View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9486_low_34 (Length: 308)

Name: NF9486_low_34
Description: NF9486
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9486_low_34
NF9486_low_34
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (19-300)||(24269029-24269310)
chr2 (21-288)||(24245816-24246083)
chr2 (29-300)||(27192468-27192739)
chr2 (29-300)||(27509353-27509624)
chr2 (29-300)||(27842282-27842553)
chr2 (23-300)||(21395349-21395626)
chr2 (29-300)||(17683798-17684069)
chr2 (35-300)||(41920148-41920413)
chr2 (35-300)||(28666147-28666412)
chr2 (35-300)||(37824981-37825246)
chr2 (99-300)||(35609664-35609865)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (19-300)||(25542752-25543033)
chr5 (28-300)||(14192780-14193052)
chr5 (22-288)||(17871600-17871865)
chr5 (21-300)||(39883162-39883441)
chr5 (35-300)||(37372915-37373180)
chr5 (35-300)||(8428549-8428814)
chr5 (23-300)||(27881063-27881340)
chr5 (30-295)||(3689961-3690226)
chr5 (21-295)||(3876552-3876826)
chr5 (21-300)||(37261294-37261561)
chr5 (153-300)||(24629954-24630101)
chr5 (153-300)||(30346637-30346784)
chr5 (153-300)||(10025042-10025189)
chr5 (19-68)||(30346588-30346637)
chr5 (14-68)||(24629900-24629954)
chr5 (19-68)||(10025189-10025238)
chr5 (259-288)||(6089201-6089230)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (14-300)||(1860656-1860942)
chr4 (23-300)||(49710152-49710428)
chr4 (35-300)||(35855886-35856151)
chr4 (23-300)||(38518075-38518352)
chr4 (35-300)||(49786803-49787068)
chr4 (153-300)||(55559131-55559278)
chr4 (35-194)||(13337320-13337479)
chr4 (29-106)||(618193-618270)
chr4 (19-68)||(55559082-55559131)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (19-300)||(186534-186814)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (19-300)||(5828514-5828795)
chr7 (28-288)||(21070030-21070290)
chr7 (22-288)||(22843795-22844060)
chr7 (35-300)||(7036699-7036964)
chr7 (23-300)||(9001108-9001385)
chr7 (35-300)||(12781123-12781389)
chr7 (35-300)||(12785953-12786218)
chr7 (153-300)||(42232063-42232210)
chr7 (19-68)||(42232210-42232259)
chr7 (105-145)||(18939144-18939184)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (19-300)||(21113703-21113984)
chr8 (35-300)||(25218540-25218805)
chr8 (35-300)||(30307156-30307421)
chr8 (35-300)||(7821817-7822082)
chr8 (66-300)||(31978533-31978767)
chr8 (35-300)||(25209022-25209272)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (29-300)||(5229-5499)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (19-297)||(18988-19266)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (19-300)||(10110579-10110860)
chr3 (21-300)||(52918045-52918323)
chr3 (19-300)||(10000386-10000667)
chr3 (21-300)||(50410151-50410426)
chr3 (29-300)||(10968751-10969021)
chr3 (31-288)||(13530030-13530287)
chr3 (35-300)||(32750-33015)
chr3 (34-300)||(10237535-10237800)
chr3 (29-300)||(11368625-11368898)
chr3 (21-298)||(11362239-11362517)
chr3 (21-296)||(10038623-10038888)
chr3 (105-300)||(46913050-46913245)
chr3 (133-300)||(47692948-47693115)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (28-296)||(983-1251)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (21-300)||(10187523-10187802)
chr6 (30-300)||(2202149-2202419)
chr6 (22-288)||(30881318-30881583)
chr6 (29-300)||(18344104-18344375)
chr6 (21-300)||(15333622-15333901)
chr6 (35-298)||(29640003-29640266)
chr6 (35-298)||(31510174-31510437)
chr6 (151-300)||(12517367-12517516)
[»] scaffold0073 (2 HSPs)
scaffold0073 (23-300)||(31912-32188)
scaffold0073 (66-300)||(19436-19670)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (21-300)||(36207194-36207473)
chr1 (30-300)||(2453087-2453357)
chr1 (21-300)||(16042004-16042283)
chr1 (21-300)||(2329148-2329424)
chr1 (32-300)||(18148667-18148935)
chr1 (35-297)||(37390127-37390389)
chr1 (35-300)||(6310969-6311235)
chr1 (21-300)||(48775296-48775575)
chr1 (102-300)||(48238519-48238717)
chr1 (153-300)||(52500648-52500795)
chr1 (29-144)||(48233513-48233628)
chr1 (14-68)||(52500795-52500849)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (35-300)||(321311-321576)
[»] scaffold0356 (1 HSPs)
scaffold0356 (23-300)||(17839-18109)
[»] scaffold0550 (1 HSPs)
scaffold0550 (21-300)||(533-812)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (21-296)||(182794-183069)
scaffold0003 (21-298)||(165511-165789)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (35-300)||(48911-49176)
[»] scaffold0025 (1 HSPs)
scaffold0025 (74-300)||(16663-16889)
[»] scaffold0118 (2 HSPs)
scaffold0118 (153-300)||(28727-28874)
scaffold0118 (19-68)||(28678-28727)
[»] scaffold0888 (1 HSPs)
scaffold0888 (188-300)||(30-142)
[»] scaffold1424 (1 HSPs)
scaffold1424 (224-300)||(1627-1703)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (23-98)||(39937-40012)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 19 - 300
Target Start/End: Original strand, 24269029 - 24269310
Alignment:
Q  19 caacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtg 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24269029 caacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtg 24269128  T
Q  119 tatcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatata 218  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24269129 tatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatata 24269228  T
Q  219 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  24269229 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 24269310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 21 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 24246083 - 24245816
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||| |||||||    
T  24246083 acgctttggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctaaagatttgctcataacggacacaacaaatccgtggatgtcacttatagaccttgtgta 24245984  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24245983 tcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 24245884  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaa 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24245883 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagatctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaa 24245816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 29 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 27192739 - 27192468
Alignment:
Q  29 gatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatt 128  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27192739 gatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctaaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatt 27192640  T
Q  129 tgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcact 228  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27192639 tgaatgataaccttggtgaccctctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcgct 27192540  T
Q  229 gattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  27192539 gattctaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctatttgtcgatcgggtgaaatttttgatgtcca 27192468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 29 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 27509624 - 27509353
Alignment:
Q  29 gatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatt 128  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27509624 gatgagaatggtgagatgaaggtagaaattcctaaagatttgctcatgtcggacacaacaaattcgttgatatcacttatagactttgtgtatcccgatt 27509525  T
Q  129 tgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcact 228  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27509524 tgaatgataaccttggtgacctgctatttttccaagaaaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcact 27509425  T
Q  229 gattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  27509424 gattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctaatgtcca 27509353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 29 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 27842553 - 27842282
Alignment:
Q  29 gatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatt 128  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27842553 gatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctaaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatt 27842454  T
Q  129 tgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcact 228  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27842453 tgaatgataaccttggtgaccctctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcgct 27842354  T
Q  229 gattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  27842353 gattctaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctatttgtcgatcgggtgaaatttttgatgtcca 27842282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 23 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 21395626 - 21395349
Alignment:
Q  23 gctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatc 122  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  21395626 gcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcgcttatagactttgtatatc 21395527  T
Q  123 ccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgat 222  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21395526 ccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgat 21395427  T
Q  223 gtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  21395426 gtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 21395349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 29 - 300
Target Start/End: Original strand, 17683798 - 17684069
Alignment:
Q  29 gatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatt 128  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17683798 gatgagaatggtaaaatgaaggtagaaattcctgaatattcgctcatattggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatt 17683897  T
Q  129 tgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcact 228  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17683898 tgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgctccaacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatatatgatgtcact 17683997  T
Q  229 gattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  17683998 gattccaggtgaagagaaagagtatttaagctatgattttgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 17684069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Original strand, 41920148 - 41920413
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41920148 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatg 41920247  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  41920248 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattaagcatgttaacgaatttatgatgtcgttgattcc 41920347  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  41920348 aggtgaagataaagagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 41920413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Original strand, 28666147 - 28666412
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  28666147 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatg 28666246  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||     
T  28666247 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattct 28666346  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||||| |||||||||||    
T  28666347 aggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 28666412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Original strand, 37824981 - 37825246
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||    
T  37824981 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctaaatg 37825080  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||     
T  37825081 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattct 37825180  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||||| |||||||||||    
T  37825181 aggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 37825246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 99 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 35609865 - 35609664
Alignment:
Q  99 tgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagt 198  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35609865 tgtcacttatagactttgtgtattccgatttgaatgataacattggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagt 35609766  T
Q  199 tgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtc 298  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  35609765 tgagtatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattatgtttgtcgatcgagtgaaaattctgatgtc 35609666  T
Q  299 ca 300  Q
    ||    
T  35609665 ca 35609664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 238; Significance: 1e-132; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 19 - 300
Target Start/End: Original strand, 25542752 - 25543033
Alignment:
Q  19 caacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtg 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25542752 caacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagattttctcatatcggacacaacaaatatgttgatgtcacttatagactttgtg 25542851  T
Q  119 tatcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatata 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25542852 tatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatata 25542951  T
Q  219 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  25542952 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattatgatgtcca 25543033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 28 - 300
Target Start/End: Original strand, 14192780 - 14193052
Alignment:
Q  28 ggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgat 127  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14192780 ggatcagaatggtgaaatgaaggtagaaatttctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgat 14192879  T
Q  128 ttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcac 227  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14192880 ttgaatgataaccttggtgatccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcac 14192979  T
Q  228 tgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14192980 tgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 14193052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 22 - 288
Target Start/End: Original strand, 17871600 - 17871865
Alignment:
Q  22 cgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtat 121  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17871600 cgcttcggatgaga-tggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacattgtgtat 17871698  T
Q  122 cccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatga 221  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17871699 ctcgatttaaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaagggaaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatga 17871798  T
Q  222 tgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaa 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17871799 tgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctggttctgtttgtcgatcgggtgaaaa 17871865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 21 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 39883441 - 39883162
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39883441 acgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagatattcctaaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgta 39883342  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39883341 tcccgatctgaatgataaccttggtgcccagctattttgccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatg 39883242  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| || | |||||||||    
T  39883241 atgtcgttgattccaagtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgacaattatgatgtcca 39883162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 37373180 - 37372915
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37373180 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacataacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatg 37373081  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  37373080 ataaccttggtgaccaactatttttcgaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaaccaatttatgatgtcactgattcc 37372981  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||| || |||||||||||    
T  37372980 aggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctatttttagatcgggtgataattctgatgtcca 37372915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Original strand, 8428549 - 8428814
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8428549 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatg 8428648  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  8428649 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattcc 8428748  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||| | |||||||||||    
T  8428749 aggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaatattctgatgtcca 8428814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 23 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 27881340 - 27881063
Alignment:
Q  23 gctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatc 122  Q
    |||| |||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27881340 gcttcggatgacaatggtgaaataaaggtagaaactcctgaagatttgctgatatcggacccaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatc 27881241  T
Q  123 ccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgat 222  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  27881240 ccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagctgagcatgttaacgaatttatgat 27881141  T
Q  223 gtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  27881140 gtcgctgattccaagtgaagagaaagagtatttaagctctgattctatttgtagatcgggtgaaaattatgatgtcca 27881063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 30 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 3690226 - 3689961
Alignment:
Q  30 atgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgattt 129  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| || | |||||||  |||||||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  3690226 atgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcccaaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatggactttgtatatcccgattt 3690127  T
Q  130 gaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactg 229  Q
    |||||||||| ||||||||   || ||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3690126 gaatgataacattggtgacccactcttttttcaagaaaagtgaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtg 3690027  T
Q  230 attccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgat 295  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  3690026 attccaagtggagagaaagagtatttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaattctgat 3689961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 21 - 295
Target Start/End: Original strand, 3876552 - 3876826
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| || | |||||||  |||||||||||| || |||||||| ||    
T  3876552 acgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcccaaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatggactttgtata 3876651  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||   || ||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3876652 tcccgatttgaatgataacattggggacccactcttttttcaagaaaagtgaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatg 3876751  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgat 295  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  3876752 atgtcagtgattccaagtggagagaaagagtatttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaattctgat 3876826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 21 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 37261561 - 37261294
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||  | |||||||||          ||||||||    
T  37261561 acgcttcggatgagaatggtgaaacgaaggtataaatttccgaagatttgcttatattggacacaacaa--ccgttgatgtc----------tttgtgta 37261474  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||||  | ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  37261473 tcccaatttgaatgataaccttaatgacccgttattttttcaagaaaggggaatacttgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatg 37261374  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  37261373 atgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 37261294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 153 - 300
Target Start/End: Original strand, 24629954 - 24630101
Alignment:
Q  153 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24629954 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 24630053  T
Q  253 tttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  24630054 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 24630101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 153 - 300
Target Start/End: Original strand, 30346637 - 30346784
Alignment:
Q  153 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30346637 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattaagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 30346736  T
Q  253 tttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  30346737 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 30346784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 153 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 10025189 - 10025042
Alignment:
Q  153 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  10025189 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcattgattccaagtgaagagaaagagta 10025090  T
Q  253 tttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  10025089 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 10025042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 68
Target Start/End: Original strand, 30346588 - 30346637
Alignment:
Q  19 caacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatt 68  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30346588 caacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 30346637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 68
Target Start/End: Original strand, 24629900 - 24629954
Alignment:
Q  14 gacatcaacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatt 68  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  24629900 gacaacaacgcttcggatgagaatggttaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 24629954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 10025238 - 10025189
Alignment:
Q  19 caacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatt 68  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  10025238 caacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctaaagatt 10025189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 259 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 6089230 - 6089201
Alignment:
Q  259 ctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaa 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6089230 ctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaa 6089201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 14 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 1860942 - 1860656
Alignment:
Q  14 gacatcaacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagact 113  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1860942 gacaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctaaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagact 1860843  T
Q  114 ttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacga 213  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1860842 ttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacga 1860743  T
Q  214 atatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  1860742 atatatgatgtcactgattctgggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 1860656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 23 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 49710428 - 49710152
Alignment:
Q  23 gctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatc 122  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  49710428 gcttcggatgaaaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatcc-ttgatgtcacttatagactttgtgtatc 49710330  T
Q  123 ccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgat 222  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  49710329 ccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgat 49710230  T
Q  223 gtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  49710229 gtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 49710152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 35856151 - 35855886
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35856151 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatg 35856052  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  35856051 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattcc 35855952  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  35855951 aggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 35855886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 23 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 38518352 - 38518075
Alignment:
Q  23 gctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatc 122  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38518352 gctttgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatc 38518253  T
Q  123 ccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgat 222  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  38518252 ccgatctaaatgataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgat 38518153  T
Q  223 gtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  38518152 gtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 38518075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Original strand, 49786803 - 49787068
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  49786803 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatg 49786902  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  49786903 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatattaacgaatttatgatgtcgctgattcc 49787002  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||||| |||||||||||    
T  49787003 aggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 49787068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 153 - 300
Target Start/End: Original strand, 55559131 - 55559278
Alignment:
Q  153 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55559131 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 55559230  T
Q  253 tttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  55559231 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 55559278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 35 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 13337479 - 13337320
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13337479 aatggtgaaatgaaggtagaaattcatgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgtttatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatg 13337380  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgatt 194  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  13337379 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcatcaacgcttgatt 13337320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 106
Target Start/End: Original strand, 618193 - 618270
Alignment:
Q  29 gatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcactt 106  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||    
T  618193 gatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttcatgtcactt 618270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 68
Target Start/End: Original strand, 55559082 - 55559131
Alignment:
Q  19 caacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatt 68  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  55559082 caacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 55559131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 19 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 186814 - 186534
Alignment:
Q  19 caacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtg 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  186814 caacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgtacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtg 186715  T
Q  119 tatcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatata 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  186714 tatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagctgagcatgttaacgaatata 186615  T
Q  219 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  186614 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtg-aaattctgatgtcca 186534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 19 - 300
Target Start/End: Original strand, 5828514 - 5828795
Alignment:
Q  19 caacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtg 118  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5828514 caacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatcttttgatgtcacttatagactttgtg 5828613  T
Q  119 tatcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatata 218  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5828614 tatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgactcagttgagcatgttaacgaatata 5828713  T
Q  219 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  5828714 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattatgatgtcca 5828795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 28 - 288
Target Start/End: Original strand, 21070030 - 21070290
Alignment:
Q  28 ggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgat 127  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21070030 ggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgat 21070129  T
Q  128 ttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcac 227  Q
     ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21070130 ctgaatgataaccttggtaacctgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcac 21070229  T
Q  228 tgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaa 288  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21070230 tgattcctggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgttgatcgggtgaaaa 21070290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 22 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 22844060 - 22843795
Alignment:
Q  22 cgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtat 121  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22844060 cgcttcggatgaga-tggtgaaatgaaggtagaaattcttgaagatttgctcatatctgacacaacaaatctgttgatgtcacttatagacattgtgtat 22843962  T
Q  122 cccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatga 221  Q
    | |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22843961 ctcgatttaaatgataaccttggtgacctgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatga 22843862  T
Q  222 tgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaa 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22843861 tgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagttctgtttctgtttgtcgatcgggtgaaaa 22843795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 7036964 - 7036699
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7036964 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagattcgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatg 7036865  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  7036864 ataaccttggtgaccaactacttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattcc 7036765  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  7036764 aggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 7036699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 23 - 300
Target Start/End: Original strand, 9001108 - 9001385
Alignment:
Q  23 gctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatc 122  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | |||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  9001108 gcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcttgaagatttgttgatatcggacacaacaaatccgttgatgtctcttatagactttgtttatc 9001207  T
Q  123 ccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgat 222  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9001208 ccgatctgattgataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcactaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgat 9001307  T
Q  223 gtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  9001308 gtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 9001385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Original strand, 12781123 - 12781389
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12781123 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatataagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatg 12781222  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  12781223 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattcc 12781322  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgt-cgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |  ||||||||||||| |||||||||||    
T  12781323 aggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctatttttgagatcgggtgaaaattctgatgtcca 12781389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Original strand, 12785953 - 12786218
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  12785953 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatg 12786052  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||     
T  12786053 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattct 12786152  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||||| |||||||||||    
T  12786153 aggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 12786218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 153 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 42232210 - 42232063
Alignment:
Q  153 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42232210 tatttttccaagaaaggggaatactctcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 42232111  T
Q  253 tttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  42232110 tttaaactctgattttgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 42232063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 42232259 - 42232210
Alignment:
Q  19 caacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatt 68  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42232259 caacggttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 42232210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 18939184 - 18939144
Alignment:
Q  105 ttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggt 145  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18939184 ttataaactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggt 18939144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 300
Target Start/End: Original strand, 21113703 - 21113984
Alignment:
Q  19 caacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtg 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21113703 caacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgcttatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtg 21113802  T
Q  119 tatcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatata 218  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21113803 tatcttgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaaaaaaggggaatacttgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatata 21113902  T
Q  219 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  21113903 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 21113984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Original strand, 25218540 - 25218805
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25218540 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatg 25218639  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  25218640 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattcc 25218739  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  25218740 aggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 25218805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 30307421 - 30307156
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  30307421 aatggtgaaatgaatgtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaacg 30307322  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  30307321 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattcc 30307222  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  30307221 aggtgaagagaaagagtatttaagctccgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 30307156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 7822082 - 7821817
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  7822082 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtattccgatctgaatg 7821983  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |    
T  7821982 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgatttc 7821883  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  7821882 aggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 7821817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 66 - 300
Target Start/End: Original strand, 31978533 - 31978767
Alignment:
Q  66 atttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaaga 165  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  31978533 atttgctgatatcgggcacaacaaatctgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaaga 31978632  T
Q  166 aaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgat 265  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31978633 aaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgtcaacaaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 31978732  T
Q  266 tctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||    
T  31978733 tctgtttgtagatcgggggaaaattcagatgtcca 31978767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Original strand, 25209022 - 25209272
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||               ||||    
T  25209022 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatgtcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacttt---------------aatg 25209106  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  25209107 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattcc 25209206  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||| ||||| |||||||||||    
T  25209207 aggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctatttttagatcgggcgaaaattctgatgtcca 25209272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 29 - 300
Target Start/End: Original strand, 5229 - 5499
Alignment:
Q  29 gatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatt 128  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5229 gatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctattgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatt 5328  T
Q  129 tgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcact 228  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5329 tgaatgataaccttggtgacccgctatttt-ccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcact 5427  T
Q  229 gattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5428 gatttcaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 5499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 19 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 19266 - 18988
Alignment:
Q  19 caacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtg 118  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19266 caacgcttcggatgagaatgatgaaatgaaggtagaaatttctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatatgttgatgtcacttatagactttgtg 19167  T
Q  119 tatcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatata 218  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19166 tatcttgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaaaaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatata 19067  T
Q  219 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgt 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  19066 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgagtgaaaattctgatgt 18988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 19 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 10110860 - 10110579
Alignment:
Q  19 caacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtg 118  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10110860 caacgcttcggaggagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcagacgcaacaaatctgttgatgtcacttacagactttgtg 10110761  T
Q  119 tatcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatata 218  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10110760 tatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatata 10110661  T
Q  219 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  10110660 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10110579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 21 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 52918323 - 52918045
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||   || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  52918323 acgcttcggatgggaatggtgaaatgaaggtagaaattcctga-gatttgccgttaccggacacaacaaatctgttgatgccacttatagacttcgtgta 52918225  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52918224 tcccgatttgaatgataaccttggtgactcgctatttttccaagaaaggggaatacccgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 52918125  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  52918124 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattttgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 52918045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 10000667 - 10000386
Alignment:
Q  19 caacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtg 118  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  10000667 caacgcttcggaggagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcagatgcaacaaatctgttgatatcacttacagactttgtg 10000568  T
Q  119 tatcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatata 218  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10000567 tatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaagaggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatata 10000468  T
Q  219 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  10000467 tgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10000386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 21 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 50410426 - 50410151
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  50410426 acgctttggatgagaatggtgaaatgaa----gaaattcctgaagattttctcatatcggacacaacaaatccgctgatgtcacttatagactttgtgta 50410331  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  50410330 tcccgatttgaatgataaccttggcgacccactattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtcgagcatgttaacaaatatatg 50410231  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  50410230 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctctttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 50410151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 29 - 300
Target Start/End: Original strand, 10968751 - 10969021
Alignment:
Q  29 gatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatt 128  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10968751 gatgagaatggtgaaatgaaggtagaaatttctga-gatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatt 10968849  T
Q  129 tgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcact 228  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10968850 tgaatgataaacttcgtgacctgctatttttctaagcaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtttagcatgttaacgaatatatgatgtcact 10968949  T
Q  229 gattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10968950 gattccaggtgaagagaaagagtatttaagctcttattttgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10969021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 31 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 13530287 - 13530030
Alignment:
Q  31 tgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttg 130  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13530287 tgagaatggtgaaatgaaggtagaaattctagaagatttggtcatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttg 13530188  T
Q  131 aatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactga 230  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13530187 aatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttcattcagttgagcattttaacgaatatatgatgtcactga 13530088  T
Q  231 ttccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaa 288  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||    
T  13530087 gtccaggtgaagagaaagagtatttaagctctggttctgcttgtcgatcaggtgaaaa 13530030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 33015 - 32750
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  33015 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatggactttgtgtatcccgatctgaatg 32916  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  32915 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattcc 32816  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  32815 aagtgaagagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 32750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 34 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 10237800 - 10237535
Alignment:
Q  34 gaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaat 133  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  10237800 gaatggtgaaataacggtagaaattcctgaagaattgctcatatcagacgcaacaaatctgttgatgtcacttacagactttgtgtatctcgatttgaat 10237701  T
Q  134 gataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattc 233  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10237700 gataaccttggtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgttactgattc 10237601  T
Q  234 caggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  10237600 caggtgaagagaaagagta-ttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10237535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 29 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 11368898 - 11368625
Alignment:
Q  29 gatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatt 128  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  11368898 gatgagaatggtgaaatgaatgtagaaattcccgaagatttgctcatatccgacacaacaaatccgttgatgtcactcatagactttgtatatcccgatt 11368799  T
Q  129 tgaatgataaccttggtgacttgctattttt-ccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcac 227  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  11368798 tgaatgataacattggtgacccgctcttttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcag 11368699  T
Q  228 tgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaa-tctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  11368698 tgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattcaatttgtcgattgggtgaaaaagtctgatgtcca 11368625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 21 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 11362517 - 11362239
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||| |||||||| || | |||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||    
T  11362517 acgcttcgaatgagaatggtgaaatgaagggggaaattcccgaagatttactcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtata 11362418  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11362417 tcccgatttaaatgataacattggtgacccactatttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatg 11362318  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaaga-gtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtc 298  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  11362317 atgtcagtgattccaggtgaagagaaagatttttttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaagtctgatgtc 11362239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 21 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 10038888 - 10038623
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||   ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||          ||||||||    
T  10038888 acgctttagatgagaatggtgaaacgaaggtataaattttcgaagatttgcttatatcagacacaacaaatctgttgatgtc----------tttgtgta 10038799  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  10038798 tcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcaattgagcatattaatgaatatatg 10038699  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatg 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10038698 atgtcactgattccaggtgaagagaaatattatttaagctctcattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatg 10038623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 105 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 46913245 - 46913050
Alignment:
Q  105 ttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagca 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46913245 ttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggcgacccgctatttttccaagaaaggagaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagca 46913146  T
Q  205 tgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  46913145 tgttaacgaatatatgatgtcaccaattccaggtgaagaaaaatagtatttaagctttgattatgtttgtcgatcggggggaaattctgatgtcca 46913050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 133 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 47693115 - 47692948
Alignment:
Q  133 tgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgatt 232  Q
    ||||||||||||||||   | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  47693115 tgataaccttggtgacccacaattttcccaagaaaggggaatcctcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatacatgatgtcactaatt 47693016  T
Q  233 ccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  47693015 ccaggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctgtttgtcgatcggacgaaaattctgatgtcca 47692948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 28 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 1251 - 983
Alignment:
Q  28 ggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgat 127  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1251 ggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgat 1152  T
Q  128 ttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcac 227  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1151 ttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagtcgagcatgttaacgaatatatgatgtcac 1052  T
Q  228 tgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatg 296  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||    
T  1051 tgattccaagtgaagagaaagagtatttaagctctgattttgtttgtcaatcgggcgaaaattctgatg 983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 21 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 10187802 - 10187523
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10187802 acgcttcggatgagaatggtaaaatgaaggtagaaattcctgaatatttgctcatattggacacaaaaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgta 10187703  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10187702 tcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaaagggaatactcgctccaacacttgattcaattgagcatgttaacgaatatatg 10187603  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  10187602 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctatgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 10187523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 30 - 300
Target Start/End: Original strand, 2202149 - 2202419
Alignment:
Q  30 atgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgattt 129  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2202149 atgagaatggtgaaatgaatgtagaaattcccgaagatttgctcatatcgaacacaataaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgattt 2202248  T
Q  130 gaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactg 229  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  2202249 gaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagtagaacatgttaacgaatatatgatgtcactg 2202348  T
Q  230 attccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2202349 attccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctatttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 2202419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 22 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 30881583 - 30881318
Alignment:
Q  22 cgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtat 121  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30881583 cgcttcggatgaga-tggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacattgtgtat 30881485  T
Q  122 cccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatga 221  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30881484 ctcgatttaaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaagggaaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatga 30881385  T
Q  222 tgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaa 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30881384 tgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctggttctgtttgtcgatcgggtgaaaa 30881318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 29 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 18344375 - 18344104
Alignment:
Q  29 gatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatt 128  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18344375 gatgagaatagtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttcatgtcacttatagactttgtgtatcccgatt 18344276  T
Q  129 tgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcact 228  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  18344275 tgaatgataaccttggtgaccatctatttttccaagaaaggggaatacttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttgacgaatatatgatgtcgct 18344176  T
Q  229 gattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  18344175 gattccaggcgaagagaaagagtatttaagctttgattctatttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 18344104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 21 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 15333901 - 15333622
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| ||  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  15333901 acgcttcggatgagaatagtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgttgatatcgtacgtaacaaatccgttgatgtcactaatagactttgtgta 15333802  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15333801 tcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaacaaatgggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatttatg 15333702  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  15333701 atgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaggctctgattctgtttgtagatcaggtgaaaattctgatgtcca 15333622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 35 - 298
Target Start/End: Original strand, 29640003 - 29640266
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  29640003 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaccacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcctgatctgaatg 29640102  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  29640103 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattcc 29640202  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtc 298  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||    
T  29640203 aggtgaagagaaagagtatttaacctctaattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtc 29640266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 35 - 298
Target Start/End: Original strand, 31510174 - 31510437
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||    
T  31510174 aatggtgaaatgaaggtagaaatttcttaagatttgctgatatcaaccacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcctaatctgaatg 31510273  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  31510274 ataaccttggtgaccaactattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattcc 31510373  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtc 298  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||    
T  31510374 aggtgaagagaaagagtatttaacctctaattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtc 31510437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 151 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 12517516 - 12517367
Alignment:
Q  151 gctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagag 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12517516 gctatttttccaagaaaggggaatatttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagag 12517417  T
Q  251 tatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||    
T  12517416 tatttaagctctgattctgtttgatgatggggtgaaaattctgatgtcca 12517367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 2)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 23 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 32188 - 31912
Alignment:
Q  23 gctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatc 122  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32188 gcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatc 32089  T
Q  123 ccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgat 222  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32088 ccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaagaaagggg-atacttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgat 31990  T
Q  223 gtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  31989 gttgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 31912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 66 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 19670 - 19436
Alignment:
Q  66 atttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaaga 165  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  19670 atttgctgatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaaga 19571  T
Q  166 aaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgat 265  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19570 aaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgtcaacaaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 19471  T
Q  266 tctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  19470 tctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 19436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 21 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 36207473 - 36207194
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36207473 acgcttcggatgagaatggtgaattgaaggtagaaattcctgatgattttctcatatccgacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgta 36207374  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36207373 tcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgccccaacaattgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 36207274  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  36207273 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattatgtttgtcgatcgggtgaaaattatgatgtcca 36207194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 30 - 300
Target Start/End: Original strand, 2453087 - 2453357
Alignment:
Q  30 atgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgattt 129  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  2453087 atgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgaattccgattt 2453186  T
Q  130 gaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactg 229  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2453187 gaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgctttattgagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcacta 2453286  T
Q  230 attccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2453287 attccaggtgaagagaaagagtatttaggctctgattctatttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 2453357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 21 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 16042283 - 16042004
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  16042283 acgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcgcttatagactttgtgta 16042184  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    |||| || |||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16042183 tcccaatctgaatgataaccttggtgcccagctattttgccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatg 16042084  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  16042083 atgtcgctgattccaagtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 16042004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 21 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 2329424 - 2329148
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||   |||||    
T  2329424 acgcttcggatgagaatggtaaaatgaaggtagaaattcctgaagattttctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagac---gtgta 2329328  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2329327 tcccgatttgaatgataaccttggtgatccactattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtcgagcatgttaacgaatatatg 2329228  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2329227 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctctttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 2329148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 32 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 18148935 - 18148667
Alignment:
Q  32 gagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttga 131  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||    
T  18148935 gagaatggtgaaatgaaggtagaaatttatgaagattttctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatcgactttgtgtatctcaatttga 18148836  T
Q  132 atgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgat 231  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18148835 atgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcatttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgat 18148736  T
Q  232 tccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  18148735 tccaggtgaagagaaagagtatttaagctcttattctgtttgtcgatcggatgaaaattcttatgtcca 18148667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 35 - 297
Target Start/End: Original strand, 37390127 - 37390389
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37390127 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatg 37390226  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  37390227 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattcc 37390326  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgt 297  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  37390327 aggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgt 37390389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Original strand, 6310969 - 6311235
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6310969 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagattcgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatg 6311068  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  6311069 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattcc 6311168  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgt-cgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |  ||||||||||||| |||||||||||    
T  6311169 aggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctatttttgagatcgggtgaaaattctgatgtcca 6311235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 21 - 300
Target Start/End: Original strand, 48775296 - 48775575
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||||| ||    
T  48775296 acgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcccgaagatttgctcatatccgacacaacaaattctttgatgtcactaatacactttgtata 48775395  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48775396 tcccgattagaatgataacattggtgacctgctctttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatg 48775495  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  48775496 atgtaaatgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcaaaaagtctgatgtcca 48775575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 102 - 300
Target Start/End: Original strand, 48238519 - 48238717
Alignment:
Q  102 cacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttga 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48238519 cacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgaccctctatttttccaagaaagaggaatactcgcaccaacgcttgattcagttga 48238618  T
Q  202 gcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  48238619 gcatgttaacgaatatatgatgtcgctgattccaggcgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaactttgatgtcca 48238717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 153 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 52500795 - 52500648
Alignment:
Q  153 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52500795 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 52500696  T
Q  253 tttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  52500695 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 52500648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 29 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 48233628 - 48233513
Alignment:
Q  29 gatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatt 128  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48233628 gatgagaatggggaaatgaaggtagaaattcctgaagatttactcatatcgaacacaacaaatccgctgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatt 48233529  T
Q  129 tgaatgataaccttgg 144  Q
    ||||||||||||||||    
T  48233528 tgaatgataaccttgg 48233513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 52500849 - 52500795
Alignment:
Q  14 gacatcaacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatt 68  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  52500849 gacaacaacgcttcggatgagaatggttaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 52500795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Original strand, 321311 - 321576
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  321311 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacaaaacaaatccgttgatgtcacttatagactttttgtatcccgatctgaatg 321410  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| |    
T  321411 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaatgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatatcgctgatttc 321510  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  321511 aggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 321576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0356 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold0356
Description:

Target: scaffold0356; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 23 - 300
Target Start/End: Original strand, 17839 - 18109
Alignment:
Q  23 gctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatc 122  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17839 gcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatc 17938  T
Q  123 ccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgat 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||   |||       |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17939 ccgatttgaatgataaccttggtgatccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgatttagttgagcatgttaacgaatatatgat 18031  T
Q  223 gtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  18032 gtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttgccgatcgggtgaaaattatgatgtcca 18109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 21 - 300
Target Start/End: Original strand, 533 - 812
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| | |||||||||||||||| ||||||||||    
T  533 acgcttcggatgagaatgatgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaacccgttgatgtcacttataaactttgtgta 632  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  633 tcccgatctaaatgataaccttggtgaccagctatttttccaataaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaatgaatttatg 732  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||    
T  733 atgtcgctgattccaggtgaaaagaaagagtatttaacctctgattctgtttgtagattgggtgaaaattctgatgtcca 812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 176; Significance: 8e-95; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 21 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 183069 - 182794
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | |||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||    
T  183069 acgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcccgaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtata 182970  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||   || ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  182969 tcccgatttgaatgatatcattggtgacccactctttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatg 182870  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatg 296  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  182869 atgtcagtgattccaagtgaagagaaagagtatttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaaatctgatg 182794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 21 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 165789 - 165511
Alignment:
Q  21 acgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgta 120  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||| |||||||| || | |||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||    
T  165789 acgcttcgaatgagaatggtgaaatgaagggggaaattcccgaagatttactcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtata 165690  T
Q  121 tcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatg 220  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  165689 tcccgatttaaatgataacattggtgacccactatttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatg 165590  T
Q  221 atgtcactgattccaggtgaagagaaaga-gtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtc 298  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  165589 atgtcagtgattccaggtgaagagaaagatttttttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaagtctgatgtc 165511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 174; Significance: 1e-93; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Original strand, 48911 - 49176
Alignment:
Q  35 aatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatg 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  48911 aatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatg 49010  T
Q  135 ataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcc 234  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||     
T  49011 ataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattct 49110  T
Q  235 aggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||||| |||||||||||    
T  49111 aggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 49176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 143; Significance: 4e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 74 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 16889 - 16663
Alignment:
Q  74 atatcggacagaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacttgctatttttccaagaaaggggaa 173  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  16889 atatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaa 16790  T
Q  174 tactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttg 273  Q
    ||||||||||||| ||| ||| ||| ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||     
T  16789 tactcgcaccaacgcttaatttagtggagtatgttaacgcatatatgatttcactgattctaggtgaagagaaagagtttttaagctatgattctgtttt 16690  T
Q  274 tcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    || |||| | ||||| |||||||||||    
T  16689 tcaatcgagcgaaaattctgatgtcca 16663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 2)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 153 - 300
Target Start/End: Original strand, 28727 - 28874
Alignment:
Q  153 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28727 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaaaagta 28826  T
Q  253 tttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||    
T  28827 tttaaactctgattctgtttgtcgcttgggtgaaaattttgatgtcca 28874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 68
Target Start/End: Original strand, 28678 - 28727
Alignment:
Q  19 caacgctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatt 68  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28678 caacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 28727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0888 (Bit Score: 77; Significance: 9e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0888
Description:

Target: scaffold0888; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 188 - 300
Target Start/End: Original strand, 30 - 142
Alignment:
Q  188 cttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaa 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  30 cttgattcagttgagcatgttaacgaatatacgatgtcactgatttcaggtggcgagaaagagtatttaagctctgattttgtatgtcgatcgggtgaaa 129  T
Q  288 aatctgatgtcca 300  Q
    | |||||| ||||    
T  130 attctgatttcca 142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1424 (Bit Score: 57; Significance: 8e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold1424
Description:

Target: scaffold1424; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 224 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 1703 - 1627
Alignment:
Q  224 tcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaaatctgatgtcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||    
T  1703 tcactgattccaggtgaagagaaagcgtatttaaactctgattatgtttatcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 1627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 23 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 40012 - 39937
Alignment:
Q  23 gctttggatgagaatggtgaaatgaacgtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacagaacaaatctgttga 98  Q
    |||| |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||    
T  40012 gcttcggatgagaatggtgaaataaaggtagaaattcttgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttga 39937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University