View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9483_low_13 (Length: 447)

Name: NF9483_low_13
Description: NF9483
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9483_low_13
NF9483_low_13
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (27-439)||(3801149-3801561)
chr4 (82-439)||(4218261-4218618)
chr4 (65-428)||(4009597-4009960)
chr4 (27-424)||(3919908-3920305)
chr4 (35-424)||(3933132-3933521)
chr4 (65-359)||(3955723-3956011)
chr4 (27-424)||(3817159-3817556)
chr4 (27-428)||(4024795-4025190)
chr4 (65-423)||(4001905-4002258)
chr4 (45-422)||(3986576-3986953)
chr4 (16-424)||(3809565-3809976)
chr4 (56-226)||(4018309-4018479)
chr4 (387-439)||(3954556-3954608)
chr4 (56-226)||(3963629-3963799)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (27-428)||(13397510-13397914)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (113-188)||(7031024-7031099)
chr8 (155-219)||(7075196-7075263)
chr8 (385-417)||(7030801-7030833)
chr8 (291-355)||(7081381-7081445)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 285; Significance: 1e-159; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 27 - 439
Target Start/End: Original strand, 3801149 - 3801561
Alignment:
Q  27 aacttcttgaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaat 126  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||| |||||||  ||||||||||| |||| |||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3801149 aacttcttgaattggcagtcttttaagtttgtctagcagactttcccatacttctttacattttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaat 3801248  T
Q  127 ggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtg 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3801249 ggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtactccatttcaggatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtg 3801348  T
Q  227 cttcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctact 326  Q
    |||| ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  3801349 cttcactagaatccaataccccaacctcatatagatcatcgtcatacacttcattaggaataagtacttgcttatctctacttgttacaattattctact 3801448  T
Q  327 atcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatcctt 426  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3801449 atcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatctctagcagaccttcttccttaatatcatcaagatcaataagaaccttcatacggccaatcctt 3801548  T
Q  427 ctatgagtattat 439  Q
    |||||| ||||||    
T  3801549 ctatgaatattat 3801561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 82 - 439
Target Start/End: Original strand, 4218261 - 4218618
Alignment:
Q  82 ttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcattt 181  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |||||||||| || |||||||| ||||    
T  4218261 ttatgttttccacgaaacatatgacccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgaccaccttctttgatagatcgtagtacttaattt 4218360  T
Q  182 caagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcatt 281  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4218361 caagatgactttctttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcatcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcatt 4218460  T
Q  282 agcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatctttttcc 381  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||    
T  4218461 agcaataagtacttgcttatctctagatgttacaatgattctactatcggatcgaaaccaatcaagagttccaaataacatctctagcagaccttcttcc 4218560  T
Q  382 tcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatccttctatgagtattat 439  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  4218561 ttaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggtcaatccttctatgaatattat 4218618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 65 - 428
Target Start/End: Original strand, 4009597 - 4009960
Alignment:
Q  65 gactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatag 164  Q
    ||||||||||||||||||| | | |||||||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||  ||||||||||    
T  4009597 gactttcccattcttccttgtcttttccacgaagtagatgagccaaaacttcaagaactaatggaattcctttggcataatcgaccactttctttgatag 4009696  T
Q  165 ctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgctagaattcaataccccaacttcatatacatca 264  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||| ||||    
T  4009697 atcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctgatatagatca 4009796  T
Q  265 tcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatcc 364  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||     
T  4009797 tcatcttcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttgttaaaattattctactatcggatcgaaaccaatcaagagttctaaataacatct 4009896  T
Q  365 ttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatccttct 428  Q
     |||| || ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4009897 ctagctgaccttcttccttaacatcatcaagaacaataagaaccttcatacgaccaatccttct 4009960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 27 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 3920305 - 3919908
Alignment:
Q  27 aacttcttgaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaat 126  Q
    ||||| ||||| ||| | |||||| ||| |||||||  ||||||||||| |||| || | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3920305 aactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttgttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaat 3920206  T
Q  127 ggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtg 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3920205 ggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtactccatttcaggatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtg 3920106  T
Q  227 cttcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctact 326  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||   | ||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||    
T  3920105 cttcactagaatccaataccctaacctcatatagaccatcatgatcaacttcattagtccttagtacttgcttatctctggatgttagaattattctact 3920006  T
Q  327 atcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatcc 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| | ||||  | |||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||    
T  3920005 atcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatctcgagctgatctgtctccttgacatcatcaagaacgataagaaccttcatgcggctaatcc 3919908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 35 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 3933521 - 3933132
Alignment:
Q  35 gaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcc 134  Q
    ||||||| | |||||| ||| |||||||   |||||||||| |||| |||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3933521 gaattggcagtcttttaagtttgtctagcttactttcccatacttctttacattttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcc 3933422  T
Q  135 tttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgcta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  3933421 tttggcatattcgatcaccctctctgatagctcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcacta 3933322  T
Q  235 gaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagatt 334  Q
    |||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| |||||||||||| | || ||| |||||||||| |||| |  |||||||||||||||||||  ||     
T  3933321 gaatccaataccctaacctcacatagatcatcattatcaacttcattggtaacaagcacttgcttatttctactggttacaattattctactatctaatc 3933222  T
Q  335 gaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatcc 424  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| |||| |  | ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  3933221 gaaaccaatcaagagatccaaataacatctctagcagatctgtttcattgacatcatcaagaacaataagaactttcatgcggccgatcc 3933132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 65 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 3956011 - 3955723
Alignment:
Q  65 gactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatag 164  Q
    ||||||||||||||||||| | | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||    
T  3956011 gactttcccattcttccttgtcttttccacgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgaaag 3955912  T
Q  165 ctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgctagaattcaataccccaacttcatatacatca 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||         
T  3955911 ctcatagtactccatttcaagatgactttgattaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaacttcatata----- 3955817  T
Q  265 tcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataa 359  Q
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3955816 -tatcatcaacttcattagtaataagtacttgcttgtctctaattgttacaattattctactatcagatcgaaaccaatcaagagttccaaataa 3955723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 27 - 424
Target Start/End: Original strand, 3817159 - 3817556
Alignment:
Q  27 aacttcttgaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaat 126  Q
    ||||| ||||| ||| | |||| | ||| |||||||  ||||||||||| |||| || | | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||     
T  3817159 aactttttgaactggcagtcttctaagtttgtctagctgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatatgagctaaaaccttaagaactaac 3817258  T
Q  127 ggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtg 226  Q
    ||||  ||||||||||| | || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  3817259 ggaatccctttggcataattgaccacactctttgatagctcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcgaattgaaaagcacaagtg 3817358  T
Q  227 cttcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctact 326  Q
    |||| ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||    | ||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||    
T  3817359 cttcactagaatccaataccccaacctcatatatatcatcatcttcaacttcattattccttagtacttgcttatctctggatgttagaattattctact 3817458  T
Q  327 atcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatcc 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| | ||||  | |||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||    
T  3817459 atcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatctcgagctgatctgtctccttgacatcatcaagaacgataagaaccttcatgcggctaatcc 3817556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 27 - 428
Target Start/End: Original strand, 4024795 - 4025190
Alignment:
Q  27 aacttcttgaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaat 126  Q
    ||||| ||||| ||| | |||||| ||| |||||||  ||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4024795 aactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaat 4024894  T
Q  127 ggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtg 226  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||  | |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  4024895 ggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtacaccgtttcaagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtg 4024994  T
Q  227 cttcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctact 326  Q
    |||| ||||||| |||||||||||| |||||||      ||| |||||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||| | |||||||| |||||    
T  4024995 cttcactagaatccaataccccaacctcatata------catgatcaacttcattacaaataagtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctact 4025088  T
Q  327 atcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatcctt 426  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||  || | || ||| ||||| ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4025089 atcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttcttccttaacgtcatcaagaacaataaggaccttcatacggccaatcctt 4025188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 65 - 423
Target Start/End: Original strand, 4001905 - 4002258
Alignment:
Q  65 gactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatag 164  Q
    ||||||||||| ||||||||  | |||||||||| | |||||| |||||||||| | ||||||||| |||||| |||||  | | |||||||||||||||    
T  4001905 gactttcccatacttccttaacttttccacgaagtaaatgagccaaaactttaacacctaatggaattccttttgcatacgcaaccaccctctttgatag 4002004  T
Q  165 ctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgctagaattcaataccccaacttcatatacatca 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||| || ||||  ||||| |||||||||||||||| ||||    
T  4002005 ctcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaatgaaaaagctcaagtgcctcactaggtttcaacaccccaacttcatatatatca 4002104  T
Q  265 tcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatcc 364  Q
         |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  4002105 -----atcaacttcattagtaataagtacttgcttgtctctagtcgttacaattatcctactatcggatcgaaaccaatcaagagttccaaataacatct 4002199  T
Q  365 ttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatc 423  Q
     ||   || ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4002200 ctatttgaccttcttccttaacatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatc 4002258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 45 - 422
Target Start/End: Original strand, 3986576 - 3986953
Alignment:
Q  45 tcttttcagtctgtctagtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatat 144  Q
    |||||| ||| |||||||  ||||||||||| |||| || | | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||     
T  3986576 tcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttgttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataa 3986675  T
Q  145 tcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgctagaattcaata 244  Q
    | || ||||||||||||||  ||||   |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||    
T  3986676 ttgaccaccctctttgatatttcatcaaactcagtttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagtgcaagtgcatcactagaatccaata 3986775  T
Q  245 ccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagattgaaaccaatc 344  Q
    ||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  3986776 ccccaacctcatatcgatcatcatcgtcaacttcattatcaaaaagtacttgcttatctctggctgttagaattattctactatctgattgaaaccagtc 3986875  T
Q  345 aagagttccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaat 422  Q
    ||||||| | |||||||||  |||| ||||||  |||| || |||||||||||  |||||||||||||| || |||||    
T  3986876 aagagtttcgaataacatctctagctgatcttcgtccttaacatcatcaagaatgataagaaccttcatgcgtccaat 3986953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 16 - 424
Target Start/End: Original strand, 3809565 - 3809976
Alignment:
Q  16 attactttatcaacttcttgaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactt 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| | |||| | ||| |||||||  ||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||||| ||| |||||||    
T  3809565 attactttatcaacttcttgaactggcagtcttctaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatattagccaaaactt 3809664  T
Q  116 taagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtact--tcat-ttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaatt 212  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |  |||  |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3809665 taagaactaatggaattcctttggcatattcggtcaccctctttgatacatcacaaaactgatcaacttcaagatcactttgtttaaaggcattcaaatt 3809764  T
Q  213 gaaaagcgcaagtgcttcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttatt 312  Q
    ||||||| ||||| ||||  ||| |  |||||||||||| ||| | | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||    
T  3809765 gaaaagctcaagttcttcagtaggacccaataccccaacctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgtt 3809864  T
Q  313 acaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttca 412  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||  |    ||| ||||| |  |||  |  ||||||||||| |||||||||||||    
T  3809865 aaaattattctactatcatattgaaaccaatcacaacttccaaataatttttccagctgatctgtacccttgacgtcatcaagaacgataagaaccttca 3809964  T
Q  413 tacggccaatcc 424  Q
    | ||||||||||    
T  3809965 tgcggccaatcc 3809976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 56 - 226
Target Start/End: Original strand, 4018309 - 4018479
Alignment:
Q  56 tgtctagtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccct 155  Q
    |||||||| ||||||||||| ||  ||||| | |||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| | || ||||||    
T  4018309 tgtctagttgactttcccatactagcttatcttttccgcgaagaagatgagccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataattgaccaccct 4018408  T
Q  156 ctttgatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtg 226  Q
    ||||| ||||||||||||||  |||||||| |   |   ||| || |||||||||||||||||| ||||||    
T  4018409 ctttgttagctcatagtactcaatttcaagttccttaactttgaaagcattcaaattgaaaagctcaagtg 4018479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 387 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 3954608 - 3954556
Alignment:
Q  387 atcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatccttctatgagtattat 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  3954608 atcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatccttctctgaatattat 3954556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 56 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 3963799 - 3963629
Alignment:
Q  56 tgtctagtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccct 155  Q
    |||||||| ||||||||||| ||  ||||| | |||| || |  | ||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |  | ||||||    
T  3963799 tgtctagttgactttcccatactagcttatcttttccgcggacaagatgcgccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataattcaccaccct 3963700  T
Q  156 ctttgatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtg 226  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||| |   |   ||| || |||||||||||||||||| ||||||    
T  3963699 ctttgatagctcattgtactcaatttcaagttccttacctttgaaagcattcaaattgaaaagctcaagtg 3963629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 27 - 428
Target Start/End: Original strand, 13397510 - 13397914
Alignment:
Q  27 aacttcttgaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaat 126  Q
    ||||| ||||||||| | |||||| ||| |||||||  |||||||||||  ||| ||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13397510 aactttttgaattggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatagttctttattctttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaat 13397609  T
Q  127 ggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtg 226  Q
    || | |||||||||||| |||| ||||||||||||||  |||||  |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13397610 gggattcctttggcataatcgaccaccctctttgatacatcataaaactcgttttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtg 13397709  T
Q  227 cttcgctagaattcaataccccaacttcatata---catcatcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattct 323  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||| |||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||    
T  13397710 cttcactagaatccaataccctaacctcatataaagcatcatcatcaacaacttcattagcaataagtacttgcttatccctggttgttataattattct 13397809  T
Q  324 actatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatc 423  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||| || ||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13397810 actatcagatcgaaaccaatcaagagttccaaataacatctccagctgaccttcttccgtaacatcatcaagaacaataagaaccttcatatggccaatc 13397909  T
Q  424 cttct 428  Q
    |||||    
T  13397910 cttct 13397914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 113 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 7031099 - 7031024
Alignment:
Q  113 ctttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcatttcaagatg 188  Q
    |||||||||||| |||||| |||  || ||| |||| || | ||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  7031099 ctttaagaactagtggaacacctgcggtataatcgaccatcttctttgatagctcatagtactccatttcgagatg 7031024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 219
Target Start/End: Original strand, 7075196 - 7075263
Alignment:
Q  155 tctttgatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgt---ttaaaggcattcaaattgaaaagc 219  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||   |||||||||| ||| |||||||||    
T  7075196 tctttgatagcttatagtactccatttcaagatgcttttgtttattaaaggcatgcaagttgaaaagc 7075263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 385 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 7030833 - 7030801
Alignment:
Q  385 atatcatcaagaacaataagaaccttcatacgg 417  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7030833 atatcgtcaagaacaataagaaccttcatacgg 7030801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 291 - 355
Target Start/End: Original strand, 7081381 - 7081445
Alignment:
Q  291 tacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaa 355  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| | | |  |||||||||||| |||||||    
T  7081381 tacttgcttatctttagttgttacaatgattctactacctgttccaaaccaatcaagtgttccaa 7081445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University