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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9488_low_15 (Length: 378)

Name: NF9488_low_15
Description: NF9488
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9488_low_15
NF9488_low_15
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (17-372)||(9401359-9401714)
chr5 (45-370)||(20075735-20076060)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (45-367)||(8916542-8916864)
chr4 (45-367)||(8905698-8906020)
chr4 (45-372)||(8930382-8930709)
chr4 (44-365)||(8975419-8975740)
chr4 (44-372)||(8972309-8972637)
chr4 (44-334)||(8952361-8952651)
chr4 (45-315)||(9002372-9002642)
chr4 (44-334)||(9027202-9027492)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 372
Target Start/End: Original strand, 9401359 - 9401714
Alignment:
Q  17 agaagtaacattgttagaaannnnnnngatcatttctttcacctcaaactttcttatagaggaataagatgacacacgcttgacactaaatatatgaata 116  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9401359 agaagtaacattgttagaaatttttttgatcatttctttcacctcaaactttcttatagaggaataagatgacacacgcttgacactaaatatatgaata 9401458  T
Q  117 ttacaaatttttcttaaatctctccaaggatcactatattgagaaaatgcaatttctgatccattataagataatttttgttggccatataggataggtc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9401459 ttacaaatttttcttaaatctctccaaggatcactatattgagaaaatgcaatttctgatccattataagataatttttgttggccatataggataggtc 9401558  T
Q  217 tattacaaaacacatgatcattgtctttaaatatttctttggcaattttagctgaagaaacaacaattgctggccttaaaccaagttgaagtgaaaatat 316  Q
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T  9401559 tattacaaaacacatgatcattgtctttaaatatttctttggcaattttagctgaagaaacaacaattgctggccttaaaccaagttgaagtgaaaatat 9401658  T
Q  317 tggtccatatatttttgaaagttttgataattgaagataaagagtagaattatcta 372  Q
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T  9401659 tggtccatatatttttgaaagttttgataattgaagataaagagtagaattgtcta 9401714  T

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Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 45 - 370
Target Start/End: Original strand, 20075735 - 20076060
Alignment:
Q  45 atcatttctttcacctcaaactttcttatagaggaataagatgacacacgcttgacactaaatatatgaatattacaaatttttcttaaatctctccaag 144  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||     
T  20075735 atcatttgtttcacctcaaactttcttatagaagaataatatgacacacgcttagcgctaaatatatgaataacacaaaattttcttatatctctccaaa 20075834  T
Q  145 gatcactatattgagaaaatgcaatttctgatccattataagataatttttgttggccatataggataggtctattacaaaacacatgatcattgtcttt 244  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||| | |||    
T  20075835 aatcactatattgagaaaatacaatttctgacccattataagataatctttgctggccatataacataggtctattagaaaacacatgatcattattttt 20075934  T
Q  245 aaatatttctttggcaattttagctgaagaaacaacaattgctggccttaaaccaagttgaagtgaaaatattggtccatatatttttgaaagttttgat 344  Q
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T  20075935 aaatatctctttggcaattttatctgaagaaacaacaattgctggccttaaaccaagtttcatggaaaatattggtccataaatttttgaaagttttgat 20076034  T
Q  345 aattgaagataaagagtagaattatc 370  Q
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T  20076035 aattgaagatagagaatagaattatc 20076060  T

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Target: chr4 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 45 - 367
Target Start/End: Original strand, 8916542 - 8916864
Alignment:
Q  45 atcatttctttcacctcaaactttcttatagaggaataagatgacacacgcttgacactaaatatatgaatattacaaatttttcttaaatctctccaag 144  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||     
T  8916542 atcatttgcttcacctcaaactttcttatagaagaataatatgacacacgcttcgcgctaaatatatgaataacacaaatttttcttatatctctccaaa 8916641  T
Q  145 gatcactatattgagaaaatgcaatttctgatccattataagataatttttgttggccatataggataggtctattacaaaacacatgatcattgtcttt 244  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||| | |||    
T  8916642 aatcactatattgagaaaatacaatttctgacccattataagataatctttgctgaccatataacataggtctattagaaaacacatgatcattattttt 8916741  T
Q  245 aaatatttctttggcaattttagctgaagaaacaacaattgctggccttaaaccaagttgaagtgaaaatattggtccatatatttttgaaagttttgat 344  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8916742 aaatatctctttggcaattttatctgaagaaacaacaattgctggccttaaaccaagtttcaaggaaaatattggtccataaatttttgaaagttttgat 8916841  T
Q  345 aattgaagataaagagtagaatt 367  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  8916842 aattgaagataaagaatagaatt 8916864  T

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Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 45 - 367
Target Start/End: Original strand, 8905698 - 8906020
Alignment:
Q  45 atcatttctttcacctcaaactttcttatagaggaataagatgacacacgcttgacactaaatatatgaatattacaaatttttcttaaatctctccaag 144  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||     
T  8905698 atcatttgcttcacctcaaactttcttatagaagaataatatgacacacgcttcgcgctaaatatatgaataacacaaatttttcttatatctctccaaa 8905797  T
Q  145 gatcactatattgagaaaatgcaatttctgatccattataagataatttttgttggccatataggataggtctattacaaaacacatgatcattgtcttt 244  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||| | |||    
T  8905798 aatcactatattgagaaaatacaatttctgacccattataagataatctttgctgaccatataacataggtctattagaaaacacatgatcattattttt 8905897  T
Q  245 aaatatttctttggcaattttagctgaagaaacaacaattgctggccttaaaccaagttgaagtgaaaatattggtccatatatttttgaaagttttgat 344  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  8905898 aaatatctctttggcaattttatctgaagaaacaacaattgctggccttaaaccaagtttcaaggaaaatattggtccataaatttttgaaagatttgat 8905997  T
Q  345 aattgaagataaagagtagaatt 367  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  8905998 aattgaagataaagaatagaatt 8906020  T

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Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 45 - 372
Target Start/End: Original strand, 8930382 - 8930709
Alignment:
Q  45 atcatttctttcacctcaaactttcttatagaggaataagatgacacacgcttgacactaaatatatgaatattacaaatttttcttaaatctctccaag 144  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||  ||||| ||||||||  |||||||||     
T  8930382 atcatttgcttcacctcaaactttcttatagaagaataatatgacacacgcttggcgctaaatatatgaataacacaaagttttcttatctctctccaaa 8930481  T
Q  145 gatcactatattgagaaaatgcaatttctgatccattataagataatttttgttggccatataggataggtctattacaaaacacatgatcattgtcttt 244  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||||| ||||||| |||||||| | |||    
T  8930482 aatcactatattgagaaaatgcaatgtctgacccattataagataatttttgctggccatataacacaggtctattagaaaacacttgatcattattttt 8930581  T
Q  245 aaatatttctttggcaattttagctgaagaaacaacaattgctggccttaaaccaagttgaagtgaaaatattggtccatatatttttgaaagttttgat 344  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  8930582 aaatatttctttcgcaatttcagccgaagaaacaacaatagctgatcttaaacctagttgaagtgaaaatattggtccataaatttttgaaagttttgaa 8930681  T
Q  345 aattgaagataaagagtagaattatcta 372  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  8930682 aattgaagataaagaatagaattgtcta 8930709  T

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Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 44 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 8975740 - 8975419
Alignment:
Q  44 gatcatttctttcacctcaaactttcttatagaggaataagatgacacacgcttgacactaaatatatgaatattacaaatttttcttaaatctctccaa 143  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||  |||||||| ||| | |  | ||||||||||||  |||||||||    
T  8975740 gatcattttcttcacctcaaactttcttatagaggaataatatgatacacgtttggaactaaataaatgcacaacagaaatttttcttatttctctccaa 8975641  T
Q  144 ggatcactatattgagaaaatgcaatttctgatccattataagataatttttgttggccatataggataggtctattacaaaacacatgatcattgtctt 243  Q
      |||||| ||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  8975640 atatcactgtatggagaaaatacaatttctgacccattataagataatttttgttgaccatataatttaggtctattagaaaacacatgatcattgtttt 8975541  T
Q  244 taaatatttctttggcaattttagctgaagaaacaacaattgctggccttaaaccaagttgaagtgaaaatattggtccatatatttttgaaagttttga 343  Q
    | || | |||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| | ||  ||    
T  8975540 tcaacacttctttggcaatttcagctgaacaaacaacaatagctggtcttaaaccaagttgaagtgaaaatagaggaccatatatttttgagaattgaga 8975441  T
Q  344 taattgaagataaagagtagaa 365  Q
     ||||||||||||||| |||||    
T  8975440 aaattgaagataaagattagaa 8975419  T

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Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 44 - 372
Target Start/End: Original strand, 8972309 - 8972637
Alignment:
Q  44 gatcatttctttcacctcaaactttcttatagaggaataagatgacacacgcttgacactaaatatatgaatattacaaatttttcttaaatctctccaa 143  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||  ||| ||||| ||| ||||||| ||||||| |  ||||||||||||||  |||||||||    
T  8972309 gatcattttcttcacctcaaactttcttatggaggaataatgtgatacacgtttggcactaaaaatatgaacaacacaaatttttcttatttctctccaa 8972408  T
Q  144 ggatcactatattgagaaaatgcaatttctgatccattataagataatttttgttggccatataggataggtctattacaaaacacatgatcattgtctt 243  Q
      ||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||| |||| | |||||||||    
T  8972409 aaatcactatattgagaaaataccatttctgacccattataagataatttttgttgaccatataatataggtctattagaaaaaacattaccattgtctt 8972508  T
Q  244 taaatatttctttggcaattttagctgaagaaacaacaattgctggccttaaaccaagttgaagtgaaaatattggtccatatatttttgaaagttttga 343  Q
    | |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||  |||||||||||  || ||||||| |||||| | ||  ||    
T  8972509 tcaatacttcttttgcaatttcagctgaagaaacaacaatagcttgtcttaaaccaagtgaaagtgaaaatagaggaccatataattttgagaattgaga 8972608  T
Q  344 taattgaagataaagagtagaattatcta 372  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||||||    
T  8972609 taattgaagataaagcttagaaatatcta 8972637  T

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Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 44 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 8952651 - 8952361
Alignment:
Q  44 gatcatttctttcacctcaaactttcttatagaggaataagatgacacacgcttgacactaaatatatgaatattacaaatttttcttaaatctctccaa 143  Q
    ||||||||  |||||||||||  |||||||||| |||||  | || ||||| |||   ||||| |||||||||  ||||||||||||||  |||||||||    
T  8952651 gatcattttcttcacctcaaatattcttatagaagaatagtacgatacacgtttggagctaaaaatatgaataacacaaatttttcttatttctctccaa 8952552  T
Q  144 ggatcactatattgagaaaatgcaatttctgatccattataagataatttttgttggccatataggataggtctattacaaaacacatgatcattgtctt 243  Q
      ||||| |||| ||| |||  |||||||||| ||||||||| | ||| | | ||| ||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  8952551 aaatcaccatatggagcaaaaacaatttctgacccattataacacaatatgttttgaccatatgatataggtctattagaaaacacatgatcattgtttt 8952452  T
Q  244 taaatatttctttggcaattttagctgaagaaacaacaattgctggccttaaaccaagttgaagtgaaaatattggtccatatatttttga 334  Q
    | |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  || |||||||| |||||    
T  8952451 tgaatacttctttggcaatttcagctgaagaaacaacaatagctggtcttaaaccaagtttaagtgaaaacaaaggaccatatatctttga 8952361  T

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Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 45 - 315
Target Start/End: Original strand, 9002372 - 9002642
Alignment:
Q  45 atcatttctttcacctcaaactttcttatagaggaataagatgacacacgcttgacactaaatatatgaatattacaaatttttcttaaatctctccaag 144  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||  ||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||     
T  9002372 atcattttcttcacctcaaaatttcttatagaagaataatatgacacacgtatggaactaaatatatgaataacacaaatttttcttatttctctccaaa 9002471  T
Q  145 gatcactatattgagaaaatgcaatttctgatccattataagataatttttgttggccatataggataggtctattacaaaacacatgatcattgtcttt 244  Q
     |||| | ||||| |||||    |||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||  || ||||||  |||    
T  9002472 aatcagtgtattgtgaaaaaaagatttctgacccattataagacaacttttgttgaccatataatataggtctattagaaaacaattggtcattggtttt 9002571  T
Q  245 aaatatttctttggcaattttagctgaagaaacaacaattgctggccttaaaccaagttgaagtgaaaata 315  Q
     |||| |||||| |||||||  || |||||||||||||| |||   ||||| |||||||||| ||||||||    
T  9002572 caatacttcttttgcaatttcggcagaagaaacaacaatagcttttcttaatccaagttgaattgaaaata 9002642  T

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Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 44 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 9027492 - 9027202
Alignment:
Q  44 gatcatttctttcacctcaaactttcttatagaggaataagatgacacacgcttgacactaaatatatgaatattacaaatttttcttaaatctctccaa 143  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||| |||  |||||  ||||||| |  ||||||||||||||  |||||||||    
T  9027492 gatcattttcttcacctcaaactttcttatagatgaataatgtgatacacgtttggaactaagaatatgaacaacacaaatttttcttatttctctccaa 9027393  T
Q  144 ggatcactatattgagaaaatgcaatttctgatccattataagataatttttgttggccatataggataggtctattacaaaacacatgatcattgtctt 243  Q
      |||| | ||||| ||||||  |||||| || || |||||||  |||||||||||  ||||||   ||||||||| | |||||| ||| ||||||  ||    
T  9027392 aaatcagtgtattgtgaaaatataatttccgacccgttataagtcaatttttgttgagcatataatctaggtctatcagaaaacaaatggtcattggttt 9027293  T
Q  244 taaatatttctttggcaattttagctgaagaaacaacaattgctggccttaaaccaagttgaagtgaaaatattggtccatatatttttga 334  Q
    | |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||   ||||| |||||||||| ||||||||  || |||||||| |||||    
T  9027292 tcaatacttcttttgcaatttcagctgaagaaacaacaatagcttttcttaatccaagttgaattgaaaatagaggaccatatatctttga 9027202  T

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