View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9486_low_5 (Length: 550)

Name: NF9486_low_5
Description: NF9486
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9486_low_5
NF9486_low_5
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (20-543)||(43625078-43625601)
chr2 (20-543)||(16657496-16658019)
chr2 (20-543)||(12245385-12245908)
chr2 (20-543)||(7541892-7542415)
chr2 (31-543)||(12258560-12259072)
chr2 (20-543)||(14703074-14703597)
chr2 (69-538)||(12234404-12234873)
chr2 (20-543)||(11999074-11999583)
chr2 (20-543)||(16661971-16662494)
[»] chr7 (40 HSPs)
chr7 (21-543)||(8646544-8647066)
chr7 (20-541)||(3146930-3147451)
chr7 (20-543)||(6789178-6789701)
chr7 (178-543)||(8659187-8659552)
chr7 (20-543)||(27830854-27831377)
chr7 (178-543)||(1301284-1301649)
chr7 (20-543)||(8545299-8545822)
chr7 (24-543)||(17259911-17260430)
chr7 (203-543)||(8654299-8654639)
chr7 (104-267)||(8673876-8674039)
chr7 (24-543)||(17267609-17268128)
chr7 (20-541)||(10494355-10494876)
chr7 (104-267)||(8664085-8664246)
chr7 (24-274)||(8575996-8576246)
chr7 (24-274)||(8581370-8581620)
chr7 (20-271)||(8569977-8570228)
chr7 (180-541)||(13333437-13333798)
chr7 (382-543)||(8585685-8585846)
chr7 (198-541)||(8667263-8667606)
chr7 (20-139)||(29582224-29582343)
chr7 (431-543)||(8628609-8628721)
chr7 (393-487)||(8636378-8636472)
chr7 (323-543)||(8382855-8383075)
chr7 (429-543)||(8609992-8610106)
chr7 (104-265)||(8585963-8586124)
chr7 (418-543)||(8602038-8602163)
chr7 (393-541)||(8559372-8559520)
chr7 (173-265)||(8616500-8616592)
chr7 (21-145)||(8636720-8636844)
chr7 (440-543)||(8576412-8576515)
chr7 (382-481)||(29581882-29581981)
chr7 (24-270)||(8537706-8537952)
chr7 (20-145)||(7878110-7878235)
chr7 (326-543)||(8538008-8538225)
chr7 (20-141)||(29578053-29578174)
chr7 (382-481)||(29577713-29577812)
chr7 (24-175)||(39985316-39985467)
chr7 (382-436)||(8616709-8616763)
chr7 (24-145)||(8102337-8102458)
chr7 (24-145)||(8609587-8609708)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (20-505)||(28219584-28220069)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (20-474)||(43744482-43744936)
chr8 (348-543)||(12528498-12528693)
chr8 (24-141)||(12528174-12528291)
chr8 (495-541)||(43744990-43745036)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (20-543)||(15594700-15595223)
chr1 (20-543)||(4678537-4679059)
chr1 (323-543)||(34466772-34466992)
chr1 (28-188)||(34467122-34467282)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (393-543)||(35132487-35132637)
chr4 (20-484)||(9335929-9336393)
chr4 (382-487)||(30775280-30775385)
chr4 (155-271)||(30775053-30775169)
chr4 (21-298)||(35132123-35132401)
chr4 (27-145)||(23596962-23597080)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (422-537)||(28910650-28910765)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 492; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 543
Target Start/End: Original strand, 43625078 - 43625601
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43625078 agctgcaccataagcaacagcctcatcagggtttatgctttcgcatgattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 43625177  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43625178 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 43625277  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaaga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43625278 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatagtgctgaacgaagcaaaaga 43625377  T
Q  320 cattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgca 419  Q
    || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43625378 cagtgtcctttttcctctctcgcatgccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttctcaaattcttctgca 43625477  T
Q  420 aagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatag 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43625478 aagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatag 43625577  T
Q  520 acacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    ||||||||||||| ||||||||||    
T  43625578 acacatcaaaagtaccaccaccaa 43625601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 20 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 16658019 - 16657496
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||  |||| || |||| |||||| ||||| ||||||||||| || ||||| || |  |  ||||| ||||| |||    
T  16658019 agctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttgcccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatccta 16657920  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    || ||||| || ||||| ||||| || |  ||| |||   ||| || ||| | ||||  ||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  16657919 gatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcacgaagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaagat 16657820  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaaga 319  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||| ||  | |||||||||||||||||||  ||| |||   ||||||||||    
T  16657819 ccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctcaacagtggtgacaaaagcaaaaga 16657720  T
Q  320 cattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgca 419  Q
     | |||||| ||||| ||||| ||| | ||||||||||| || | |||||||||||| ||| | || ||||| || |||||||| | ||| || ||| ||    
T  16657719 gagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttgagttcccacttatgtccaccttattcttcttttgaaactcctctaca 16657620  T
Q  420 aagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatag 519  Q
    |||||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||    || || |   ||||||||||||| ||||    
T  16657619 aagtagttcaccgttctgttatcaaagtcctctcccccaaggtgagtgtttccggcagtggcttttacctcaaaaacatcacccttaattgtaaggatag 16657520  T
Q  520 acacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||    
T  16657519 acacatcaaaagtaccaccgccaa 16657496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 20 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 12245908 - 12245385
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| | ||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||  ||||| ||||| |||    
T  12245908 agctgccccataagcaacagcctcgtcagggttaatgctcttgcacaattccttcccgttgaaaaagtcctgtaatagctgttggactttgggaatccta 12245809  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    || || || |||||||| |||| ||| |  |||| ||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||| |||||| || | ||| || || | |||||    
T  12245808 gaagatccaccaacaagtacaaaatcatctatagtactcttgtccatctttgcatccataatacaactctcaacagtctttatacaatcattaagaagat 12245709  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggt-gctgaacgaagcaaaag 318  Q
    | | ||| | ||| ||||| || || ||| |||| |||||| | || ||||| ||  | |||||||||||||||||||| || ||   |  ||| ||| |    
T  12245708 ctaaattcaattcctcaaactttgcccgattgatggatgaagaaaaatcaatgccttgaaataaagaatctacctcaatagttgcaacaacaag-aaacg 12245610  T
Q  319 acattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgc 418  Q
    | | | | |||||||| ||||| ||  | |||||||| || || | |||| ||||  || || |||||||||  ||||||||  |||| || || | |||    
T  12245609 aaagtattctttttgccctctcacaagcagttctcaatctcctcaaggcttttgaacttgcactaatatccaatttgttctttctcttgaactcctgtgc 12245510  T
Q  419 aaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtata 518  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||  || |||||||| || || |||    
T  12245509 aaagtagtttaccattctattatcaaaatcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggccttaacttggaagatgttatccttaatagttaggata 12245410  T
Q  519 gacacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    || || |||||||| ||||||||||    
T  12245409 gaaacgtcaaaagtgccaccaccaa 12245385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 543
Target Start/End: Original strand, 7541892 - 7542415
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||| | ||| || ||||| || |||||||| ||||  || ||||| | |||| | ||||| ||     
T  7541892 agctgccccataagcaacagcctcatcaggattaatgctcttgcacaagtcctttccattgaaaaagtcctttaatagctgatgtactatgggaatcctc 7541991  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    || || ||||| |||||||||||||| |  ||    ||||||||||  || |||||||||||||| ||   |||| |  ||| ||||||||| |||||||    
T  7541992 gaagacccgccgacaaggacaacatcatctatcatgctcttgtccatattagcatcaataagacagcttccaacaatcgtcatacactcgttaaaaagat 7542091  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctga-acgaagcaaaag 318  Q
    ||||||| || || ||||| ||||| | | |||| |||||| | |||||||| ||  | |||||||||||||||||||| |||   | |  ||| ||| |    
T  7542092 ccatattcatctcctcaaacttggccctattgatcgatgaagaaaagtcaatgccttgaaataaagaatctacctcaatagtggcaacaacaaggaaa-g 7542190  T
Q  319 acattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgc 418  Q
    | | ||  |||||||| ||||| ||  | ||||||||||| || | |||| |||  || ||| |||| ||||| ||||||||  |||| || |||| | |    
T  7542191 aaagtgatctttttgccctctcacaagcagttctcaacctcctcaaggcttttggattcccactaatgtccactttgttctttctcttgaactcttgtac 7542290  T
Q  419 aaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtata 518  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||   ||| ||||||| || |||| |    
T  7542291 aaagtagttcgccattctattatcaaagtcttctccaccaaggtgagtgttgccagcagtggccttaacttggaagttgttgcccttaatcgttagtaaa 7542390  T
Q  519 gacacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||    
T  7542391 gacacatcaaaagtgccaccgccaa 7542415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 31 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 12259072 - 12258560
Alignment:
Q  31 aagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctagaggagccgcc 130  Q
    |||| |||||||||||| | || ||||| | ||| || || |||||||||||||| ||||| || ||||| |  |||||  |||| ||||| || || ||    
T  12259072 aagctacagcctcatcaggattaatgctcttgcacaactctttccccttgaaaaaatcctgtaatagctgctgcactttgagaatcctagaagacccacc 12258973  T
Q  131 aacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagatccatatttatt 230  Q
     |||||||||||||| |  | |  ||||||||||   || |||||  |||||||||||| |||||| ||||  || || |||||||| |||| |||||||    
T  12258972 tacaaggacaacatcatctacattactcttgtccgtgttagcatccgtaagacaactctcaacagtcttcatgcattcattgaaaagttccaaatttatt 12258873  T
Q  231 tcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggt-gctgaacgaagcaaaagacattgtcctt 329  Q
    || ||||| ||||||||| ||||||||| | | || ||||| |||    |||||||||||| |||||| || ||   |  ||| | |||| | ||  |||    
T  12258872 tcctcaaacttggcacgattgattgatgcagaaaaatcaatgccatcacataaagaatctatctcaatagttgcaacaacaag-ataagaaagtgatctt 12258774  T
Q  330 tttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaaagtagttca 429  Q
    ||||| ||||| ||  | ||| |||| || || |  |||||||  |||||| | ||||| || ||||||||  |||| || |||||| |||||||  |||    
T  12258773 tttgcactctcacaagctgttttcaatctcctcaaagctcttggatttccacttatatctactttgttctttctcttgaactcttctacaaagtaactca 12258674  T
Q  430 ccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagacacatcaaa 529  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||  | ||||| || |||||||| || |||| ||||||||||||    
T  12258673 ccattctattatcaaagtcctctcctccaaggtgcgtgtttccagctgtagccttaacttgaaagacattatccttaatggttagtagagacacatcaaa 12258574  T
Q  530 agttccaccaccaa 543  Q
    ||| ||||||||||    
T  12258573 agtgccaccaccaa 12258560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 20 - 543
Target Start/End: Original strand, 14703074 - 14703597
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||||| |||| ||||| | ||| || |||||||||| |||||| ||||| || |  || | |||||| ||||| | |    
T  14703074 agctgccccataagctacagcttcatcagggttaatgctgttgcacaactccttcccctggaaaaagtcctgtaataattgctgtactttgggaatccga 14703173  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    || || || || ||||| |||||||| |  |    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||| || ||||  |    
T  14703174 gaagacccaccgacaagaacaacatcatctactctactcttgtccatcttagcatcaataagacaactctcaacaatcttcacacactcattaaaaaagt 14703273  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaaga 319  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||| | | |||| |||||| | |||||||| |   | ||||||| |||||||||||| |||  ||        |||||    
T  14703274 ccatattcatttcttcaaacttggccctattgatcgatgaagaaaagtcaatgcattgaaataaagcatctacctcaatagtggcgacaacttggaaaga 14703373  T
Q  320 cattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgca 419  Q
     | ||| |||||||| ||||||||  | |||||||| || |||| |||| |||  |||||| |||| ||||   |||| ||  |||| || ||||   ||    
T  14703374 aagtgttctttttgccctctcgcaagcggttctcaagctccttaaggcttttggatttccactaatgtccaatctgttttttctcttgaactcttgaaca 14703473  T
Q  420 aagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatag 519  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||  || |||||||||| || | ||    
T  14703474 aagtagttcaccattctgttatcgaagtcctctcccccgaggtgagtgtttccagcagtagccttaatttggaagacggtgcccttaattgttaggagag 14703573  T
Q  520 acacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    |||| |||||||| ||||||||||    
T  14703574 acacgtcaaaagtaccaccaccaa 14703597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 69 - 538
Target Start/End: Original strand, 12234404 - 12234873
Alignment:
Q  69 tccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctagaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaact 168  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| || || |  ||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| || |  |    ||| ||||||| ||    
T  12234404 tccttccccttgaaaaaatcctgcaatagttgctgcactttgggaatcctagaggacccgccaataaggacaacttcatccaccctacttttgtccatct 12234503  T
Q  169 tggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagatccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtc 268  Q
    | |||||| |||||||||||| |||| | |||| ||||||  | | |||||||||||| ||||| ||||| ||||| | | |||| |||||| | || ||    
T  12234504 tagcatcactaagacaactctcaacaatcttcatacactcaataagaagatccatattcatttcctcaaacttggccctattgatcgatgaagaaaaatc 12234603  T
Q  269 aataccacggaataaagaatctacctcaatggt-gctgaacgaagcaaaagacattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggc 367  Q
    ||| ||    ||||||||||||||||||||||| ||   |  ||| ||| |||| ||  |||||||| ||||| ||  | ||||| ||||| || | |||    
T  12234604 aatgccttcaaataaagaatctacctcaatggttgcaacaacaaggaaa-gacaatgatctttttgccctctcacaagcagttcttaacctcctcaaggc 12234702  T
Q  368 tcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtg 467  Q
    | |||  |||||| | || ||||| || |||||  | || || ||||  |||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||    
T  12234703 ttttggatttccactcatgtccacttttttctttctattgaactcttgagcaaggtagtttaccattctgttatcaaagtcctctcccccgaggtgagtg 12234802  T
Q  468 tttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagacacatcaaaagttccacc 538  Q
    ||||| || |||||||||||  ||||||| ||  | || ||||| || | ||||||||||||||| |||||    
T  12234803 tttccggctgtggctttaacttggaagacattacctttgattgttaggagagacacatcaaaagtgccacc 12234873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 20 - 543
Target Start/End: Original strand, 11999074 - 11999583
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||| | ||| || |||||||| |||||||| || || || |||||||  ||||| ||| | |||    
T  11999074 agctgccccataagctacagcctcatcagggttaatgctcttgcacaactccttcccgttgaaaaagtcatgtaatagctgttggactttggga-tccta 11999172  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    || || || |||||||| |||||||| |  |||| ||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||| |||||| || | ||| || || | |||||    
T  11999173 gaagatccaccaacaagtacaacatcatctatagtactcttgtccatctttgcatccataatacaactctcaacagtctttatacaatcattaagaagat 11999272  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggt-gctgaacgaagcaaaag 318  Q
    | | ||| | ||| ||||| || || ||| |||| |||||| | || ||||| ||  | |||||||||||||||||||| || ||   |  ||| ||| |    
T  11999273 ctaaattcaattcctcaaactttgcccgattgatggatgaagaaaaatcaatgccttgaaataaagaatctacctcaatagttgcaacaacaag-aaatg 11999371  T
Q  319 acattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgc 418  Q
    | | | | |||||||| ||||| ||  | ||||||||||| || | |||| ||||  ||||| |||||||||| | ||||||  |||| || |||| | |    
T  11999372 atagtattctttttgccctctcacaagcagttctcaacctcctcaaggcttttgaacttccactaatatccacttcgttctttatcttgaactcttgtac 11999471  T
Q  419 aaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtata 518  Q
    |||||| |             |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  11999472 aaagtatt-------------atcaaaatcctctcctccgaagtgagtgtttccagctgtggccttaacttggaagacattgtccttaattgttagtata 11999558  T
Q  519 gacacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||    
T  11999559 gacaaatcaaaagtgccaccgccaa 11999583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 20 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 16662494 - 16661971
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||| || |||||||| ||||| || |   |||| |  |  |  ||||||||||| |||    
T  16662494 agctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaagttacgcaataattcctgcacttttggaatccta 16662395  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    || ||||| || ||||| |||| ||| || | | | | |||||||| ||| | ||| | || |||||||| |||| | |||| ||||||||| |||||      
T  16662394 gacgagcccccgacaagaacaatatcatgtacaccccccttgtccatctttgaatccacaaaacaactctcaacaatcttcatacactcgttaaaaaggc 16662295  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaaga 319  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||| ||||| | ||||||||||  |   | ||||| |||| | |||||| | | ||| | |    |||||    
T  16662294 ccatattgatttcttcaaacttgacacgagtgagtgatgtagagaagtcaatgtcctcgtataaataatcaatctcaatagcggtgaccaatttgaaaga 16662195  T
Q  320 cattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgca 419  Q
     | ||||||||| ||  | || ||    ||||||||||| || | ||||||||  || | | | |||||||| ||||||||| | ||||||||||   ||    
T  16662194 gagtgtccttttcgccttttcacaagaagttctcaacctcctcaaggctcttggattcctagtgatatccactttgttcttcctattaaattctttcaca 16662095  T
Q  420 aagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatag 519  Q
    |||||||||| |||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    ||||| |   | |||||||| || | ||    
T  16662094 aagtagttcaacattctgttatcaaagtcctctcccccgaggtgagtgtttccagaagtggctttaacttcaaagacatcacctttaattgtgaggagag 16661995  T
Q  520 acacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    ||||||||||||| ||||||||||    
T  16661994 acacatcaaaagtcccaccaccaa 16661971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 40)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 21 - 543
Target Start/End: Original strand, 8646544 - 8647066
Alignment:
Q  21 gctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctag 120  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||    
T  8646544 gctgcgccataagcaacggccacatcagggttgatgctctcgcataattccttctcattgaaaaactccttcagcatctgttgtacttttggaattctag 8646643  T
Q  121 aggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagatc 220  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||| |||||| ||| |||| |||||    
T  8646644 aggagccaccaacaagaacaacatcatggatagaactcttgtccatcttggcatcattatgacaactctcaacagtttccaaacattcgatgaacagatc 8646743  T
Q  221 catatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaagac 320  Q
    |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||   |||||||||||||  ||||||||| || | |||||||||||     
T  8646744 catattgattgcgtcaaatttggcacgagtgattgatgaaataaagtcaatgccattaaataaagaatctaattcaatggtggtgcaagaagcaaaagat 8646843  T
Q  321 attgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaa 420  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||    
T  8646844 agtgtcctttttgctctctcgcatgccgttctcaacctccttaaggctcttgagtttccagtaatgtccaccttgttcttcttgttaaattcttgtgcaa 8646943  T
Q  421 agtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtataga 520  Q
    ||| || ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| | |||    
T  8646944 agtggtccaccattctactatcaaagtcctctcctccgaggtgagtgtttccagcggtggctttaacatgaaagaccttatccttaattgtaaggagaga 8647043  T
Q  521 cacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  8647044 cacatcaaaagttccaccaccaa 8647066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 20 - 541
Target Start/End: Original strand, 3146930 - 3147451
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |  || |  | ||||||    ||||| |||||||| || ||||  |||||||||||||||    
T  3146930 agctgcaccataagcaacggcctcatcagggttgatgctgttacacagatgcttccctgcaaaaaattcctgcaatagttgttgcacttttggaattcta 3147029  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    || ||||| || |||||||| ||||| || |||||||| |||||||  | | |||||   | ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||    
T  3147030 gacgagccaccgacaaggacgacatcatgtatagcacttttgtccatttcgacatcagcgaaacaactcttaacagtttccaaacactcagtgaaaagat 3147129  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaaga 319  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||  | ||||||||||||| |||||||||| |||    |||||||||    
T  3147130 ccatattgatttcctcaaacttggcacgagtgattgatgaaaataagtcaaatccctgaaataaagaatctatctcaatggtggtgatgacagcaaaaga 3147229  T
Q  320 cattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgca 419  Q
     | | | | ||||||||| || ||  ||||| ||||||| |||| ||||||||||||  || |||| || || ||||||||||||||||| ||   ||||    
T  3147230 tagtattcgttttgctctttcacacgccgttttcaacctccttaaggctcttgagttctcactaatgtctaccttgttcttcttcttaaactcccgtgca 3147329  T
Q  420 aagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatag 519  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||  |||| |||||  | |||||||| |||||||||||||| | ||    
T  3147330 aagtagttcaccatcctattatcaaagtcctctcccccaaggtgggtgtttcctgcgatggccttaacttgaaagaccttatccttaattgtaagaagag 3147429  T
Q  520 acacatcaaaagttccaccacc 541  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  3147430 acacatcaaaagtcccaccacc 3147451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 20 - 543
Target Start/End: Original strand, 6789178 - 6789701
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||   ||| || ||||| ||| ||||||  || ||||| || ||||  ||||| |||||||||    
T  6789178 agctgcaccgtaagcaacagcctcatcagggttgatgctcatgcacaaatcctttcccatgaaaacttcttgcaatagttgttgcactttgggaattcta 6789277  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    || || || ||||||||||||||||| |  | |  ||||||||||| ||| || |||| ||||||||||| ||| || |||| |||||| || |||| ||    
T  6789278 gaagacccaccaacaaggacaacatcatttacaatactcttgtccatcttagcgtcaacaagacaactctcaacggtcttcatacactcattaaaaatat 6789377  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacga-agcaaaag 318  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| | |||||||| |||||| || ||  | |||||||| ||||||||||| ||  ||| ||| | ||||||    
T  6789378 ccatattgatttcctcaaacttggcccgagtaagtgatgaaatgaagtcgatgccctgaaataaagagtctacctcaatagtagtga-cgacaacaaaag 6789476  T
Q  319 acattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgc 418  Q
    | | |  |||||| || || || ||  | |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||    
T  6789477 agagtacccttttggccctttcacacgcagttctcaaccttcttaaggcccttgagtttccagtaatatccactttgttcttcctcttaaactcctctgc 6789576  T
Q  419 aaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtata 518  Q
    ||||||||| |||| ||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||||| || || ||||| |  |||    
T  6789577 aaagtagtttaccaatcggttatcaaagtcctctcctccgaggtgagtgtttccaccggtggccttaacttggaagaccttatctttgattgttaagata 6789676  T
Q  519 gacacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||    
T  6789677 gacacatcgaaagtgccaccaccaa 6789701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 178 - 543
Target Start/End: Original strand, 8659187 - 8659552
Alignment:
Q  178 taagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagatccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacg 277  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||| || |||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||| ||||| ||||||| || ||  |    
T  8659187 taagacaactctcaacagttttcatacactcattaaaaagatccatattcatttcctcaaacctggcacgagtgattaatgaacagaagtctattccctg 8659286  T
Q  278 gaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaagacattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagttt 377  Q
     ||||||||||| |||||||  ||| |||   |||||||||| | |||||| ||||| ||||| ||  | ||||||||||| |||| || | ||| |||     
T  8659287 aaataaagaatcgacctcaacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggtta 8659386  T
Q  378 ccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcag 477  Q
    ||| |||| ||||| || |||||||| || || || ||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8659387 ccactaatgtccactttattcttctttttgaactcctctacaaagtagttcaccattctgctatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagaag 8659486  T
Q  478 tggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagacacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    ||||||| ||    ||||| |   |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8659487 tggcttttacttcaaagacatcacccttcattgtaaggatagacacatcaaaagtaccaccaccaa 8659552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 27831377 - 27830854
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||| | ||| || ||||| ||||||||||| |||  ||| ||||| |  ||||| ||||| ||     
T  27831377 agctgcaccaaaagcaacagcctcatcaggattgatgctcttgcacaaatcctttcccttgaaaaagtccgccaatagctgctgcactttgggaatcctt 27831278  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    || ||||| ||||||||||||||||| |  |||  ||||||||||| ||| |  ||| | |||||||||| |||||| | || ||| || |||||||| |    
T  27831277 gaagagccaccaacaaggacaacatcatctatactactcttgtccatcttagagtcagtgagacaactctcaacagtctccatacattcattgaaaaggt 27831178  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaaga 319  Q
    ||||||| ||||| ||||| || |||||||||||   ||||||||||||||| ||    ||||| | ||||| |||||| ||  ||     || ||||||    
T  27831177 ccatattgatttcctcaaactttgcacgagtgatcattgaaaagaagtcaatgccctcaaataaggcatctatctcaatagtagtgtcaacagaaaaaga 27831078  T
Q  320 cattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgca 419  Q
     | ||||||||||||  |||| |||   ||||||| ||| || | |||||||| ||| ||| |||| |||||  | ||||||||||| ||  | ||  ||    
T  27831077 gagtgtcctttttgccttctcacattaggttctcagcctcctcaaggctcttgggttcccactaatgtccactcttttcttcttcttgaacacctccaca 27830978  T
Q  420 aagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatag 519  Q
    || ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||| |||||||||||||  | ||    
T  27830977 aaatagttcaccatcctattatcaaagtcctctccaccaaggtgagtgtttccagcagttgccttaacttggaagaccttatccttaattgtaacaagag 27830878  T
Q  520 acacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    ||||||||||||| ||||||||||    
T  27830877 acacatcaaaagtcccaccaccaa 27830854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 178 - 543
Target Start/End: Original strand, 1301284 - 1301649
Alignment:
Q  178 taagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagatccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacg 277  Q
    |||||||||||| ||| |||||   |||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||  |    
T  1301284 taagacaactctcaacggtttttgtacactcattaaaaagatccatattaatttcctcaaacttggcacgagtgattaatgaacagaagtcgattccctg 1301383  T
Q  278 gaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaagacattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagttt 377  Q
     ||||||||||| ||||||| |||| |||   |||||||||| | |||||||||||| ||||| ||  |  |||||||||| |||| || | |   |||     
T  1301384 aaataaagaatcgacctcaacggtggtgactaaagcaaaagagagtgtcctttttgccctctcacacgcaattctcaacctccttaaggatttctggtta 1301483  T
Q  378 ccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcag 477  Q
    ||| |||| ||||| || ||||||||  | || || ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  1301484 ccactaatgtccactttattcttctttctgaactcctctacaaagtagctcaccattctattatcaaagtcctctcctccaaggtgagtatttccaccag 1301583  T
Q  478 tggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagacacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    ||||||| ||    ||||| | | |||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  1301584 tggcttttacttcaaagacatcgcccttgatggtaaggatagacacatcaaaagtaccaccgccaa 1301649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 20 - 543
Target Start/End: Original strand, 8545299 - 8545822
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| | ||||| ||||| |||    
T  8545299 agctgcaccataagcaacagcctcatcagggttaatgctcttgcataattccttccccttaaaaaactcctgtaatagctgtctcactttaggaatccta 8545398  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    || || |||||||||||||||||||| |  | |  || |||||||| ||| ||||||| ||||||||  |||||||| | || |||||  |  || || |    
T  8545399 gaagaaccgccaacaaggacaacatcatctacactacccttgtccatcttagcatcaacaagacaacaattaacagtgtccatacacttttcaaagaggt 8545498  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaaga 319  Q
    ||||||| | ||  ||||| ||||| ||||||||  ||||| | |||||||||||  |  |||||| |||||  ||||| |||      |   |  | ||    
T  8545499 ccatattcaattgctcaaacttggcccgagtgatgcatgaacaaaagtcaataccttgatataaagcatctaggtcaattgtggcctcagtgtcgtatga 8545598  T
Q  320 cattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgca 419  Q
     | ||||||||||||  |||| ||  | ||||||||||| || | ||||  || ||| | | |||||||| ||||||||||| |||| || || |   ||    
T  8545599 aagtgtcctttttgccttctcacaggcagttctcaacctcctcaaggcttctgggttccgactaatatcctcattgttcttcctcttgaactccttcaca 8545698  T
Q  420 aagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatag 519  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||||||| || || || |||| ||||| |||||||||||| || |||   |||||||| |  ||||||||||| ||||    
T  8545699 aagtaattcaccattctgttatcaaagtcttcaccgcctaggtaagtgtctccagcagtggccttgacatcaaagaccttatttttaattgtaagaatag 8545798  T
Q  520 acacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  8545799 acacatcaaaagttccaccgccaa 8545822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 24 - 543
Target Start/End: Original strand, 17259911 - 17260430
Alignment:
Q  24 gcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctagagg 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||| |||||||| || |||||||| || || |  ||||| ||||| ||||| |    
T  17259911 gcaccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcataattccttacccttgaagaaatcctgcaatagttgctgcactttcggaatcctagaag 17260010  T
Q  124 agccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagatccat 223  Q
    | || ||||||||||||||||| |  ||    |||||||| | |||  ||||| |||||||  ||| |||| | | ||  ||||| |  ||||| |||||    
T  17260011 atccaccaacaaggacaacatcatcaattctgctcttgtcaatcttaccatcactaagacacttctcaacaatctccatgcactcataaaaaaggtccat 17260110  T
Q  224 atttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaagacatt 323  Q
    ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| | || | || |||    |||||||  ||||||||||   || | |  || |||||||| | |    
T  17260111 attgatttcttcaaacttggcacgagtgattgacgaagaaaaattaacacccttaaataaagcgtctacctcaacattggtcacagaggcaaaagaaagt 17260210  T
Q  324 gtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttc-ttcttcttaaattcttctgcaaag 422  Q
    |||||||||||| | || ||| | ||||||||||| |||| |||| ||| ||| |||||||| ||||  || ||| ||||| || |  || ||| ||||     
T  17260211 gtcctttttgctttttcacatgcagttctcaacctccttaaggcttttgggttcccaataatgtccaattttttcgttctt-ttgatctcctctacaaaa 17260309  T
Q  423 tagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagaca 522  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||| |||| | ||||| |||||   ||||||||| |||||||||||||  | |||||    
T  17260310 tagtacaccattctattatcaaagtcctcacccccaagatgagtgtctccaccggtggccttaacttcgaagaccttatccttaattgtaacgagagaca 17260409  T
Q  523 catcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    |||||||||| || |||||||    
T  17260410 catcaaaagtccccccaccaa 17260430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 203 - 543
Target Start/End: Original strand, 8654299 - 8654639
Alignment:
Q  203 acactcgttgaaaagatccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtg 302  Q
    |||||| |||||||  |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| || ||    ||||||| |||||||||||  |||    
T  8654299 acactcattgaaaaagtccatattaatttcctcaaatttagcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaacagtg 8654398  T
Q  303 ctgaacgaagcaaaagacattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttct 402  Q
     |||   ||| |||||| | | |||||||||| ||||| ||  | ||||||||||| |||| || | ||| ||| ||  |||| ||||| || |||||||    
T  8654399 gtgacaaaagtaaaagagagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttaccgctaatttccactttattcttct 8654498  T
Q  403 tcttaaattcttctgcaaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtc 502  Q
    | || || || ||| ||||||||| ||||||||| | ||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||    ||||| |   |    
T  8654499 ttttgaactcctctacaaagtagtacaccattctgttatcaaagtcttctccccctaggtgcgtgtttccagcagtggcttttacgtcaaagacatcacc 8654598  T
Q  503 cttaattgtaagtatagacacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8654599 cttaattgtgagtatagacacatcaaaagtaccaccaccaa 8654639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 104 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 8674039 - 8673876
Alignment:
Q  104 tacttttggaattctagaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaa 203  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||  |||  |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||    
T  8674039 tacttttggaattctagaggagccaccaacaaggacaacataatggataaaacttatgtccatcttggcatcaataagacaattctcaacagtttccaaa 8673940  T
Q  204 cactcgttgaaaagatccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagt 267  Q
    ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||| |||||||||| ||| ||| | |||||||    
T  8673939 cactcgttgaaaagattgatattgatttcctcaaacttggcacgagcgatggataagaagaagt 8673876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 24 - 543
Target Start/End: Original strand, 17267609 - 17268128
Alignment:
Q  24 gcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctagagg 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || |||| ||||||||||||||||||||| || | |||||| || || |  ||||| ||||| ||||| |    
T  17267609 gcaccataagcaacagcctcatcagggttgatacttttgcataattccttccccttgaagaagttctgcaatagttgctgcactttcggaatcctagaag 17267708  T
Q  124 agccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagatccat 223  Q
    | || ||||||||||||||||| |  |     |||||||| | ||| |||||| |||||||  ||| |||| | | ||  ||||| |  ||||| |||||    
T  17267709 acccaccaacaaggacaacatcatcaactctgctcttgtcaatcttagcatcactaagacacttctcaacaatctccatgcactcatcaaaaaggtccat 17267808  T
Q  224 atttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaagacatt 323  Q
    ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| | || |||| |||    |||||||  ||||||||||   || | |  || || ||||| | |    
T  17267809 attgatttcctcaaacttggcacgagtgattgacgaagaaaaatcaacacccttaaataaagcgtctacctcaacattggtcacagaggcgaaagaaagt 17267908  T
Q  324 gtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaaagt 423  Q
    |||||||||||| | || ||| | ||||||||||| || |||||| ||| ||| |||| ||| | ||  || || ||| | || | ||| ||  |||| |    
T  17267909 gtcctttttgctttttcacatgcagttctcaacctcctcatggcttttgggttcccaacaattttcaatttttttttccttttgatttcctcaacaaaat 17268008  T
Q  424 agttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagacac 523  Q
    |||  |||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||| |||| | ||||| |||||   ||||||||| |||||||||||||  | ||||||    
T  17268009 agtataccattctattatcaaagtcctcacccccaagatgagtgtctccaccggtggccttaacttcgaagaccttatccttaattgtaacgagagacac 17268108  T
Q  524 atcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  17268109 atcaaaagtcccaccaccaa 17268128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 20 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 10494876 - 10494355
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||| || |    | |||||||||||||||||||||| ||  |||| || |  |  ||||| ||||| |||    
T  10494876 agctgcaccataagcaacagcctcatctgggttgatacgcatgaataattccttccccttgaaaaattctagcaatagatcctgcactttgggaatccta 10494777  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    || ||||| || ||||| |||| ||| |  ||| || ||||||  | ||| | |||  | |||||||| | |||| | |||| ||||||| ||||||  |    
T  10494776 gacgagccacccacaagaacaatatcatcaatatcattcttgtatatctttgaatccctgagacaactgtcaacaatattcatacactcgatgaaaaagt 10494677  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaaga 319  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||    ||||||| ||| ||||||| |||| |||   ||| ||||||    
T  10494676 ctatattaatttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatcgacctcaacggtggtgacaaaagaaaaaga 10494577  T
Q  320 cattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgca 419  Q
     | | |||||||||| ||||| ||  | ||||||||||| |||| || | |||  || ||| | || ||||| || |||||||| || || || ||  ||    
T  10494576 gagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttggattcccactgatgtccacgttattcttctttttgaactcctcaaca 10494477  T
Q  420 aagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatag 519  Q
    || || ||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||    ||||| |   |||||||||| || ||||    
T  10494476 aaataattcaccattctgttatcgaagtcctctcccccaaggtgagtgttacctgcagtggcttttacttcaaagacatcacccttaattgtgaggatag 10494377  T
Q  520 acacatcaaaagttccaccacc 541  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  10494376 acacatcaaaagtaccaccacc 10494355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 104 - 267
Target Start/End: Original strand, 8664085 - 8664246
Alignment:
Q  104 tacttttggaattctagaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaa 203  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||  |||| |||||| || ||||  |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  8664085 tactttcggaattctagaggagccaccaacaaggacaacataatggataaaactcatgtccatctcggcagtaataagacaactctcaacagtttccaaa 8664184  T
Q  204 cactcgttgaaaagatccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagt 267  Q
    ||  ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| ||  ||| |||||||||    
T  8664185 ca--cgttgaaaagatccatattgatttcatcatacttggcacgagcgaaggataaaaagaagt 8664246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 24 - 274
Target Start/End: Original strand, 8575996 - 8576246
Alignment:
Q  24 gcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctagagg 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |  |||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| | ||||| ||||| ||||| |    
T  8575996 gcaccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttacataattccttccccttgaaaacctcctgtaatagctgtctcactttaggaatcctagaag 8576095  T
Q  124 agccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagatccat 223  Q
    | || ||||||||||||||||| |  | |  | ||||||||| ||| ||||||  ||||||| | |||||||| |||| |||||  |  || || | |||    
T  8576096 aaccaccaacaaggacaacatcatctacactattcttgtccatcttagcatcagcaagacaaatattaacagtattcatacacttttcaaagaggttcat 8576195  T
Q  224 atttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaatacc 274  Q
    ||| ||||| ||||| ||||| || || ||||| ||| |||||||||||||    
T  8576196 attcatttcctcaaacttggcccgggttattgaggaacagaagtcaatacc 8576246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 24 - 274
Target Start/End: Original strand, 8581370 - 8581620
Alignment:
Q  24 gcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctagagg 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| | ||||| ||||| ||||| |    
T  8581370 gcaccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcataattccttcccctggaaaaactcctgtaatagctgtctcactttaggaatcctagaag 8581469  T
Q  124 agccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagatccat 223  Q
    | || ||||||||||||||||| |  | |  || | |||||| ||| |||||   ||||||||| |||||||| | || |||||  |  || || | |||    
T  8581470 aaccaccaacaaggacaacatcatctacactacccctgtccatcttagcatcggcaagacaactattaacagtgtccatacacttttcaaagaggttcat 8581569  T
Q  224 atttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaatacc 274  Q
    ||| ||||  ||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||    
T  8581570 attcatttgctcaaacttggcccgagttattgacgaatagaagtcaatacc 8581620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 20 - 271
Target Start/End: Original strand, 8569977 - 8570228
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| || || |||||  | ||||| ||||| |||    
T  8569977 agctgcaccgtaagcaacagcctcatcagggttaatgctgttgcataattccttcccctggaaaaactcttgtaatagctgcctcactttaggaatccta 8570076  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    || || || ||||||||||||||||| |  | |  | |||| |||| ||| ||||||  ||||||||| |||||||||| || |||||  |  || || |    
T  8570077 gaagaaccaccaacaaggacaacatcatctacactattcttttccatcttagcatcagcaagacaactattaacagtttccatacacttttcaaagaggt 8570176  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaat 271  Q
     |||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||||||  |||||||||    
T  8570177 tcatattcatttcctcaaacttggcccgggttattgatgaactgaagtcaat 8570228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 180 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 13333798 - 13333437
Alignment:
Q  180 agacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagatccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacgga 279  Q
    |||||||| | |||| | |||| ||||||| ||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||    |    
T  13333798 agacaactgtcaacaatattcatacactcgatgaaaaagtctatattaatttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataa 13333699  T
Q  280 ataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaagacattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttcc 379  Q
    |||||| |||||| ||||  ||| |||   ||| ||| || | | |||||||| | ||||| ||  | ||||||||||| |||| || | ||| ||| ||    
T  13333698 ataaagcatctacttcaacagtggtgacaaaagaaaaggagagtatccttttttccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccc 13333599  T
Q  380 aataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtg 479  Q
    | | ||||| || || |||||||| || || || ||  |||| |||||||||||||| | ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||    
T  13333598 actgatatcgacgttattcttctttttgaactcctcaacaaaatagttcaccattctgttatcgaagtcttctcccccaaggtgagtgtttcctgcggtg 13333499  T
Q  480 gctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagacacatcaaaagttccaccacc 541  Q
    ||||| ||    ||||| |   || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  13333498 gcttttacttcaaagacatcacccataattgtaaggatagacacatcaaaagtaccaccacc 13333437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 382 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 8585846 - 8585685
Alignment:
Q  382 taatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggc 481  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||| ||  |||||||||||| |||||| | |||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| || ||    
T  8585846 taatatccacattgttctttctcttaaattcctcaacaaagtagttcaacattctgttatcaaagtcccctcccccaaggtgagtatttccagcggttgc 8585747  T
Q  482 tttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagacacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    ||||||    ||||| |   | |||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  8585746 tttaacttcaaagacatcacctttaattgtgaggagagacacatcaaaagtcccaccaccaa 8585685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 198 - 541
Target Start/End: Original strand, 8667263 - 8667606
Alignment:
Q  198 ttcaaacactcgttgaaaagatccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaa 297  Q
    |||| |||||| |||||||  ||||| || | ||| |||||||| |||||||| ||||||||| | ||||| || ||    ||||||| |||||||||||    
T  8667263 ttcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttagcacgagtaattgatgaacaaaagtcgattcccgtaaataaagcatctacctcaa 8667362  T
Q  298 tggtgctgaacgaagcaaaagacattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgtt 397  Q
      ||| | |   |||||||||| | | |||||||||| ||||| ||  | ||||||||||| |||| || | ||| |||   | | || ||||| || ||    
T  8667363 cagtggtaacaaaagcaaaagagagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttctgactgatgtccactttatt 8667462  T
Q  398 cttcttcttaaattcttctgcaaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagacc 497  Q
    |||||| || || || ||  |||| |||||||||||||| | ||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||    |||||     
T  8667463 cttcttttttaactcctcaacaaaatagttcaccattctgttatcgaagtcctcgcccccaaggtgagtgtttcctgcagtggctttcacttcaaagaca 8667562  T
Q  498 ttgtccttaattgtaagtatagacacatcaaaagttccaccacc 541  Q
    |   |||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||    
T  8667563 tcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtcccgccacc 8667606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 20 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 29582343 - 29582224
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||   ||| || ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |  ||||| |||||||||    
T  29582343 agctgcaccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcatgcacaaatccttccccttgaaaaattcttgcaatagctgatgcactttgggaattcta 29582244  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggac 139  Q
    || ||||| |||| ||||||    
T  29582243 gaagagccaccaataaggac 29582224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 431 - 543
Target Start/End: Original strand, 8628609 - 8628721
Alignment:
Q  431 cattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagacacatcaaaa 530  Q
    |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    ||||| |   | |||||||| || | |||||||||||||    
T  8628609 cattctgttatcaaagtcctctccaccaaggtgagtatttccagcagtggctttaacttcaaagacatcacctttaattgtgaggagagacacatcaaaa 8628708  T
Q  531 gttccaccaccaa 543  Q
    || ||||||||||    
T  8628709 gtcccaccaccaa 8628721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 393 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 8636472 - 8636378
Alignment:
Q  393 ttgttcttcttcttaaattcttctgcaaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaac 487  Q
    ||||||||| |||| | ||| ||| |||| || | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||    
T  8636472 ttgttcttcctcttgatttcctctacaaaatattccaccattctgttatcaaagtcctctcctccaaggtgtgtgtctccggcagtggctttaac 8636378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 323 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 8383075 - 8382855
Alignment:
Q  323 tgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaaag 422  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||| |  ||  ||| ||| ||| |||| |||  ||| | |||| |||| || || ||  |||||    
T  8383075 tgtcctttttgccctctcgcaagccgttcttaaccttctaagagcctttgggttcccactaatgtccttattatgcttcctcttgaactcgtcaacaaag 8382976  T
Q  423 tagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagaca 522  Q
    || ||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| || ||||||| ||| |||||||| || |||   ||||| || | ||||||||| || | |||||    
T  8382975 tacttcacgattctgttatctaagtcttcacctcctagatgagtgtctccggcagtggccttcacaacaaagacattattcttaattgtgaggagagaca 8382876  T
Q  523 catcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  8382875 catcaaaagttccaccaccaa 8382855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 429 - 543
Target Start/End: Original strand, 8609992 - 8610106
Alignment:
Q  429 accattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagacacatcaa 528  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || || |||  |||  | ||||  |||||||| || | ||||||||| |    
T  8609992 accattctgtgatcaaagtcctctcctccaaggtgagtatctccagcagtagccttgacatcgaaagcattgtttttaattgtgagaacagacacatcga 8610091  T
Q  529 aagttccaccaccaa 543  Q
    |||| ||||||||||    
T  8610092 aagtcccaccaccaa 8610106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 104 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 8586124 - 8585963
Alignment:
Q  104 tacttttggaattctagaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaa 203  Q
    |||||| |||||||| || ||||| || |||||||||| |||||  | | || |||| || | ||| | |||  |||||||||||| |||||| || | |    
T  8586124 tactttgggaattctggacgagccaccgacaaggacaatatcgtctacaccattcttctctatcttagaatcggtaagacaactctcaacagtatttata 8586025  T
Q  204 cactcgttgaaaagatccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaa 265  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||||||||| ||||    
T  8586024 cactcattaaaaaggtccatattgatttcctcaaacttgacacgcgtgattgatgaagagaa 8585963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 418 - 543
Target Start/End: Original strand, 8602038 - 8602163
Alignment:
Q  418 caaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtat 517  Q
    |||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||| || ||    ||||  || | ||||||||| || |     
T  8602038 caaagtggttcaccattcggttatcaaagtcctctcctccaaggtgtgtgtctccggaagtggccttgacttcaaagagattattcttaattgtgagaag 8602137  T
Q  518 agacacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  8602138 agaaacatcaaaagttccaccaccaa 8602163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 393 - 541
Target Start/End: Original strand, 8559372 - 8559520
Alignment:
Q  393 ttgttcttcttcttaaattcttctgcaaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacgga 492  Q
    ||||||||| ||| ||| |||| | ||||||  ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||| ||| | |||||| || ||    |    
T  8559372 ttgttcttcctctcaaactcttttacaaagtgtttcaccattctgttatcaaagtcctctcctccgaggtgtgtgtctccggaagtggccttgacttcaa 8559471  T
Q  493 agaccttgtccttaattgtaagtatagacacatcaaaagttccaccacc 541  Q
    |||  || | ||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||    
T  8559472 agagattattcttaattgtgagaagagaaacatcaaaagttccaccacc 8559520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 265
Target Start/End: Original strand, 8616500 - 8616592
Alignment:
Q  173 atcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagatccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaa 265  Q
    |||| ||| |||||||| |||||| || | ||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||  ||||||||||||||||| ||||    
T  8616500 atcattaaaacaactctcaacagtctttatacactcgttaaaaaggtccatattgatttcctcaaacttaacacgagtgattgatgaagagaa 8616592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 8636844 - 8636720
Alignment:
Q  21 gctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctag 120  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||| |  || | ||||||| |||| ||||  ||||| || || || |  || |||||||| ||||    
T  8636844 gctgctccataagcaacagcctcatcagcgttgatgctcttacacagttccttcgccttaaaaatgtcctgtaatagttgctgcacctttggaatcctag 8636745  T
Q  121 aggagccgccaacaaggacaacatc 145  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  8636744 aggagccaccaacaaggacaacatc 8636720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 440 - 543
Target Start/End: Original strand, 8576412 - 8576515
Alignment:
Q  440 atcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagacacatcaaaagttccacca 539  Q
    ||||||||| |  ||||| |||||||||| ||| |||||||| || ||   |||||| |||| ||||| ||| || |||||||||||||||||||||||     
T  8576412 atcaaagtcttggcctcctaggtgagtgtctccggcagtggccttgacttcgaagacattgttcttaactgtgagaatagacacatcaaaagttccaccg 8576511  T
Q  540 ccaa 543  Q
    ||||    
T  8576512 ccaa 8576515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 382 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 29581981 - 29581882
Alignment:
Q  382 taatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggc 481  Q
    |||| |||| |||||||||| |||| || || |  |||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||    
T  29581981 taatgtccaaattgttcttcctcttcaactcattcgcaaagtaattcaccattcggttatcaaagtcctctcctcctaggtgagtatcgccagcagtggc 29581882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 270
Target Start/End: Original strand, 8537706 - 8537952
Alignment:
Q  24 gcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctagagg 123  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||   | |  ||||||||| ||||||| |  |||| |||    |  ||||| ||||| ||||| |    
T  8537706 gcaccataagcaacagcttcatcagggttgatgcttttaaaaatatccttccccctgaaaaagttttgcagcagactctgcactttgggaatcctagaag 8537805  T
Q  124 agccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagatccat 223  Q
    |||| ||||| || |||||||| |  |||  |||  |||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||  |  || || |||||    
T  8537806 agccaccaactagtacaacatcatccatactactactgtccatcttagcatcattaaaacaactcttaacagttttcatacacttttcaaagaggtccat 8537905  T
Q  224 atttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaa 270  Q
     || | ||  ||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||    
T  8537906 gttgagttgctcaaacttggcccgagtgattgatgaacagaaatcaa 8537952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #33
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 20 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 7878235 - 7878110
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||   ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |  |||||  |||| |||    
T  7878235 agctgcaccataagcaacagcttcatccgggttgatgctactgcaaatatccttccccttaaaaaagtcctgcaatagctgctgcactttgagaatccta 7878136  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatc 145  Q
    || || || |||||||| ||||||||    
T  7878135 gatgatccaccaacaagtacaacatc 7878110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #34
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 326 - 543
Target Start/End: Original strand, 8538008 - 8538225
Alignment:
Q  326 cctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaaagtag 425  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||||||| | || |  ||| |||| |||||| |||| || || ||||| ||| |||| ||||| |   |||| |      
T  8538008 cctttttgccctctcgcatgcagttctcaacttcctcagagcttttgaatttccactaatgtcaactttgtttttcctcttcaattcattcacaaaatga 8538107  T
Q  426 ttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagacacat 525  Q
    |||||||  | || ||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| || ||    ||| | || | ||| | |||||| | ||| ||||    
T  8538108 ttcaccaaccgattatcaaagtcctctcctccaaggtgagtatctccggcagtggccttgactgtaaaggcattattcttcaatgtaaggagagatacat 8538207  T
Q  526 caaaagttccaccaccaa 543  Q
    ||||||||||||||||||    
T  8538208 caaaagttccaccaccaa 8538225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #35
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 20 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 29578174 - 29578053
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||   ||| || ||| | ||||||||||| || ||||| || |     ||||| |||||||||    
T  29578174 agctgcaccataagcaacagcctcgtcagggtttatgctcatgcacaaatccctacccttgaaaaagtcttgcaatagtttccgcactttgggaattcta 29578075  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaa 141  Q
    || || || |||||||||||||    
T  29578074 gatgaacctccaacaaggacaa 29578053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #36
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 382 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 29577812 - 29577713
Alignment:
Q  382 taatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggc 481  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| || || |   |||||| | |||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||    
T  29577812 taatgtccacattgttcttcctcttcaactcattcacaaagtggctcaccattttattatcgaagtcctctcctcctaggtgagtatcaccagcagtggc 29577713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #37
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 175
Target Start/End: Original strand, 39985316 - 39985467
Alignment:
Q  24 gcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctagagg 123  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | |||||||| | |||||  ||||| || || || || || ||||| || ||||  || ||||||||||| |  |    
T  39985316 gcaccatatgcaacagcctcatcaggatttatgctcttgcatagctcctttccgttaaagaaatcttgcaaaagttgttgaacctttggaattctggtag 39985415  T
Q  124 agccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatc 175  Q
    | || || ||||||||||||||||||| |    ||||||||| |||||||||    
T  39985416 aacctcctacaaggacaacatcgtggacacttttcttgtccatcttggcatc 39985467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #38
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 382 - 436
Target Start/End: Original strand, 8616709 - 8616763
Alignment:
Q  382 taatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaaagtagttcaccattct 436  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| || ||  |||||||||||| ||||||    
T  8616709 taatatccacattgttcttcctcttaaaatcctcaacaaagtagttcaacattct 8616763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #39
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 145
Target Start/End: Original strand, 8102337 - 8102458
Alignment:
Q  24 gcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctagagg 123  Q
    |||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||| |||||  ||||| || ||||| || || |||||||| || |  ||||| ||||| ||||  |    
T  8102337 gcaccataagcaacagcctcgtcggggttgatgcttttgcatagctccttaccattgaagaagtcttgcaacagttgctgaactttgggaatcctagttg 8102436  T
Q  124 agccgccaacaaggacaacatc 145  Q
    | || |||||||| ||||||||    
T  8102437 aaccaccaacaagaacaacatc 8102458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #40
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 145
Target Start/End: Original strand, 8609587 - 8609708
Alignment:
Q  24 gcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctagagg 123  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    || || ||||| || |||||||| || ||||  ||||| || ||||| ||||| ||||| |    
T  8609587 gcaccataagcaaccgcctcatcagggttgatgctcatacacaaatcctttccattgaaaaagtcttgcagtagctgcttcactttcggaatcctagaag 8609686  T
Q  124 agccgccaacaaggacaacatc 145  Q
    | || |||||||| ||||||||    
T  8609687 aacctccaacaagaacaacatc 8609708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 20 - 505
Target Start/End: Original strand, 28219584 - 28220069
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |  || |||||||||||    ||||| |||||||  || |||| ||||||||||||||||    
T  28219584 agctgcaccataagcaacagcctcatcagggttaatgctcttacacaattccttccctccaaaaaattcctgcagtagttgttgtacttttggaattcta 28219683  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||  ||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28219684 gaggagcctccaacaagaacaacatcgtgtacagccctcttgtccatattggcatcagtgagacacctctcaacagttttcaaacactcattgaaaagat 28219783  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaaga 319  Q
    ||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||    ||||||||||||||||||||||||  ||    |||||||||    
T  28219784 ccatattgatttcctcaaacttagcacgagtaattgatgaaaagaaatcaatgccttcaaataaagaatctacctcaatggtggcgacaacagcaaaaga 28219883  T
Q  320 cattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgca 419  Q
     | ||||||||||||||||| |||  | ||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||     
T  28219884 tagtgtcctttttgctctcttgcacgctgttctcaacctccttaaggctcttgagtttccagtaatgtccaccttgttcttcttcttaaactcctctgcg 28219983  T
Q  420 aagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtcctt 505  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || ||  |||||||||| |||||    
T  28219984 aagtagttcaccatcctactatcaaagtcctctcccccgaggtgagtgtttccagcggtggccttcacttggaagaccttatcctt 28220069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 183; Significance: 1e-98; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 20 - 474
Target Start/End: Original strand, 43744482 - 43744936
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||||| |||| ||| | |  || || ||||||||    ||||| |||||||| || |||| |||||||||||| |||    
T  43744482 agctgcaccaatagcaactgcctcatcagggttaatgttcttacacaaatccttccctgcaaaaaattcctgcaatagttgttgtacttttggaatccta 43744581  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  43744582 gaggagccaccaacaagaacaacatcatgtatagcgctcttgtccatcttggcatcagtaagacaactctcaacaattttcaaacactcgttgaagagat 43744681  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaaga 319  Q
    ||||||| ||||| ||||| || | ||||||||||| || |||||| ||||| ||    |||||||||||||||||||| ||| |||    |||||||||    
T  43744682 ccatattgatttcctcaaacttagtacgagtgattgttgtaaagaaatcaatgccctcaaataaagaatctacctcaatagtggtgacaacagcaaaaga 43744781  T
Q  320 cattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgca 419  Q
     | ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  ||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||     
T  43744782 taatgtcctttttgctctttcgcatgctgttctcaacctccttaatgctcttgggtttccagtaatgtccaccttgttcttcttcttaaactcctctgcg 43744881  T
Q  420 aagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccag 474  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43744882 aagtagttcaccatcctattatcaaaatcctctcctccgaggtgagtgtttccag 43744936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 348 - 543
Target Start/End: Original strand, 12528498 - 12528693
Alignment:
Q  348 gttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaaagtagttcaccattctatcatcaaagt 447  Q
    |||||||| || |||| |||| ||||||| |||||||| || || ||||||||| ||||||| ||||   ||||||  |||||||||| || ||||||||    
T  12528498 gttctcaatctccttagggcttttgagttcccaataatgtcaactttgttcttcctcttaaactctttcacaaagtgattcaccattcgattatcaaagt 12528597  T
Q  448 cctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagacacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||   |||||| || | ||| | |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  12528598 cctctcctccaaggtgagtgtctccggcagtggccttgacttcgaagacattattctttactgtaagaagagacacatcaaaagttccaccgccaa 12528693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 24 - 141
Target Start/End: Original strand, 12528174 - 12528291
Alignment:
Q  24 gcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctagagg 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | | |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| |    
T  12528174 gcaccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgtataactccttgcccttgaaaaactcctgcaatagctgcttcactttgggaatcctagacg 12528273  T
Q  124 agccgccaacaaggacaa 141  Q
    |||| |||||||| ||||    
T  12528274 agccaccaacaagtacaa 12528291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 495 - 541
Target Start/End: Original strand, 43744990 - 43745036
Alignment:
Q  495 accttgtccttaattgtaagtatagacacatcaaaagttccaccacc 541  Q
    ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  43744990 accttatccttaattgtaaggagagacacatcaaaagtcccaccacc 43745036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 136; Significance: 1e-70; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 543
Target Start/End: Original strand, 15594700 - 15595223
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||   ||| |||||||| |||| |||||| |||| ||| || ||||  ||||| ||||| |||    
T  15594700 agctgcaccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcatgcacaattcctttccctcgaaaaaatccttcaatagttgttgcactttgggaatccta 15594799  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    || || || ||||||| ||||| ||| |  | |  |||||| | || ||| ||||||  ||||||||||| |||  | |||| ||| || || ||||  |    
T  15594800 gaagacccaccaacaatgacaatatcatttacactactcttattcatcttagcatcatcaagacaactctcaactatcttcatacaatccttaaaaaagt 15594899  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaaga 319  Q
    |||| || ||||| ||||| |||| |||||| |  ||||||||||||||||||||    |||||| ||||||||||||||||  |||  | || ||||||    
T  15594900 ccatgttgatttcttcaaacttggaacgagtaaccgatgaaaagaagtcaataccgttaaataaacaatctacctcaatggtagtgacagtagtaaaaga 15594999  T
Q  320 cattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgca 419  Q
     | |  ||||||||| || |||||  | |||||||| || || | ||| |||| ||| ||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||| |  |||    
T  15595000 gagtaccctttttgccctttcgcacgcagttctcaatctcctcaaggcccttgggttcccagtaatatccactttgttcttcgtcttgaattcctgcgca 15595099  T
Q  420 aagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatag 519  Q
    |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||  |||||||||||||||||||||| || ||||    
T  15595100 aagtagttgaccattctgttatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccgcctgtggccttaacttggaagaccttgtccttaattgttaggatag 15595199  T
Q  520 acacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    ||||||||||||| ||||||||||    
T  15595200 acacatcaaaagtgccaccaccaa 15595223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 4679059 - 4678537
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||| || || | ||| || ||||||| ||| ||||| || ||||| || |  |  ||||| ||||| ||     
T  4679059 agctgcaccataagcaacagcctcatctgggttgatactcttgcacaaatccttccgcttaaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctc 4678960  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    || || || || ||||| |||||||| |  |||  ||||  |  || ||| | |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |    
T  4678959 gatgaaccacccacaagaacaacatcatcaatattactcccgcgcatctttgaatcactaagacaactcttaacagtttccatacactcgttgaaaaggt 4678860  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaaga 319  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||| | ||||| || ||  | |||||||||||||| ||||  ||| |||   | || |||||    
T  4678859 ccatattaatttcctcaaacttggcacgagtaatagatgaagaaaagtctattccctgaaataaagaatctac-tcaacagtggtgacaaaggcgaaaga 4678761  T
Q  320 cattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgca 419  Q
     | |||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||| |||| || | ||| |||   | |||| |||||||| |||||||| || || || ||| ||    
T  4678760 gagtgtcctctttgccctctcgcaggcagttctcaacctccttaagggttttgcgttcttactaatgtccacattattcttctttttgaactcctctaca 4678661  T
Q  420 aagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatag 519  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||    |||||     |||| ||| |||| ||||    
T  4678660 aagtagttcaccattctgttatcaaagtcctctccacctaggtgagtgtttccagcagtggcttttacttcaaagacaccacccttgattttaaggatag 4678561  T
Q  520 acacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    ||||||||||||| ||||||||||    
T  4678560 acacatcaaaagtaccaccaccaa 4678537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 323 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 34466992 - 34466772
Alignment:
Q  323 tgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaaag 422  Q
    |||||| |||||  |||||||  | ||||||||||| || |  ||||| | ||||||| ||||||||  ||| | |||| |||| || || | |||||||    
T  34466992 tgtcctctttgcattctcgcacgcagttctcaacctcctcaaagctctagggtttccactaatatccttattatgcttcctcttgaactcctttgcaaag 34466893  T
Q  423 tagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagaca 522  Q
    | |||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||| |||||    ||||| || |||||||||||||| | |||||    
T  34466892 tggttcgccattctattatcaaagtcctctcgtccgaggtgagtgttaccagaagtggccttaacttcaaagacattatccttaattgtaaggagagaca 34466793  T
Q  523 catcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  34466792 catcaaaagtcccaccaccaa 34466772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 28 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 34467282 - 34467122
Alignment:
Q  28 cataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctagaggagcc 127  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| ||||| | |||||  ||||| || |||||||| ||| |||| ||||| |  ||||| ||||| ||||| |||||    
T  34467282 cataagcgacagcctcatcagggttgatgctattgcatagatccttaccattgaaaaagtcccgcaatagctgctgcactttgggaatcctagaagagcc 34467183  T
Q  128 gccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactc 188  Q
     || ||||||||| |||| || | |  |||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||    
T  34467182 cccgacaaggacagcatcatgcacactactcgtgtccatcttagcatcaacaagacaactc 34467122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 393 - 543
Target Start/End: Original strand, 35132487 - 35132637
Alignment:
Q  393 ttgttcttcttcttaaattcttctgcaaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacgga 492  Q
    ||||||||  |||| || |||| | ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| |||||  |||    
T  35132487 ttgttctttctcttgaactcttgtacaaagtagttcaccattctgttatcaaagtcctctccaccgagatgagtgtttccggcagtggccttaacttgga 35132586  T
Q  493 agaccttgtccttaattgtaagtatagacacatcaaaagttccaccaccaa 543  Q
    |||| || |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  35132587 agacattatccttaatagtaagtattgaaacatcaaaagtgccaccaccaa 35132637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 20 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 9336393 - 9335929
Alignment:
Q  20 agctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattcta 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||| || |    | |||||||||||||||||||||| ||  |||| || | ||  ||||| ||||| |||    
T  9336393 agctgcaccataagcaacagcctcatctgggttgatacccatgaataattccttccccttgaaaaattctagcaatagttcttgcactttcggaatccta 9336294  T
Q  120 gaggagccgccaacaaggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagat 219  Q
    || ||||| || ||||| |||| ||| |  |||  ||||||||  | ||| | |||  | |||||  | | |||| | |||| |||||| |||||||  |    
T  9336293 gacgagccacccacaagaacaatatcatcaatattactcttgtatatctttgaatccctgagacaggtgtcaacaatattcatacactcattgaaaaagt 9336194  T
Q  220 ccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatggtgctgaacgaagcaaaaga 319  Q
    |||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||    ||||||| |||||||||||  ||| | |   ||||||||||    
T  9336193 ccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaacagtggtaacaaaagcaaaaga 9336094  T
Q  320 cattgtcctttttgctctctcgcataccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgca 419  Q
    || | |||||||||| ||||| ||  | ||||||||||| |||| || | ||| |||     | || ||||| || |||||||| || || |||||  ||    
T  9336093 cagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttctgcttgatgtccactttattcttcttttttaactcttccaca 9335994  T
Q  420 aagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggcttt 484  Q
    || ||||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  9335993 aaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttt 9335929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 382 - 487
Target Start/End: Original strand, 30775280 - 30775385
Alignment:
Q  382 taatatccacattgttcttcttcttaaattcttctgcaaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggc 481  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||    
T  30775280 taatgtccacgttgttcttcgtcttaaattcctctacaaagtaattcaacattctgttatcaaagtcctctcccccgatgtgagtgtttccagcagttgc 30775379  T
Q  482 tttaac 487  Q
    ||||||    
T  30775380 tttaac 30775385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 155 - 271
Target Start/End: Original strand, 30775053 - 30775169
Alignment:
Q  155 actcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagatccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgatt 254  Q
    ||||||||| | ||| | |||| |||||||||||| |||||| |  | |||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||    
T  30775053 actcttgtctacctttgaatcagtaagacaactctcaacagtctgtatacactcattaaaaaggtccatattgatttcctcaaacttgacacgagtgatt 30775152  T
Q  255 gatgaaaagaagtcaat 271  Q
    |||||| | ||||||||    
T  30775153 gatgaagaaaagtcaat 30775169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 298
Target Start/End: Original strand, 35132123 - 35132401
Alignment:
Q  21 gctgcaccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctag 120  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||  |||| ||||| | ||| || |||||||| |||||||| |  ||||| ||||| |  ||||| ||||| ||||    
T  35132123 gctgccccataagctacagcctcatcggggttaatgctcttgcacaactccttccctttgaaaaagttttgcaatagctgctgcactttgggaatcctag 35132222  T
Q  121 aggagccgccaacaaggacaacatcgtgga---tagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaag 217  Q
    | || || |||||||| |||||||| |  |   | ||  ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||  || || |||| |||||| || |||||    
T  35132223 aagaccctccaacaagaacaacatcatctacccttgc--tcttgtccatcttagcatcaatgagacaactctctacggtattcatacactcattaaaaag 35132320  T
Q  218 atccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaat 298  Q
     ||   ||| ||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||| | || ||||| ||  | |||||||||||||| |||||    
T  35132321 gtctgcattcatttcctcaaacttggcgcgattgattgatgaagaaaaatcaatgccttgaaataaagaatctacttcaat 35132401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 27 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 23597080 - 23596962
Alignment:
Q  27 ccataagcaacagcctcatcaaggtttatgctttcgcataattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctagaggagc 126  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |  || | ||||||||| ||||| || || ||||| || ||||  || || ||||| ||||  || |    
T  23597080 ccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttacaaagttccttcccattgaagaaatcttgcaaaagttgttgaaccttgggaatcctagtcgatc 23596981  T
Q  127 cgccaacaaggacaacatc 145  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  23596980 cgccaacaagaacaacatc 23596962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 422 - 537
Target Start/End: Original strand, 28910650 - 28910765
Alignment:
Q  422 gtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagaccttgtccttaattgtaagtatagac 521  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||||||  | || ||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||| |||| ||||||||| | |||     
T  28910650 gtagttcaccatcctattatcaatgtcctcgaccccgaggtgagtgtttccagcggtggccttaacttggaagaccttatcctgaattgtaaggagagaa 28910749  T
Q  522 acatcaaaagttccac 537  Q
    ||||||||||| ||||    
T  28910750 acatcaaaagtcccac 28910765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University