||||  |||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||    
T  23453334 aaacttacttggcttggcctatctgagtgtaacaagcttaaaattgttgggaataagttaagagatgatcatggactgtggtctgttacaaagctagacc 23453235  T
Q  104 tctctgggtgcacagaaatcaatgcactaagtctgtggtccatccttgatggcatacagtctttaaaacgactaaaattgaaagagtgttgcaacttaga 203  Q
    | || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||| ||||| |||||||||||    
T  23453234 tttcagggtgcacagaaatcaatgcattaagtctttggtccatccttgatggcatacaatctttaaaacagctaatattgaatgagtgctgcaacttaga 23453135  T
Q  204 atgtctccccgagaatatccgaaaccattcaatgctaaaacggcttgatttagatgattgcaggaaactagtgtccctagcagagcttccaccatccctg 303  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  23453134 aagtctccccgagaatatccaaaaccattcaatcctaaaatggcttgatttagatgattgcaggaaacttgtgtctctagcagagcttccagcatccctg 23453035  T
Q  304 ttatatttgaaagccgttaactgcaattatctggacacgaactccactcaacggttattg 363  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  23453034 ttatatttgacagctgttaactgcaattatctggatatgaactccactcaacggttattg 23452975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 23477861 - 23477504
Alignment:
Q  1 agaaaacttacttctcttggcctaactgagtgcaaaaatcttaactttgttgggaataagttatcaaatgatcatggactggggtctgttacagaactag 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |  |||| || || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23477861 agaaaacttacttcgcttggcctatccaagtgtaacaagcttaacattgttgggaataagttatcagatgatcatggacttgggtctgttacagaactag 23477762  T
Q  101 acctctctgggtgcacagaaatcaatgcactaagtctgtggtccatccttgatggcatacagtctttaaaacgactaaaattgaaagagtgttgcaactt 200  Q
    |||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| |||  ||||||||||||||||    
T  23477761 acctttcagggtgcacagaaatgaatgcattaagtctgtggtccatccttgatggcatacaatctttaaaagggctaacattacaagagtgttgcaactt 23477662  T
Q  201 agaatgtctccccgagaatatccgaaaccattcaatgctaaaacggcttgatttagatgattgcaggaaactagtgtccctagcagagcttccaccatcc 300  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||| |||||  |||||    
T  23477661 ggaatgtctccctgagaatatccgaaaccattcaatgctaaaatggcttgatttagatggttgcaggaaacttgtgtctctaacagaacttccgtcatcc 23477562  T
Q  301 ctgttatatttgaaagccgttaactgcaattatctggacacgaactccactcaacggt 358  Q
    ||  ||  |||||  | | |||| |||| ||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  23477561 ctaataactttgagtggcattaattgcacttatctggatacagactccactcaacggt 23477504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 4 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 23401471 - 23401120
Alignment:
Q  4 aaacttacttctcttggcctaactgagtgcaaaaatcttaactttgttgggaataagttatcaaatgatcatggactggggtctgttacagaactagacc 103  Q
    |||||||||| |||||  |||||||| || || || || |||  || ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||    
T  23401471 aaacttacttttcttgatctaactgaatgtaacaagctgaacaatgctgggaataagttatccaatgatcatggactgagatctgttaaagaactagacc 23401372  T
Q  104 tctctgggtgcacagaaatcaatgcactaagtctgtggtccatccttgatggcatacagtctttaaaacgactaaaattgaaagagtgttgcaacttaga 203  Q
    | |||| |||||||||||||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23401371 tttctgagtgcacagaaatcaatacattaaaactgtggtccatccttgatggcatacagtctttaaaaggactaaaattgaaagagtgttgcaacttata 23401272  T
Q  204 atgtctccccgagaatatccgaaaccattcaatgctaaaacggcttgatttagatgattgcaggaaactagtgtccctagcagagcttccaccatccctg 303  Q
    |  |||||| || || |||| |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  23401271 agttctccctgacaacatccaaaaccattcaatgctagaatgacttgatttagatgattgcaggaaacttgtgtctctaacagagcttccaccatccctg 23401172  T
Q  304 ttatatttgaaagccgttaactgcaattatctggacacgaactccactcaac 355  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| |||| |||||||  |||||| |||||    
T  23401171 ttatatttgagagccgttaattgcacttatatggacacatactccattcaac 23401120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 23498310 - 23497953
Alignment:
Q  1 agaaaacttacttctcttggcctaactgagtgcaaaaatcttaactttgttgggaataagttatcaaatgatcatggactggggtctgttacagaactag 100  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||     
T  23498310 agaaaacttacttctctttccctaaccgagtgtaacaagcttaacattgttgggaataagttatcagatgatcatggacttgggtctgttatagaactaa 23498211  T
Q  101 acctctctgggtgcacagaaatcaatgcactaagtctgtggtccatccttgatggcatacagtctttaaaacgactaaaattgaaagagtgttgcaactt 200  Q
    |||| ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||   |||| |||| |||||||||||    
T  23498210 acctttcacggtgcacagaaatcaatgcattaagtctgtggtccatccttgatggcatacaatctttgaaacggctctcattgcaagattgttgcaactt 23498111  T
Q  201 agaatgtctccccgagaatatccgaaaccattcaatgctaaaacggcttgatttagatgattgcaggaaactagtgtccctagcagagcttccaccatcc 300  Q
     |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  23498110 ggaatgtgtccctgagaacatacgaaaccattcaatgctaaaatggctagttttagatgattgcaggaaacttgtgtctctaacagagcttccgccatcc 23498011  T
Q  301 ctgttatatttgaaagccgttaactgcaattatctggacacgaactccactcaacggt 358  Q
    || |||| |||||  ||| |||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||||    
T  23498010 ctattatgtttgagtgccattaattgcacttatctggacacagactccactcaacggt 23497953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 47 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 23462540 - 23462246
Alignment:
Q  47 ttgttgggaataagttatcaaatgatcatggactggggtctgttacagaactagacctctctgggtgcacagaaatcaatgcactaagtctgtggtccat 146  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  23462540 ttgttgggaataagttaacagatgatcatggactggggtctgttacagagctagacctttctgggtgcacagaaatcaatgcaataagtctgtcgtccat 23462441  T
Q  147 ccttgatggcatacagtctttaaaacgactaaaattgaaagagtgttgcaacttagaatgtctccccgagaatatccgaaaccattcaatgctaaaacgg 246  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| || | |||||||||||||||| || ||    
T  23462440 ccttgatggcatacaatctttaaaacggctaaaattgaatgagtgttgcaacttagaatgtctccctaagaacatacaaaaccattcaatgctagaatgg 23462341  T
Q  247 cttgatttagatgattgcaggaaactagtgtccctagcagagcttccaccatccctgttatatttgaaagccgttaactgcaattatctggacac 341  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||| ||||| ||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||  |||||||||||    
T  23462340 cttgaattagacaattgcaggaaacttgtgtctctaacagagattccgccatccctgttttatttaacagccgttaattgcacatatctggacac 23462246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 23446561 - 23446204
Alignment:
Q  1 agaaaacttacttctcttggcctaactgagtgcaaaaatcttaactttgttgggaataagttatcaaatgatcatggactggggtctgttacagaactag 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | ||||| || || |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  23446561 agaaaacttacttcgcttggcctatccgagtgtaacaagcttaacattgttgggaataagttaacaaatgatcatggacttgggtctgttaccgagctag 23446462  T
Q  101 acctctctgggtgcacagaaatcaatgcactaagtctgtggtccatccttgatggcatacagtctttaaaacgactaaaattgaaagagtgttgcaactt 200  Q
    |||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||   |||| | |||||||||||| |    
T  23446461 accttttagggtgcacagaaatcaatgcattaagtctgtggtctatccttgatggcatacagtctttaaaatggctctcattgcatgagtgttgcaacat 23446362  T
Q  201 agaatgtctccccgagaatatccgaaaccattcaatgctaaaacggcttgatttagatgattgcaggaaactagtgtccctagcagagcttccaccatcc 300  Q
     ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||| | || | ||||||||||||||||||||| |||||  || |||||||||| ||||||    
T  23446361 ggaatgtctccccgagaacatacaaaaccattcaatgctaaaaagtctagctttagatgattgcaggaaacttgtgtctgtaacagagcttccgccatcc 23446262  T
Q  301 ctgttatatttgaaagccgttaactgcaattatctggacacgaactccactcaacggt 358  Q
    || |||| |||||  ||| |||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||||    
T  23446261 ctattatctttgagtgccattaattgcacttatctggacacagactccactcaacggt 23446204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 40 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 23471657 - 23471356
Alignment:
Q  40 cttaactttgttgggaataagttatcaaatgatcatggactggggtctgttacagaactagacctctctgggtgcacagaaatcaatgcactaagtctgt 139  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||| |||    
T  23471657 cttaacattgtcgggaataagttatcagatgatcatggacttgggtttgttacggaactagacctttcagggtgcacagaaattaatgcattaagtttgt 23471558  T
Q  140 ggtccatccttgatggcatacagtctttaaaacgactaaaattgaaagagtgttgcaacttagaatgtctccccgagaatatccgaaaccattcaatgct 239  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  23471557 ggtccatccttgatggcatacaatctttaaaacagctaaaattgaaagagtgttgcaacttagaaagtctcccagagaatatccaaaaccattcaatgct 23471458  T
Q  240 aaaacggcttgatttagatgattgcaggaaactagtgtccctagcagagcttccaccatccctgttatatttgaaagccgttaactgcaattatctggac 339  Q
    | || ||||||| ||||||||||||||||| || ||| | ||   ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  23471457 agaatggcttgaattagatgattgcaggaacctcgtgactctgatagagcttccgccatccctgttatattttaaagctgttaattgcacttatctggac 23471358  T
Q  340 ac 341  Q
    ||    
T  23471357 ac 23471356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 4 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 23439157 - 23438820
Alignment:
Q  4 aaacttacttctcttggcctaactgagtgcaaaaatcttaactttgttgggaataagttatcaaatgatcatggactggggtctgttacagaactagacc 103  Q
    |||||||||||||||  | ||||| |||| || || |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  23439157 aaacttacttctctttccataactaagtgtaacaagcttaacattgttgggaataagttatcagatgatcatggactggggtctgttacacagctagacc 23439058  T
Q  104 tctctgggtgcacagaaatcaatgcactaagtctgtggtccatccttgatggcatacagtctttaaaacgactaaaattgaaagagtgttgcaacttaga 203  Q
    | || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23439057 tttcagggtgcacagaaatcaatgcattaagtctatggtccatacttgatggtatacgatctttaaaacggctaaaattgaatgagtgttgcaacttaga 23438958  T
Q  204 atgtctccccgagaatatccgaaaccattcaatgctaaaacggcttgatttagatgattgcaggaaactagtgtccctagcagagcttccaccatccctg 303  Q
    ||||||||| ||||| || | |||||||  ||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||  ||||||||| |  |||||||    
T  23438957 atgtctccctgagaacatacaaaaccatataatgctagaatggcttgaattagacgattgcaggaaacttgtgtctctgacagagcttctattatccctg 23438858  T
Q  304 ttatatttgaaagccgttaactgcaattatctggacac 341  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  23438857 ttatatttaaaagctgttaattgcacttatctggacac 23438820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 40 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 23382784 - 23382483
Alignment:
Q  40 cttaactttgttgggaataagttatcaaatgatcatggactggggtctgttacagaactagacctctctgggtgcacagaaatcaatgcactaagtctgt 139  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||   ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23382784 cttaacattgttgggaaaaagttatcagatgatcatggacttttgtcggttacagaactagacctttcagggtgcacagaaatcaatgcattaagtctgt 23382685  T
Q  140 ggtccatccttgatggcatacagtctttaaaacgactaaaattgaaagagtgttgcaacttagaatgtctccccgagaatatccgaaaccattcaatgct 239  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  23382684 ggtccatccttgatggtatacagtctttaaaacggctaaaattgaatgagtgtgtcaacttagaatgtctcccagagaacatgcgaaaccattcaatgct 23382585  T
Q  240 aaaacggcttgatttagatgattgcaggaaactagtgtccctagcagagcttccaccatccctgttatatttgaaagccgttaactgcaattatctggac 339  Q
    | || ||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||| ||||||||||| | ||| | ||||||||| ||||  |||||||||    
T  23382584 agaatggcttgaattggatgattgcaggaaacttgtgtctctgacagagcttccgccatccctgttttctttaacagccgttaattgcacatatctggac 23382485  T
Q  340 ac 341  Q
    ||    
T  23382484 ac 23382483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 4 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 23468187 - 23467887
Alignment:
Q  4 aaacttacttctcttggcctaactgagtgcaaaaatcttaactttgttgggaataagttatcaaatgatcatggactggggtctgttacagaactagacc 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || || || |||  ||||||||| ||||||||| |||||||||| || |||| |||||| ||||||||||    
T  23468187 aaacttacttctcttggtctaactgagtgtaacaagctcaacactgttgggaagaagttatcagatgatcatgggcttgggtttgttaccgaactagacc 23468088  T
Q  104 tctctgggtgcacagaaatcaatgcactaagtctgtggtccatccttgatggcatacagtctttaaaacgactaaaattgaaagagtgttgcaacttaga 203  Q
    | || ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23468087 tttcagggtgcacagaaatcgatgcattaagtctgtggtccatcctcgatggtatatagtctttaaaacggctaaaattgaaagagtgttgcaacttaga 23467988  T
Q  204 atgtctccccgagaatatccgaaaccattcaatgct-aaaacggcttgatttagatgattgcaggaaactagtgtccctagcagagcttccaccatccct 302  Q
       ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |   || |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  23467987 tgttctccccgacaatatccaaaaccattcaatgttgggaatggcttgatttagatgattgcaggaaaattgtgtctctaacagagcttccaccatccct 23467888  T
Q  303 g 303  Q
    |    
T  23467887 g 23467887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 47 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 23403921 - 23403627
Alignment:
Q  47 ttgttgggaataagttatcaaatgatcatggactggggtctgttacagaactagacctctctgggtgcacagaaatcaatgcactaagtctgtggtccat 146  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  23403921 ttgttgggaataagttaacagatgatcatggactggggtctgttacagagctagacctttcagggtgcacagaaatcaatgcatcaagtctgtggtccat 23403822  T
Q  147 ccttgatggcatacagtctttaaaacgactaaaattgaaagagtgttgcaacttagaatgtctccccgagaatatccgaaaccattcaatgctaaaacgg 246  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||| ||||| ||  |||| |||||| ||||  || ||    
T  23403821 acttgatggtatacagtctttaaaacggctaaaattgaatgagtgtgtcaacttagagtgtctcccagagaacatgggaaagcattcattgcttgaatgg 23403722  T
Q  247 cttgatttagatgattgcaggaaactagtgtccctagcagagcttccaccatccctgttatatttgaaagccgttaactgcaattatctggacac 341  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  23403721 cttgaattggatgattgcaggaaacttgtgtctctgacagagcttccgccatccttgttagattttaaagccgttaattgcacttatctggacac 23403627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0201 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 1)
Name: scaffold0201
Description:

Target: scaffold0201; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 40 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 10692 - 10391
Alignment:
Q  40 cttaactttgttgggaataagttatcaaatgatcatggactggggtctgttacagaactagacctctctgggtgcacagaaatcaatgcactaagtctgt 139  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |    || |||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  10692 cttaacattgttgggaaaaagttatcagatgatcatggatttttatcggttacacaactagacctttcagggtgtacagaaatcaatgcattaagtctgt 10593  T
Q  140 ggtccatccttgatggcatacagtctttaaaacgactaaaattgaaagagtgttgcaacttagaatgtctccccgagaatatccgaaaccattcaatgct 239  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||   |||||||||||||||||||||||| | ||| || | |||||||||||||||    
T  10592 ggtccatccttgatggcatacattctttaaaacggctaacattgaataggtgttgcaacttagaatgtctccctgtgaacatacaaaaccattcaatgct 10493  T
Q  240 aaaacggcttgatttagatgattgcaggaaactagtgtccctagcagagcttccaccatccctgttatatttgaaagccgttaactgcaattatctggac 339  Q
      || ||||||| |||||||||||||||||||| |||||  || ||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||| ||||||||||    
T  10492 tgaatggcttgaattagatgattgcaggaaacttgtgtctgtaacagacattccgccatccctgttatatttaaaagccgtcaattgcacttatctggac 10393  T
Q  340 ac 341  Q
    ||    
T  10392 ac 10391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 40 - 356
Target Start/End: Original strand, 12897770 - 12898086
Alignment:
Q  40 cttaactttgttgggaataagttatcaaatgatcatggactggggtctgttacagaactagacctctctgggtgcacagaaatcaatgcactaagtctgt 139  Q
    |||||| |||||||||| |||||| |||||||||  ||| ||| |||  ||||||   | ||||| || || |||||| |||||||| ||   |  ||||    
T  12897770 cttaacattgttgggaagaagttaacaaatgatccaggattggagtcacttacagttttggacctttcgggatgcacacaaatcaatacatcgaacctgt 12897869  T
Q  140 ggtccatccttgatggcatacagtctttaaaacgactaaaattgaaagagtgttgcaacttagaatgtctccccgagaatatccgaaaccattcaatgct 239  Q
    ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||| | | || ||||||||||||  ||||||| | || |||| || | |||||||| |    
T  12897870 ggttcatccttgacggcatacaatctttaaaacgattaaatttgagaaaatgctgcaacttagaaactctccccaacaacatccaaagcaattcaatgtt 12897969  T
Q  240 aaaacggcttgatttagatgattgcaggaaactagtgtccctagcagagcttccaccatccctgttatatttgaaagccgttaactgcaattatctggac 339  Q
      || ||||| |||||||||| |||||||||||   ||||||| |  |||||||  ||||  ||  | |||||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  12897970 gcaaaggcttaatttagatgaatgcaggaaactcaagtccctacctaagcttcctgcatctttgcaaaatttgagagccattaactgccattatctggac 12898069  T
Q  340 acgaactccactcaacg 356  Q
    || || |||| ||||||    
T  12898070 actaattccattcaacg 12898086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University